View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7863_low_31 (Length: 464)

Name: NF7863_low_31
Description: NF7863
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7863_low_31
NF7863_low_31
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (36-448)||(16498-16910)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (36-448)||(18858062-18858474)
chr4 (36-448)||(9226590-9227002)
chr4 (40-448)||(16626182-16626589)
chr4 (40-448)||(5145398-5145806)
chr4 (176-430)||(4567590-4567841)
chr4 (172-448)||(15314549-15314823)
chr4 (175-430)||(47564964-47565216)
chr4 (184-448)||(36769823-36770084)
chr4 (328-428)||(16634744-16634844)
chr4 (175-298)||(16634856-16634976)
chr4 (123-151)||(33655986-33656014)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (36-448)||(10686453-10686865)
chr8 (36-448)||(35742875-35743287)
chr8 (36-448)||(18867859-18868271)
chr8 (43-455)||(26298875-26299278)
chr8 (175-448)||(28892997-28893267)
chr8 (175-448)||(4814904-4815174)
chr8 (175-430)||(16754938-16755190)
chr8 (185-430)||(25682563-25682805)
chr8 (175-448)||(28330128-28330398)
chr8 (175-430)||(21039682-21039933)
chr8 (175-430)||(15946914-15947166)
chr8 (40-100)||(26400887-26400947)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (36-448)||(24263512-24263924)
chr7 (36-448)||(16882413-16882825)
chr7 (36-448)||(21986406-21986818)
chr7 (43-448)||(18411150-18411555)
chr7 (43-448)||(9187334-9187739)
chr7 (44-356)||(24272181-24272493)
chr7 (51-312)||(21642191-21642449)
chr7 (307-448)||(21643794-21643935)
chr7 (175-448)||(3322466-3322736)
chr7 (175-448)||(25407647-25407917)
chr7 (175-448)||(44012209-44012478)
chr7 (177-448)||(7072284-7072552)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (36-448)||(43594607-43595019)
chr5 (36-448)||(43627401-43627813)
chr5 (36-448)||(27447309-27447721)
chr5 (36-448)||(31399181-31399593)
chr5 (36-448)||(33788842-33789254)
chr5 (36-448)||(37558791-37559194)
chr5 (40-448)||(24557773-24558181)
chr5 (40-448)||(24598805-24599213)
chr5 (40-448)||(28835792-28836199)
chr5 (36-289)||(28805070-28805323)
chr5 (175-448)||(25447720-25447991)
chr5 (396-433)||(29103928-29103965)
chr5 (396-433)||(29267741-29267778)
chr5 (216-324)||(31301980-31302088)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (37-448)||(14739761-14740172)
chr6 (36-448)||(33333265-33333677)
chr6 (40-440)||(24433517-24433917)
chr6 (175-448)||(35203741-35204011)
chr6 (175-430)||(25943920-25944172)
chr6 (175-430)||(13880990-13881242)
chr6 (172-428)||(17692527-17692783)
chr6 (175-430)||(22348653-22348901)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (36-448)||(19346764-19347176)
chr2 (168-448)||(25393504-25393784)
chr2 (40-390)||(39485468-39485808)
chr2 (40-292)||(31058448-31058700)
chr2 (40-281)||(39485239-39485468)
chr2 (114-438)||(31133776-31134100)
chr2 (175-448)||(2738438-2738708)
chr2 (175-430)||(17934335-17934587)
chr2 (175-448)||(22714912-22715182)
chr2 (175-448)||(39684480-39684750)
chr2 (175-448)||(20052439-20052708)
chr2 (280-430)||(45569641-45569791)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (36-448)||(8514580-8514992)
chr3 (36-448)||(32477826-32478238)
chr3 (36-416)||(22170529-22170909)
chr3 (43-448)||(1308364-1308769)
chr3 (36-447)||(2674410-2674821)
chr3 (40-448)||(3325727-3326123)
chr3 (130-313)||(18144876-18145059)
chr3 (175-448)||(16459697-16459967)
chr3 (175-430)||(10610451-10610703)
chr3 (175-448)||(6305544-6305814)
chr3 (175-448)||(54190741-54191011)
chr3 (175-430)||(10096484-10096736)
chr3 (177-447)||(22623659-22623926)
chr3 (175-448)||(10899242-10899512)
chr3 (175-430)||(10203370-10203622)
chr3 (175-430)||(29911631-29911883)
chr3 (175-430)||(47880566-47880818)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (43-448)||(1-406)
scaffold0006 (40-448)||(8154-8562)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (36-448)||(41395737-41396137)
chr1 (43-321)||(19369001-19369279)
chr1 (175-448)||(9523961-9524231)
chr1 (175-430)||(2396933-2397185)
[»] scaffold0078 (2 HSPs)
scaffold0078 (245-448)||(34705-34908)
scaffold0078 (56-206)||(34544-34697)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (175-448)||(822-1092)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (175-448)||(18559-18829)


Alignment Details
Target: scaffold0197 (Bit Score: 397; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 16910 - 16498
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16910 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 16811  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16810 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 16711  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16710 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 16611  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16610 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 16511  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    || ||||||||||    
T  16510 atccccgttgatg 16498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 397; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Original strand, 18858062 - 18858474
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858062 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 18858161  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858162 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 18858261  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858262 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 18858361  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858362 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 18858461  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    |||||||||||||    
T  18858462 attcccgttgatg 18858474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 9227002 - 9226590
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9227002 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatctttttcttcttcatttggaagctccacctcaaat 9226903  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226902 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgggtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 9226803  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226802 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 9226703  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226702 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 9226603  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    |||||||||||||    
T  9226602 attcccgttgatg 9226590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 16626589 - 16626182
Alignment:
Q  40 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 139  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16626589 tcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 16626490  T
Q  140 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 239  Q
    ||| ||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  16626489 tttcctccaccattgtttacagtactagagtctctaggtcttt-cacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttt 16626391  T
Q  240 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16626390 tgatcctccactagattccaatttccacaactcgtaacccttcagaccttccggataaccaatgaagatacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 16626291  T
Q  340 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 439  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  16626290 tgcttgatatgcgcatatgtcaaagctcagaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcc 16626191  T
Q  440 ccgttgatg 448  Q
    |||||||||    
T  16626190 ccgttgatg 16626182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 40 - 448
Target Start/End: Original strand, 5145398 - 5145806
Alignment:
Q  40 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 139  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5145398 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatctgatgtcgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcacttggaagctccacctcaaactgag 5145497  T
Q  140 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 239  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |    
T  5145498 tttcctccaccattgtttccggtaccaaagtctctaggtctttacacttcatccctatacgggtctcatcaaaggtaatatccctactaatcaagacttt 5145597  T
Q  240 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5145598 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttctggataacgaataaagacacatttcaaagctctagtctcaagcttgtct 5145697  T
Q  340 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 439  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  5145698 ttcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccggtttcccattccatacttccataggtgtcttgaagtctattg 5145797  T
Q  440 ccgttgatg 448  Q
     ||||||||    
T  5145798 tcgttgatg 5145806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 176 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 4567841 - 4567590
Alignment:
Q  176 ggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgta 275  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   ||||    
T  4567841 ggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgta 4567745  T
Q  276 ccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacc 375  Q
     || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| ||||||||||||||     
T  4567744 acctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaact 4567645  T
Q  376 ttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
    ||||||   ||||| ||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4567644 ttcaaattagagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttga 4567590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 172 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 15314823 - 15314549
Alignment:
Q  172 tctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaact 271  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||       
