View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7863_low_28 (Length: 476)

Name: NF7863_low_28
Description: NF7863
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7863_low_28
NF7863_low_28
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (19-450)||(47298923-47299354)
chr7 (19-450)||(47292316-47292747)
chr7 (19-444)||(47267501-47267926)
chr7 (19-448)||(47283466-47283895)
chr7 (71-448)||(47278925-47279302)
chr7 (66-448)||(47242640-47243026)
chr7 (59-454)||(47256761-47257159)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-448)||(32731264-32731693)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (384-453)||(20519638-20519707)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 416; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 47299354 - 47298923
Alignment:
Q  19 catcaatctttcttctttagagcttctgacatagccacacttcgtctcttggttccatttcaccttcgtcaatgcaccacattcgatcttatcacttcat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  47299354 catcaatctttcttctttagagcttctgacatagccacacttcgtctcttggttccatttcaccttcgtcaatgcaccacattcgatcttatcgcttcat 47299255  T
Q  119 gtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaa 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  47299254 gtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcgaggtttaatgttaacaa 47299155  T
Q  219 ttcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggag 318  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47299154 ttcgccacttgttggatactacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtggaaacccatttggttatgcagtggag 47299055  T
Q  319 ttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47299054 ttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggt 47298955  T
Q  419 cttgtattatttcagatttgactcgtgctagg 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47298954 cttgtattatttcagatttgactcgtgctagg 47298923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 47292747 - 47292316
Alignment:
Q  19 catcaatctttcttctttagagcttctgacatagccacacttcgtctcttggttccatttcaccttcgtcaatgcaccacattcgatcttatcacttcat 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  47292747 catcgatctttcttctttagagcttctgacatagctgcgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgtcaatgcaccacatttgatcttatcgcttcat 47292648  T
Q  119 gtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaa 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||  |||||||    
T  47292647 gtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcggataaagaggtacgaatgatgtgcgtcgtcaatgcacgctcgaggtttaacattaacaa 47292548  T
Q  219 ttcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggag 318  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  47292547 ttcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaatccatttggttatgcagtggag 47292448  T
Q  319 ttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292447 ttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggt 47292348  T
Q  419 cttgtattatttcagatttgactcgtgctagg 450  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  47292347 cttgtgttatctcagatttgactcgtgctagg 47292316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 19 - 444
Target Start/End: Original strand, 47267501 - 47267926
Alignment:
Q  19 catcaatctttcttctttagagcttctgacatagccacacttcgtctcttggttccatttcaccttcgtcaatgcaccacattcgatcttatcacttcat 118  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| ||||| |     ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||    
T  47267501 catcaatctttcttctttaggacttcagacattgttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgccattgtaccacattcgatcttatcacttcat 47267600  T
Q  119 gtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaa 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || | ||||||||| || |||||||||| ||||||    
T  47267601 gtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtattgtcaatgcacgttcgaggtttaatgctaacaa 47267700  T
Q  219 ttcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggag 318  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||    
T  47267701 ttcgccacttgttggatactacggtaattgttttgcttacccggcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaactcattaggttatgctgtggag 47267800  T
Q  319 ttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggt 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||    
T  47267801 ttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatatatgcattctgtagcagatcttatggttattaaagagcggtgtttatttacaactataaggt 47267900  T
Q  419 cttgtattatttcagatttgactcgt 444  Q
    ||||| || |||||||| | ||||||    
T  47267901 cttgtgttgtttcagatgtaactcgt 47267926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 19 - 448
Target Start/End: Original strand, 47283466 - 47283895
Alignment:
Q  19 catcaatctttcttctttagagcttctgacatagccacacttcgtctcttggttccatttcaccttcgtcaatgcaccacattcgatcttatcacttcat 118  Q
    ||||||||||||||||||| |  |||| |||||||  || | |||| |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||  |||    
T  47283466 catcaatctttcttctttacactttctcacatagctgcaatccgtcacttgattccatttcaccttcgtcaatgcagtacatttgatcttatcaccgcat 47283565  T
Q  119 gtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaa 218  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||  | | || |    
T  47283566 gtttttggtgttgccgcacaaaagcattgcagttagagccagatgaagaagtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttcaaggtttagggctgacca 47283665  T
Q  219 ttcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggag 318  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || || |||||||| ||| |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||     
T  47283666 ttcgccacttgttggatattatggtaactgttttgctttcccggctgctgtcaccaccgcagggaagctttgtggaaaccctttaggttatgcagtggaa 47283765  T
Q  319 ttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggt 418  Q
    ||| ||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  47283766 ttgataagaaaagcaaaagctcaagttacagaagaatacatgcattctttggcagatcttatggttattaaggaacgatgtttatttacaacagtaagat 47283865  T
Q  419 cttgtattatttcagatttgactcgtgcta 448  Q
    | ||| || | ||||| |||||||||||||    
T  47283866 cgtgtgttgtatcagacttgactcgtgcta 47283895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 71 - 448
Target Start/End: Original strand, 47278925 - 47279302
Alignment:
Q  71 ttccatttcaccttcgtcaatgcaccacattcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggt 170  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  47278925 ttccatttcaccttcgtcaatgcagtacatttgatcttatcaccgcatgtttttggtgttgccgtacaaaagcattgcagttagagccagatgaagaagt 47279024  T
Q  171 acgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttacccagcggccgtc 270  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||  | | || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || || |||    
T  47279025 acgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttcaaggtttagggctgaccattcgccacttgttggatattatggtaactgttttgctttcccggctgctgtc 47279124  T
Q  271 accactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatacatgcattctgtgg 370  Q
    ||||| ||| |||||||||||| ||| || || ||||||| |||||| ||| ||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  47279125 accaccgcagggaagctttgtggaaatcctttaggttatggagtggaattgataagaaaagcaaaagctcaagttacagaagaatacatgcattctttgg 47279224  T
Q  371 ccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgactcgtgcta 448  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||| || | ||||| |||||||||||||    
T  47279225 cagatcttatggttattaaggaacgatgtttatttacaacaataagatcttgtgttgtatcagacttgactcgtgcta 47279302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 66 - 448
Target Start/End: Original strand, 47242640 - 47243026
Alignment:
Q  66 cttggttccatttcaccttcgtcaatgcaccacattc----gatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcaga 161  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||     |||||||||||| ||| || |||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  47242640 cttggttccaattcaccttcatcattgcactacattaatttgatcttatcactgcatattattggtgctgccgcacaaaagcattgcagatagagccaga 47242739  T
Q  162 tgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttaccca 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||| || ||||  |||     |||||||||| || ||||| ||  |||||| | |     
T  47242740 tgaagaggtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttccaggtttagtgctaacccttctttgtttgttggatattacggtaattgcattgctttctcg 47242839  T
Q  262 gcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatacatgc 361  Q
    ||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||    
T  47242840 gcggctgtcaccaccgcaaaggagctttgtggaaaccaattaggttatgcagtggagttgataagaaaagcaaaaactcaagttacagaggaatacatgc 47242939  T
Q  362 attctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgactcgtgcta 448  Q
    ||||| | || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||||  | || |||| |||||||||||    
T  47242940 attctttagcagattttatggttattaaggaacgatgtttatttacaactggaagaacttgtatagtgtcggattggactcgtgcta 47243026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 59 - 454
Target Start/End: Original strand, 47256761 - 47257159
Alignment:
Q  59 ttcgtctcttggttccatttcaccttcgtcaatgcaccacattcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggc 158  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||  ||  |||||  ||| ||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||  |    
T  47256761 ttcgtcgcttggttccacttcacctttctcggtgcactgcatacgatcttatcactgcatgttattggtgctgccgcacaaaagcattgcaggtagaacc 47256860  T
Q  159 agatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaa---ttcgccacttgttggatactatggtaactgttttgct 255  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| || ||| ||   |||| | ||  ||||||| ||||| |||||| |||||    
T  47256861 agatgaagatgtgcgaatgatgtgcatcgttaatgcacgctcgaggtttagtgctaataaccgttcgtcgctcattggatattatggcaactgtattgct 47256960  T
Q  256 tacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaat 355  Q
    | | | ||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||| | |    
T  47256961 ttctcggcggcagtcaccaccgcaaaggagctttgtggaaaccaattaggttatgcagtggagttgataagaaaagcaaaagctcaagttacagagaagt 47257060  T
Q  356 acatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgactcgtgctaggttct 454  Q
    ||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||  | |||||  | ||||||| ||||||||||| |||||    
T  47257061 acatgcactcattggcagattttatggttattaaggaacgatgtttatttacaaagggaagaacatgtatggtgtcagattggactcgtgctaagttct 47257159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 448
Target Start/End: Original strand, 32731264 - 32731693
Alignment:
Q  19 catcaatctttcttctttagagcttctgacatagccacacttcgtctcttggttccatttcaccttcgtcaatgcaccacattcgatcttatcacttcat 118  Q
    ||||||||||||||||| | | || || |||||||  |  |||||  |||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||| | |||    
T  32731264 catcaatctttcttcttcacacctgctcacatagctgcgattcgttgcttggttccaattcaccttcatcattgcactacatttgatcttatcagtgcat 32731363  T
Q  119 gtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaatgcacgctcaaggtttaatgttaacaa 218  Q
    ||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||| || ||||      
T  32731364 gttattggtgctgccgcacaaaagcattgcagatagagccagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttccaggtttagtgctaaccc 32731463  T
Q  219 ttcgccacttgttggatactatggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtgaaaacccatttggttatgcagtggag 318  Q
    |||     || ||||||| || ||||| ||| |||||| | | ||||| |||||||| |||| | ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  32731464 ttctttgtttattggatattacggtaattgtattgctttctcggcggctgtcaccaccgcaaaggagctttgtggaaaccaattaggttatgcagtggag 32731563  T
Q  319 ttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggt 418  Q
    ||| ||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||| | || |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||      
T  32731564 ttgataagaaaagcaaaaactcaagttacagaggaatacatgcattctttagcagattgtatggttattaaggaacgatgtttatttacaaccggaagaa 32731663  T
Q  419 cttgtattatttcagatttgactcgtgcta 448  Q
    |||||||  | ||||||| |||||||||||    
T  32731664 cttgtatggtgtcagattggactcgtgcta 32731693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 384 - 453
Target Start/End: Original strand, 20519638 - 20519707
Alignment:
Q  384 tattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgactcgtgctaggttc 453  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  20519638 tattaaggaacgatgtttacttacaactgtaagttgttgtgttatgtcagatttgacacgtgctaagttc 20519707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University