View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7851_low_3 (Length: 766)

Name: NF7851_low_3
Description: NF7851
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7851_low_3
NF7851_low_3
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (206-563)||(35305105-35305463)
chr5 (290-560)||(21255998-21256266)
chr5 (549-738)||(21256349-21256539)
chr5 (550-742)||(17823254-17823446)
chr5 (549-751)||(41949572-41949773)
chr5 (549-616)||(35304957-35305024)
chr5 (623-751)||(15543886-15544014)
chr5 (646-738)||(43233662-43233753)
chr5 (172-209)||(21255907-21255944)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (206-561)||(5444036-5444386)
chr4 (549-752)||(5444422-5444624)
chr4 (549-751)||(11814847-11815047)
chr4 (490-563)||(55850266-55850339)
chr4 (493-563)||(11814703-11814773)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (206-560)||(18703515-18703870)
chr1 (206-560)||(9906309-9906661)
chr1 (550-724)||(35267719-35267893)
chr1 (490-563)||(35267989-35268062)
chr1 (549-751)||(9906026-9906226)
chr1 (549-639)||(18703387-18703478)
chr1 (172-209)||(18703882-18703919)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (290-560)||(24038837-24039105)
chr2 (290-560)||(31269953-31270221)
chr2 (549-738)||(24039188-24039377)
chr2 (549-738)||(31269681-31269870)
chr2 (550-616)||(36316583-36316650)
chr2 (713-751)||(36316521-36316559)
chr2 (206-248)||(31270221-31270263)
chr2 (178-209)||(24038752-24038783)
chr2 (207-248)||(24038796-24038837)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (288-508)||(4677268-4677489)
chr8 (290-565)||(26174802-26175071)
chr8 (290-560)||(7275636-7275901)
chr8 (549-738)||(26175147-26175339)
chr8 (549-738)||(7275363-7275553)
chr8 (550-594)||(4677507-4677551)
chr8 (346-426)||(29864914-29864994)
chr8 (206-243)||(29865087-29865124)
chr8 (206-248)||(7275901-7275943)
chr8 (206-248)||(26174760-26174802)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (290-565)||(6823540-6823813)
chr6 (549-738)||(6823236-6823427)
chr6 (206-248)||(6823813-6823855)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (206-532)||(7734612-7734931)
chr7 (306-560)||(41832000-41832252)
chr7 (384-565)||(34512293-34512473)
chr7 (549-738)||(34512552-34512746)
chr7 (549-738)||(41832335-41832525)
chr7 (549-751)||(7737011-7737212)
chr7 (550-751)||(219252-219448)
chr7 (488-557)||(7736902-7736971)
chr7 (663-743)||(23612133-23612213)
chr7 (206-248)||(41831942-41831984)
[»] scaffold1412 (3 HSPs)
scaffold1412 (290-565)||(268-542)
scaffold1412 (549-702)||(2-155)
scaffold1412 (206-248)||(542-584)
[»] scaffold0001 (3 HSPs)
scaffold0001 (290-565)||(145127-145401)
scaffold0001 (549-738)||(144862-145053)
scaffold0001 (206-248)||(145401-145443)
[»] scaffold0525 (3 HSPs)
scaffold0525 (306-560)||(6414-6666)
scaffold0525 (589-738)||(2248-2396)
scaffold0525 (206-248)||(6682-6724)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (322-565)||(42657287-42657527)
chr3 (549-738)||(4607167-4607356)
chr3 (493-563)||(10745186-10745256)
chr3 (575-616)||(10745351-10745392)
chr3 (549-616)||(42656484-42656551)
[»] scaffold0263 (1 HSPs)
scaffold0263 (549-751)||(22628-22823)
[»] scaffold0862 (1 HSPs)
scaffold0862 (646-738)||(49-141)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 206 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 35305463 - 35305105
Alignment:
Q  206 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccattggctccttgtttctttgtt--tgttgacatgccctgtagtttaccggttgcatttggttcc 303  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||| |||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||     
T  35305463 atggtttgaagacacattgcatggctatgcatctctattggctcattgttcttttgttgctgttgacatgccctgtagtttacaggtttcatttggttct 35305364  T
Q  304 ttttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgaagtttgttcaacat 403  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35305363 ttttgtctcggctcgacattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttgatcttgttgcttcagggtacctttggtgtgaagtttgttcaacat 35305264  T
Q  404 atgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgc 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  35305263 atgacctccttccattgtagattttgacccttccttgcacttctttttc-tttggatatcatcattgattttggatatccttgtatttcttgtcttgtgc 35305165  T
Q  504 ttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgt 563  Q
    ||||||||||||||| | || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35305164 ttctgttcatgatggttaagacatgttgatatgcttccgtcatgaatagttaagcgttgt 35305105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 290 - 560
Target Start/End: Original strand, 21255998 - 21256266
Alignment:
Q  290 ttgcatttggttccttttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtga 389  Q
    ||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21255998 ttgcatttggtttttcttgtctcggctcggcattggagggcatctcttttt-taact-ttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgc 21256095  T
Q  390 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagttt 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |     
T  21256096 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatccttactc 21256195  T
Q  490 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgt 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  21256196 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcataaatggttaagcgt 21256266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 549 - 738
Target Start/End: Original strand, 21256349 - 21256539
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaatt-ggctttgttgatgattg-cttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaa 646  Q
    ||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||| |||||  |    
T  21256349 atggttaagcgttgtgcctttttaaggctttgttgatgattggcttctaccagatggtggttaagcgttggtttgttgcttcttcctccaagtggttaca 21256448  T
Q  647 ccttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 738  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||||| || ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  21256449 ccttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttgattgttg-ctatgttcttggccaatgtatttctagcatctttccttgtattttc 21256539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 550 - 742
