View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7850_low_2 (Length: 1035)

Name: NF7850_low_2
Description: NF7850
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7850_low_2
NF7850_low_2
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (15-1014)||(2710412-2711411)
chr8 (314-1017)||(3002612-3003315)
chr8 (17-1014)||(2989327-2990324)
chr8 (315-1014)||(9850223-9850922)
chr8 (313-1014)||(2980518-2981222)
chr8 (23-954)||(3141346-3142283)
chr8 (15-240)||(3170170-3170395)
chr8 (23-241)||(2980225-2980443)
chr8 (386-1014)||(2910293-2910924)
chr8 (317-953)||(3169448-3170090)
chr8 (600-958)||(13791853-13792211)
chr8 (354-1017)||(2915248-2915914)
chr8 (23-248)||(3002318-3002543)
chr8 (315-954)||(3173019-3173657)
chr8 (23-241)||(9850999-9851217)
chr8 (386-958)||(3281683-3282255)
chr8 (23-241)||(2916030-2916248)
chr8 (90-228)||(3173747-3173885)
chr8 (89-240)||(2911073-2911224)
chr8 (99-240)||(3282404-3282545)
chr8 (103-240)||(13791353-13791490)
chr8 (382-437)||(13791635-13791690)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (17-1014)||(18355727-18356724)
chr6 (384-457)||(8942246-8942319)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (23-1014)||(10754780-10755777)
[»] scaffold0065 (4 HSPs)
scaffold0065 (313-962)||(45748-46401)
scaffold0065 (26-241)||(45455-45670)
scaffold0065 (314-707)||(50915-51312)
scaffold0065 (26-232)||(50625-50830)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (296-878)||(3918408-3918993)
chr7 (23-219)||(3919073-3919269)
chr7 (655-792)||(7157284-7157421)
chr7 (905-954)||(3918353-3918402)
chr7 (833-958)||(7160256-7160381)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (99-169)||(32408650-32408720)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 589; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 1014
Target Start/End: Complemental strand, 2711411 - 2710412
Alignment:
15 cagagattattggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2711411 cagagattattggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtat 2711312  T
115 tggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |    
2711311 tggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgatcaagtgcaaaatttgtttgaaaagagtatgtgggtatgtgtctcggataac 2711212  T
215 tttgatgtcaaaactattctgaagaacttggttgcgttgttaaccaaagacagtgttgtaaacaagacattagaagaattacaaaatatgattcaagcca 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| | | ||||  |||||||| || || |||||| ||| |||||    
2711211 tttgatgtcaaaactattctgaagaacatggttgcgttgttaaccaaagacaatattgcagataagaatttagaagagttgcagaatatgcttcgagcca 2711112  T
315 atttaactggtaagagatacttgttacttctcgacgacgtttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggacttatttgatgtgtggtgctca 414  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| |  | || ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
2711111 atttgactggtacgagatacttgttagtcttggatgacatttggaacgagagttatgaaaagtgggatgaattgaggacttatttgatgtgtggtgctca 2711012  T
415 aggcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatgttttaagtggtttaacttcagaacaatca 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||     
2711011 aggcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacaaacaatgggtgtaagtgacccctatgttttgagtggtttaactccagaagaatct 2710912  T
515 tggggtttgttaaagaagattgcgtttggggatgataccattggagtgaatcaaactcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcagaggag 614  Q
    ||||||||||||||||| ||| | |||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||   ||||||||| |||||    
2710911 tggggtttgttaaagaatattacctttccggatgatgccattggagtgaaccaaactcttgaaccaattggaaagaagatagcagaaaagtgcaaaggag 2710812  T
615 ttccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattgtgtga 714  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
2710811 ttccattagcaattagatcactgggaggcatattacgaagtaaaagggaagaaagggagtggatcgatgtcttacaaggtgacttttggaaattgtgcga 2710712  T
715 ggataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgcttattgtgctttatatcctaaggat 814  Q
    |||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||| | || |||||   |||||| ||||||||||||||||||||  || ||| |||| | |||    
2710711 ggataaagatagcatcatgccggtcctaaaattgagttacaataacttgtcgcctcaacaaagacaatgttttgcttattgctctatatttcctcaagat 2710612  T
815 tgggtaattg-agaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcactgcatagaagatgttggtaaccaa 913  Q
    | || ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||| ||||| |||| ||||| |||||||||||||| |||    
2710611 t-ggaaattgaagaaggatgagttaattcaaatgtggatagcacaaggatatcttggatgttcagttgaagagcaatgcatggaagatgttggtaatcaa 2710513  T
914 tttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaatctagatggtgacatacaagattttaaaatgcatgatttaatgcatgatc 1013  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||  ||   | |||||||||||||||||||||||| ||||    
2710512 tttgtaaatattttcttgatgaattcattcttccaagatgcagaattgaatgacgatggtgatgtatctggttttaaaatgcatgatttaatgcacgatc 2710413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 314 - 1017
Target Start/End: Original strand, 3002612 - 3003315
Alignment:
314 aatttaactggtaagagatacttgttacttctcgacgacgtttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggacttatttgatgtgtggtgctc 413  Q
    ||||||| ||| |||||||  || ||| | ||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
3002612 aatttaaatgggaagagatttttcttaatcctcgatgacatttggaacgagagttttgaaaaatgggctcaattgaggacttatttgatgtgtgatgctc 3002711  T
414 aaggcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatgttttaagtggtttaacttcagaacaatc 513  Q
    ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||| || | |||| |||| | |||||| ||| ||||| ||||    
3002712 aaggcaccaaggttttagtgacaactcgtagtaaagctgtggcacaaacaatgggtgtaagagagccctattttttgaatggtttgactccagaagaatc 3002811  T
514 atggggtttgttaaagaagattgcgtttggggatgataccattggagtgaatcaaactcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcagagga 613  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3002812 atgaagtttgttaaagaagattgcgtttggggatgataccattggagtgaatcaaactcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcagagga 3002911  T
614 gttccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattgtgtg 713  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3002912 gttccattagcaattagataattgggaggcatattacaaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattgtgtg 3003011  T
714 aggataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgcttattgtgctttatatcctaagga 813  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3003012 aggataacggtaccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgcttattgtgctttatatcctaagga 3003111  T
814 ttgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcactgcatagaagatgttggtaaccaa 913  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
3003112 ttgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcactgcatggaagatgttggtaaccaa 3003211  T
914 tttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaatctagatggtgacatacaagattttaaaatgcatgatttaatgcatgatc 1013  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3003212 tttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaatctagatggtgatatacaagattttaaaatgcatgatttaatgcatgatc 3003311  T
1014 tcgc 1017  Q
    ||||    
