View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7863_low_74 (Length: 320)

Name: NF7863_low_74
Description: NF7863
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7863_low_74
NF7863_low_74
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (8-305)||(49952974-49953272)
chr4 (8-305)||(39974683-39974981)
chr4 (6-252)||(281813-282059)
chr4 (52-304)||(13228533-13228783)
chr4 (114-186)||(42757638-42757706)
chr4 (266-305)||(281775-281814)
chr4 (214-304)||(50814634-50814725)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (8-305)||(21588784-21589082)
chr8 (91-304)||(13756376-13756590)
chr8 (91-305)||(42797318-42797532)
chr8 (91-304)||(23141828-23142042)
chr8 (91-162)||(10901475-10901546)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (8-305)||(36095949-36096247)
chr3 (167-305)||(12746103-12746241)
chr3 (52-156)||(50331954-50332056)
chr3 (195-304)||(50332063-50332173)
[»] scaffold0159 (1 HSPs)
scaffold0159 (52-304)||(33240-33492)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (52-304)||(5788867-5789119)
chr2 (52-304)||(3395448-3395698)
chr2 (214-304)||(41754529-41754620)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (52-277)||(1599549-1599773)
chr6 (91-260)||(26894788-26894957)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (184-305)||(33014000-33014122)
chr5 (52-304)||(38015928-38016177)
chr5 (8-145)||(33013852-33013989)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (91-304)||(43387132-43387344)
[»] scaffold0380 (2 HSPs)
scaffold0380 (168-297)||(14373-14503)
scaffold0380 (52-111)||(14538-14595)
[»] scaffold0036 (1 HSPs)
scaffold0036 (91-224)||(50251-50384)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (119-209)||(17510279-17510369)
chr7 (119-209)||(17542845-17542935)
chr7 (119-209)||(17474795-17474885)
chr7 (119-209)||(17578329-17578419)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 8 - 305
Target Start/End: Original strand, 49952974 - 49953272
Alignment:
Q  8 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttatt 107  Q
    |||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  49952974 tgagattgacataacagttacatccaaaatcttatgacattataagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatgccattcaatgtgttatt 49953073  T
Q  108 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttg 207  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49953074 ttaatccacacttgacacattaacatctctcaattaaatatgagactcttcgtgtccgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttg 49953173  T
Q  208 aagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcg-aacattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 305  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49953174 aagcgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcgaaacattgcagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 49953272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 8 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 39974981 - 39974683
Alignment:
Q  8 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttatt 107  Q
    |||||| ||||||| |||||||| || ||||||| || ||||  ||||||  |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39974981 tgagattgacatcacagttacattcaaaatcttaagagattatgagtcattccactgatatgttattcaatatctattatatggcattcaatatgttatt 39974882  T
Q  108 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttg 207  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39974881 ttaacccacacttgacacattaccatctctcaattaaatacgatactctttgtgtccgcgatccaccaccacgaagcacttccactccccaaaaatgttg 39974782  T
Q  208 aagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 305  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39974781 aagcgtatatgatatcaccattggaacttacgggggagacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaacaaccacacaggtgagaatgatgtc 39974683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 6 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 282059 - 281813
Alignment:
Q  6 aatgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgtta 105  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  282059 aatgagattgacatcacagttacatccaaaatctcaagacattatgagtcatctcactaatatgttgttcaatatatattatatggaattcaatgtgtta 281960  T
Q  106 ttttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgt 205  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  281959 ttttaacccacacttgacacattaacatctctcaattaaatacgagactcttcgtgtccgcgatccaccaccacacagcacttccgctccacaaaaatgt 281860  T
Q  206 tgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacac 252  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  281859 tgaagcgtatatgatatcaccattgggacttacgggggagacaacac 281813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 52 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 13228783 - 13228533
Alignment:
Q  52 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 151  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  13228783 agtcatctcacttatatgtttctcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctctccattaagtatgag 13228686  T
