View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7843_low_8 (Length: 306)

Name: NF7843_low_8
Description: NF7843
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7843_low_8
NF7843_low_8
[»] chr6 (49 HSPs)
chr6 (49-289)||(26143519-26143759)
chr6 (49-274)||(25483710-25483935)
chr6 (49-274)||(25539194-25539419)
chr6 (49-274)||(25580373-25580598)
chr6 (49-275)||(26056573-26056799)
chr6 (49-275)||(26076543-26076769)
chr6 (49-288)||(26656616-26656855)
chr6 (49-288)||(26762587-26762826)
chr6 (49-275)||(26862231-26862457)
chr6 (49-288)||(26647130-26647369)
chr6 (49-288)||(26753098-26753337)
chr6 (49-289)||(26884721-26884961)
chr6 (49-288)||(27337387-27337626)
chr6 (49-288)||(27398127-27398366)
chr6 (54-274)||(27705710-27705930)
chr6 (49-277)||(28786889-28787117)
chr6 (49-288)||(25492611-25492850)
chr6 (51-274)||(26623924-26624147)
chr6 (51-274)||(26729901-26730124)
chr6 (146-275)||(25511640-25511769)
chr6 (54-274)||(26803102-26803322)
chr6 (49-249)||(27717830-27718030)
chr6 (49-248)||(28793010-28793209)
chr6 (49-215)||(27215103-27215269)
chr6 (49-247)||(27530634-27530832)
chr6 (49-289)||(27610411-27610651)
chr6 (49-289)||(28781752-28781992)
chr6 (61-289)||(27603995-27604223)
chr6 (54-248)||(27426944-27427138)
chr6 (49-274)||(31285210-31285435)
chr6 (54-274)||(27679606-27679826)
chr6 (49-248)||(26824470-26824669)
chr6 (49-274)||(27697892-27698117)
chr6 (54-289)||(27592312-27592547)
chr6 (54-289)||(27676911-27677146)
chr6 (49-100)||(25511589-25511640)
chr6 (158-241)||(28140295-28140378)
chr6 (166-248)||(28097775-28097857)
chr6 (159-235)||(26937790-26937866)
chr6 (147-212)||(26849461-26849526)
chr6 (141-229)||(28243538-28243626)
chr6 (166-229)||(28227720-28227783)
chr6 (166-229)||(28235333-28235396)
chr6 (141-248)||(28297072-28297179)
chr6 (141-248)||(28514894-28515001)
chr6 (179-249)||(26724349-26724419)
chr6 (166-248)||(26950511-26950593)
chr6 (147-212)||(26975700-26975765)
chr6 (157-229)||(29843338-29843410)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (51-289)||(28163666-28163904)
chr1 (49-289)||(28126966-28127206)
chr1 (49-248)||(267672-267871)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (49-289)||(8138-8378)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (49-289)||(12966-13206)
scaffold0277 (49-289)||(4003-4243)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (49-289)||(18698687-18698927)
chr4 (49-289)||(18678847-18679087)
chr4 (54-289)||(18723372-18723607)
chr4 (54-289)||(18730791-18731026)
chr4 (54-248)||(18074417-18074611)
chr4 (54-289)||(18654764-18654999)
chr4 (141-249)||(5090284-5090392)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (49-274)||(29273144-29273369)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (49-248)||(2871-3070)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (54-248)||(60225-60419)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (149-248)||(3280410-3280509)
chr2 (143-248)||(17992547-17992652)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (149-248)||(16691618-16691717)
[»] scaffold0038 (3 HSPs)
scaffold0038 (141-229)||(43700-43788)
scaffold0038 (166-229)||(28218-28281)
scaffold0038 (166-229)||(35495-35558)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 49)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 49 - 289
Target Start/End: Original strand, 26143519 - 26143759
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26143519 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaagaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttttggtac 26143618  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26143619 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 26143718  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26143719 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 26143759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 49 - 274
Target Start/End: Original strand, 25483710 - 25483935
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25483710 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttttggtac 25483809  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25483810 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattttcttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 25483909  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctcca 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  25483910 agtcataataacctgaaacatctcca 25483935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 49 - 274
Target Start/End: Original strand, 25539194 - 25539419
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25539194 ccaaataccctgttggattacagtccccaatagaacaagtgaaattgcttcttgacttgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 25539293  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25539294 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattttgttgctgatcaatttgaagttgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 25539393  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctcca 274  Q
    |||||||||||| |||||||||||||    
T  25539394 agtcataataacttgaaacatctcca 25539419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 49 - 274
Target Start/End: Original strand, 25580373 - 25580598
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  25580373 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgtggtccacatggtaggactttatggtac 25580472  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25580473 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagatttca 25580572  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctcca 274  Q
    | || ||||||| |||||||||||||    
T  25580573 attcttaataacttgaaacatctcca 25580598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 49 - 275
Target Start/End: Original strand, 26056573 - 26056799
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  26056573 ccaaataccctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgagaatgaggtccgcatggtaggaatttttggtac 26056672  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26056673 cggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 26056772  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccag 275  Q