3003312 tcgc 3003315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 526; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1014
Target Start/End: Original strand, 2989327 - 2990324
Alignment:
17 gagattattggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattg 116  Q
    ||||| |||||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
2989327 gagatcattggaagagaagaagatcaaaacacgattataagcttgttgaggcaatcacatgaacatcagaatgtctcattggttgctattgttggtattg 2989426  T
117 gtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||  | |||||||||||||||| |||| |||    
2989427 gtggtttgggaaagacagctcttgctcaactggtatacaaagatggtgaagtgaaaaatttgtttgaaaagcatatgtgggtatgtgtctcggataactt 2989526  T
217 tgatgtcaaaactattctgaagaacttggttgcgttgttaaccaaagacagtgttgtaaacaagacattagaagaattacaaaatatgattcaagccaat 316  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||   ||||||||| ||||||||| |||| || |||| |||| |||||| ||||    
2989527 tgatttcaaaactattctgaagaacatggttgcgtcattaaccaaagatgatgttgtaaataagacattacaagagttgcaaagtatgcttcaagtcaat 2989626  T
317 ttaactggtaagagatacttgttacttctcgacgacgtttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggacttatttgatgtgtggtgctcaag 416  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
2989627 ttaactggtcagagatacttgttagttctcgacgacgtttggaatgagtgttttgaaaagtgggatcaattgaggccttatttgatgtgtggtgctcaag 2989726  T
417 gcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatgttttaagtggtttaacttcagaacaatcatg 516  Q
    |||||||||||||| |||||||  | ||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||    
2989727 gcagtaaggttgtaatgacaacatgcagtaagattgtggcagatagaatgggtgtaagtgaccaacatgttttgagaggtttaactccagaaaaatcatg 2989826  T
517 gggtttgttaaagaagattgcgtttggggatgataccattggagtgaatcaaactcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcagaggagtt 616  Q
    || |||||| ||||| ||||  |||||||||| |||  |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||    
2989827 ggttttgttcaagaatattgtctttggggatgttactgttggagtgaaccaacctcttgaatcaattggtaagaagatagcagaaaagtgcaaaggagtt 2989926  T
617 ccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattgtgtgagg 716  Q
    || ||||||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
2989927 ccgttagcaattagatcactaggaggcatattacgaagtgaaagtaaagaaagtgaatggatcaatgtcttacaaggtgaatgttggaaattgtgtgatg 2990026  T
717 ataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgcttattgtgctttatatcctaaggattg 816  Q
     | |  ||| |||  ||||||||||||||||||||||||| || || |||  |||||| || |||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||    
2990027 gtgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccagaacttatcacctcaacaaaggcaatgttttgcttattgctctttatttcctcaggattg 2990126  T
817 ggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcactgcatagaagatgttggtaaccaattt 916  Q
    || | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||    
2990127 ggaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaaaatcaatgcatggaagatgttggtaatcaattt 2990226  T
917 gtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaatctagatggtgacatacaagattttaaaatgcatgatttaatgcatgatct 1014  Q
    || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || |||   ||||||||  ||   | ||||||||||||||||||||||||||||||    
2990227 gtaaatattttcttgaagaattcattcttccaagatgcaaattttaatgatgatggtgatgtaactggttttaaaatgcatgatttaatgcatgatct 2990324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 315 - 1014
Target Start/End: Complemental strand, 9850922 - 9850223
Alignment:
315 atttaactggtaagagatacttgttacttctcgacgacgtttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggacttatttgatgtgtggtgctca 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||    
9850922 atttaactggtaagagatacttgttagttctagatgacatttggaatgagagttatgaaaaatgggctcaattgaagacttatttgatgtgtggggctca 9850823  T
415 aggcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatgttttaagtggtttaacttcagaacaatca 514  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |  ||||||||||||| ||  |||||||| | |||||| | | ||||| ||||     
9850822 aggaagtaaggttgtagtgacgactcgtagtgcaattgtggcacaaaccatgggtgtaagtgtcccttatgttttgaatggtttgattccagaagaatct 9850723  T
515 tggggtttgttaaagaagattgcgtttggggatgataccattggagtgaatcaaactcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcagaggag 614  Q
    ||| || | |||||||| ||||| | | |||||||||||||||||||||||  |||  |||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
9850722 tggagtctattaaagaaaattgcatcttgggatgataccattggagtgaatagaaccattgaatcaattggtaggaagatagcggaaaagtgcaaaggag 9850623  T
615 ttccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattgtgtga 714  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||  | |||||||| ||||||||    
9850622 ttccattagcaattagatcgttaggaggcatattacaaagtaaaagtgaagaaagggaattgattgatgtcctacaaggaaatttttggaacttgtgtga 9850523  T
715 ggataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgcttattgtgctttatatcctaaggat 814  Q
    |||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||   |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
9850522 ggataaagatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcgcctcaacaaagacaatgttttgcttattgctctttatatcctaaggat 9850423  T
815 tgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcactgcatagaagatgttggtaaccaat 914  Q
    |||| | |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||  | |  |||| |||||||||||||||||||    
9850422 tgggaatttgagaaggatgagttgattcgaatgtggatggcgcatggttatcttgactgttcagttgaagggaagagcatggaagatgttggtaaccaat 9850323  T
915 ttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaatctagatggtgacatacaagattttaaaatgcatgatttaatgcatgatct 1014  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| | | ||||| |||||||||||| ||||| |||||    
9850322 ttgttaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaataaagatggtgatataaatggttttagaatgcatgatttgatgcacgatct 9850223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 313 - 1014
Target Start/End: Original strand, 2980518 - 2981222
Alignment:
313 caatttaactggtaagagatacttgttacttctcgacgacgtttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggacttatttgatgtgtggtgct 412  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||| | || || ||| |||||||  |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
2980518 caatttaactggtaaaaaatacttgttagtcctagatgacatttggaacaagagtaatgaaaagtgggatcaattgacgacttatttgatgcgtgatgct 2980617  T
413 caaggcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatgttttaagtggtttaacttcagaacaat 512  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||   |||||||| | |||||||||||||  || ||||||||| | ||| || ||| |  || |||    
2980618 caaggcagcaagattgtagtgacaactcgtagtgaatcagtggcacaaacaatgggtgtaagtagcccctatgttttgaatggcttgactccccaagaat 2980717  T
513 catggggtttgttaaagaag---attgcgtttggggatgataccattggagtgaatcaaactcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcag 609  Q
    | ||| | ||||||||||     ||| | | |||| |||| |     |||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||     
2980718 cgtggcgattgttaaagactgtcattacatatgggaatgagaaacaaggagtgagccgaactcttgagtcaattggtgagaagatagcagaaaagtgcaa 2980817  T
610 aggagttccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattg 709  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||    
2980818 aggagttccattagcaataagatcattgggaggcatattacaaagcaaaagggaagaaagggagtggattgaagtcttacaaggtgacttttggaaattg 2980917  T