T  15314823 tctaggtctttgcacttcatccccatgtgggtctcatcaaaaataacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtc 15314727  T
Q  272 tgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaa 371  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||  ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| | | | || |||||||||||    
T  15314726 tgtaacctttcacaccttcaggataactcatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagaaaacgctaaagctccgaa 15314627  T
Q  372 aaccttcaaagaggagtaat-ctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
    ||| |||||    ||||| | || ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  15314626 aactttcaagttagagtagtcctaccggtctcccactccaaacatccataggtgtcttgagatctatcccggttgatg 15314549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 175 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 47565216 - 47564964
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |  | | |||||||| ||   | |||||  |||||||  ||||    
T  47565216 aggtctttgcacttcattcacatgcgggtctcatcaaaagtaacatctctacttataataaattttgatccttca---ggttccatcttccacagtttgt 47565120  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  |   ||| ||| |||| |||||||| |||||    
T  47565119 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctagcatgagcaaatgctaaagctccaaaaac 47565020  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
     ||||||   ||||| |||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  47565019 tttcaaattagagtagtctgtcggtctcccactccaaacgtccataggtgtcttga 47564964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 184 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 36770084 - 36769823
Alignment:
Q  184 cacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttca 283  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||  ||||| || ||||    
T  36770084 cacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtttgtaacctttca 36769988  T
Q  284 caccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaaga 383  Q
    ||||||| | |||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  |||||  |||| ||  ||| ||  ||| |||| |||||||| ||||| ||||||      
T  36769987 caccttcagaataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtatgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaactttcaaatt 36769888  T
Q  384 ggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     ||||| | | ||||| |||||||||| || | ||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  36769887 agagtagtttcccggtctcccactccaaacattcataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 36769823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 328 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 16634844 - 16634744
Alignment:
Q  328 tcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtct 427  Q
    ||||| ||||| || |||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||   ||||| | ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  16634844 tcaagtttgtcctgtttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaaattagagtagtttgccggtctcccactccaaacctccataggtgtct 16634745  T
Q  428 t 428  Q
    |    
T  16634744 t 16634744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 175 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 16634976 - 16634856
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||| |  | | ||||||||   |||| |||||  |||||||  ||||    
T  16634976 aggtctttgcacttcatccccatacgggcctcatcaaaagtaacatccatgcttataataaattttgatcct---ctaggttccatcttccacagtttgt 16634880  T
Q  275 accccttcacaccttccggataac 298  Q
    | || ||||||||||| |||||||    
T  16634879 aacctttcacaccttcaggataac 16634856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 123 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 33656014 - 33655986
Alignment:
Q  123 ctccacctcaaactgagttttctccacca 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33656014 ctccacctcaaactgagttttctccacca 33655986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 10686865 - 10686453
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686865 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 10686766  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686765 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 10686666  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686665 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 10686566  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686565 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 10686466  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    || ||||||||||    
T  10686465 atccccgttgatg 10686453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Original strand, 35742875 - 35743287
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742875 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 35742974  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742975 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccattcgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 35743074  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743075 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 35743174  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743175 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 35743274  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    |||||||||||||    
T  35743275 attcccgttgatg 35743287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 18868271 - 18867859
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868271 atactccggatccactactggttgagttccacttgtatctgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 18868172  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18868171 tgagttttctccaccatagtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaaga 18868072  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868071 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 18867972  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867971 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacattcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 18867872  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    |||||||||||||    
T  18867871 attcccgttgatg 18867859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 455
Target Start/End: Original strand, 26298875 - 26299278
Alignment:
Q  43 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 142  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26298875 ggatccactaccggttgtgttccacttgtattcgatgttgaagcttcatc---------ttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 26298965  T
Q  143 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 242  Q
    | |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  26298966 tatccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 26299065  T
Q  243 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299066 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 26299165  T
Q  343 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26299166 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 26299265  T
Q  443 ttgatgtccatct 455  Q
    |||||| ||||||    
T  26299266 ttgatggccatct 26299278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 28893267 - 28892997
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   |||    
T  28893267 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctgt 28893171  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  28893170 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaaac 28893071  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     |||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  28893070 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28892997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Original strand, 4814904 - 4815174
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  4814904 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 4815000  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | |  ||||||| ||| ||    
T  4815001 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgttaaagctctgaagac 4815100  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  4815101 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 4815174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 175 - 430
Target Start/End: Original strand, 16754938 - 16755190
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  16754938 aggtctttgcacttcatccccattcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttattataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 16755034  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  16755035 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 16755134  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
     |||||    ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16755135 tttcaagttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 16755190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 185 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 25682805 - 25682563
Alignment:
Q  185 acttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcac 284  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | || || |||||    
T  25682805 acttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctataacctttcac 25682709  T
Q  285 accttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagag 384  Q
    ||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || |||||        
T  25682708 accttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctttagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagtta 25682609  T
Q  385 gagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25682608 gagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25682563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 28330398 - 28330128
