View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7883_high_6 (Length: 483)

Name: NF7883_high_6
Description: NF7883
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7883_high_6
NF7883_high_6
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (15-466)||(6366507-6366958)
chr1 (108-463)||(6357323-6357678)
chr1 (121-466)||(6379005-6379350)
chr1 (178-463)||(6380277-6380564)
chr1 (187-466)||(6372230-6372508)
chr1 (210-461)||(6399329-6399580)
chr1 (108-466)||(6358695-6359055)
chr1 (158-455)||(6404000-6404297)
chr1 (122-461)||(6347578-6347917)
chr1 (178-463)||(6420465-6420752)
chr1 (178-466)||(6348725-6349013)
chr1 (178-461)||(6415308-6415593)
chr1 (186-434)||(6391043-6391291)
chr1 (213-460)||(6427839-6428087)
chr1 (24-78)||(6357228-6357282)
chr1 (24-62)||(6347418-6347456)
chr1 (387-460)||(6439623-6439696)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 444; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 466
Target Start/End: Original strand, 6366507 - 6366958
Alignment:
Q  15 aagaaagtgaaaaggagactgtagtgtaggttttcatggtttattattctgttctttgttctgccagaattgtctatgtaaatcatgttctttgctgttt 114  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6366507 aagaaagtgaaaaggagattgtagtgtaggttttcatggtttattattctgttctttgttctgccagaattgtctatgtaaatcatgttctttgctgttt 6366606  T
Q  115 ctgaagcaaataactatgtttagctcgtatgtagatatattaatctaccatcatctcttagattcttcagctcaatgtatcttagtctcaactggaaatt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6366607 ctgaagcaaataactatgtttagctcgtatgtagatatattaatctaccatcatctcttagattcttcagctcaatgtatcttagtctcaactggaaatt 6366706  T
Q  215 tataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtgg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6366707 tataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaaatgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtgg 6366806  T
Q  315 aatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtct 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6366807 aatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtct 6366906  T
Q  415 ttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaag 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6366907 ttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaag 6366958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 108 - 463
Target Start/End: Original strand, 6357323 - 6357678
Alignment:
Q  108 gctgtttctgaagcaaataactatgtttagctcgtatgtagatatattaatctaccatcatctcttagattcttcagctcaatgtatcttagtctcaact 207  Q
    ||||||||| ||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  6357323 gctgtttctcaagaaaatacttatgtttagctcttatgtagatatattaatctaccaacatctcttagattcttcaactcaatgtttcttagtctcaact 6357422  T
Q  208 ggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagt 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||  |  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  6357423 ggaaatctataaatttattgcaggcccttccgaaaacattttcagacaatttaaagaagaagttgccaggcaacgtgacccttaaaggtcctagtggagt 6357522  T
Q  308 tgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttc 407  Q
    |||||||||| | |||||||   |||||| |||  |  |||| |||  | | || |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6357523 tgtgtggaatgttgggctgacagctagagatgataccatttacttcacgaatggatggcaaagattcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttc 6357622  T
Q  408 cttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggaga 463  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  6357623 cttgtctttaagtacaatggggagtcactctttgaagttttaatctttcatggaga 6357678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 121 - 466
Target Start/End: Original strand, 6379005 - 6379350
Alignment:
Q  121 caaataactatgtttagctcgtatgtagatatattaatctaccatcatctcttagattcttcagctcaatgtatcttagtctcaactggaaatttataaa 220  Q
    ||||||| || ||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||      
T  6379005 caaataattacgtttagctcttaggtagatatattagtctaccaacatctcttagattcttcagctcaatatttcatagtctcaaatggaaatttatact 6379104  T
Q  221 tttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatata 320  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6379105 tttattgcaggcacttcctaaaacattttcagacaatttaaagaacaagttgccagcaaatgtgacccttaaaggtcctagtggagttgtgtgggatata 6379204  T
Q  321 gggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagt 420  Q
    |||||||  ||||||| |||  |  |||| | |  ||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  6379205 gggctgacaactagagatgatacaatttactccacggatggttggcaacaattcgtgaaagatcactctttgaaacagaatgatttccttgtcttcaagt 6379304  T
Q  421 acaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaag 466  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6379305 acaatggtgaatcactgtttgaggttttaatctttcatggagaaag 6379350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 178 - 463
Target Start/End: Original strand, 6380277 - 6380564
Alignment:
Q  178 tcttcagctcaatgtatctt--agtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgcca 275  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||  ||||||||||||  || ||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6380277 tcttcagctcaatgtatcttttaatctcagatggaaatttatattttaattgcaggcacttcctaaaacattctcagacaatttaaagaagaagttgcca 6380376  T
Q  276 gaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcg 375  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||   |||||| || ||||||||||||  ||| |||     
T  6380377 gaaaatgtgacccttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgacaactagagatgatattgtttactttgtggacggttggaaacgattca 6380476  T