Target Start/End: Original strand, 17823254 - 17823446
Alignment:
Q  550 tggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacct 649  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||     |||||| ||||| ||||  ||| ||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  17823254 tggttaagcgttgtgccttaatcggctttgttgatgataatttctgttgaatggtgattaagggttgatttgttgcttcttcctccaagtggttaaacct 17823353  T
Q  650 tgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcattt 742  Q
    ||| || ||||| |||||||||| ||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  17823354 tgaattatggtttcttcttgttgaataagcatttgcttgttgactatgcttttagccgatgtatttccagcatctctcattgtattttcattt 17823446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 549 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 41949773 - 41949572
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 648  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||| ||| |||||  ||     
T  41949773 atggttaagcgttgtgccttttatggctttgtcgatgttggcttctaccggatggtggttaagtgttggtttgttgcttcttcctccaagtggttacaca 41949674  T
Q  649 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttgcttga 748  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || || |  | || |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41949673 ttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttggttgctg-ctcttctcttggccgatatatttccggcatctttccttgtattttcatttgcttga 41949575  T
Q  749 tgt 751  Q
    |||    
T  41949574 tgt 41949572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 549 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 35305024 - 35304957
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttg 616  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35305024 atggttaagcgttgtgccttttatggctttgtggttgtttgcttctaccggatggtggttaagcgttg 35304957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 623 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 15544014 - 15543886
Alignment:
Q  623 tgcttcttccttcaattggttcaaccttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcat 722  Q
    ||||||||||| |||  || | |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| | | ||||||||||||||   | | ||||| |||   ||||    
T  15544014 tgcttcttcctccaagcgggtaaaccttaagttgtggtttctttttgttggataagcattcgcttgatgactatgttgacaactgatgtatttttggcat 15543915  T
Q  723 ctttccttgtattttcatttgcttgatgt 751  Q
     | |||||||||||||||||| |||||||    
T  15543914 ttctccttgtattttcatttgtttgatgt 15543886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 646 - 738
Target Start/End: Original strand, 43233662 - 43233753
Alignment:
Q  646 accttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 738  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||  | || | |||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  43233662 accttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttggttgttg-ctattctcttggtcgatgtatttccggtatctttccttgtattttc 43233753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 172 - 209
Target Start/End: Original strand, 21255907 - 21255944
Alignment:
Q  172 cattgattttgacctatggtttgaatgcatcaacatgg 209  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21255907 cattggttttggcctatggtttgaatgcatcaacatgg 21255944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 206 - 561
Target Start/End: Original strand, 5444036 - 5444386
Alignment:
Q  206 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccattggctccttgtttctttgtttg---ttgacatgccctgtagtttaccggttgcatttggttc 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||      ||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||     
T  5444036 atggtttgaagacacatcacatggccatgc------attggctccttgtttttttgtttgctgttgacatgccctgtagtatacaagttgcatttggtta 5444129  T
Q  303 cttttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgaagtttgttcaaca 402  Q
     |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5444130 -ttttgtctcgactcggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtgcctttggtgtgaagtttgttcaaca 5444228  T
Q  403 tatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtg 502  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||    
T  5444229 tatgatctccttccattgaagattttggcccttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatccttg-ttttcttgtcttctg 5444327  T
Q  503 cttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgtt 561  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5444328 cttctgttcatgatggatcagccatgttgatacgcttccgtcatgaatggttaagcgtt 5444386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 549 - 752
Target Start/End: Original strand, 5444422 - 5444624
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 648  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| || ||| |||    
T  5444422 atggttaagcgttgtgccttttatggctttgttgatgttggcttctaccggatggtggttaagcgttgctttgttgcttcttcctccaaatgattccacc 5444521  T
Q  649 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttgcttga 748  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||| | || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5444522 ttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttggttgttg-ctatgctcttggccgatgtatttccggcatctttacttgtattttcatttgcttga 5444620  T
Q  749 tgtc 752  Q
    ||||    
T  5444621 tgtc 5444624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 549 - 751
Target Start/End: Original strand, 11814847 - 11815047
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 648  Q
    |||||||||||||||| |||   |||||||||   || |||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||| | ||||  |||| ||||    
T  11814847 atggttaagcgttgtgtcttttatggctttgtgcttgcttgcttctaccatatggtggttaagcgttgttttgttgcttctt-catcaagcggttaaacc 11814945  T
Q  649 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttgcttga 748  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||||||| ||| ||| || ||||| | || ||||||    |||| |||||| | |||||||||||||||| ||||    
T  11814946 ttgagttgtggtttcctctggttggataagcatttggttgttg-ctatgctcttggccgataaacttccggcatctctacttgtattttcatttgtttga 11815044  T
Q  749 tgt 751  Q