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  28330398 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcattaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 28330302  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  28330301 aacctttcacacctttaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 28330202  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     |||||    ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  28330201 tttcaagttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28330128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 175 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 21039933 - 21039682
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||| ||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||  ||||    
T  21039933 aggtctttgcacttcatccccatgcggatcttatcaaaagtaacatacctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtttgt 21039837  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||| ||||||    
T  21039836 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaag-ttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaac 21039738  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
     |||||    ||||| ||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  21039737 attcaagttagagtagtctaccggtctcccactacaaacctccataggtgtcttga 21039682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 175 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 15947166 - 15946914
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||     ||  |  ||| |||||||||    
T  15947166 aggtttttgcacttcatactcatacgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccatg---ttttatcttcaacaacttgt 15947070  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || |||||||||||  |||||||||| || ||||| |||| | ||||||  ||||| ||||| || |||| | | ||| |||| ||||||||||||||    
T  15947069 aacctttcacaccttcaagataaccaataaaaacacacttcacaactctagcatcaagtttgtcatgtttgacacgtgcaaatgctaaagctccgaaaac 15946970  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
     |||||    ||||| |||| | || |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  15946969 tttcaagttagagtagtctggcagtctcccactccaaacatccataggtgtcttga 15946914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 40 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 26400947 - 26400887
Alignment:
Q  40 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacat 100  Q
    |||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26400947 tcaggatccactactggttgagttccacttgtattcgatgtcgaagcttcatcttctacat 26400887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 24263924 - 24263512
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263924 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 24263825  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263824 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 24263725  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263724 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 24263625  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263624 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 24263525  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    || ||||||||||    
T  24263524 atccccgttgatg 24263512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Original strand, 16882413 - 16882825
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882413 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 16882512  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16882513 tgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatctgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaaga 16882612  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882613 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 16882712  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882713 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 16882812  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    |||||||||||||    
T  16882813 attcccgttgatg 16882825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Original strand, 21986406 - 21986818
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986406 atactcaggatccactatcggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 21986505  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986506 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgagtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 21986605  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986606 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccagataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 21986705  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21986706 gtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccgatttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtct 21986805  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    ||| |||||||||    
T  21986806 attgccgttgatg 21986818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 448
Target Start/End: Original strand, 18411150 - 18411555
Alignment:
Q  43 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 142  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18411150 ggatccactacgggttgagttccacttgtatccaatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaattgagttt 18411249  T
Q  143 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 242  Q
    |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  18411250 tctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 18411349  T
Q  243 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411350 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataacaaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 18411449  T
Q  343 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 442  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  18411450 ttgatatgcgcatatgtcaaagctccaaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccag 18411549  T
Q  443 ttgatg 448  Q
    ||||||    
T  18411550 ttgatg 18411555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 9187739 - 9187334
Alignment:
Q  43 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 142  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9187739 ggatccactaccggttgagttccacttgtatccgacgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctctacctcaaactgagttt 9187640  T
Q  143 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 242  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  9187639 tctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttactcttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccatactaatcaagacttttga 9187540  T
Q  243 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9187539 tcctccactagattccaatttccacagcttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 9187440  T
Q  343 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9187439 ttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaaagatgagtagtttgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 9187340  T
Q  443 ttgatg 448  Q
    ||||||    
T  9187339 ttgatg 9187334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 44 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 24272493 - 24272181
Alignment:
Q  44 gatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagtttt 143  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24272493 gatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagtttt 24272394  T
Q  144 ctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgat 243  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||    
T  24272393 ctccaccattgtttccggtacttaagtctttaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttaat 24272294  T
Q  244 cctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgct 343  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24272293 cctcaactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaatcttgtcttgct 24272194  T
Q  344 tgatatgcgcata 356  Q
    |||||||||||||    
T  24272193 tgatatgcgcata 24272181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 51 - 312
Target Start/End: Original strand, 21642191 - 21642449
Alignment:
Q  51 taccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccacc 150  Q
    |||| |||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21642191 taccggttgagtttcatttgtatc-gatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccacc 21642289  T
Q  151 atagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccac 250  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||     
T  21642290 at--tttccggtactaaagtctctaggtctttacacatcatccccatacgggtctcatcgaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccaa 21642387  T
Q  251 tagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21642388 tagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacat 21642449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 307 - 448
Target Start/End: Original strand, 21643794 - 21643935
Alignment:
Q  307 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccac 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21643794 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatcagccggtttcccac 21643893  T
Q  407 tccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21643894 tccatacctccataggtgtcttgaagtctatacccgttgatg 21643935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Original strand, 3322466 - 3322736
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  3322466 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 3322562  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||  |||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  3322563 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcaccgctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagac 3322662  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  3322663 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 3322736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 25407917 - 25407647