Q  376 tgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggaga 463  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6380477 ttaaagatcactctttgaaacagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtaaatcactctttgaggttttaatctttgatggaga 6380564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 187 - 466
Target Start/End: Original strand, 6372230 - 6372508
Alignment:
Q  187 caatgtatcttagtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgac 286  Q
    |||| ||||||| |||||| ||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6372230 caatttatcttaatctcaaatggaaatttatacttttat-gcaggcacttcctaaaacattctcagacaacttaaagaagaagttgccagaaaatgtgac 6372328  T
Q  287 acttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcac 386  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||  |||  |||| || ||| ||||||||||||  || || |||||||||||     
T  6372329 ccttaaaggtcctagtggagttgtatggaatatagggctgacaactagaaatgatactgtgtacttcatggacggttggcagcggtttgtgaaagatcat 6372428  T
Q  387 tctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaag 466  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6372429 tctttgaaagaaaatgatttccttgtctttaagtacaatggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaag 6372508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 210 - 461
Target Start/End: Original strand, 6399329 - 6399580
Alignment:
Q  210 aaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttg 309  Q
    |||||||||  || ||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6399329 aaatttatattttaattgcaggcacttcctaaaacattttcagacaatttaaagaagaagttgccagaaaatgtgactcttaaaggtcctagtggagttg 6399428  T
Q  310 tgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttcct 409  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||| | |  ||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6399429 tgtggaatataggactgacaactagagataatactgtttacttcgtggacggttggcaacaattcgtgaacgatcactctttgaaagagaatgatttcct 6399528  T
Q  410 tgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatgga 461  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6399529 tgtctttaagtacaatggtgaatcactctttgaggttttaatctttgatgga 6399580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 108 - 466
Target Start/End: Original strand, 6358695 - 6359055
Alignment:
Q  108 gctgtttctgaagcaaataactatgtttagctcgtatgtagatatattaatctaccatcatctc--ttagattcttcagctcaatgtatcttagtctcaa 205  Q
    ||||||| | |||||| ||| |||||||||||  || ||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  6358695 gctgtttttcaagcaagtaattatgtttagcttttaggtagatatattaatcgaccaacatctctcttagattcttcagctcaatgttttttaatctcaa 6358794  T
Q  206 ctggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtgga 305  Q
     | ||||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||  ||||     
T  6358795 attgaaatttatacttttattgcaggcacttcctaaaacattttcagacaatttaaataagaagttgccagaaaatgtgacccttaaaggtcccggtggt 6358894  T
Q  306 gttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatt 405  Q
    ||||  ||||| |||||||| |  |||||||  ||  ||||||| ||| || ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  6358895 gttgcatggaaaatagggctcataactagagacgatactgtttacttcctgaacggttggcaacgattcgtgaacgatcactctttgaaagataatgatt 6358994  T
Q  406 tccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaag 466  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  6358995 tccttgtctttaattacaatggtgagtcacactttgatgttttgatctttgatggagaaag 6359055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 158 - 455
Target Start/End: Original strand, 6404000 - 6404297
Alignment:
Q  158 tctaccatcatctcttagattcttcagctcaatgtatcttagtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaat 257  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||| | ||||  ||||||||||   || ||||||||| |||||||||| ||| || ||||||    
T  6404000 tctaccaacatctcttagactcttcaattcaatgtatcttaatatcaaaaggaaatttatgttttaattgcaggcacttcctaaaacattttcagacaat 6404099  T
Q  258 ttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtgg 357  Q
    |||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||| | |  | ||||| |||  ||    
T  6404100 ttaaagaacaagttgcctgaaaatgtgacccttaaaggtcctagtggagttgtttggaatataggactgacaactagagattatacggtttacttcacgg 6404199  T
Q  358 acggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatcttt 455  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6404200 acggttggcaacgatttgtgaaagatcattctttgaaagagaatgatttccttgtttttaagtacaatggtgaatcactctttgaggttttaatcttt 6404297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 122 - 461
Target Start/End: Original strand, 6347578 - 6347917
Alignment:
Q  122 aaataactatgtttagctcgtatgtagatatattaatctaccatcatctcttagattcttcagctcaatgtatcttagtctcaactggaaatttataaat 221  Q
    |||||| |||||||||||| |  || |||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| || |||| |||||||  |    
T  6347578 aaataattatgtttagctctttggtggatatattaatctaccaaaatctcttagattcatcagctcaatgtttattagtcttaaatggacatttatactt 6347677  T
Q  222 ttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatag 321  Q
    || |||||||| ||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  6347678 ttgttgcaggcacttccgaaaacattttcagacaatttaaagaagaagttaccagaaaatgtgaccattaaatgtcctagcggaattgtgtggaatatag 6347777  T
Q  322 ggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagta 421  Q
    ||||||   ||||||||||  ||||||| |||  | || |||||| ||  ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  6347778 ggctgacagctagaggtgatactgtttacttcacgaacagttggcaacaattcgtcaaagaccactccttgaaggaaaatgatttccttgtatttaagta 6347877  T
Q  422 caacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatgga 461  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6347878 caatggtgaatcacactttgaggttttaatctttaatgga 6347917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 178 - 463