    |||    
T  11815045 tgt 11815047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 490 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 55850339 - 55850266
Alignment:
Q  490 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgt 563  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  55850339 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagacatgttgatatgcttccatcatgaatggttaagcgttgt 55850266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 493 - 563
Target Start/End: Original strand, 11814703 - 11814773
Alignment:
Q  493 ttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgt 563  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||  |||||||    
T  11814703 ttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagccatgttgataggctttcgtcatgaatggtttggcgttgt 11814773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 206 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 18703870 - 18703515
Alignment:
Q  206 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccattggctccttgtttct-ttgtt--tgttgacatgccctgtagtttaccggttgcatttggttc 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||     
T  18703870 atggtttgaagacacatcacatggctatgcatctctattggctccttgtttttgttgttgttgttgacatgccctgtagcatacaggttgcatttggttt 18703771  T
Q  303 cttttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgaagtttgttcaaca 402  Q
     | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18703770 ttcttgtctcggctcggcattggagggcatctcttttt-tatct-ttggaaccttggtcttgttgcttcatggtatctttggtgtgaagtttgttcaaca 18703673  T
Q  403 tatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtg 502  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   | |||||||||||||    
T  18703672 tatgacctcattccattgtagactttggcccttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatctttactcttcttgtcttgtg 18703573  T
Q  503 cttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgt 560  Q
     ||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18703572 tttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcatgaatggttaagcgt 18703515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 206 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 9906661 - 9906309
Alignment:
Q  206 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccattggctccttgtttctttgtttgttg-----acatgccctgtagtttaccggttgcatttggt 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||     |||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  9906661 atggtttgaagacatatcacatggctatgcatctccattggctccttgtttttttttttgttgctgttacatgccctgtagtatacaggttgcatttggt 9906562  T
Q  301 tccttttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgaagtttgttcaa 400  Q
    | |||  ||||| || |||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9906561 ttctt--gtctcagctcggcattggagggcatctcttttt-taact-ttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgcagtttgttcaa 9906466  T
Q  401 catatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttg 500  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||    
T  9906465 catatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgca---ctttttcttttggatatcatcattgattttggatatccttactcttcttgtcttg 9906369  T
Q  501 tgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgt 560  Q
    |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  9906368 tgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcataaatggttaagcgt 9906309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 550 - 724
Target Start/End: Complemental strand, 35267893 - 35267719
Alignment:
Q  550 tggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacct 649  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  |||| |||||    
T  35267893 tggttaagtgttgtgccttaattggcattgttgatgattgcttctgccggatggtggttaagcgttgctttgatgcttcatccttcaagcggttaaacct 35267794  T
Q  650 tgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatct 724  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  35267793 tgagttgtggtttcttcttgttggataagcacttgtttgatgactttgcttttagccgatgtgtttccggcatct 35267719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 490 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 35268062 - 35267989
Alignment:
Q  490 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgt 563  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35268062 ttcttgtgttgtgcttctgttcatgatggttaagccatgttgataagcttctgtcatgaatggttaagcgttgt 35267989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 549 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 9906226 - 9906026
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattg-cttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaac 647  Q
    ||||||||||||||||||||    |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||  || ||| || ||  ||    
T  9906226 atggttaagcgttgtgccttttaaggctttgttgttgattggcttctaccggatggtggttaagcgttggtttgttgcttct--ctccaagtgattacac 9906129  T
Q  648 cttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttgcttg 747  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||| ||| || ||||  | || |||||||| || ||  |||||||| |||||| |||||||||| |    
T  9906128 cttgagttgtggtttcctcttgttggataggcatttggttgttg-ctattctcttggccgatgtattcccgacatctttcattgtatattcatttgctcg 9906030  T
Q  748 atgt 751  Q
    ||||    
T  9906029 atgt 9906026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 549 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 18703478 - 18703387
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattg-cttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaatt 639  Q
    ||||||||||||||||||||    |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||    
T  18703478 atggttaagcgttgtgccttttaaggctctgttgatgattggcttctaccggatggtggttaagcgttggtttgttgcttcttcctccaatt 18703387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 172 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 18703919 - 18703882
Alignment:
Q  172 cattgattttgacctatggtttgaatgcatcaacatgg 209  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18703919 cattggttttggcctatggtttgaatgcatcaacatgg 18703882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 290 - 560