710 tgtgaggataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgcttattgtgctttatatccta 809  Q
    || |||||||| |||| ||| ||||| ||||||| |||||||||| | || ||||||  |||||| || |||||||||||||||||  |||||| |||      
2980918 tgcgaggataaagatagcatcttgccagtcctaagattgagttactataacttgtcacctcaacaaaggcaatgttttgcttattgctctttatttcccc 2981017  T
810 aggattgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcactgcatagaagatgttggtaa 909  Q
    ||||||||  | ||  |||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||  |||||||||||||    
2981018 aggattggaaatttatgaaggatgaattaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttgacggttcagttgaaaagcaatgcatgaaagatgttggtaa 2981117  T
910 ccaatttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaatctagatggtgacatacaagattttaaaatgcatgatttaatgcat 1009  Q
     |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||    ||||||| ||| | | |||||||||||| |||||||||||     
2981118 tcaatttgtaaatattttcttgaagaattcattcttccaagatgcaacaatgaattaccatggtgatatagatggttttaaaatgcacgatttaatgcac 2981217  T
1010 gatct 1014  Q
    |||||    
2981218 gatct 2981222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 23 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 3142283 - 3141346
Alignment:
23 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 122  Q
    ||||||||||| |||||||||||  | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
3142283 attggaagagatgatgataaaaatgacattgtaagcatgttgaggcaatcacatgaaaatcaacgtgtctctgtggttgctattgttgggattggtggtt 3142184  T
123 tgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgt 222  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||   |||||  ||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||||    
3142183 tgggaaagacagctctttctcaattggtatacaatgatggtgaagtaacaaattattttgaaaagtgtatgtgggtttgtgtctctgataactttgatgt 3142084  T
223 caaaactattctgaagaacttggttgcgttgttaaccaaaga--cagtgttgtaaacaaga-cattagaagaattacaaaatatgattcaagccaattta 319  Q
    |||||||||| |||||||| || | | ||  ||||| || ||  || |     | |||  | |||||||| | || ||||| ||| ||| ||  ||| ||    
3142083 caaaactattgtgaagaacatgttggagtcattaacaaaggaaccaattaatgatacattatcattagaaaacttgcaaaacatgcttcgagaaaatcta 3141984  T
320 actggtaagagatacttgttacttctcgacgacgtttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggacttatttgatgtgtggtgctcaaggca 419  Q
    |||||||| | |||||||||| | || || ||| ||||||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
3141983 actggtaaaaaatacttgttagtcctagatgacatttggaacgagagttttggaaaatgggctcaattgaggacttatttgatgtatggtgctaaaggca 3141884  T
420 gtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatgttttaagtggtttaacttcagaacaatcatgggg 519  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| | | |||||||||||| | |  ||||  ||| | |||||| |||  |||| |||| ||| |    
3141883 gtaaggttgtagtgacaactcgttctaaaattgttgcagaaagaatgggtgtaagcgtctcctataatttgaatggtttgactctagaaaaatcttggag 3141784  T
520 tttgttaaagaa---gattgcgtttggggatgataccattggagtgaatcaaactcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcagaggagtt 616  Q
    |||||| | |||    ||| | | ||||||||| || |  | ||| || |||||||||||  ||||||| |||||||| |   |||||||||| || |||    
3141783 tttgttgacgaacattattacatatggggatgagacgaaagcagtaaaccaaactcttgaaacaattggcaagaagattgcagaaaagtgcagtggtgtt 3141684  T
617 ccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattgtgtgagg 716  Q
    ||| | ||||| ||| || | |||||| |||| |     |||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |    
3141683 ccacttgcaatcagaacactaggaggcctattgcagggcaaaaatgaagaaagagaatggattgatgttttacaaggtgacttttggaaattatgtgaag 3141584  T
717 ataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgcttattgtgctttatatcctaaggattg 816  Q
    |  | || | |||  |||||||  | ||| ||||||||||||| |||||   |||||   | ||||||||||| || ||  |||||||| |||| |||||    
3141583 acgaagaaagcatcatgccggtgttgaaactgagttaccaaaacttgtctcctcaactacggcaatgttttgcctactgctctttatatactaaagattg 3141484  T
817 ggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcactgcatagaagatgttggtaaccaattt 916  Q
    |  ||| |||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||   |||||||||  |||| |||||  | ||||||||||||    
3141483 gaaaatagagaaggatgagttgattcaactatggatggcacaaggttatctcgaatgttctgatgaaaagcagcgcatggaagacatcggtaaccaattt 3141384  T
917 gtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgc 954  Q
    ||||  ||||| |||||||| || || |||||||||||    
3141383 gtgacgattttattgatgaagtcttttttccaagatgc 3141346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 15 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 3170395 - 3170170
Alignment:
15 cagagattattggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtat 114  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3170395 cagagatcattggaagagaagatgataaaaagaagatcataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtat 3170296  T
115 tggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| |  |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
3170295 tggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctcaagtaacaaagtcttttgaaaagaggatgtgggtatgtgtctctgataac 3170196  T
215 tttgatgtcaaaactattctgaagaa 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
3170195 tttgatgtcaaaactattctgaagaa 3170170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 23 - 241
Target Start/End: Original strand, 2980225 - 2980443
Alignment:
23 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 122  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || ||  |||||||||||||||||||||||||||    
2980225 attggaagagaagatgataaaaacaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcaacaagtttctgtggttgctattgttggtattggtggtt 2980324  T
123 tgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgt 222  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||    
2980325 tgggaaagacggctcttgctcaattggtatacaacgatgaagaagtgcagaatttgtttgaaaagagaatgtgggtatgtgtctctgataactttgatgt 2980424  T
223 caaaactattctgaagaac 241  Q
    |||||||||||||||||||    
2980425 caaaactattctgaagaac 2980443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 386 - 1014
Target Start/End: Complemental strand, 2910924 - 2910293
Alignment:
386 ttgaggacttatttgatgtgtggtgctcaaggcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatg 485  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||||  ||||    
2910924 ttgaggacttacttgatgtgtggtgctaaagacagcaagattttagtgacgactcgtagtaaaactgtggcacagacaatgggtgtatgcgacccttatg 2910825  T
486 ttttaagtggtttaacttcagaacaatcatggggtttgttaaagaa---gattgcgtttggggatgataccattggagtgaatcaaactcttgagtcaat 582  Q
    |||| | |||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||    ||| | | |||| ||||  ||   | ||||||  |||||||||| |||||    
2910824 ttttgaatggtttgactccagaagaatcatggagtttgttaaagaacatcattacatatgggaatgaggcccaagcagtgaacgaaactcttgaatcaat 2910725  T
583 tggtaagaagatagtgaaaaagtgcagaggagttccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgat 682  Q
    ||||| | ||||||   |||||||||| || |||||| |||| |||||| |||| |||||| |||| | |  ||| ||| || |||| ||||||| | ||    
2910724 tggtatggagatagcagaaaagtgcagtggggttccactagctattagaacattaggaggcctattgcaaggtaagagtaaacaaagtgaatggaacaat 2910625  T