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||   ||| |||||  |||||||   | |    
T  25407917 aggtctttgcacttcatccccatgtgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataatttttgatcctc---taggttccatcttccacagtctat 25407821  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  25407820 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaac 25407721  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     |||||    ||||| ||| || || |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  25407720 tttcaagttagagtagtctacccgtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25407647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Original strand, 44012209 - 44012478
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||| ||   | |||||  |||||||  ||||    
T  44012209 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatccttca---ggttccatcttccacagtttgt 44012305  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| |||||||| |||||    
T  44012306 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctcc-aaaac 44012404  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     ||||||   ||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||| || |||||||    
T  44012405 tttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctctataagtgtcttcaaatctatccctgttgatg 44012478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 177 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 7072552 - 7072284
Alignment:
Q  177 gtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtac 276  Q
    |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||| |||   | |||||  |||||||   | ||     
T  7072552 gtctttgcacttcatctccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatccacca---ggttccatcttccacagtctataa 7072456  T
Q  277 cccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacct 376  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| |||| ||||||||||| || |    
T  7072455 cctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactt 7072356  T
Q  377 tcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
    ||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  7072355 tcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 7072284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Original strand, 43594607 - 43595019
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594607 atactcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 43594706  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594707 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 43594806  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594807 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 43594906  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594907 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 43595006  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    || ||||||||||    
T  43595007 atccccgttgatg 43595019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Original strand, 43627401 - 43627813
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627401 atactcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 43627500  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627501 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 43627600  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627601 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 43627700  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627701 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 43627800  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    || ||||||||||    
T  43627801 atccccgttgatg 43627813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Original strand, 27447309 - 27447721
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447309 atactcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 27447408  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27447409 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatcctcatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagg 27447508  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447509 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 27447608  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447609 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 27447708  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    || ||||||||||    
T  27447709 atccccgttgatg 27447721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 31399593 - 31399181
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399593 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 31399494  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399493 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 31399394  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399393 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 31399294  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399293 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaattcgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 31399194  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    |||||||||||||    
T  31399193 attcccgttgatg 31399181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Original strand, 33788842 - 33789254
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33788842 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 33788941  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33788942 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 33789041  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789042 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 33789141  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789142 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 33789241  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    |||||||||||||    
T  33789242 attcccgttgatg 33789254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 37559194 - 37558791
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    ||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559194 atacttaggatccaccaccggttgagttccacttgtatccgatatcgaagcttcatcttct---------tcttcttcatttggaagctccacctcaaac 37559104  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37559103 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcacga 37559004  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559003 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 37558904  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37558903 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccggtttcccactccatacctccataagtgtcttgaagtct 37558804  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    || ||||||||||    
T  37558803 atccccgttgatg 37558791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 40 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 24558181 - 24557773
Alignment:
Q  40 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 139  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||     
T  24558181 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttcttcatcatctttatcttcatttggaagctccacctcaaaatgat 24558082  T
Q  140 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 239  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |    
T  24558081 tttcctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgagtctcatcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttt 24557982  T
Q  240 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24557981 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 24557882  T
Q  340 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  24557881 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccggtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtttattc 24557782  T
Q  440 ccgttgatg 448  Q
    |||||||||    
T  24557781 ccgttgatg 24557773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 40 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 24599213 - 24598805
Alignment:
Q  40 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 139  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||     
T  24599213 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttcttcatcatctttatcttcatttggaagctccacctcaaaatgat 24599114  T
Q  140 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 239  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |    
T  24599113 tttcctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgagtctcatcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttt 24599014  T
Q  240 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24599013 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 24598914  T
Q  340 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  24598913 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccggtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtttattc 24598814  T
Q  440 ccgttgatg 448  Q
    |||||||||    
T  24598813 ccgttgatg 24598805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 40 - 448
Target Start/End: Original strand, 28835792 - 28836199
Alignment:
Q  40 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 139  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28835792 tcaggatccactaccggttgagtttcacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcatttttttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 28835891  T
Q  140 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 239  Q
    ||| ||||||||| |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  28835892 tttcctccaccattgttttcggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttt 28835991  T
Q  240 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28835992 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttctcaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 28836091  T