    | || ||| ||| ||||||||||||||    
T  26056773 actcttaagaacttgaaacatctccag 26056799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 49 - 275
Target Start/End: Original strand, 26076543 - 26076769
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  26076543 ccaaataccctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgagaatgaggtccgcatggtaggaatttttggtac 26076642  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26076643 cggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 26076742  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccag 275  Q
    | || ||| ||| ||||||||||||||    
T  26076743 actcttaagaacttgaaacatctccag 26076769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 49 - 288
Target Start/End: Original strand, 26656616 - 26656855
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  26656616 ccaaataccctgttggattagagtctcgagtacaacaagtgaaattgcttcttgataagggatctaaggatgaggttctcatggtaggactttatggtac 26656715  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26656716 tggaggcatgggtaaatcaacacttgccaaagcaatttataattttgtcgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcacaatgtcagagagaattca 26656815  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctccttt 288  Q
      |||||||||  |||||||||||||||| || |||||||    
T  26656816 gctcataataatttgaaacatctccaggaggagctccttt 26656855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 49 - 288
Target Start/End: Original strand, 26762587 - 26762826
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  26762587 ccaaataccctgttggattagagtctcgagtacaacaagtgaaattgcttcttgataagggatctaaggatgaggttctcatggtaggactttatggtac 26762686  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26762687 tggaggcatgggtaaatcaacacttgccaaagcaatttataattttgtcgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcacaatgtcagagagaattca 26762786  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctccttt 288  Q
      |||||||||  |||||||||||||||| || |||||||    
T  26762787 gctcataataatttgaaacatctccaggaggagctccttt 26762826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 49 - 275
Target Start/End: Original strand, 26862231 - 26862457
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| || | ||| | |||||||||||||||||||||    
T  26862231 ccaaataccctgttggattaaagtcccgagtagaacaagtgaaattgcttcttgatatggaatctgatgaaggggtacacatggtaggactttatggtac 26862330  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  26862331 tggaggcatggggaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttgttgccgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataaagttagagagaattca 26862430  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccag 275  Q
    | |||||||| | ||||||||||||||    
T  26862431 actcataatagcttgaaacatctccag 26862457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 49 - 288
Target Start/End: Original strand, 26647130 - 26647369
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |  ||||| || | |||||  ||||||||||||||||||||    
T  26647130 ccaaataccctgttggattagagtcccgattagaacaagtgaaattgcttcttgataaagaatctgatgaaggggtccatatggtaggactttatggtac 26647229  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26647230 tggaggtttgggtaaatcaacacttgccaaagcgatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgctttcttcataatgtcagagagaattca 26647329  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctccttt 288  Q
      |||||||||| |||||||||||||| | || |||||||    
T  26647330 gctcataataacttgaaacatctccagaaggagctccttt 26647369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 49 - 288
Target Start/End: Original strand, 26753098 - 26753337
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |  ||||| || | |||||  ||||||||||||||||||||    
T  26753098 ccaaataccctgttggattagagtcccgattagaacaagtgaaattgcttcttgataaagaatctgatgaaggggtccatatggtaggactttatggtac 26753197  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26753198 tggaggtttgggtaaatcaacacttgccaaagcgatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgctttcttcataatgtcagagagaattca 26753297  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctccttt 288  Q
      |||||||||| |||||||||||||| | || |||||||    
T  26753298 gctcataataacttgaaacatctccagaaggagctccttt 26753337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 49 - 289
Target Start/End: Original strand, 26884721 - 26884961
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| | |||||||||||||| | ||  ||| | || | ||| | |||||||||| ||||||||||    
T  26884721 ccaaataccctgttggattacagtaccgagtacaacaattaaaattgcttcttgataaggaatctaacgaaggggtacacatggtaggaatttatggtac 26884820  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  26884821 tggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattatgttgctgatcaatttgaatgtgtatgttttctgcataaagtcagggagaattca 26884920  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||    
T  26884921 actcataataacttgaaacatctccaggaggaactcctttt 26884961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 49 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 27337626 - 27337387
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||   ||  ||||| || | ||||  |||||||||||||||||||||    
T  27337626 ccaaataccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtaaaattgcttcttgatgaggaatctgatgaaggggtcaacatggtaggactttatggtac 27337527  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    | ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  27337526 tagaggcttgggaaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggagtatgctttcttcataatgttagagagaattca 27337427  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctccttt 288  Q
      || ||| ||| |||||||||||||| | || |||||||    
T  27337426 gctcgtaaaaacttgaaacatctccagaaggagctccttt 27337387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 49 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 27398366 - 27398127