683 gtcttacaaggtgaattttggaaattgtgtgaggataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaat 782  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| ||  | ||  |  ||| |||  ||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||    
2910624 gtcttacaaggtgacttttggagattatgccaagacgaaaatagcatcgtgccggttctgaaactgagttaccaaaacttgtcacctcaacagagacaat 2910525  T
783 gttttgcttattgtgctttatatcctaaggattgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattga 882  Q
    ||||||| |||||  || |||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| | || || || |||||||||||||| || ||   |||    
2910524 gttttgcatattgctctatatatcctaaggattgggaaatagagaaggatgagttgattcaactatgcattgcacaaggttatcttgattgctcgcctga 2910425  T
883 aaagcactgcatagaagatgttggtaaccaatttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaatctagatggtgacatacaa 982  Q
    |    |   ||  |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||  || ||||| || |||||||| ||| || ||  ||||||||| ||| |     
2910424 agttgagctcaatgaagatattggtaaccaattcgtgaaaattttcttgacaaagtcattttttcaagatgcgaaaatggatgaagatggtgatatatat 2910325  T
983 gattttaaaatgcatgatttaatgcatgatct 1014  Q
      ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
2910324 agtttcaaaatgcatgatttaattcatgatct 2910293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 317 - 953
Target Start/End: Complemental strand, 3170090 - 3169448
Alignment:
317 ttaactggtaagagatacttgttacttctcgacgacgtttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggacttatttgatgtgtggtgctcaag 416  Q
    ||||||| || ||||||| ||||| |||| || ||  ||||||| || ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
3170090 ttaactgctatgagatacctgttagttctagatgatatttggaacgacagttttgaaaaatgggctcaattgaagacttatttgatgtgtggtgctcaag 3169991  T
417 gcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatgttttaagtggtttaacttcagaacaatcatg 516  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||| || ||||  ||| | |||||| ||| ||||  |||| ||    
3169990 gtagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaagttgtagcacaaacaatgggtgtaagtgtcccctatactttgaatggtttgactccagagaaatcttg 3169891  T
517 gggtttgttaaagaaga---ttgcgtttggggatgataccattggag---tgaatcaaactcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcaga 610  Q
    | ||||||| ||||| |   || | |  |||||||| || |  ||||   |||| |||||||||||  | ||||||||||||||||    |||||||||     
3169890 gagtttgttgaagaacatcgttacatacggggatgagacaaaaggagttttgaaccaaactcttgaaactattggtaagaagatagctgtaaagtgcagt 3169791  T
611 ggagttccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattgt 710  Q
    || |||||| ||||||| ||| || | |||||| | |||| |  ||||||||| ||||  |||||| | | ||| ||||||| ||| |||||||| || |    
3169790 ggtgttccactagcaatcagaacactaggaggccttttacaaggtaaaagtgatgaaactgaatgggttggtgttttacaagatgacttttggaagttat 3169691  T
711 gtgaggataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgcttattgtgctttatatcctaa 810  Q
    |||| ||  | || | |||  |||| ||  | ||| |||||||||| || ||||||   ||||  |||||||||||||| || |||||| ||||||||||    
3169690 gtgaagaagaagaaagcatcatgccagtgttgaaactgagttaccataacttgtcaccccaacttagacaatgttttgcatactgtgctatatatcctaa 3169591  T
811 ggattgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagca-ctgcatagaagatgttggtaa 909  Q
    |||||||  |||  | ||| | ||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||   | ||||  | ||| || |||||| |||||||    
3169590 ggattggaaaatacataagcatgagttaattcatttgtggatggcacaaggttatcttgaatgttcggctaaaaaaaagctg-atggaagatattggtaa 3169492  T
910 ccaatttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatg 953  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||| || |||||||    
3169491 ccaattcgtaaatattttcttgatgaagtcatttttgcaagatg 3169448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 600 - 958
Target Start/End: Original strand, 13791853 - 13792211
Alignment:
600 aaaagtgcagaggagttccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaatt 699  Q
    |||||||||  ||||||||| ||||||||||| | ||||||||| || | | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
13791853 aaaagtgcatgggagttccactagcaattagaactttgggaggcttactgcaaaggaaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgactt 13791952  T
700 ttggaaattgtgtgaggataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgcttattgtgct 799  Q
    |||| |||| || || || || || | ||| | | |  |||| ||||| |||||||||| ||||||  |||||  |||||||||||||||||||||  ||    
13791953 ttgggaattatgcgaagacaaagaaagcatctcgtcaatcctgaaatttagttaccaaagtttgtcgcttcaattgagacaatgttttgcttattgctct 13792052  T
800 ttatatcctaaggattgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcactgcatagaag 899  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||| | |||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||  ||  |||||| ||   ||| ||||    
13792053 ttatatcccaaggattgggaaattgagaaggatgcgttgattcaactttggatggcacagggttatcttgaatgcacagatgaaaaacaactcatggaag 13792152  T
900 atgttggtaaccaatttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaa 958  Q
    |||  |||||| |||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||    
13792153 atgccggtaacgaatttgtgaagattttgttgataaagtcatttttccaagatgcaaaa 13792211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 354 - 1017
Target Start/End: Complemental strand, 2915914 - 2915248
Alignment:
354 tttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggacttatttgatgtgtggtgctcaaggcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgt 453  Q
    ||||||||||||||  | |||| |||  | ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||| ||||||| |||    
2915914 tttggaatgagagtcatcaaaaatggattgaattgagaacttacttgatgtgtggtgctaaaggcagtaagattttagtgacgactcggagtaaaactgt 2915815  T
454 ggcacagataatgggtgtaagtgaccactatgttttaagtggtttaacttcagaacaatcatggggtttgttaaagaagattg---cgtttggggatgat 550  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||  |||| ||| | |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||   | |  ||  ||||     
2915814 ggcacggacaatgggtgtatgtgacccttatgctttgaatggtttgactccagaagaatcatggggtttgttaaagaacattgttacatacggtaatgag 2915715  T
551 accattggagtgaatcaaactcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcagaggagttccattagcaattagatcattgggaggcatattac 650  Q
     |    ||||||||  |||||||||| |||||||||| | ||||||   |||| ||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||| |||| |    
2915714 gctgaaggagtgaacaaaactcttgaatcaattggtatggagatagcagaaaaatgcagaggagttccactagctattagaacattaggaggcctattgc 2915615  T
651 gaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattgtgtgaggataacgataccattttgccggtcctaaaattgag 750  Q
     || ||||||| |||| || ||||||| | ||||||| |||||||| || |||| ||| || || ||| |  ||| |||  ||||||| || ||| ||||    
2915614 aaagtaaaagtaaagagagtgaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaagatgaaaatagcatcatgccggttctgaaactgag 2915515  T
751 ttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgcttattgtgctttatatcctaaggattgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtgg 850  Q
     || | ||| |||||   ||| || |||||||| ||||| |||||  |  |||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||  ||||     
2915514 ctatcgaaacttgtcgcctcagcacagacaatgctttgcatattgctccgtatatcctaaggattgggaaatagagaaggatgagtggattcagctgtgc 2915415  T