Q  340 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 439  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28836092 tgcttgatatacgcatatg-caaagctccgaaaaccatcaaagatgagtaatctaccggtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattc 28836190  T
Q  440 ccgttgatg 448  Q
      |||||||    
T  28836191 atgttgatg 28836199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 36 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 28805323 - 28805070
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805323 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 28805224  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805223 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatcctcatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 28805124  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacacctt 289  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805123 ctcttgatcctccactagatttcaatttccacaacttgtaccccttcacacctt 28805070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 25447991 - 25447720
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||| ||   | |||||  |||||||   | |    
T  25447991 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatccttca---ggttccatcttccacagtctat 25447895  T
Q  275 accccttcacaccttcc-ggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 373  Q
    | || |||||||||| | |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||    
T  25447894 aacctttcacacctttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaa 25447795  T
Q  374 ccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
    | |||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  25447794 ctttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25447720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 396 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 29103965 - 29103928
Alignment:
Q  396 cggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 433  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29103965 cggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29103928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 396 - 433
Target Start/End: Original strand, 29267741 - 29267778
Alignment:
Q  396 cggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 433  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29267741 cggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29267778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 216 - 324
Target Start/End: Original strand, 31301980 - 31302088
Alignment:
Q  216 aacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttc 315  Q
    ||||||||||||||| | |||||  ||| |||||| ||||||| | ||||||| |||||| || | || ||| ||  ||||||| |  ||||||||||||    
T  31301980 aacatccctacttataatgactcccgatactccaccagattcccacttccacatcttgtaaccatgcagaccctctagataacccagtaagacacatttc 31302079  T
Q  316 aaagctcta 324  Q
    | |||||||    
T  31302080 acagctcta 31302088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 388; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 37 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 14740172 - 14739761
Alignment:
Q  37 tactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaact 136  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740172 tactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcgtcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaact 14740073  T
Q  137 gagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagac 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14740072 gagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctttaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagac 14739973  T
Q  237 tcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttg 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739972 tcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttg 14739873  T
Q  337 tcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtcta 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14739872 tcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtcta 14739773  T
Q  437 ttcccgttgatg 448  Q
    | ||||||||||    
T  14739772 tccccgttgatg 14739761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 33333677 - 33333265
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333677 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 33333578  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333577 tgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 33333478  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333477 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttcctgataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 33333378  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33333377 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtatcttgaagtct 33333278  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    |||||||||||||    
T  33333277 attcccgttgatg 33333265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 40 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 24433917 - 24433517
Alignment:
Q  40 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 139  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  | || | ||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  24433917 tcaggatccactaccagttgagttccacttgtattcgatgttgaagcttcatcttcctcgtcatttttctcttcatgtggaagctccacctcaaattgag 24433818  T
Q  140 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 239  Q
    ||| |||||||   ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  24433817 tttcctccacccatgtttccggtactaaagtctctaggtctttagacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttt 24433718  T
Q  240 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 339  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24433717 tgatcctccactagattcaaatttacacaacttgtaacccttcacaccttccagataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtat 24433618  T
Q  340 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 439  Q
    || |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||| ||||||   || ||||| ||||||||||||||||    
T  24433617 tgattgatatgcgcatatgtcaaaactccgaaaaccttcaaagatgagtaaattgctggtttcccgctccatttttcaataggcgtcttgaagtctattc 24433518  T
Q  440 c 440  Q
    |    
T  24433517 c 24433517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Original strand, 35203741 - 35204011
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  35203741 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 35203837  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  35203838 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 35203937  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  35203938 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 35204011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 175 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 25944172 - 25943920
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  25944172 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 25944076  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||| ||||||||  ||||| |||||| |  | | ||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  25944075 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacatttcacagctctagcatcaagtttgtctagtctcacatgagcaaatgctaaagctccgaaaac 25943976  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
     |||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25943975 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25943920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 175 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 13881242 - 13880990
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  13881242 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 13881146  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  13881145 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 13881046  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13881045 tttcaagttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 13880990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 172 - 428
Target Start/End: Original strand, 17692527 - 17692783
Alignment:
Q  172 tctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccc---tacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccaca 268  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||   | ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||    
T  17692527 tctaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatcccccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccaca 17692623  T
Q  269 acttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctcc 368  Q
    || |||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||||||   ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||| ||    
T  17692624 acctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctaacatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagcccc 17692723  T
Q  369 gaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtctt 428  Q
    |||||| |||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  17692724 gaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccatatgtgtctt 17692783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 175 - 430
Target Start/End: Original strand, 22348653 - 22348901
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   |||    
T  22348653 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctgt 22348749  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||  ||||||||  | || ||||  |||| ||||||||  ||||| || |||||  ||| ||| | | |||| ||||||||||||||    
T  22348750 aacctttcacaccttaaggataacc--taaatacac--ttcacagctctagcatcaagtttatcttgtctgacatgagaaaatgctaaagctccgaaaac 22348845  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