Q  152 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 251  Q
    ||| || ||||||| ||||||||||||  || |||||  |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||  |||||  |||||| |||||    
T  13228685 actttttgtgtctgcgatccaccaccaaaaaccacttatgctccccaaaaatgttgaagcggatatgatatcaccattgaaactta-tggggagccaaca 13228587  T
Q  252 cttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 304  Q
    ||||||||| || |  ||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||    
T  13228586 cttgtgtgaatcaacgcattgcagaaagagcaatcacacaagtgaaaatgatgt 13228533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 186
Target Start/End: Original strand, 42757638 - 42757706
Alignment:
Q  114 cacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcac 186  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42757638 cacaattgacacattaacatctctctattaa----gagactctccgtgtctgtgatccaccaccaagaagcac 42757706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 281814 - 281775
Alignment:
Q  266 acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 305  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  281814 acattgcagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 281775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 50814725 - 50814634
Alignment:
Q  214 atatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 304  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| | ||| | ||| ||||| ||||| ||||||||    
T  50814725 atatgatatcaccattgggacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcataaagagcaatcacacgagtgataatgatgt 50814634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 171; Significance: 8e-92; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 8 - 305
Target Start/End: Original strand, 21588784 - 21589082
Alignment:
Q  8 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttatt 107  Q
    |||||| ||||||| |||||||| || ||||||| || ||||  |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21588784 tgagattgacatcacagttacattcaaaatcttaagagattatgagtcatctcactgatatgttattcaatatctattatatgacattcaatgtgttatt 21588883  T
Q  108 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttg 207  Q
    |||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||    
T  21588884 ttaacccacccttgacacattaccatctctcaattaaatacgatactcttcgtgtccacgatccaccaccacgaagcactttcgctccccataattgttg 21588983  T
Q  208 aagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 305  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21588984 aagcgtatatgatatcaccattggaacttacgggggagacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaacaaccacacaggtgagaatgatgtc 21589082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 91 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 13756590 - 13756376
Alignment:
Q  91 gcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttcc 190  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||| || |||   ||||||||||||| | |||||||    
T  13756590 gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatatctatattaagcatgagactctttgtatctactatccaccaccacggaccacttcc 13756491  T
Q  191 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacac 289  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||| | || || |||| ||||||||| |||| |||||| ||||| | ||| |||||    
T  13756490 gctccccaaaaatgttgaagcagatatgatatcaccattgggacttatgtggaagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcagaaagagcaatcacac 13756391  T
Q  290 aagtgagaatgatgt 304  Q
    |||||| ||||||||    
T  13756390 aagtgataatgatgt 13756376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 91 - 305
Target Start/End: Original strand, 42797318 - 42797532
Alignment:
Q  91 gcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttcc 190  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||  || ||||  ||||||||||||  | |||||||    
T  42797318 gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctttctattaagcatgagactctctgtatctgctatccaccaccacagaccacttcc 42797417  T
Q  191 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacac 289  Q
    ||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||| ||||||| | ||||  ||||||||||||| |||| |||||| ||||| | ||| |||||    
T  42797418 gctccccaaaaatgttgaagcagatatgatatcaccattgagacttac-gaggagcaaacacttgtgtgaatcgacacattgcagaaagagcaatcacac 42797516  T
Q  290 aagtgagaatgatgtc 305  Q
     ||||| |||||||||    
T  42797517 gagtgataatgatgtc 42797532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 91 - 304
Target Start/End: Original strand, 23141828 - 23142042
Alignment:
Q  91 gcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttcc 190  Q
    |||||||||||||||||||||  || | ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||  || ||||  ||||||||||||| | |||||||    
T  23141828 gcattcaatgtgttattttaactcatacttgacacgttaacatctctctattaagcatgagactctctgtatctgctatccaccaccacggaccacttcc 23141927  T
Q  191 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacac 289  Q
    ||||||| ||||||||||||   ||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| | ||| | ||| |||||    
