View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7850A_low_82 (Length: 374)

Name: NF7850A_low_82
Description: NF7850A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7850A_low_82
NF7850A_low_82
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-369)||(36314413-36314784)
[»] chr8 (28 HSPs)
chr8 (1-321)||(19345153-19345458)
chr8 (1-321)||(19503885-19504190)
chr8 (1-324)||(19410764-19411072)
chr8 (1-324)||(19457783-19458091)
chr8 (1-324)||(19522987-19523295)
chr8 (1-295)||(19390567-19390864)
chr8 (1-321)||(19592114-19592416)
chr8 (1-324)||(19469355-19469660)
chr8 (1-324)||(19540279-19540584)
chr8 (1-146)||(19337437-19337582)
chr8 (209-321)||(19337681-19337793)
chr8 (222-321)||(19355714-19355813)
chr8 (198-321)||(19468410-19468533)
chr8 (198-321)||(19555331-19555454)
chr8 (1-146)||(19355457-19355602)
chr8 (198-303)||(19404923-19405028)
chr8 (204-301)||(19376801-19376898)
chr8 (1-115)||(19468610-19468724)
chr8 (1-115)||(19555531-19555645)
chr8 (1-133)||(19376601-19376733)
chr8 (1-128)||(19172821-19172948)
chr8 (213-295)||(19172660-19172742)
chr8 (210-308)||(19287901-19287999)
chr8 (1-103)||(19370944-19371046)
chr8 (1-115)||(19404732-19404846)
chr8 (1-128)||(19287698-19287825)
chr8 (1-103)||(19341164-19341266)
chr8 (232-279)||(19371145-19371192)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (198-294)||(19543241-19543337)
chr6 (1-128)||(19543050-19543177)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 36314784 - 36314413
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314784 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccagtgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 36314685  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtgga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36314684 agattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatatgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgttgaagacaatgctagtgga 36314585  T
Q  201 gaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314584 gaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttc 36314485  T
Q  301 agaaaaaggtgggaacacc---aagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggtt 369  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314484 agaaaaaggtgggaacaccaaaaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggtt 36314413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 150; Significance: 3e-79; HSPs: 28)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 321
Target Start/End: Original strand, 19345153 - 19345458
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19345153 attggaaaagcggaaaacttaatagcaatggaatattcgagaacattcccacgaaagttcaacgtatatatcagtacattattgtctctaacaagaatga 19345252  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtgga 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||| || | ||||  |   ||| ||||            ||||    
T  19345253 agattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacctcgaacgggaggttagta---ggtcatga------------tgga 19345337  T
Q  201 gaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttc 300  Q
    || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||    
T  19345338 gatattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatggtgaggtttttc 19345437  T
Q  301 agaaaaaggtgggaacaccaa 321  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  19345438 agaaaatggtgggaacaccaa 19345458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 19504190 - 19503885
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  || ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19504190 attggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggaatattcgagaacattcccacaaaagttcaacgtatatatcagtacattattgtctctaacaagaatga 19504091  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtgga 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| | ||| |||||||||| | ||||  |   ||| ||||            ||||    
T  19504090 agattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacctcgaaggggaggttagta---ggtcatga------------tgga 19504006  T
Q  201 gaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttc 300  Q
    || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||    
T  19504005 gagattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatggtgaggtttttc 19503906  T
Q  301 agaaaaaggtgggaacaccaa 321  Q
    ||||||  | |||||||||||    
T  19503905 agaaaattgcgggaacaccaa 19503885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 19410764 - 19411072
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19410764 attggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagtacattattgtctctaacaaggatga 19410863  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtgga 200  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |   ||||||||            ||||    
T  19410864 agattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta---ggtgatga------------tgga 19410948  T
Q  201 gaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttc 300  Q
     | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  19410949 tatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttc 19411048  T
Q  301 agaaaaaggtgggaacaccaagca 324  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||    
T  19411049 agaaaaaggcgggaagaccaagca 19411072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Original strand, 19457783 - 19458091
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19457783 attggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagtacattattgtctctaacaaggatga 19457882  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtgga 200  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |   ||||||||            ||||    
T  19457883 agattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta---ggtgatga------------tgga 19457967  T
Q  201 gaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttc 300  Q
     | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  19457968 tatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttc 19458067  T
Q  301 agaaaaaggtgggaacaccaagca 324  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||    
T  19458068 agaaaaaggcgggaagaccaagca 19458091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 19523295 - 19522987
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19523295 attggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagtacattattgtctctaacaaggatga 19523196  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtgga 200  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |   ||||||||            ||||    