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||   ||  ||||| || | ||||  |||||||||||||||||||||    
T  27398366 ccaaataccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtaaaattgcttcttgatgaggaatctgatgaaggggtcaacatggtaggactttatggtac 27398267  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    | ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  27398266 tagaggcttgggaaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggagtatgctttcttcataatgttagagagaattca 27398167  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctccttt 288  Q
      || ||| ||| |||||||||||||| | || |||||||    
T  27398166 gctcgtaaaaacttgaaacatctccagaaggagctccttt 27398127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 54 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 27705930 - 27705710
Alignment:
Q  54 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 153  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||||  ||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||| ||| | |||||    
T  27705930 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcacttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttttggcattggag 27705831  T
Q  154 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 253  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||    
T  27705830 gcttgggtaaatcaacacttgcaagagcaatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagctca 27705731  T
Q  254 taataacctgaaacatctcca 274  Q
     ||| || |||||||||||||    
T  27705730 aaatgacttgaaacatctcca 27705710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 49 - 277
Target Start/End: Original strand, 28786889 - 28787117
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||    || ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  28786889 ccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccgcatggtaggactttatggtac 28786988  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  28786989 tggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 28787088  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccagga 277  Q
      |   |||||  ||||||||||||||||    
T  28787089 gcttcaaataaattgaaacatctccagga 28787117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 49 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 25492850 - 25492611
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||| ||   ||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  25492850 ccaaataccctgttggattacaatcccgagtacaacacgtgaaattgcttctagatgaggtatctgaggatgagttccacatggtaggactttatggtac 25492751  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| || | ||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||     |||| ||||||||||||    
T  25492750 tggaggcttaggtaaatcaacacttgcaaaatcaatctataacttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctaggagatgtgagagagaattca 25492651  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctccttt 288  Q
    | ||  |  ||| ||||| ||||||||||| | |||||||    
T  25492650 actccaagaaacttgaaagatctccaggaaaaactccttt 25492611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 51 - 274
Target Start/End: Original strand, 26623924 - 26624147
Alignment:
Q  51 aaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactg 150  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||  |||||||| |  || ||||| |||| |||||  ||||| ||| | ||||| | ||    
T  26623924 aaataccctgttggattacagtctcaactacaacaagtgaaatcacttcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatgtatgggattg 26624023  T
Q  151 gaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaag 250  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||      
T  26624024 gaggcttgggcaaatcaacacttgcaagagcaatctataactttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagc 26624123  T
Q  251 tcataataacctgaaacatctcca 274  Q
    ||| |||||| |||||||||||||    
T  26624124 tcaaaataacttgaaacatctcca 26624147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 51 - 274
Target Start/End: Original strand, 26729901 - 26730124
Alignment:
Q  51 aaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactg 150  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||  |||||||| |  || ||||| |||| |||||  ||||| ||| | ||||| | ||    
T  26729901 aaataccctgttggattacagtctcaactacaacaagtgaaatcacttcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatgtatgggattg 26730000  T
Q  151 gaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaag 250  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||      
T  26730001 gaggcttgggcaaatcaacacttgcaagagcaatctataactttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagc 26730100  T
Q  251 tcataataacctgaaacatctcca 274  Q
    ||| |||||| |||||||||||||    
T  26730101 tcaaaataacttgaaacatctcca 26730124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 146 - 275
Target Start/End: Original strand, 25511640 - 25511769
Alignment:
Q  146 tactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaat 245  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25511640 tactagaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaat 25511739  T
Q  246 tcaagtcataataacctgaaacatctccag 275  Q
    |||| || ||| ||| ||||||||||||||    
T  25511740 tcaactcttaagaacttgaaacatctccag 25511769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 54 - 274
Target Start/End: Original strand, 26803102 - 26803322
Alignment:
Q  54 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 153  Q
    |||||||||||||| || || ||| || || ||||||||| |||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  26803102 taccctgttggattgcactctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 26803201  T
Q  154 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 253  Q
    || ||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||    
T  26803202 gcttgggtaaatcagcacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagctca 26803301  T
Q  254 taataacctgaaacatctcca 274  Q
     |||||| |||||||||||||    
T  26803302 aaataacttgaaacatctcca 26803322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 49 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 27718030 - 27717830