851 atggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcactgcatagaagatgttggtaaccaatttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaag 950  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||    ||| |   |   ||| ||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||  || ||||| |||||||    
2915414 atggcacaaggttatctcgaaggtttgcctgatattgagcccatggaagatgctggtaaccaattcgtgaagaatttcttgacaaagtcatttttccaag 2915315  T
951 atgcaa-aattgaatctagatggtgacatacaagattttaaaatgcatgatttaatgcatgatctcgc 1017  Q
    |||||| ||||| |   ||||||| | |||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
2915314 atgcaagaattg-acggagatggtaatatacatagtttcaaaatgcatgatttaatgcatgatctcgc 2915248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 114; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 23 - 248
Target Start/End: Original strand, 3002318 - 3002543
Alignment:
23 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 122  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||  | | ||||| ||| |||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
3002318 attggaagagaagacgataaaaaggagattatacaccttttgagacaaccacatggaaaccaaaatgtctccttgattgctattgttgggattggtggtt 3002417  T
123 tgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgt 222  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||| | |||||||||    
3002418 taggaaagacaactcttgctcagttggtatataatgatggagaagtgcaaaatttgtttgaaataagtatgtgggtatgtgtctctgaaaactttgatgt 3002517  T
223 caaaactattctgaagaacttggttg 248  Q
     ||||||||| |||||||| ||||||    
3002518 aaaaactattgtgaagaacatggttg 3002543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 315 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 3173657 - 3173019
Alignment:
315 atttaactggtaagagatacttgttacttctcgacgacgtttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggacttatttgatgtgtggtgctca 414  Q
    |||||| |||||| | |||||| ||| | || || ||| ||||||| |||||||  | ||| |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
3173657 atttaagtggtaaaaaatacttattagtcctagatgacatttggaacgagagttacgtaaaatggactcaattgaggactcatttgatgtgtggtgctca 3173558  T
415 aggcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatgttttaagtggtttaacttcagaacaatca 514  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||  |||  ||| | |||||| | | ||||    ||     
3173557 agacagtaaggttatagtgacaactcgtaataaaattgtagcacaaacaatgggtgtaagtgtcccttatactttgaatggtttgaatccagagagttct 3173458  T
515 tggggtttgttaaagaa---gattgcgtttggggatgataccattggagtgaatcaaactcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcagag 611  Q
    ||| ||||||| |||||    ||| | | ||||||||| ||||   | ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||   | |||||||  |    
3173457 tggagtttgttgaagaacatcatttcatatggggatgaaaccagaagtgtgaaccaaactctggaatcaattggtaaaaagatagaagagaagtgcattg 3173358  T
612 gagttccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattgtg 711  Q
    | |||||| ||||||| ||| || | |||||| ||||||    ||||| ||||| || ||||||||  |||||||||||| |||   | |||||||| ||    
3173357 gtgttccactagcaatcagaacactaggaggcctattacagggtaaaactgaagcaaaggaatggactgatgtcttacaatgtggcctgtggaaattatg 3173258  T
712 tgaggataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgcttattgtgctttatatcctaag 811  Q
    ||| ||  | || | |||  |||| ||  | ||| ||||||||| ||| ||||||  |||||  ||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||    
3173257 tgaagacgaagaaagcatcatgccagtgttgaaactgagttacctaaacttgtcacctcaactaagacaatgttttgcttactgctctttatatcccaag 3173158  T
812 gattgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcactgcatagaagatgttggtaacc 911  Q
    ||||||  ||| |||||| | |||||||||||| ||||| |||| ||||||||  |||||| ||||  || ||||   |  || |||||| ||||||| |    
3173157 gattggagaatagagaagcatgagttgattcaactgtgggtggcacaaggttactttgaattttcaggtggaaag---tttatggaagatattggtaa-c 3173062  T
912 aatttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgc 954  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
3173061 aatttgtaaatattttcttgatgaagtcatttttccaagatgc 3173019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 23 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 9851217 - 9850999
Alignment:
23 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 122  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||  |||||||||    
9851217 attggaagagaagatgataaaatgaagattataagcttgttgagacaaccacatgaaaatcaaaatgtctctttgattgctgttgttggatttggtggtt 9851118  T
123 tgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgt 222  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || | ||   |||    |||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| | |||||| ||    
9851117 tgggaaagacaactcttgctcaaatgatttattgtgacatggaagtgaaaaatttgtttgaaaagaggatgtgggtatgtgtctctgaaaactttgaagt 9851018  T
223 caaaactattctgaagaac 241  Q
    |||||||||| ||||||||    
9851017 caaaactattgtgaagaac 9850999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 106; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 386 - 958
Target Start/End: Complemental strand, 3282255 - 3281683
Alignment:
386 ttgaggacttatttgatgtgtggtgctcaaggcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatg 485  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||  |||||| || || ||||||||||||||||||||||| || ||| | | |    |||  | | |||||    
3282255 ttgagaacttatttgatgtgtggtgctgaagatagtaagattttaatgacaactcgtagtaaaattgtgtcagagagactagaaacaagcaaactctatg 3282156  T
486 ttttaagtggtttaacttcagaacaatcatggggtttgttaaagaagattgcgtttggggatgataccattggagtgaatcaaactcttgagtcaattgg 585  Q
    |||| | |||||||||   |||   ||| ||| || |||||||||| ||| | |||||| |||| | || || |||| ||||||  ||||| ||||||||    
3282155 ttttgaatggtttaacactagatgtatcttggagtatgttaaagaaaattacatttgggaatgaaatcagtgtagtggatcaaaaccttgaatcaattgg 3282056  T
586 taagaagatagtgaaaaagtgcagaggagttccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtc 685  Q
    ||| || || |   |||||||||  ||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||  | ||||||  ||||||||||||||||| |||||    
3282055 taaaaaaattgcagaaaagtgcatgggagttccactagcaattaaaacattgggaggcctattacagagtaaaagcaaagaaagggaatggatcaatgtc 3281956  T
686 ttacaaggtgaattttggaaattgtgtgaggataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgtt 785  Q
    |||||||| ||||||||| |||  ||||| ||  |  | | |||  ||  | |||| | |||| ||||||||| ||||||  |||    |||||||||||    
3281955 ttacaaggcgaattttgggaatcatgtgaagacgaaaaaagcatcatgttgatcctgacattgggttaccaaagtttgtcgcttcggttgagacaatgtt 3281856  T
786 ttgcttattgtgctttatatcctaaggattgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttca-attgaaa 884  Q
    ||||||||||  || ||| |||||||||||||| ||| ||||||||   |||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||| || | ||    
3281855 ttgcttattgctctctatttcctaaggattgggaaatcgagaaggatatgttgattcaactttggatggcacaaggttatcttgaatgctcagatggtaa 3281756  T
885 agcactgcatagaagatgttggtaaccaatttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaa 958  Q
    |  ||| | | |||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||    
3281755 acaact-cctggaagatgtcggtaacgaatttgtgaagattctcttgataaagtcatttttccaagatgcaaaa 3281683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 83; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 23 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 2916248 - 2916030
Alignment:
23 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 122  Q