T  23141928 gctccccgaaaatgttgaagcagatatgatatcaccattgagacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcataaagagcaatcacac 23142027  T
Q  290 aagtgagaatgatgt 304  Q
     ||||| ||||||||    
T  23142028 gagtgataatgatgt 23142042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 91 - 162
Target Start/End: Original strand, 10901475 - 10901546
Alignment:
Q  91 gcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgt 162  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||    
T  10901475 gcattcaatgtgttattttaactcacatttgatacattaacatctctccattaagtacgagactctccgtgt 10901546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 8 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 36096247 - 36095949
Alignment:
Q  8 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttatt 107  Q
    |||||| ||||||  |||||||| || ||||||| || ||||  |||||||||| | |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  36096247 tgagattgacatcgcagttacattcaaaatcttaagagattatgagtcatctcattgatatgttattcaatatcaattatatggcattcaatgtattatt 36096148  T
Q  108 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttg 207  Q
    |||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||| | || |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36096147 ttaacccacacttgacacattacaatctctcaattaaatacgatactcttcgtgtccgcgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttg 36096048  T
Q  208 aagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 305  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  36096047 aagcgtatatgatatcaccattgggacatacgggggatacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaacaaccacaaaggtgagaatgatgtc 36095949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 167 - 305
Target Start/End: Original strand, 12746103 - 12746241
Alignment:
Q  167 gatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga- 265  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  12746103 gatccaccaccacaaagcatttccgctctccaaaaatgttgaagcgtatatgatatcaccattgggaattacaggggagacaacacttgtgtgattcgat 12746202  T
Q  266 acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgtc 305  Q
    |||||| || | || ||| |||||||||||||||||||||    
T  12746203 acattgcag-agaagcaatcacacaagtgagaatgatgtc 12746241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 52 - 156
Target Start/End: Original strand, 50331954 - 50332056
Alignment:
Q  52 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 151  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||     
T  50331954 agtcatctcacttatatgtttctcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctctctattaagcatgaa 50332051  T
Q  152 actct 156  Q
    |||||    
T  50332052 actct 50332056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 304
Target Start/End: Original strand, 50332063 - 50332173
Alignment:
Q  195 cccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcg-aacattgtagaaaaaacaaccacacaagt 293  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||  |||||| ||||| | ||| ||||| |||    
T  50332063 cccaaaaatgttgaagcagatatgatatcaccattgggacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgtcacattgcagaaagagcaatcacacgagt 50332162  T
Q  294 gagaatgatgt 304  Q
    || ||||||||    
T  50332163 gataatgatgt 50332173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0159 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0159
Description:

Target: scaffold0159; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 52 - 304
Target Start/End: Original strand, 33240 - 33492
Alignment:
Q  52 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 151  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||  |||||  |||||    
T  33240 agtcatctcacttatatgttgttcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacatttgacacattaacatctcttcattaagtatgag 33337  T
Q  152 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 251  Q
    |||||  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||| | ||| ||||||  |||||| |||||    
T  33338 actctctgtgtctgcgatccaccaccacgaaccacttccgcttcccaaaaatgttgaagcgggtatgatatcaacattgagactta-tggggagccaaca 33436  T
Q  252 cttgtgtgatt--cga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 304  Q
    ||||||||| |   || |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  33437 cttgtgtgaatgatgacacattgcagaaagagcaatcacacaagtgagaatgatgt 33492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 52 - 304
Target Start/End: Original strand, 5788867 - 5789119
Alignment:
Q  52 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 151  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||  |||||  |||||    
T  5788867 agtcatctcacttatatgttgttcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacatttgacacattaacatctcttcattaagtatgag 5788964  T
Q  152 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 251  Q
    |||||  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||| | ||| ||||||  |||||| |||||    
T  5788965 actctctgtgtctgcgatccaccaccacgaaccacttccgcttcccaaaaatgttgaagcgggtatgatatcaacattgagactta-tggggagccaaca 5789063  T
