View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7882_low_1 (Length: 688)

Name: NF7882_low_1
Description: NF7882
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7882_low_1
NF7882_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-674)||(2237254-2237915)
chr7 (485-585)||(2261068-2261168)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 486; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 486; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 2237915 - 2237254
Alignment:
Q  1 gatgaatatatatttttt-ggagtatcataaaacattgaaagaatttctctaacgtcaccaaacaagtatgaggactcccttnnnnnnnttcaagttttg 99  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| |||||             |||||||| |    
T  2237915 gatgaatatttatttttttggagtatcataaaacattgaaaga-tttatctaacctcaccaatcaagtatggggacta------------tcaagtttgg 2237829  T
Q  100 gattatcactcattcctttttactttttgacccttttatatcgacgtataattgtgctaaactctcaaaatataggagttactacgttggaacatcttca 199  Q
    |  ||||| ||||||||| || ||||| ||||| |||||||| | |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2237828 ggctatcattcattccttctttcttttcgacccgtttatatcaaagtataattatgctaaactttcaatatataggagttactatgttggaacatcttca 2237729  T
Q  200 cttgaagaaggtgcgaccattaaagattgttgcatattccgtggaagccttgtaaaacttgatgctcaaaccggcgatatcttatggaaaacccatatgt 299  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  2237728 ctagaagaaggtgcaaccattaaagattgttgcatatttcgtggaagtcttgtaaaacttgatgctcaaaccggcgacatcttatggaaaacctatatgt 2237629  T
Q  300 taccggataacaacggaaagataggagcatatgctggagctgccatttggggaagtagtccttccattgatgtttatcgaaaacatgtctatattgccac 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2237628 taccggataacaacggaaagataggagcatatgctggagctgccatttggggaagtagtccttccattgatgtttatcgaaaacatgtctatattgccac 2237529  T
Q  400 cggaaatctctactctgctccaaaaaacgtacttgaatgtcaagaaagacaaaataatcaaactactcctattgaacaagacaagtgtgttgaaccagaa 499  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2237528 cggaaatctctactctgccccaaaaaacgtacttgaatgtcaagaaagacaaaataatcaaactactcctattgaacaagacaagtgtgttgaaccagaa 2237429  T
Q  500 aatcattccaattcaatcttggcccttgatttggacagtggtaatatcgaatggtacaaacaattaggaggatatgatgtatggtttgtttcatgtaaca 599  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2237428 aatcactcaaattcaatcttggcccttgatttggacagtggtaatatcaaatggtacaaacaattaggaggatatgatgtatggtttgtttcatgtaaca 2237329  T
Q  600 atgcttcaatttctaattgtccaccacaaggttctataccagatgcagattttggagaggcgccgatgatgttaa 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  2237328 atgcttcaatttctaattgtccacctcaaggttctataccagatgcagattttggagaggcaccaatgatgttaa 2237254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 485 - 585
Target Start/End: Original strand, 2261068 - 2261168
Alignment:
Q  485 tgtgttgaaccagaaaatcattccaattcaatcttggcccttgatttggacagtggtaatatcgaatggtacaaacaattaggaggatatgatgtatggt 584  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||| |||| | ||  |||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||    
T  2261068 tgtgttgaaccagaaaatcattctaattcaatcttagcacttgatttgtacaatggtgaaattaaatggtaccatcaattaggtggatatgatgtttggt 2261167  T
Q  585 t 585  Q
    |    
T  2261168 t 2261168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University