    ||||| ||||||||| |||||||  ||||| |||  || ||||||||| |||||  ||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||    
2916248 attggtagagaagataataaaaaagagattgtaaatttattgaggcaaccacatagaaaccacaatgtctccttgattgccattgttggtattggcggtt 2916149  T
123 tgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgt 222  Q
    | || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||||   |||||||||||   | ||||||||||| |||||   |||||||||    
2916148 taggtaagacagctcttgctcaactggtatataatgatggggaagtgcaaaaaaagtttgaaaagaagatatgggtatgtgtgtctgaagactttgatgt 2916049  T
223 caaaactattctgaagaac 241  Q
    |||||||||| ||||||||    
2916048 caaaactattttgaagaac 2916030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 90 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 3173885 - 3173747
Alignment:
90 tctccttggttgctattgttggtattggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagag 189  Q
    ||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||   || |||| ||     
3173885 tctccctggttgcaatagttggaattggtggtttggggaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatggagaagtgcaaaatcttttcgaaatgac 3173786  T
190 tttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgtcaaaac 228  Q
      ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
3173785 gatgtgggtttgtgtctctgataactttgatgtcaaaac 3173747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 89 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 2911224 - 2911073
Alignment:
89 gtctccttggttgctattgttggtattggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaaga 188  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||  ||||    || |||||||    
2911224 gtctccttgatagctattgttggtattggtggtttaggcaagacagctcttgctcagttggtatacaatgataaggaagtagaaaacattttcgaaaaga 2911125  T
189 gtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgtcaaaactattctgaagaa 240  Q
       | ||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||||||    
2911124 agatatgggtgtgtgtctctaaaaactttgatgtcaaaactattttgaagaa 2911073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 99 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 3282545 - 3282404
Alignment:
99 ttgctattgttggtattggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggt 198  Q
    |||||||||| |||||||| ||| | || |||||| |||||||||| ||  | || |||||||  ||||||||||||   ||||||||||   |||||||    
3282545 ttgctattgtaggtattggaggtataggcaagacaactcttgctcagttcatttataatgatgaggaagtgcaaaatcattttgaaaagaaaatgtgggt 3282446  T
199 atgtgtctctgatagctttgatgtcaaaactattctgaagaa 240  Q
    |||| | ||| ||| |||||||||||| || ||| |||||||    
3282445 atgtatatctaataactttgatgtcaagaccattgtgaagaa 3282404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 103 - 240
Target Start/End: Original strand, 13791353 - 13791490
Alignment:
103 tattgttggtattggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgt 202  Q
    |||||| |||||||| ||| | || |||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||  |||||||||||    ||||||||||   |||||||||||    
13791353 tattgtaggtattggaggtattggcaagacaactcttgctcgattcgtatataatgatgtggaagtgcaaaagcattttgaaaagaaaatgtgggtatgt 13791452  T
203 gtctctgatagctttgatgtcaaaactattctgaagaa 240  Q
    || |||  || |||||||||||| || ||| |||||||    
13791453 gtatctagtaactttgatgtcaagaccattgtgaagaa 13791490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 382 - 437
Target Start/End: Original strand, 13791635 - 13791690
Alignment:
382 tcaattgaggacttatttgatgtgtggtgctcaaggcagtaaggttgtagtgacaa 437  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| || ||||||    
13791635 tcaattgagaacttatttgatgtgtggtgctgaagatagtaaggttttaatgacaa 13791690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 538; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 538; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 1014
Target Start/End: Original strand, 18355727 - 18356724
Alignment:
17 gagattattggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattg 116  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
18355727 gagatcattggaagagaagaagataaaaacaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaacatcagaatgtctcattggttgctattgttggtattg 18355826  T
117 gtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||  | |||||||||||||||| |||| |||    
18355827 gtggtttgggaaagacagctcttgctcaactggtatacaaagatggtgaagtgaaaaatttgtttgaaaagcatatgtgggtatgtgtctcagataactt 18355926  T
217 tgatgtcaaaactattctgaagaacttggttgcgttgttaaccaaagacagtgttgtaaacaagacattagaagaattacaaaatatgattcaagccaat 316  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    |||||||| |||||||||||||| || |||| |||| |||||| ||||    
18355927 tgatttcaaaactattctgaagaacatggttgcgttattaaccaaagaggacgttgtaaataagacattagaagagttgcaaagtatgcttcaagtcaat 18356026  T
317 ttaactggtaagagatacttgttacttctcgacgacgtttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggacttatttgatgtgtggtgctcaag 416  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
18356027 ttaactggtaagagatacttgttagttctcgacgacgtttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggccttatttgatgtgtggtgctcaag 18356126  T
417 gcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatgttttaagtggtttaacttcagaacaatcatg 516  Q
    |||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||| | | |||| |||||||||||||  ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||    
18356127 gcagtaaggttgtaatgacaacacgcagtaagattgtggcagatacaatgagtgtaagtgaccaacatgttttgagaggtttaactccagaagaatcatg 18356226  T
517 gggtttgttaaagaagattgcgtttggggatgataccattggagtgaatcaaactcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcagaggagtt 616  Q
    || |||||| ||||| ||| | |||||||||| |||  |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||    
18356227 ggttttgttcaagaatattacctttggggatgttactgttggagtgaaccaacctcttgaatcaattggtaagaagatagtagaaaagtgcaaaggagtt 18356326  T
617 ccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattgtgtgagg 716  Q
    || ||||||||||||||| | |||||||||||||||  | ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||      
18356327 ccgttagcaattagatcactaggaggcatattacgaggtgaaagtaaagaaagtgaatggatcaatgtcttacaaggagaattttggaaattgtgtgatc 18356426  T
717 ataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgcttattgtgctttatatcctaaggattg 816  Q
     | |  ||| |||  ||||||||||||||||||||||||| || || |||  |||||| || |||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||    
18356427 gtgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccagaacttatcacctcaacaaaggcaatgttttgcttattgctctttatttcctcaggattg 18356526  T
817 ggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcactgcatagaagatgttggtaaccaattt 916  Q
    || | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||    
18356527 ggaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaaaagcaatgcatgaaagatgttggtaatcaattt 18356626  T
917 gtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaatctagatggtgacatacaagattttaaaatgcatgatttaatgcatgatct 1014  Q
    || || |||||||||| ||| |||||||||||||||||| | |||||| |  |||||||  ||   | ||||||||||||||||||||||||||||||    
18356627 gtaaaaattttcttgaagaattcattcttccaagatgcagatttgaatgttcatggtgatgtaactggttttaaaatgcatgatttaatgcatgatct 18356724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 384 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 8942319 - 8942246