Q  252 cttgtgtgatt--cga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 304  Q
    ||||||||| |   || |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  5789064 cttgtgtgaatgatgacacattgcagaaagagcaatcacacaagtgagaatgatgt 5789119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 52 - 304
Target Start/End: Original strand, 3395448 - 3395698
Alignment:
Q  52 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 151  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |||   |||||||| ||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  3395448 agtcatctcacttatatgtttctcaacatctactatt--gcattcaaagtgttattttaactcacacctgacacattaacatctctccattaagtatgag 3395545  T
Q  152 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 251  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||  || |||||  |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||    
T  3395546 actctttgtgtctgcgatccaccaccaaaaaccacttatgctccccaaaaatgttgaagcggatatgatatcaccattggaactta-tggggagacaaca 3395644  T
Q  252 cttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 304  Q
    ||||||||| |||| || ||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||    
T  3395645 cttgtgtgaatcgacacgttgcagaaagagcaatcacacaagtgaaaatgatgt 3395698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 304
Target Start/End: Original strand, 41754529 - 41754620
Alignment:
Q  214 atatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 304  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| | ||| | ||| ||||| ||||| ||||||||    
T  41754529 atatgatatcaccattgggacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcataaagagcaatcacacgagtgataatgatgt 41754620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 96; Significance: 5e-47; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 52 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 1599773 - 1599549
Alignment:
Q  52 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 151  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  1599773 agtcatctcacttatatgtttctcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctctctattaagcatgag 1599676  T
Q  152 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 251  Q
    |||||  || ||||  ||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| |    
T  1599675 actctctgtatctgctatccaccaccacataccacttccgctcccaaaaaatgttgaagcatatatgatatcacctttgggacttatgggggagccaata 1599576  T
Q  252 cttgtgtgattcga-acattgtagaaa 277  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||||    
T  1599575 cttgtgtgaatcgacacattgcagaaa 1599549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 91 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 26894957 - 26894788
Alignment:
Q  91 gcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttcc 190  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||| |||| | ||||||||||||| |||||  |||||||| | ||||||||  ||||||||||| ||| |||||||    
T  26894957 gcatccaatgtgttattttaaatcacacttgatatattaacatctctccattaagtatgagactatccgtgtctgcaatccaccaccatgaaccacttcc 26894858  T
Q  191 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtga 260  Q
     |||||| |||||||||||||| |||| ||||||   |||||||||| |||| || ||||| ||||||||    
T  26894857 actcccctaaaatgttgaagtggatattatatcattattgggacttatggggtagccaacagttgtgtga 26894788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 184 - 305
Target Start/End: Original strand, 33014000 - 33014122
Alignment:
Q  184 cacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaaca 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  33014000 cacttccgctccccaaaaatgttgaagcgtatatgatatcaccattgggacttacatgggagacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaaca 33014099  T
Q  283 accacacaagtgagaatgatgtc 305  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  33014100 accacacaagtgagaatgatgtc 33014122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 52 - 304
Target Start/End: Original strand, 38015928 - 38016177
Alignment:
Q  52 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgag 151  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| || ||  |||||    
T  38015928 agtcatctcacttatatgttgctcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaactcacacttgacacattaacatctctccatcaagtatgag 38016025  T
Q  152 actcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaaca 251  Q
    ||| || |||||   |||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||| || ||||||||||  |||||| || ||    
T  38016026 actttt-gtgtccacgatccaccaccacgaaccacttccgttccacaaaaatgttgaagcggatatgatatcgccattgggactta-tggggagccagca 38016123  T
Q  252 cttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacacaagtgagaatgatgt 304  Q
    ||||||||| |||| | |||| ||||| | ||| ||||||||| | ||||||||    
T  38016124 cttgtgtgaatcgatatattgcagaaagagcaatcacacaagtaataatgatgt 38016177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 8 - 145
Target Start/End: Original strand, 33013852 - 33013989
Alignment:
Q  8 tgagatggacatcaaagttacatccataatcttatgacattacaagtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttatt 107  Q