    ||||||    |||||  || | ||| |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  22348846 cttcaagttagagtagcctactggtctcccactccaaatctccataggtgtcttga 22348901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Original strand, 19346764 - 19347176
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346764 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 19346863  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346864 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 19346963  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346964 ctcttgatcttccactagattccaattttcacaacttatatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 19347063  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347064 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 19347163  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    |||||||||||||    
T  19347164 attcccgttgatg 19347176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 168 - 448
Target Start/End: Original strand, 25393504 - 25393784
Alignment:
Q  168 agtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccac 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393504 agtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccac 25393603  T
Q  268 aacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctc 367  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25393604 aacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagctc 25393703  T
Q  368 cgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25393704 cgtaaaccttcaaagatgagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 25393784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 40 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 39485808 - 39485468
Alignment:
Q  40 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 139  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  39485808 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttcgaagctccatctcaaactgag 39485709  T
Q  140 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 239  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||          ||| ||| | ||||||||| |    
T  39485708 tttcctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttgcacttcatcctcatacggttctcat----------atctctattaatcaagacttt 39485619  T
Q  240 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39485618 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 39485519  T
Q  340 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaa 390  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39485518 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaa 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 40 - 292
Target Start/End: Original strand, 31058448 - 31058700
Alignment:
Q  40 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 139  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31058448 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcatctttttcttcatttggaagctccacctcaaattgag 31058547  T
Q  140 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 239  Q
    ||| ||||||||| ||||| | | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |    
T  31058548 tttcctccaccattgtttctgatgctaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatacctactaatcaagacttt 31058647  T
Q  240 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccg 292  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31058648 tgaccctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccg 31058700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 40 - 281
Target Start/End: Original strand, 39485239 - 39485468
Alignment:
Q  40 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 139  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39485239 tcaggatccactaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatctt------------cttcttcatttggaagctccacctcaaattgag 39485326  T
Q  140 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 239  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | |    
T  39485327 ttttctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcattcccatacatgtctcatcaaaggtaacatctctactaatcaagatttt 39485426  T
Q  240 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtacccctt 281  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39485427 tgatccttcactagattccaatttccacaacttgtaaccctt 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 114 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 31134100 - 31133776
Alignment:
Q  114 atttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaag 213  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||  | ||||  ||  || ||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||     
T  31134100 atttggaagctccgcctcaaattgagtttcctctacacttgtttgtggctctagagtctctaggtcttttaactttatcctcatacgggtctcatcaaaa 31134001  T
Q  214 gtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 313  Q
    ||||| ||| | |||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |  | |||||  || |||||||||||||||| |||||    
T  31134000 gtaacgtccttgcttatcatcgctcttgatcctcatatagattccaatttccacaacttgtaactgtgcacacgctctggataaccaatgaagaaacatt 31133901  T
Q  314 tcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatac 413  Q
    ||| | ||| ||  ||||||||||||| ||||||||||  ||| || |||||  |||||| ||||||||  ||||| ||| |||  ||||||||| || |    
T  31133900 tcacaactccagcatcaagcttgtcttacttgatatgcagatacgctaaagcctcgaaaatcttcaaagttgagtagtcttccgacttcccactctatgc 31133801  T
Q  414 ctccataggtgtcttgaagtctatt 438  Q
    ||  || |||||||| |||||||||    
T  31133800 ctttattggtgtcttaaagtctatt 31133776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 2738708 - 2738438
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  2738708 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 2738612  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||| ||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  2738611 aacctttctcaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 2738512  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     |||||    ||||| ||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  2738511 tttcaagttagagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 2738438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 175 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 17934587 - 17934335
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| ||   |||| |||||  |||||||   |||    
T  17934587 aggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattct---ctaggttccatcttccacagtctgt 17934491  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |  |||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||||||| ||    
T  17934490 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacatatctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagac 17934391  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
     |||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17934390 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 17934335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Original strand, 22714912 - 22715182
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  22714912 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 22715008  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| | | | || ||||||||||||||    
T  22715009 aacctttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgaatgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaac 22715108  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     |||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  22715109 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 22715182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 39684750 - 39684480
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  39684750 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 39684654  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  39684653 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 39684554  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     |||||    ||||| ||| ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  39684553 tttcaagttagagtagtcttccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 39684480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Original strand, 20052439 - 20052708
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  ||||||    |||    
T  20052439 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacggtctgt 20052535  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||| ||||||    
T  20052536 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctc-gaaaac 20052634  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     |||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  20052635 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 20052708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 280 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 45569791 - 45569641
Alignment:
Q  280 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 379  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  45569791 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 45569692  T
Q  380 aagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
    |    ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  45569691 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 45569641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Original strand, 8514580 - 8514992
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514580 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 8514679  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8514680 tgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatccgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaaga 8514779  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514780 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 8514879  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514880 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 8514979  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    |||||||||||||    