Target Start/End: Original strand, 24038837 - 24039105
Alignment:
Q  290 ttgcatttggttccttttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtga 389  Q
    ||||||||||||  | ||||||| || |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24038837 ttgcatttggtttttcttgtctcagctcggcattggagggcatctcttttt-taact-ttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgc 24038934  T
Q  390 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagttt 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |     
T  24038935 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatccttactc 24039034  T
Q  490 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgt 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  24039035 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcataaatggttaagcgt 24039105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 290 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 31270221 - 31269953
Alignment:
Q  290 ttgcatttggttccttttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtga 389  Q
    ||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||     
T  31270221 ttgcatttggtttttcttgtctcggctcggcattggagggcatctcttttt-taact-ttggaaccttgtttttgttgctttatggtacctttggtgtgt 31270124  T
Q  390 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagttt 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |     
T  31270123 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatccttactc 31270024  T
Q  490 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgt 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  31270023 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttttgtcattaatggttaagcgt 31269953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 549 - 738
Target Start/End: Original strand, 24039188 - 24039377
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattg-cttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaac 647  Q
    ||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||| |||||  ||    
T  24039188 atggttaagcgttgtgccttttaaggctttgttgatgattggcttctaccagatggtggttaagcgttggtttgttgcttcttcctccaagtggttacac 24039287  T
Q  648 cttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 738  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||||| || ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  24039288 cttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttgattgttg-ctatgttcttggccaatgtatttctagcatctttccttgtattttc 24039377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 549 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 31269870 - 31269681
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattg-cttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaac 647  Q
    ||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   || ||||||||||| ||| |||||  ||    
T  31269870 atggttaagcgttgtgccttttaaggctttgttgatgattggcttctaccagatggtggttaagcgttggtctgttgcttcttcctccaagtggttacac 31269771  T
Q  648 cttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 738  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||||| || ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  31269770 cttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttgattgttg-ctatgttcttggccaatgtatttctagcatctttccttgtattttc 31269681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 550 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 36316650 - 36316583
Alignment:
Q  550 tggttaagcgttgtgccttaattggctttgtt-gatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttg 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36316650 tggttaagcgttgtgccttaattggctttgttggttgtttgcttctaccagatggtggttaagcgttg 36316583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 713 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 36316559 - 36316521
Alignment:
Q  713 tttccagcatctttccttgtattttcatttgcttgatgt 751  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36316559 tttccagcatctttccttgtattttcatttgcttgatgt 36316521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 206 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 31270263 - 31270221
Alignment:
Q  206 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccattggct 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  31270263 atggtttgaagacacatcacatggctatgcatctcgattggct 31270221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 178 - 209
Target Start/End: Original strand, 24038752 - 24038783
Alignment:
Q  178 ttttgacctatggtttgaatgcatcaacatgg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24038752 ttttgacctatggtttgaatgcatcaacatgg 24038783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 207 - 248
Target Start/End: Original strand, 24038796 - 24038837
Alignment:
Q  207 tggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccattggct 248  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  24038796 tggtttgaagacacctcacatggctatgcatctctattggct 24038837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 288 - 508
Target Start/End: Original strand, 4677268 - 4677489
Alignment:
Q  288 ggttgcatttggttccttttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgt 387  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4677268 ggttgcatttggttctttttgtctcggctcggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgt 4677367  T
Q  388 gaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattga-ttttggatatcctag 486  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  4677368 gaagtttattcaacatatgacctccttccattgtagattttggcccttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgatttttggatatccttg 4677467  T
Q  487 tttttcttgtcttgtgcttctg 508  Q
    || |  || |||||||||||||    
T  4677468 ttctctttttcttgtgcttctg 4677489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 290 - 565
Target Start/End: Original strand, 26174802 - 26175071
Alignment:
Q  290 ttgcatttggttccttttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtga 389  Q
    ||||||||||||  | |||||||||| | |||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  26174802 ttgcatttggtttttcttgtctcggctcagcatcggagggcatctcttttcttatct-ttggaaccttggtcttgtcacttcatggtacctttggtgtga 26174900  T