Alignment:
384 aattgaggacttatttgatgtgtggtgctcaaggcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggca 457  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||| ||| ||| || |||| || ||||||| ||||||||||||| |||||||    
8942319 aattgagtacttacttgatttgtggcgctaaagacaataagattttagtgacgactcgtagtaaaactgtggca 8942246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 1014
Target Start/End: Complemental strand, 10755777 - 10754780
Alignment:
23 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 122  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10755777 attggaagagaatatgataaaaagaaaattataagtttgttgatgcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 10755678  T
123 tgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgt 222  Q
    | || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||    
10755677 tagggaagacggctcttgctcaattggtatacaacgatagagaagtgcaagatttgtttgagaagagtatgtgggtatgtgtctctgataactttgacgt 10755578  T
223 caaaactattctgaagaacttggttgcgttgttaaccaaagacagtgttgt--aaacaaga-cattagaagaattacaaaatatgattcaagccaattta 319  Q
    ||||||||||||||||||| || | | ||  ||||||||  |||   |||   | |||  | |||| ||  | || ||||||||| |||  |  ||||||    
10755577 caaaactattctgaagaacatgttggagtcattaaccaagaacaaaattgatgacacattatcattggacaacttgcaaaatatgcttcgtgaaaattta 10755478  T
320 actggtaagagatacttgttacttctcgacgacgtttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggacttatttgatgtgtggtgctcaaggca 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||    
10755477 actggtaagagatacttgttacttctggatgacgtttggaataagagttttgaaaagtgggatcagttaatgacttatttgatgtgtggtgctcaaggca 10755378  T
420 gtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatgttttaagtggtttaacttcagaacaatcatgggg 519  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||  |||||||| | |||| |||||  |||||  |||  |||||  ||||| ||||||||| |||| |||||    
10755377 gtaaggttgtagtgacaactcgtgagaaaaccgtggcacacacaatgcgtgtagatgacccttatactttaaaaggtttgacttcagaagaatcttgggg 10755278  T
520 tttgttaaagaagattgcgtttggggatgataccattggagtg---aatcaaactcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcagaggagtt 616  Q
    |||||| ||||||||||  |||||||||||| || |||||||    || ||   |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||     
10755277 tttgttgaagaagattgtctttggggatgattccgttggagtagtaaaccaggatcttgaatcaataggtaagaagatagcgaaaaagtgcaaaggagta 10755178  T
617 ccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattgtgtgagg 716  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||| | ||||||| |||||||| || |||| ||| || || |    
10755177 ccattggcaattagatcattgggaggcatattacgaagtaaaagtaaagaaattgaatggaacaatgtcttgcaaggtgacttatggagattatgcgaag 10755078  T
717 ataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgcttattgtgctttatatcctaaggattg 816  Q
    || |  ||| |||  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||| ||  ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||    
10755077 atgaaaatagcatcatgccggtcctaaaattgagttaccataacttgtcacctcaacaaagggaatgttttgcttattgctctttatttcctaaggattg 10754978  T
817 ggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcactgcatagaagatgttggtaaccaattt 916  Q
    || | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||   | | ||||| |||||||||||||| ||||||    
10754977 ggaatttgagaaggatgagttaattcaaatgtggatggcacaaggttatcttggttgttcagttgaggggaaatgcatggaagatgttggtaatcaattt 10754878  T
917 gtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgcaaaattgaatctagatggtgacatacaagattttaaaatgcatgatttaatgcatgatct 1014  Q
    || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  ||   | ||||||||||||||||||| ||||||||||    
10754877 gtaaatattttcttgacgaattcattcttccaagatgcaaaattgaatgacgatggtgatgtaattggttttaaaatgcatgatttattgcatgatct 10754780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 4)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 313 - 962
Target Start/End: Original strand, 45748 - 46401
Alignment:
313 caatttaactggtaagagatacttgttacttctcgacgacgtttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggacttatttgatgtgtggtgct 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
45748 caatttaactggtaagagatacttgctacttcttgatgacgtttggaatgagagtttagaaaagtgggatcaattgaagacttatttgatgtgtggtgct 45847  T
413 caaggcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatgttttaagtggtttaacttcagaacaat 512  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||  ||| | |||||| ||| ||||  |||    
45848 caaggtagtaaggttgtagtgacgactcgttctaaaattgtggcacaaacaatgggtgtaagtgtcccctatactttgaatggtttgactccagagaaat 45947  T
513 catggggtttgttaaagaagattgcgtttggggatgataccattggag---tgaatcaaactcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcag 609  Q
    | ||| ||||||| ||||| ||  | |   ||||||| ||||  ||||   |||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||   ||||||||||    
45948 cttggtgtttgttgaagaacatcacatacagggatgagaccaaaggagttttgaaccaaaatcttgaagcaattggtaagaagatagctgaaaagtgcag 46047  T
610 aggagttccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattg 709  Q
     || |||||| ||||||| ||| |||| |||||| | |||| |  |||||||||||||| ||||||| | | ||| ||||||| ||| |||||||||||     
46048 tggtgttccactagcaatcagaacattaggaggccttttacaaggtaaaagtgaagaaacggaatgggttggtgttttacaagatgacttttggaaatta 46147  T
710 tgtgaggataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgcttattgtgctttatatccta 809  Q
    ||||| ||  | || |||||  |||| ||  | ||| ||||||||||||| || ||   |||||  |||||||||||| |||| ||  ||||||||||||    
46148 tgtgaagacgaagaaaccatcatgccagtgttgaaactgagttaccaaaacttatcgcctcaactaagacaatgtttttcttactgctctttatatccta 46247  T
810 aggattgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcactgcatagaagatgttggtaa 909  Q
    ||||||||| |||  | ||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||  |    |||||| |||||||    
46248 aggattgggaaataaaaaaggatgagttgattcaactgtggatggcacaaggttatcttgaatgttcaactcaaaaacagggtccggaagatattggtaa 46347  T
910 ccaatttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgc-aaaattga 962  Q
    |||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
46348 ccaattcgtaaagattttcttgatgaagtcattcttccaagatgctaaaattga 46401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 26 - 241
Target Start/End: Original strand, 45455 - 45670
Alignment:
26 ggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtttgg 125  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
45455 ggaagagaagatgatagaaataagatcataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgtagggattggcggtttgg 45554  T
126 gaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgtcaa 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||| |  |||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
45555 gaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatggtgaagtaacaaagtcttttgaaaagaggatgtgggtatgtgtctctaataactttgatgtcaa 45654  T
226 aactattctgaagaac 241  Q
    ||||||||| ||||||    
45655 aactattctaaagaac 45670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 314 - 707
Target Start/End: Original strand, 50915 - 51312
Alignment:
314 aatttaactggtaagagatacttgttacttctcgacgacgtttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggacttatttgatgtgtggtgctc 413  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | || || ||| ||||||| |||||||||||||| ||   |||||||||||||||||| |||||||||||||    