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  27718030 ccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtac 27717931  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  27717930 tggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 27717831  T
Q  249 a 249  Q
    |    
T  27717830 a 27717830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 49 - 248
Target Start/End: Original strand, 28793010 - 28793209
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||    || ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  28793010 ccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccgcatggtaggactttatggtac 28793109  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||| ||||    
T  28793110 tggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagagttca 28793209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 49 - 215
Target Start/End: Original strand, 27215103 - 27215269
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||||  |    
T  27215103 ccaaacaccctgttggattacatacccaaatacaacaagtaaaattgcttcttgacaagggatctaaggaagaggtccacatggtaggacttcatggagc 27215202  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||| |||||||||    
T  27215203 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttttaatttcattgctgatcagtttgaaggt 27215269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 49 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 27530832 - 27530634
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||  || ||||||       ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27530832 ccaaatatcctgttggattacagtcccgagtacaacatgtgaaagggcatcttgatgaaaaatctgatgatgaggtccacatggtaggactttatggtac 27530733  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattc 247  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||||  | ||||| |||| ||||||    
T  27530732 tggaggcataggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaagttttatgttttctagaaaatgtgagagtgaattc 27530634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 49 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 27610651 - 27610411
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| | | || || ||||||||| |||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  27610651 ccaattaccctgttggattgcagtctcaagtacaagaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtac 27610552  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  27610551 tggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 27610452  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
    | |   |||||  |||||||||| ||||| || ||||||||    
T  27610451 acttcaaataaattgaaacatcttcaggaggagctcctttt 27610411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 49 - 289
Target Start/End: Original strand, 28781752 - 28781992
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||     || | |||  |||  ||| | ||||||||||||||||||||    
T  28781752 ccaattaccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtgaaatcgcttcttggtgaaggatatgataatggagtcaggatggtaggactttatggtac 28781851  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  28781852 tggaggcttgggtaaatcaacacttgtaaaagcagtttataacttaattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 28781951  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
      |   |||||  |||||||||||||||| || ||||||||    
T  28781952 gcttcaaataaattgaaacatctccaggaggagctcctttt 28781992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 61 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 27604223 - 27603995
Alignment:
Q  61 ttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggaggcatggg 160  Q
    ||||||| ||||| ||| || ||||||||||||  ||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  27604223 ttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatctcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtactggaggattggg 27604124  T
Q  161 taaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtcataataac 260  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||  |   |||||     
T  27604123 taaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataaa 27604024  T
Q  261 ctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
     |||||||||||||||| || ||||||||    
T  27604023 ttgaaacatctccaggaggagctcctttt 27603995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 54 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 27427138 - 27426944
Alignment:
Q  54 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 153  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  27427138 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 27427039  T
Q  154 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||   ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  | |||||||||||||||    
T  27427038 gctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcagagagaattca 27426944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 49 - 274
Target Start/End: Original strand, 31285210 - 31285435
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||| ||||||||||||||  |||  |||||| |||||||||||||||||||||| | ||   || |  | | ||| | |||||||||||||||||| |     
T  31285210 ccaattaccctgttggatttaagtttcgaatacaacaagtgaaattgcttcttgataaggaaactaataaaggggtacacatggtaggactttatgggat 31285309  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| ||| |||||||||||| ||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  31285310 aggaggcttgggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttattggtgatcaatttgacggattatgttttcttcatgatgtgagagagaattca 31285409  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctcca 274  Q
      | | |||||| |||||||||||||    
T  31285410 gctaaaaataacttgaaacatctcca 31285435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 54 - 274
Target Start/End: Original strand, 27679606 - 27679826
Alignment:
Q  54 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 153  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||   ||| || || |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  27679606 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggatccgatgatggggtccatatggttggaatttatggcattggag 27679705  T