Q  390 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctag-tt 488  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  26174901 cgtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcccttccttgcac------ttcttttggatatcatcattgattttggatatccttgttt 26174994  T
Q  489 tttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgtgc 565  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26174995 tttcttgttttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagctttcgtcatgaatggttaagcgttgtgc 26175071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 290 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 7275901 - 7275636
Alignment:
Q  290 ttgcatttggttccttttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtga 389  Q
    ||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  7275901 ttgcatttggtttttcttgtctcggctcggcattggagcgcatctcttttt-taact-ttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttgatgtgc 7275804  T
Q  390 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagttt 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||   |     
T  7275803 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgca---ctttttcttttggagatcatcattgattttagatatccttactc 7275707  T
Q  490 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgt 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7275706 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcatgaatggttaagcgt 7275636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 549 - 738
Target Start/End: Original strand, 26175147 - 26175339
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 648  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26175147 atggttaagcgtggtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccggatggtggttaagcgttgctttgatgcttcttccttcaattggttcaatc 26175246  T
Q  649 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgacta---tgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 738  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  26175247 ttgagttttggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactattttttttttagccgatgtgttcccggcatctttccttgtattttc 26175339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 549 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 7275553 - 7275363
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattg-cttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaa-ttggttcaa 646  Q
    |||||||||| |||||||||    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||  || ||  |    
T  7275553 atggttaagcattgtgccttttaaggctttgttgatgattggcttctaccggatggtggttaagcgttggtttgctgcttcttcctccaaggtgattaca 7275454  T
Q  647 ccttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 738  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||| ||| || ||||||| || ||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  7275453 ccttgagttgtggtttcctcttgttggataagcctttgattgttg-ctatgttcttggccaatgtatttctggcatctttccttgtattttc 7275363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 550 - 594
Target Start/End: Original strand, 4677507 - 4677551
Alignment:
Q  550 tggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttct 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4677507 tggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttct 4677551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 346 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 29864994 - 29864914
Alignment:
Q  346 tcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagatt 426  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29864994 tcttggaactttggtattggtgctacatggaaccttaggtgtgaagtttgtctaacatatgatctccttccattgtagatt 29864914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 206 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 29865124 - 29865087
Alignment:
Q  206 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccat 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29865124 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccat 29865087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 206 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 7275943 - 7275901
Alignment:
Q  206 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccattggct 248  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  7275943 atggtttgaagacacctcacatggctatgcatctctattggct 7275901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 206 - 248
Target Start/End: Original strand, 26174760 - 26174802
Alignment:
Q  206 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccattggct 248  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||    
T  26174760 atggtttgaagacatatcacatggctatgcatctctattggct 26174802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 290 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 6823813 - 6823540
Alignment:
Q  290 ttgcatttggttccttttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtga 389  Q
    ||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  6823813 ttgcatttggtttttcttgtctcggctcggcattggagggcatctcttttt-taact-ttggaaccttggtcttgttgcttcatggtatctttggtgtgc 6823716  T
Q  390 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagttt 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||    
T  6823715 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcgcttcttttttttttagatatcatcattgttgttggatatccttgttt 6823616  T
Q  490 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgtgc 565  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  6823615 ttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctggcatgaatggttaagcgttgtgc 6823540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 549 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 6823427 - 6823236
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 648  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6823427 atggttaagcgttgtgccttttatggctttgtggatattggcttctaccggatggtggttaagcgttgctttgatgctccttccttcaattggttcaacc 6823328  T