50915 aatttaacaggtaagagatacttgttagtcctagatgacatttggaacgagagttttgaaaaatgttctcaattgaggacttattttatgtgtggtgctc 51014  T
414 aaggcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatgttttaagtggtttaacttcagaacaatc 513  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| | ||||| |||||||  || ||||| ||| | |||||| ||||||||  ||||    
51015 aaggtagtaaggttgtagtgacgactcgttctaaaattgtggcacaaacaatggatgtaagtatcccctatgctttgaatggtttgacttcagagaaatc 51114  T
514 atggggtttgttaaagaa----gattgcgtttggggatgataccattggagtgaatcaaactcttgagtcaattggtaagaagatagtgaaaaagtgcag 609  Q
     ||||||||||| |||||     ||| | | ||||||||| ||||  | |||||| |||||||| ||  ||||||||||||| |||||  ||||||| ||    
51115 ttggggtttgttgaagaacattcattacatatggggatgagaccaaagtagtgaaccaaactctggaaacaattggtaagaatatagttgaaaagtgtag 51214  T
610 aggagttccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaat 707  Q
     || |||||||||||||  ||| || | ||||| || |||| |  ||||| ||||||||  |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||    
51215 tggtgttccattagcaaaaagaacactaggagggatgttacaaggtaaaattgaagaaaaagaatggattgatgttttacagggtgacttttggaaat 51312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 26 - 232
Target Start/End: Original strand, 50625 - 50830
Alignment:
26 ggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtttgg 125  Q
    ||||||||||| ||| ||||  ||||| |||||||||||||| || |||||||||| ||| |||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
50625 ggaagagaagacgattaaaatgagattttaagcttgttgaggtaaccacatgaaaaccagcatgtttctgtggttgctattgttgggattggtggtttgg 50724  T
126 gaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttgatgtcaa 225  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||||| | ||||||  ||||  | |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| | | ||||||||    
50725 gaaagacaactcttgctcaattagtttacaatgacggtgaagtaaaaaagagttttggaaagagtatgtgggtgtgtgtctctgataac-tggatgtcaa 50823  T
226 aactatt 232  Q
    |||||||    
50824 aactatt 50830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 164; Significance: 4e-87; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 296 - 878
Target Start/End: Complemental strand, 3918993 - 3918408
Alignment:
296 caaaatatgattcaagccaatttaactggtaagagatacttgttacttctcgacgacgtttggaatgagagttttgaaaagtgggatcaattgaggactt 395  Q
    ||||||||| |||  | ||||||||| |||||||||||||||||| || | || ||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
3918993 caaaatatgtttcgtgacaatttaacaggtaagagatacttgttagttttggatgacatttggaacgagagttttgaaaaatgggctcacttgaggactt 3918894  T
396 atttgatgtgtggtgctcaaggcagtaaggttgtagtgacaactcgtagtaaaattgtggcacagataatgggtgtaagtgaccactatgttttaagtgg 495  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||  ||| |||| | ||||||||||| ||||| ||||||||| | |||    
3918893 ttttgatgtgtggtgctcaaggtagtaagattgtagcgacaacccgtagtaaaacagtgtcacaaacaatgggtgtaattgacccctatgttttgaatgg 3918794  T
496 tttaacttcagaacaatcatggggtttgttaaagaa---gattgcgtttggggatgataccattggagtgaatcaaactcttgagtcaattggtaagaag 592  Q
    ||| ||| ||| | |||| ||| ||||||| || ||    ||| | |  ||||||||  |||   ||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||    
3918793 tttgactccagcagaatcttggcgtttgttgaacaacatcattacatacggggatgagtccaaaagagtgaaccaaactcttgaatcaatcggcaagaag 3918694  T
593 atagtgaaaaagtgcagaggagttccattagcaattagatcattgggaggcatattacgaaataaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaag 692  Q
    ||||   |||||||||  || |||||| ||||||| ||| || | |||||| | |||| |  ||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||    
3918693 atagcagaaaagtgcactggggttccactagcaataagaacactaggaggcctgttacaaggtaaaagtgaagaatgtgaatggattgatgttttacaag 3918594  T
693 gtgaattttggaaattgtgtgaggataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttaccaaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgctta 792  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||| | || |  ||  |||| ||  | ||| ||||||||||||| |||||   ||||| | ||||||||||||||||    
3918593 gtgacttttggaaattatgtgaagatgaagaaagtatcatgccagtgttgaaactgagttaccaaaacttgtcgcctcaactgcgacaatgttttgctta 3918494  T
793 ttgtgctttatatcctaaggattgggtaattgagaaggacgagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaa 878  Q
    |||  |||||||||||||||||||||  || |||||||| || ||||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||    
3918493 ttgctctttatatcctaaggattgggatatagagaaggatgaattgatacaattgtggatggcacatggttatcttgaatgttcaa 3918408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 23 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 3919269 - 3919073
Alignment:
23 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgaggcaatcacatgaaaatcagaatgtctccttggttgctattgttggtattggtggtt 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||   |||||| ||||||||| ||||||||||    
3919269 attggaagagaagatgataaaaagaagattataagcttgttgatgcaaccacatggaaatcaaaatgtctttgtggttggtattgttgggattggtggtt 3919170  T
123 tgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtgcaaaattggtttgaaaagagtttgtgggtatgtgtctctgatagctttga 219  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||||    
3919169 taggaaagacaactcttgctcaattgatatacaatgatgtggaagtgcaaaactcgtttgaaaggagtatgtgggtatgtgtctccgataactttga 3919073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 655 - 792
Target Start/End: Original strand, 7157284 - 7157421
Alignment:
655 taaaagtgaagaaagggaatggatcgatgtcttacaaggtgaattttggaaattgtgtgaggataacgataccattttgccggtcctaaaattgagttac 754  Q
    |||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||  | |||| |||| |||| ||  | ||| ||||||||    
7157284 taaaagtgaagagaaggaatggatggatgttttacaaggtgacttttggaaattatgtgaagacgaagatagcattatgccagtgttgaaactgagttac 7157383  T
755 caaaatttgtcatttcaacagagacaatgttttgctta 792  Q
    ||||  |||||   ||||  ||||||||||||||||||    
7157384 caaagcttgtctcctcaaatgagacaatgttttgctta 7157421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 905 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 3918402 - 3918353
Alignment:
905 ggtaaccaatttgtgaatattttcttgatgaaatcattcttccaagatgc 954  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||    
3918402 ggtaaccaattcgtgaatattttgttgatgaagtcattttttcaagatgc 3918353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 833 - 958
Target Start/End: Original strand, 7160256 - 7160381
Alignment:
833 gagttgattcaaatgtggatggcgcaaggttatcttgaatgttcaattgaaaagcactgcatagaagatgttggtaaccaatttgtgaatattttcttga 932  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||| ||||||  |||||| ||   ||| |||||| | ||||| ||||| || ||  ||||||| |    
7160256 gagttgattcaactgtggatggcacaagactatcttgactgttcagctgaaaaacagctcatggaagatatcggtaatcaattcgtaaaccttttcttca 7160355  T
933 tgaaatcattcttccaagatgcaaaa 958  Q
     ||| ||| | |||||||||||||||    
7160356 agaagtcacttttccaagatgcaaaa 7160381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 99 - 169
Target Start/End: Original strand, 32408650 - 32408720
Alignment:
99 ttgctattgttggtattggtggtttgggaaagacagctcttgctcaattggtatacaatgatgctgaagtg 169  Q
    ||||| |||||||||| || || ||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||| |||||||    
32408650 ttgctgttgttggtatgggcgggttgggaaagacggcgcttgcgcaattggtttataatgatgatgaagtg 32408720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University