Q  154 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 253  Q
    |  |||| |||||||||||||||| |  | | |||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||    
T  27679706 gtttggggaaatcaacacttgcaagacaaatctataattttgttgcagatcaattcgaaggttcatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagctca 27679805  T
Q  254 taataacctgaaacatctcca 274  Q
     |||||| ||||| |||||||    
T  27679806 aaataacttgaaatatctcca 27679826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 49 - 248
Target Start/End: Original strand, 26824470 - 26824669
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||| |  |  ||||| |||| |||||  |||||||||||||| ||||     
T  26824470 ccaaatacccggttggattacagtcccgagtacaacaagtgaaatctcttcttgataacgaatctgatgatgtggtccatatggtaggactttacggtat 26824569  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||  | ||||||||||||||||||||||||  || ||||| | |||||||| ||||||||| | | ||||||||| | || || ||||||||||||    
T  26824570 tggaggtttaggtaaatcaacacttgcaaaagcaacttttaattctattgctgataaatttgaagttttttgttttcttgagaacgtgagagagaattca 26824669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 49 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 27698117 - 27697892
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||| |||||||||||||||||||| | | || ||  ||||||||   ||||||| |  || ||||| |||| |||||  ||||| ||| ||| ||| |     
T  27698117 ccaattaccctgttggattacagtctcaagtacaaagagtgaaatcaattcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatttttgggat 27698018  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||    
T  27698017 tggaggcttgggaaaatcaacacttgcaagagcaatctataatttggttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcataatgtgagaatgaattca 27697918  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctcca 274  Q
      | | |||||| || ||||||||||    
T  27697917 gctaaaaataacttggaacatctcca 27697892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 54 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 27592547 - 27592312
Alignment:
Q  54 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 153  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||    || |||||  ||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  27592547 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 27592448  T
Q  154 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 253  Q
    || |||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| | ||||| ||||  |      
T  27592447 gcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataactttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaaagagagttcagcttc 27592348  T
Q  254 taataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
     |||||| ||||| |||||||| | || ||||||||    
T  27592347 aaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttt 27592312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 54 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 27677146 - 27676911
Alignment:
Q  54 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 153  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || ||||| |||||| |||||||||    || |||||  ||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  27677146 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaaatgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 27677047  T
Q  154 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 253  Q
    || |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| | ||||| ||||  |      
T  27677046 gcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaaagagagttcagcttc 27676947  T
Q  254 taataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
     |||||| ||||| |||||||| | || ||||||||    
T  27676946 aaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttt 27676911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 49 - 100
Target Start/End: Original strand, 25511589 - 25511640
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttct 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25511589 ccaaataccctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttct 25511640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 158 - 241
Target Start/End: Original strand, 28140295 - 28140378
Alignment:
Q  158 gggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagaga 241  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||    
T  28140295 gggtaaaacaacacttgcacaagcaatttataattttattgccgatcaatttgaatgtttgtgttttcttcataatgtgagaga 28140378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 166 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 28097857 - 28097775
Alignment:
Q  166 caacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||| |||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  28097857 caacacttgcaaaagcggtttataatttcattgctggtcaatttgaatgtgtctgtttccttcacaatgtgagagaaaattca 28097775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 159 - 235
Target Start/End: Original strand, 26937790 - 26937866
Alignment:
Q  159 ggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgt 235  Q
    ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||  ||| ||||||||||||| || | |||||||||||||||||    
T  26937790 ggtaaatcaacacttgcacgagcaatttataatttgattggtgatcaatttgaaagtttgtgttttcttcataatgt 26937866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 147 - 212
Target Start/End: Original strand, 26849461 - 26849526
Alignment:
Q  147 actggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaa 212  Q
    |||||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  26849461 actggaggaatgggaaaaacaacacttgctcaagcagtttataattcgattgctgatcaatttgaa 26849526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 229
Target Start/End: Original strand, 28243538 - 28243626
Alignment:
Q  141 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttca 229  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||   | ||||||||||||||  || |||||||||||||    