T  8514980 attcccgttgatg 8514992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Original strand, 32477826 - 32478238
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32477826 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 32477925  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32477926 tgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatccgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaaga 32478025  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478026 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 32478125  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478126 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 32478225  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    |||||||||||||    
T  32478226 attcccgttgatg 32478238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 22170909 - 22170529
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22170909 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttaatttggaagctccacctcaaac 22170810  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170809 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 22170710  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170709 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 22170610  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctc 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170609 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctc 22170529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 448
Target Start/End: Original strand, 1308364 - 1308769
Alignment:
Q  43 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 142  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308364 ggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 1308463  T
Q  143 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 242  Q
    |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  1308464 tctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 1308563  T
Q  243 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308564 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 1308663  T
Q  343 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1308664 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccg 1308763  T
Q  443 ttgatg 448  Q
    ||||||    
T  1308764 ttgatg 1308769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 2674821 - 2674410
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674821 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 2674722  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2674721 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccattcgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaaga 2674622  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674621 ctcttgatcttccactagattccaatttccacaactcttatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 2674522  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  2674521 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtctagaagttt 2674422  T
Q  436 attcccgttgat 447  Q
    |||| |||||||    
T  2674421 attctcgttgat 2674410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 40 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 3326123 - 3325727
Alignment:
Q  40 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 139  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||           ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3326123 tcaggatccactaccggttgagttccacttgtatctgatgttgaagcttcatctt-----------tct-cttcatttggaagctccacctcaaattgag 3326036  T
Q  140 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 239  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  3326035 ttttctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttt 3325936  T
Q  240 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3325935 tgatcctccactagattccaattttcacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcatgtct 3325836  T
Q  340 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3325835 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatcttctagtttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattc 3325736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 130 - 313
Target Start/End: Original strand, 18144876 - 18145059
Alignment:
Q  130 tcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactta 229  Q
    ||||||| ||||| |||| || | |||| |||| ||  ||||||||| |||||||||||||| | |||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  18144876 tcaaactaagtttcctcctcccttgttttcggtgctaaagtctctagatctttacacttcattctcatacgtgtatcatcaaaggtaacgtccctactta 18144975  T
Q  230 tcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 313  Q
    |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18144976 tcaagacatttgatcctccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 18145059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 16459967 - 16459697
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  16459967 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 16459871  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||||||| | || ||||||||||||||    
T  16459870 aacctttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcatgacatgcgcaaacgctaaagctccgaaaac 16459771  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     |||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  16459770 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 16459697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 175 - 430
Target Start/End: Original strand, 10610451 - 10610703
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  10610451 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 10610547  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  10610548 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaac 10610647  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
     |||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10610648 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10610703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 6305814 - 6305544
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  6305814 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 6305718  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  6305717 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 6305618  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  6305617 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 6305544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 54191011 - 54190741
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  54191011 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 54190915  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  54190914 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaac 54190815  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     || ||    ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  54190814 ttttaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 54190741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 175 - 430
Target Start/End: Original strand, 10096484 - 10096736
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  10096484 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 10096580  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  10096581 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 10096680  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10096681 tttcaagttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 10096736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 177 - 447
Target Start/End: Original strand, 22623659 - 22623926
Alignment:
Q  177 gtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtac 276  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   ||||     
T  22623659 gtctttgcacttcatccccattcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttattataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgtaa 22623755  T
Q  277 cccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacct 376  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||||||||| |    
T  22623756 cctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcatagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactt 22623855  T
Q  377 tcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgat 447  Q
    ||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| | |||||||||||| ||||  ||||| || ||||||    
T  22623856 tcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaaactccataggtgttttgagatctatccctgttgat 22623926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 10899512 - 10899242
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  10899512 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 10899416  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||| ||||||    
T  10899415 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaac 10899316  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     || ||    ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  10899315 ttttaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 10899242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 175 - 430
Target Start/End: Original strand, 10203370 - 10203622
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  10203370 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgtttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 10203466  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  10203467 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 10203566  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10203567 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10203622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 175 - 430