    |||||| ||||||| | |||||||||   ||||| |||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  33013852 tgagattgacatcacaattacatccaagttcttaagacattatgagtcatctcactaatatgttgttcaatatatattatatgaaattcaatgtgttatt 33013951  T
Q  108 ttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaa 145  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  33013952 ttaacccacacttgacacattagcatctctcaattaaa 33013989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 91 - 304
Target Start/End: Original strand, 43387132 - 43387344
Alignment:
Q  91 gcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttcc 190  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||  ||||  | |||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||      
T  43387132 gcattcaatgtgtaattttaactcacacttgacacattaacatctctctgttaagtacgagactctccgtgtctgcgatcca-caccacgaaccactttt 43387230  T
Q  191 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-acattgtagaaaaaacaaccacac 289  Q
    |||||| ||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||||||| | || ||| |||||||||| ||| |||||    
T  43387231 gctcccaaaaaatgttgaaacggatatgatatcaccattgggactta-tggggatccaacacttgtgtgaattgacacaatgtagaaaaagcaatcacac 43387329  T
Q  290 aagtgagaatgatgt 304  Q
    |||||| ||| ||||    
T  43387330 aagtgaaaataatgt 43387344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0380 (Bit Score: 47; Significance: 8e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0380
Description:

Target: scaffold0380; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 168 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 14503 - 14373
Alignment:
Q  168 atccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcga-a 266  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| ||  |||||| || |||| |||||||||||||| || | |    
T  14503 atccaccatcacgaaccacatccgctcctcaaaaatgttgaagcggatatgatatcaccattaagacttatggaggagccaacacttgtgtgaatcaaca 14404  T
Q  267 cattgtagaaaaaacaaccacacaagtgaga 297  Q
    ||||| |||||   ||| |||||||||||||    
T  14403 cattgaagaaagggcaatcacacaagtgaga 14373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0380; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 52 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 14595 - 14538
Alignment:
Q  52 agtcatctcacttatatattgttcaatatctattatatggcattcaatgtgttattttaa 111  Q
    |||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||    
T  14595 agtcatctcatttatatgttgttcaacatctactatt--gcattcaatgtgttattttaa 14538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0036 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0036
Description:

Target: scaffold0036; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 224
Target Start/End: Original strand, 50251 - 50384
Alignment:
Q  91 gcattcaatgtgttattttaatccacagttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttcc 190  Q
    |||||||| ||||||||||||   ||| |||||| |||||  |||||| |||||  | ||||||||   |||| | |||||||||| ||||| ||||||     
T  50251 gcattcaacgtgttattttaactgacacttgacatattaaattctctccattaagtacgagactctctatgtccgcgatccaccactacgaaccacttct 50350  T
Q  191 gctccccaaaaatgttgaagtgtatatgatatca 224  Q
    |||||| ||||| ||||||| | |||||||||||    
T  50351 gctcccaaaaaacgttgaagcggatatgatatca 50384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 119 - 209
Target Start/End: Original strand, 17510279 - 17510369
Alignment:
Q  119 ttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaa 209  Q
    |||||||||||||||||||| | |||   | |||||||| ||| |||||||| ||||||| ||| |||| || |||||| |||||||||||    
T  17510279 ttgacacattaacatctctccagtaagtgtcagactctttgtgcctgtgatcgaccaccaagaaccactcccactcccctaaaatgttgaa 17510369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 119 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 17542935 - 17542845
Alignment:
Q  119 ttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaa 209  Q
    |||||||||||||||||||| | |||   | |||||||| ||| |||||||| ||||||| ||| |||| || |||||| |||||||||||    
T  17542935 ttgacacattaacatctctccagtaagtgtcagactctttgtgcctgtgatcgaccaccaagaaccactcccactcccctaaaatgttgaa 17542845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 119 - 209
Target Start/End: Original strand, 17474795 - 17474885
Alignment:
Q  119 ttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaa 209  Q
    |||||||||||||||||||| | |||   | |||||||| ||| |||||||| ||||||| ||| |||| || | |||| |||||||||||    
T  17474795 ttgacacattaacatctctccagtaagtgtcagactctttgtgcctgtgatcgaccaccaagaaccactcccacacccctaaaatgttgaa 17474885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 119 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 17578419 - 17578329
Alignment:
Q  119 ttgacacattaacatctctcaattaaacatgagactcttcgtgtctgtgatccaccaccacgaagcacttccgctccccaaaaatgttgaa 209  Q
    |||||||||||||||||||| | |||   | |||||||| ||| |||||||| ||||||| ||| |||| || | |||| |||||||||||    
T  17578419 ttgacacattaacatctctccagtaagtgtcagactctttgtgcctgtgatcgaccaccaagaaccactcccacacccctaaaatgttgaa 17578329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University