Q  649 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgac--tatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 738  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6823327 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagctcttgtttgatgactatatttttttagccgatgtgtttccggcatctttccttgtattttc 6823236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 206 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 6823855 - 6823813
Alignment:
Q  206 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccattggct 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  6823855 atggtttgaagacacatcacatggctatgcatctctattggct 6823813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 175; Significance: 8e-94; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 8e-94
Query Start/End: Original strand, 206 - 532
Target Start/End: Original strand, 7734612 - 7734931
Alignment:
Q  206 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccattggctccttgtttctttgtttgttgacatgccctgtagtttaccggttgcatttggttcctt 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||| ||||   |||||||||||||||||| |||||| |||||||  ||    
T  7734612 atggtttgaagacacatcacatggctatgcatctccattggatctttttttttttttttg---acatgccctgtagtttacaggttgcttttggttattt 7734708  T
Q  306 ttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgaagtttgttcaacatat 405  Q
    |   |||||| | |||||||||||| ||  ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7734709 t---ctcggctcagcattggagggcgtccttttctatatctcttagaacctaggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgaagtttgttcaacatat 7734805  T
Q  406 gacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgctt 505  Q
    || ||||||||||||||||||| || | ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||    
T  7734806 gatctccttccattgtagatttggggccttccttgcaattgtttttctcttggatatcatcattgattttggatatcattg-ttttcttgtcttgtgctt 7734904  T
Q  506 ctgttcatgatggatcagccatgttga 532  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||    
T  7734905 ctgttcatgatggttcagtcatgttga 7734931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 306 - 560
Target Start/End: Original strand, 41832000 - 41832252
Alignment:
Q  306 ttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgaagtttgttcaacatat 405  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  41832000 ttgtctcagctcggcattggagggcatctcttttt-taact-ttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtatgcagtttgttcaacatat 41832097  T
Q  406 gacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgctt 505  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||    
T  41832098 gacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatccttactcttcttgtcttgtgctt 41832197  T
Q  506 ctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgt 560  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  41832198 ctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcataaatggttaagcgt 41832252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 384 - 565
Target Start/End: Original strand, 34512293 - 34512473
Alignment:
Q  384 gtgtgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcc 483  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34512293 gtgtgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgtagactttggcccttccttgcacttctttt-cttttggatatcatcattgattttggatatcc 34512391  T
Q  484 tagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgtgc 565  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34512392 ttgtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttaataagcttctgtcatgaatggttaagcgttgtgc 34512473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 549 - 738
Target Start/End: Original strand, 34512552 - 34512746
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 648  Q
    ||||||||||||| ||||||   |||||||||  ||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  34512552 atggttaagcgttatgccttttatggctttgtgaatattggcttctaccggatggtggttaagcgttgctttgatgctccttcattcaattggttcaacc 34512651  T
Q  649 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatg-----tttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 738  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34512652 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgcttgatgactatgttttttttttagccgatgtgtttccggcatctttccttgtattttc 34512746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 549 - 738
Target Start/End: Original strand, 41832335 - 41832525
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattg-cttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggtt-caa 646  Q
    ||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||| ||||| ||     
T  41832335 atggttaagcgttgtgccttttaaggctttgttgatgattggcttctaccagatggtggttaagcgttggtttgttgcttcttcctccaagtggttacac 41832434  T
Q  647 ccttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 738  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| ||  |||||| || ||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  41832435 ccttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttgattgttg-ttatgttcttggccaatgtatttctggcatctttccttgtattttc 41832525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 549 - 751
Target Start/End: Original strand, 7737011 - 7737212
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 648  Q
    ||||||||| |||||||||| | ||||||||| |||| | ||||||| | |||||  |||||||||||  ||| ||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  7737011 atggttaagtgttgtgccttcaatggctttgtggatgttggcttctatcggatggcagttaagcgttgttttgttgcttcttcctccaagtggttaaacc 7737110  T
Q  649 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttgcttga 748  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||||||| ||| ||| |  ||||| | || | |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7737111 ttgagttgtggtttcctcttgttgaataagcatttggttg-tttctatgctcttggtcgatgtatttccggcatctttctttgtattttcatttgcttga 7737209  T
Q  749 tgt 751  Q
    |||    
T  7737210 tgt 7737212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 550 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 219448 - 219252
Alignment:
Q  550 tggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacct 649  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||   ||||| ||||||||||||||| |||||  ||| || || || ||||||  |||| |||||    
T  219448 tggttaagcgttgtcccctaattgtctttgttgatgacaacttctgccagatggtggttaaacgttgatttgttg-ttttttcttcaagcggttaaacct 219350  T