T  19523195 agattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta---ggtgatga------------tgga 19523111  T
Q  201 gaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttc 300  Q
     | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  19523110 tatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttc 19523011  T
Q  301 agaaaaaggtgggaacaccaagca 324  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||    
T  19523010 agaaaaaggcgggaagaccaagca 19522987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 295
Target Start/End: Original strand, 19390567 - 19390864
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19390567 attggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggtttattcgagaacattccggtgaatgttcaacgtatatatcaatacattattgtctctaacaaggatga 19390666  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatga---agacaatgctagt 197  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    |  |||||||||| | ||||| ||||| ||||||   ||| | |  ||||    
T  19390667 agattcttttgctttcgaagttaaagatgggaagtttatacgatggttcattacctcgaaggggaggttaataagtgctgatgagggagagatttatagt 19390766  T
Q  198 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 295  Q
    | ||| ||||  ||||||||||  |||||||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  19390767 gcagacattgctaatgcagataagtgttatggatataatagtgatgccgggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaccctcgtgaggt 19390864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 321
Target Start/End: Original strand, 19592114 - 19592416
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19592114 attggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagtacattattgtctctaacaaggatga 19592213  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtgga 200  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |   ||||||||            ||||    
T  19592214 agattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta---ggtgatga------------tgga 19592298  T
Q  201 gaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttc 300  Q
     | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19592299 tatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtttttc 19592395  T
Q  301 agaaaaaggtgggaacaccaa 321  Q
    ||||||||| |||||||||||    
T  19592396 agaaaaaggcgggaacaccaa 19592416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 19469660 - 19469355
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19469660 attggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagtacattattgtctctaacaaggatga 19469561  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtgga 200  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |   ||||||||            ||||    
T  19469560 agattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta---ggtgatga------------tgga 19469476  T
Q  201 gaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttc 300  Q
     | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  19469475 tatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtgtttc 19469379  T
Q  301 agaaaaaggtgggaacaccaagca 324  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||    
T  19469378 agaaaaaggcgggaagaccaagca 19469355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 19540584 - 19540279
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19540584 attggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagtacattattgtctctaacaaggatga 19540485  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagacaatgctagtgga 200  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |   ||||||||            ||||    
T  19540484 agattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta---ggtgatga------------tgga 19540400  T
Q  201 gaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttc 300  Q
     | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  19540399 tatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtgtttc 19540303  T
Q  301 agaaaaaggtgggaacaccaagca 324  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||    
T  19540302 agaaaaaggcgggaagaccaagca 19540279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Original strand, 19337437 - 19337582
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19337437 attggaaaagtggaaaactcaaaagcaatggaatgttcgagaacattcctgcgaaagttcaacgtatataccagtacattattgtgtctaacaaggatga 19337536  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgg 146  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19337537 agattcttttgcttttgaagttaaagatgggaaatttatacgatgg 19337582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 209 - 321
Target Start/End: Original strand, 19337681 - 19337793
Alignment:
Q  209 aaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 308  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  19337681 aaatgcagacatgtgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaatg 19337780  T
Q  309 gtgggaacaccaa 321  Q
    ||||||| |||||    
T  19337781 gtgggaagaccaa 19337793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 222 - 321
Target Start/End: Original strand, 19355714 - 19355813
Alignment:
Q  222 tgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 321  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  19355714 tgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaaaggtgggaagaccaa 19355813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 198 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 19468533 - 19468410
Alignment:
Q  198 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 297  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19468533 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19468434  T
Q  298 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 321  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19468433 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19468410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 198 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 19555454 - 19555331
Alignment:
Q  198 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 297  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19555454 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19555355  T
Q  298 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 321  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19555354 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19555331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Original strand, 19355457 - 19355602