Target Start/End: Original strand, 29911631 - 29911883
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  29911631 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 29911727  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |     
T  29911728 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaagat 29911827  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
     |||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29911828 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 29911883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 175 - 430
Target Start/End: Original strand, 47880566 - 47880818
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  ||||| |   |||    
T  47880566 aggtctttatacttcatcttcatgcgggtctcatcaaaagtaacatccttgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccatagtctgt 47880662  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| ||||| || ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||  ||| |||| |||||||| |||||    
T  47880663 aacctttcacaccttcaggatatcccatgaaaatacacttcacagctctagaatcaagtttgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaac 47880762  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
     ||||||   ||||| ||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  47880763 tttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctacataggtgtcttga 47880818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 448
Target Start/End: Original strand, 1 - 406
Alignment:
Q  43 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 142  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 ggatccactaccggttgagttccaattgtatccaatgttgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 100  T
Q  143 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 242  Q
     ||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  101 cctccaccattgtttctggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 200  T
Q  243 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  201 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 300  T
Q  343 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  301 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattcctg 400  T
Q  443 ttgatg 448  Q
    ||||||    
T  401 ttgatg 406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 40 - 448
Target Start/End: Original strand, 8154 - 8562
Alignment:
Q  40 tcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 139  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8154 tcaggatccactaccggttgagttccaattgtatccaatgttgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgag 8253  T
Q  140 ttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactct 239  Q
    ||| |||||||||  |||  |||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |    
T  8254 tttcctccaccattttttttggtattaaagtttctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaattaagacttt 8353  T
Q  240 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8354 tgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtct 8453  T
Q  340 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattc 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8454 tgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattc 8553  T
Q  440 ccgttgatg 448  Q
    | |||||||    
T  8554 ctgttgatg 8562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 36 - 448
Target Start/End: Original strand, 41395737 - 41396137
Alignment:
Q  36 atactcaggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 135  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395737 atactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttccacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaac 41395836  T
Q  136 tgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaga 235  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||    
T  41395837 tgagttttctccaccatagtttctggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctactaactaaga 41395936  T
Q  236 ctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagctt 335  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |             |||||    
T  41395937 ctcttgatcctcaactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcca------------cagctt 41396024  T
Q  336 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41396025 gtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgcgggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtct 41396124  T
Q  436 attcccgttgatg 448  Q
    || ||||||||||    
T  41396125 atccccgttgatg 41396137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 43 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 19369279 - 19369001
Alignment:
Q  43 ggatccagtaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 142  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19369279 ggatccactaccggttgagtttcacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcatcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 19369180  T
Q  143 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 242  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19369179 tctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttaatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 19369080  T
Q  243 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagct 321  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19369079 tcctccactagattctaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagct 19369001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 9524231 - 9523961
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  9524231 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 9524135  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  9524134 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 9524035  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  9524034 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 9523961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 175 - 430
Target Start/End: Original strand, 2396933 - 2397185
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  2396933 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 2397029  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||| ||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  2397030 aacctttcacactttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgcttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaac 2397129  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 430  Q
     |||||    ||||| ||| | ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  2397130 tttcaagttagagtagtctactggtctcccactccaaacctccataggtgttttga 2397185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 2)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 245 - 448
Target Start/End: Original strand, 34705 - 34908
Alignment:
Q  245 ctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgctt 344  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  34705 ctccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcacagctctagccttaagcttgtcttgctt 34804  T
Q  345 gatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgtt 444  Q
    ||||||||||||||||||| ||  || |||||||| ||| |||||        |||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  34805 gatatgcgcatatgccaaatcttagagaaccttcatagatgagtagaacattagtttcccactccatacttccataggtatcctgaagtttattcccgtt 34904  T
Q  445 gatg 448  Q
    ||||    
T  34905 gatg 34908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 206
Target Start/End: Original strand, 34544 - 34697
Alignment:
Q  56 gttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcat---ttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccat 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||| |    
T  34544 gttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcctccacatcttcttcttcatcatcaattggaagctccacctcacacttagtttactccaccct 34643  T
Q  153 agtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctc 206  Q
     ||||||||| ||  ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| |||||    
T  34644 tgtttccggtgctaaagtctataggtctgtacactttatccccatacgtgtctc 34697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Original strand, 822 - 1092
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  822 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccttgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 918  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| | ||||||||  ||||| ||||||||| | | ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  919 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacattttacagctctagcatcaagtttgtcttgcctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaac 1018  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     |||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  1019 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 1092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 175 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 18829 - 18559
Alignment:
Q  175 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 274  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  18829 aggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaagtgacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 18733  T
Q  275 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 374  Q
    | || |||||| |||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||  | | ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  18732 aacctttcacagcttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgtctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaac 18633  T
Q  375 cttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 448  Q
     ||||||   ||||| | ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  18632 tttcaaattagagtagtttgccggcctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 18559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University