T  28243538 tatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttcttca 28243626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 166 - 229
Target Start/End: Original strand, 28227720 - 28227783
Alignment:
Q  166 caacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttca 229  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| | || ||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  28227720 caacacttgcaagggcagtttataattttatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttca 28227783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 166 - 229
Target Start/End: Original strand, 28235333 - 28235396
Alignment:
Q  166 caacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttca 229  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||   | |||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  28235333 caacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatggtttgtgttttcttca 28235396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 141 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 28297179 - 28297072
Alignment:
Q  141 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagag 240  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||  |||||||||| | ||||||||||||||   | || ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||| || |    
T  28297179 tatgggactggagggatgggaaagacaacacttgccagagcagtttataattccatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttcacaatgtaaggg 28297080  T
Q  241 agaattca 248  Q
    | ||||||    
T  28297079 aaaattca 28297072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 141 - 248
Target Start/End: Original strand, 28514894 - 28515001
Alignment:
Q  141 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagag 240  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||  |||||||||| | ||||||||||||||   | || ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||| || |    
T  28514894 tatgggactggagggatgggaaagacaacacttgccagagcagtttataattccatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttcacaatgtaaggg 28514993  T
Q  241 agaattca 248  Q
    | ||||||    
T  28514994 aaaattca 28515001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 179 - 249
Target Start/End: Original strand, 26724349 - 26724419
Alignment:
Q  179 agcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaa 249  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||  | ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||    
T  26724349 agcagtttatgatttgattgctgatcaatttgaagggttgtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcaa 26724419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 166 - 248
Target Start/End: Original strand, 26950511 - 26950593
Alignment:
Q  166 caacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||| |   |||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  26950511 caacacttgctcaagcagtttataacttgattgctaatcaatttgaatgcaaatgttttcttcacaatgtgagagaaaattca 26950593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 147 - 212
Target Start/End: Original strand, 26975700 - 26975765
Alignment:
Q  147 actggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaa 212  Q
    ||||| || ||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  26975700 actgggggaatgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatttgattgctaatcaatttgaa 26975765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 157 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 29843410 - 29843338
Alignment:
Q  157 tgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttca 229  Q
    |||||||| ||||||||||   |||| ||||||||||  |||||||| |||||||| || | |||||||||||    
T  29843410 tgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgataaatttgaatgtttgtgttttcttca 29843338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 51 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 28163904 - 28163666
Alignment:
Q  51 aaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactg 150  Q
    ||||| |||||||||||||| || | | || ||||||||||||||||||| || | ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  28163904 aaatatcctgttggattacaatctcaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgatgaggtccacatggtaggactttatgatactg 28163805  T
Q  151 gaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaag 250  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||  |  |||| |||||||||||||     
T  28163804 gaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattcaac 28163705  T
Q  251 tcataataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
    ||     ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  28163704 tccatccaacttgaaacatctccaggaagagctcttttt 28163666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 49 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 28127206 - 28126966
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    ||||||| |||||||||||||||  || | || |||||||||| |||||||| || | ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  28127206 ccaaatatcctgttggattacaggaccaagtacaacaagtgaatttgcttctcgataagggatatgatgatgaggtccacatggtaggactttatggtat 28127107  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||  |  |||| ||||||| ||||    
T  28127106 tggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagatttca 28127007  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
    | ||   ||||  ||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  28127006 actccatataatttgaaacatctccaagaaaagctcctttt 28126966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 49 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 267871 - 267672
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||| |||||||||||||||  ||| | | || |||||||||||||||||||||| |  || ||||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||| |     
T  267871 ccaattaccctgttggattatggtctcaagtacaacaagtgaaattgcttcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggat 267772  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  267771 tggaggcttgggtaaatcaacccttgcaagagcaatctataattttattgctgatcaatttgaaggattatgttttcttcatgatgtgagagaaaattca 267672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 49 - 289