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||  ||| |||| |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19355457 attggaaaagcggaaaacttagaagtaatggaatattcgagaacattccagcgaaagttcaaagtatatatcggtacattattgtgtctaacaaggatga 19355556  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgg 146  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  19355557 agattcttttgctttcgaagttaatgatgggaattttatacgatgg 19355602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 198 - 303
Target Start/End: Original strand, 19404923 - 19405028
Alignment:
Q  198 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 297  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19404923 ggagatattggaaatgcagatatgtgttatggatataatagggacggagggtgccaaaagtgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtgt 19405022  T
Q  298 ttcaga 303  Q
    ||||||    
T  19405023 ttcaga 19405028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 204 - 301
Target Start/End: Original strand, 19376801 - 19376898
Alignment:
Q  204 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  19376801 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagtgatcgagggtgccaaaaatgggaggatataccagcttgcagggaacctggtgaggtgtttca 19376898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 19468724 - 19468610
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||    
T  19468724 attggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtctctaacaaagacga 19468625  T
Q  101 agattctttcgcttt 115  Q
    |||||||||| ||||    
T  19468624 agattctttcacttt 19468610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 19555645 - 19555531
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||    
T  19555645 attggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtctctaacaaagacga 19555546  T
Q  101 agattctttcgcttt 115  Q
    |||||||||| ||||    
T  19555545 agattctttcacttt 19555531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Original strand, 19376601 - 19376733
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  19376601 attggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaatatgtatcggtacatcattgtctctaacaaggatga 19376700  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagatgggaa 133  Q
    |||||| ||   ||||||| |||||||| ||||    
T  19376701 agattcctttagttttgaaattaaagatcggaa 19376733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 19172948 - 19172821
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| | |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19172948 attggaaaagcggaaaacttaacagcaatggattattcaagaacattctagtgaaagttcaacatgtgtatcaatacattattgtctctaacaaggatga 19172849  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagat 128  Q
    ||| || ||| |||| ||| | ||||||    
T  19172848 agactccttcactttcgaaatcaaagat 19172821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 213 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 19172742 - 19172660
Alignment:
Q  213 gcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 295  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  19172742 gcagatatgtgttatggctataataccgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacctgcagggaacccggtgaggt 19172660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 210 - 308
Target Start/End: Original strand, 19287901 - 19287999
Alignment:
Q  210 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 308  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  19287901 aatgcagataagtgttatggatataataatgatgaagggtgccaaaaatgggaggatatgccaacttgcagggaacgtggtgaggtctttcaaaaaaag 19287999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 103
Target Start/End: Original strand, 19370944 - 19371046
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||||||  ||||    
T  19370944 attggaaaagtggaaaacttagaagcaatggattattcgagaacattccagagaatgtccaacatgtgtatcgatacatgattgtctctaacaaagatga 19371043  T
Q  101 aga 103  Q
    |||    
T  19371044 aga 19371046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Original strand, 19404732 - 19404846
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||    |||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||||||||| ||||    
T  19404732 attggaaaagcggaaaacttaaaagcgatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaactatgtatcaatacactattgtctctaacaaggatga 19404831  T
Q  101 agattctttcgcttt 115  Q
    |||||||||| ||||    
T  19404832 agattctttcacttt 19404846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 128
Target Start/End: Original strand, 19287698 - 19287825
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| ||||||| || | |||||||  | ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19287698 attggaaaagcggaaaacgtagacgcaatggtttattcgagaacattccagtgaaagttcaacgtgtgtatcaatacattattgtctctaacaaggatga 19287797  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagat 128  Q
    ||| || ||| |||| ||| | ||||||    
T  19287798 agactccttcactttcgaaatcaaagat 19287825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 103
Target Start/End: Original strand, 19341164 - 19341266
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||||| |  |||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||||||  ||||    
T  19341164 attggaaaagtggaaaacttggaagcaatggattattcgagaacattctagagaatgtccaacatgtgtatcgatacatgattgtctctaacaaagatga 19341263  T
Q  101 aga 103  Q
    |||    
T  19341264 aga 19341266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 232 - 279
Target Start/End: Original strand, 19371145 - 19371192
Alignment:
Q  232 ataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgta 279  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19371145 ataatagtaatggtggatgccaaaaatgggagtatataccaacttgta 19371192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 198 - 294
Target Start/End: Original strand, 19543241 - 19543337
Alignment:
Q  198 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgagg 294  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19543241 ggagatattggaaatgcagacttgtgttatggatataatatcaacggagggtgccaaaaatgggaggatataccaagttgtagggaacctggtgagg 19543337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 128
Target Start/End: Original strand, 19543050 - 19543177
Alignment:
Q  1 attggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatga 100  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| |||||  | |||| |||||| ||   ||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||| ||  ||||    
T  19543050 attggaaaagcggaaaacttagaagaaatgggttattcgtgaacataccggcgaatgttcaacgtgtgtatgaatacattattgtttctaagaaagatga 19543149  T
Q  101 agattctttcgcttttgaagttaaagat 128  Q
    |||||| ||  ||||| || ||||||||    
T  19543150 agattcctttacttttaaaattaaagat 19543177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University