Q  650 tgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttgcttgat 749  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| |   || || ||||||||||   ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  219349 tgagttgt-gtttcttcttgttggataagcactttcttgatgactagg---ttggctgatgtgtttcttacatctctccttgttttttcatttgcttgat 219254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 488 - 557
Target Start/End: Original strand, 7736902 - 7736971
Alignment:
Q  488 ttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaag 557  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  7736902 ttttcttgtattatgcttttgttcatgatggttcagtcatattgataagcttctatcatgaacggttaag 7736971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 663 - 743
Target Start/End: Original strand, 23612133 - 23612213
Alignment:
Q  663 cttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttg 743  Q
    |||| ||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||| | |||||| ||||| |||| | ||||||| ||||||||||    
T  23612133 cttcatgttggataagtatttggttgttgactatgtttttggtcgatgtatttccggcatttctccttgtgttttcatttg 23612213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 206 - 248
Target Start/End: Original strand, 41831942 - 41831984
Alignment:
Q  206 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccattggct 248  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  41831942 atggtttgaagacacctcacatggctatgcatctctattggct 41831984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1412 (Bit Score: 173; Significance: 1e-92; HSPs: 3)
Name: scaffold1412
Description:

Target: scaffold1412; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 290 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 542 - 268
Alignment:
Q  290 ttgcatttggttccttttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtga 389  Q
    ||||||||||||  | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  542 ttgcatttggtttttcttgtcttggctcggcattggagggcatctcttttt-taact-ttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgc 445  T
Q  390 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttc-tttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagtt 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||    
T  444 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcgcttctttttttttttggatatcatcattgttgttggatatccttgtt 345  T
Q  489 tttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgtgc 565  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  344 tttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcatgaatggttaagcattgtgc 268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1412; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 549 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 155 - 2
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 648  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  155 atggttaagcgttgtgccttttatggctttgtggatattggcttctaccggatggtggttaagcgttgctttgatgctccttccttcaattggttcaacc 56  T
Q  649 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgttttt 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  55 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagctcttgtttgatgactatattttt 2  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1412; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 206 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 584 - 542
Alignment:
Q  206 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccattggct 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  584 atggtttgaagacacatcacatggctatgcatctctattggct 542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 173; Significance: 1e-92; HSPs: 3)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 290 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 145401 - 145127
Alignment:
Q  290 ttgcatttggttccttttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtga 389  Q
    ||||||||||||  | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  145401 ttgcatttggtttttcttgtcttggctcggcattggagggcatctcttttt-taact-ttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgc 145304  T
Q  390 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttc-tttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagtt 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||    
T  145303 agtttgttcaacatatgacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcgcttctttttttttttggatatcatcattgttgttggatatccttgtt 145204  T
Q  489 tttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgtgc 565  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  145203 tttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttctgtcatgaatggttaagcattgtgc 145127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 549 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 145053 - 144862
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 648  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  145053 atggttaagcgttgtgccttttatggctttgtggatattggcttctaccggatggtggttaagcgttgctttgatgctccttccttcaattggttcaacc 144954  T
Q  649 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgac--tatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 738  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  144953 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagctcttgtttgatgactatatttttttagccgatgtgtttccggcatctttccttgtattttc 144862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 206 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 145443 - 145401
Alignment:
Q  206 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccattggct 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  145443 atggtttgaagacacatcacatggctatgcatctctattggct 145401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525 (Bit Score: 171; Significance: 2e-91; HSPs: 3)
Name: scaffold0525
Description:

Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 306 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 6666 - 6414
Alignment:
Q  306 ttgtctcggcccggcattggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgaagtttgttcaacatat 405  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  6666 ttgtctcagctcggcattggagggcatctcttttt-taact-ttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtatgcagtttgttcaacatat 6569  T
Q  406 gacctccttccattgtagattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgctt 505  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||    
T  6568 gacctccttccattgtaaactttggcccttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatccttactcttcttgtcttgtgctt 6469  T
Q  506 ctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgt 560  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  6468 ctgttcatgatggttaagctatgttgataagcttttgtcatgaatggttaagcgt 6414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 589 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 2396 - 2248
Alignment:
Q  589 gcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaaccttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttg 688  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||| || ||  |||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| |||    
T  2396 gcttctaccggatggtggttaagcgttggtttgttgcttcttcctccaagtgattacaccttgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttgattg 2297  T
Q  689 atgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 738  Q
     || ||||||| || ||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||    
T  2296 ttg-ctatgttcttggccaatgtatttccaacatctttccttgtactttc 2248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 206 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 6724 - 6682
Alignment:
Q  206 atggtttgaagacacatcacatggctatgcctctccattggct 248  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  6724 atggtttgaagacacctcacatggctatgcatctctattggct 6682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 164; Significance: 3e-87; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 322 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 42657527 - 42657287
Alignment:
Q  322 ttggagggcatctctttttatatctcttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgaagtttgttcaacatatgacctccttccattgt 421  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  42657527 ttggagggcatctcttttt-tatct-ttggaaccttggtcttgttgcttcatggtacctttggtgtgaagtttgatcaacatatgacctccttccatcgt 42657430  T
Q  422 agattttggcctttccttgcacttctttttcttttggatatcatcattgattttggatatcctagtttttcttgtcttgtgcttctgttcatgatggatc 521  Q
    | | ||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||| |     
T  42657429 aaactttggcccttcctagcacttctttttgttttggatatcatcattgattttggatatccttg-ttttcttgtcttgtacttctgttcatgatggtta 42657331  T
Q  522 agccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgtgc 565  Q
    ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42657330 agctatgttgataggcttctgtcatgaatggttaagcgttgtgc 42657287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 549 - 738
Target Start/End: Original strand, 4607167 - 4607356
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 648  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  4607167 atggttaagcgttgtgccctaattggctttgtcgatgttggcttctaccggatggtgtttaagcgttgctttgatgcttcatcctgaaattggttcaacc 4607266  T
Q  649 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 738  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  4607267 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactttgtttttagccgatgtgttcccgacatctttccttgtattttc 4607356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 493 - 563
Target Start/End: Original strand, 10745186 - 10745256
Alignment:
Q  493 ttgtcttgtgcttctgttcatgatggatcagccatgttgataagcttccgtcatgaatggttaagcgttgt 563  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  10745186 ttgtattgtgattctgttcatgatggttaagccatgttgataagcttctgtcatgaatggttaagtgttgt 10745256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 575 - 616
Target Start/End: Original strand, 10745351 - 10745392
Alignment:
Q  575 ctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttg 616  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10745351 ctttgttggtgcttgcttctaccagatggtggttaagcgttg 10745392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 549 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 42656551 - 42656484
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttg 616  Q
    ||||||||| ||||||||||   ||||||||| | || | ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42656551 atggttaagtgttgtgccttttatggctttgtggttgttggcttctaccggatggtggttaagcgttg 42656484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0263 (Bit Score: 68; Significance: 6e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0263
Description:

Target: scaffold0263; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 549 - 751
Target Start/End: Original strand, 22628 - 22823
Alignment:
Q  549 atggttaagcgttgtgccttaattggctttgttgatgattgcttctaccagatggtggttaagcgttgcattgatgcttcttccttcaattggttcaacc 648  Q
    |||||||||||||||| |||   ||||||||| |||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||| ||||          
T  22628 atggttaagcgttgtgtcttttatggctttgtcgatgttggcttccaccggatggtggttaagcgttggtttgttgcttcttcctccaagtggtc----- 22722  T
Q  649 ttgagttgtggttgcttcttgttggataagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttcatttgcttga 748  Q
     |||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||| | || |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22723 -tgagttgtggtttcctcttgttggataagcatttggttgttg-ctatgctcttggccgatgtatttccggcatcttaccttgtattttcatttgcttga 22820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0862 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0862
Description:

Target: scaffold0862; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 646 - 738
Target Start/End: Original strand, 49 - 141
Alignment:
Q  646 accttgagttgtggttgcttcttgttgga-taagcacttgtttgatgactatgtttttagccgatgtgtttccagcatctttccttgtattttc 738  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||| |||||| ||| ||| || ||||||| || ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  49 accttgagttgtggttttctcttgttggagtaagcatttgattgttg-ctatgttcttggccaatgtatttccggcatctttccttgtattttc 141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University