Target Start/End: Original strand, 8138 - 8378
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||| |||||||||    || ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  8138 ccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtac 8237  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  8238 tggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 8337  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
      |   |||||  |||||||||||||||| || ||||||||    
T  8338 gcttcaaataaattgaaacatctccaggaggaactcctttt 8378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 49 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 13206 - 12966
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||| |||||||||    || ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  13206 ccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtac 13107  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  13106 tggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 13007  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
      |   |||||  |||||||||||||||| || ||||||||    
T  13006 gcttcaaataaattgaaacatctccaggaggaactcctttt 12966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 49 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 4243 - 4003
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||| |||||||||    || |||||  |||  | || |||||||||||||||||||||    
T  4243 ccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggagcccacatggtaggactttatggtac 4144  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  4143 tggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttattgctgatgaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 4044  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
      |   |||||  |||||||||||||||| || ||||||||    
T  4043 gcttcaaataaattgaaacatctccaggaggagctcctttt 4003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 49 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 18698927 - 18698687
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||  ||||||||| |  || ||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||| |     
T  18698927 ccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaagcgcttcttgataaaggatctgatgatggagtccgcatgttaggactttatggcat 18698828  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  18698827 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 18698728  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
      |   ||| |  |||||||||||||||| || ||||||||    
T  18698727 gcttcaaatcaattgaaacatctccaggaggaactcctttt 18698687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 49 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 18679087 - 18678847
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||     | ||| | ||||  ||||||||||||||||||||||| |     
T  18679087 ccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaatgatcttatgatggagtccgcatggtaggactttatggcat 18678988  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  18678987 tggaggcatgggtaaattaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 18678888  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
      |   ||| |  |||||||||||||||| || ||||||||    
T  18678887 gcttcaaatcaattgaaacatctccaggaggaactcctttt 18678847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 54 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 18723607 - 18723372
Alignment:
Q  54 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 153  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| || |||||||||||| ||||||||| |  || ||| | | ||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  18723607 taccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatctaatggtggagtccgcatgataggactttatggtattggag 18723508  T
Q  154 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 253  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | || || ||||||||||||  |      
T  18723507 gcatgggaaaatcaacacttgcaaaaggaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaacgtgagagagaattcagcttc 18723408  T
Q  254 taataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
     ||| |  |||||||||||||||| || ||||||||    
T  18723407 aaatcaattgaaacatctccaggaggaactcctttt 18723372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 54 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 18731026 - 18730791
Alignment:
Q  54 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 153  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| || |||||||||||| ||||||||| |  || ||| | | ||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  18731026 taccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatcttatggtggagtccgcatgataggactttatggtattggag 18730927  T
Q  154 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 253  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||  |      
T  18730926 gcatgggaaaatcaacacttgctaaagtaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagcttc 18730827  T
Q  254 taataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
     ||| |  |||||||||||||||| || ||||||||    
T  18730826 aaatcaattgaaacatctccaggaggaactcctttt 18730791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 54 - 248
Target Start/End: Original strand, 18074417 - 18074611
Alignment:
Q  54 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 153  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  18074417 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 18074516  T
Q  154 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||   ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  | |||||||||||||||    
T  18074517 gctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcagagagaattca 18074611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 54 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 18654999 - 18654764
Alignment:
Q  54 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 153  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| || |||||||||||| ||||||||| |  || ||||| | ||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  18654999 taccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatctgatggtggagtccgcatgataggactttatggtattggag 18654900  T
Q  154 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaagtca 253  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| || || |||||| | ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||| ||||||  |      
T  18654899 gcatgggaaaatcaacacttgcaaaatcaattaataattgtattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagaaaattcatcttc 18654800  T
Q  254 taataacctgaaacatctccaggaagatctcctttt 289  Q
     ||| |  |||||||||||||||| || ||||||||    
T  18654799 aaatcaattgaaacatctccaggaggaactcctttt 18654764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 141 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 5090392 - 5090284
Alignment:
Q  141 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagag 240  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||| |||| |||||  ||||| ||||||||||| || | ||||||||||  ||||| ||||    
T  5090392 tatgggactggaggaatgggtaaaaccacacttggaaaagcaatttacaatttcattgctcatcaatttgaatgtctttgttttcttcccaatgtgagag 5090293  T
Q  241 agaattcaa 249  Q
    | |||||||    
T  5090292 aaaattcaa 5090284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 49 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 29273369 - 29273144
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||| |||| ||||||||| |  || ||||| |||| | |||  ||||| ||| ||||||| |     
T  29273369 ccaaataccctgttggattacagtctcaagtacaacaagtcaaatcgcttcttgataatggatctgatgatgggatccatatggttggaatttatgggat 29273270  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  29273269 tggtggcttgggtaaatcaacccttgcaagagcaatctataatttttttgctgatcaatttgaagatttatgttttcttcatgatgtgagagagaattca 29273170  T
Q  249 agtcataataacctgaaacatctcca 274  Q
      | | |||||| |||||||||||||    
T  29273169 gctaaaaataacttgaaacatctcca 29273144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 84; Significance: 6e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 49 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 3070 - 2871
Alignment:
Q  49 ccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtac 148  Q
    |||| |||||||||||| |  |||| ||| || |||||||||||| |||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  3070 ccaattaccctgttggaatgaagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtac 2971  T
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  2970 tggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 2871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 54 - 248
Target Start/End: Original strand, 60225 - 60419
Alignment:
Q  54 taccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggag 153  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||   |||  |||| |||| |||||  ||||| ||| ||||||| | |||||    
T  60225 taccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaatttatgggattggag 60324  T
Q  154 gcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    ||   ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  | |||||||||||||||    
T  60325 gctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcagagagaattca 60419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 52; Significance: 8e-21; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 149 - 248
Target Start/End: Original strand, 3280410 - 3280509
Alignment:
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    |||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  3280410 tggaggaatgggtaagacaactcttgcaagagcagtttataatttcattgctaatcaatttgaatgtgtatgttttcttcacaatgtgagagaaaattca 3280509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 143 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 17992652 - 17992547
Alignment:
Q  143 tggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagag 242  Q
    ||||||||| || ||||| ||  |||| |||||  |||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||   ||||| ||||| ||||| |||||     
T  17992652 tggtactggtggaatgggcaagacaactcttgctcaagcagtttataatttggttgctaatcaatttcaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaa 17992553  T
Q  243 aattca 248  Q
    ||||||    
T  17992552 aattca 17992547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 248
Target Start/End: Original strand, 16691618 - 16691717
Alignment:
Q  149 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 248  Q
    |||||| || |||||| ||||||||||   |||| ||||||||||  ||||||||||||||||| || | |||||||||||| | || ||||| ||||||    
T  16691618 tggaggaatcggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgatcaatttgaatgtttgtgttttcttcatgacgtgagagaaaattca 16691717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 3)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 229
Target Start/End: Original strand, 43700 - 43788
Alignment:
Q  141 tatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttca 229  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||   | ||||||||||||||  || |||||||||||||    
T  43700 tatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttcttca 43788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 166 - 229
Target Start/End: Original strand, 28218 - 28281
Alignment:
Q  166 caacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttca 229  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| | || ||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  28218 caacacttgcaagggcagtttataattttatagccgatcaatttgatggtttgtgttttcttca 28281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 166 - 229
Target Start/End: Original strand, 35495 - 35558
Alignment:
Q  166 caacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttca 229  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||   | |||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  35495 caacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgatggtttgtgttttcttca 35558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University