Target Start/End: Original strand, 6420465 - 6420752
Alignment:
Q  178 tcttcagctcaatgtatctt--agtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgcca 275  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||  ||||||||||||  || | ||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  6420465 tcttcagctcaatgtatcttttaatctcagatggaaatttatattttaactgcaggcacttcctaaaacattttcagacaatttaaaaaagaagttgcca 6420564  T
Q  276 gaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcg 375  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||  ||||||| | |  ||||||| ||||||| |||||||   || ||||    
T  6420565 gaaaatgtgacccttaagggtcctagtggagctgtgtgggatattgggttgacaactagagataatactgtttacttcgtgggcggttgggagcgattcg 6420664  T
Q  376 tgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggaga 463  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6420665 tgaaagatcattctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaatggtgaatcactctttgaggttttaatctttgatggaga 6420752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 178 - 466
Target Start/End: Original strand, 6348725 - 6349013
Alignment:
Q  178 tcttcagctcaatgtatcttagtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccaga 277  Q
    |||| |||| ||||| ||||| |||||  ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  6348725 tcttgagcttaatgtttcttattctcatttggaaatttatacttttattgcaggcacttcctaaaacattttcagacaatttaaataagaagttgccaga 6348824  T
Q  278 aagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtg 377  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||  ||||||| ||  | |||||| |||||||||||||||| ||  ||| ||    
T  6348825 aaatgtgacccttaaaggtcctagtggagttacatggaatataaggctgacaactagagatggctttgtttacttcgtggacggttggcaacaattcatg 6348924  T
Q  378 aaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatggagaaag 466  Q
    || |||||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  6348925 aacgatcactcgttgaaagctaatgatttccttgtctgtaagtacaatggtgaatcacacttcgaggttttaatctttgatggagaaag 6349013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 178 - 461
Target Start/End: Original strand, 6415308 - 6415593
Alignment:
Q  178 tcttcagctcaatgtatctt--agtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgcca 275  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||  ||||||||| ||  || ||||||||| |||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||    
T  6415308 tcttcagctcaatgtatcttttaatctcagatggaaatttgtattttaattgcaggcacttcctaaaacattttcagacaacttaaagaagaagttgcca 6415407  T
Q  276 gaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcg 375  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||  ||||||| |||    ||||||||| ||  || |    
T  6415408 gaaaatgtgacccttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgacaactatagatgacactgtttacttcacaaacggttggcaacaatttg 6415507  T
Q  376 tgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatgga 461  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||||||||  | ||||| |||||||||||| |||||    
T  6415508 tgaatgatcactctttgaaagagagtgatttccttttcttcaagtacaatggtgaatcgttgtttgaagttttaatctttgatgga 6415593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 186 - 434
Target Start/End: Original strand, 6391043 - 6391291
Alignment:
Q  186 tcaatgtatcttagtctcaactggaaatttataaatttattgcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtga 285  Q
    |||||||||| || |||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| |||||    
T  6391043 tcaatgtatcataatctcaaatggaaatttatcattttattgcaggcacttcctagaacattctcagacaatttgaagaagaagctgccagaaaatgtga 6391142  T
Q  286 cacttaaaggtcctagtggagttgtgtggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatca 385  Q
    | ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| | ||||||| | |  ||||||| ||||||||||||||||  |  || |  | ||||||    
T  6391143 cccttaaaggtcctagtggagttgaatggaatgtagggctgcaaactagagataatactgtttacttcgtggacggttggcatcagtttgcaagagatca 6391242  T
Q  386 ctctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatca 434  Q
     ||| |||||||||||||||||   |||||||||||||| || ||||||    
T  6391243 ttctctgaaagagaatgatttcgcagtctttaagtacaatggcgaatca 6391291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 213 - 460
Target Start/End: Original strand, 6427839 - 6428087
Alignment:
Q  213 tttataaatttatt-gcaggcccttcctaaaatattctcggacaatttaaagaagaagttgccagaaagtgtgacacttaaaggtcctagtggagttgtg 311  Q
    |||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  6427839 tttatacatttatttgcaggcacttcctaaaacattttcagacaatttaaaaaagaagttgcctgaaaatgtgaaccttaaaggtcctagtggagttgtg 6427938  T
Q  312 tggaatatagggctgaatactagaggtgaatctgtttatttcgtggacggttggcgacgtttcgtgaaagatcactctttgaaagagaatgatttccttg 411  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||  ||  ||||||| |||    ||||||||| | | || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  6427939 tggaatatagggctgacaactaaagaggacactgtttacttcacaaacggttggcaaggatttgtgaatgatcactctttgaaagagagtgatttccttt 6428038  T
Q  412 tctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatgg 460  Q
    | || || ||||| || |||||| | ||||| |||||||| ||| ||||    
T  6428039 ttttcaaatacaatggagaatcattgtttgaagttttaatatttcatgg 6428087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 78
Target Start/End: Original strand, 6357228 - 6357282
Alignment:
Q  24 aaaaggagactgtagtgtaggttttcatggtttattattctgttctttgttctgc 78  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||    
T  6357228 aaaaggagattgtagcgtaggttttcttggtttattattcttttccttgttctgc 6357282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 24 - 62
Target Start/End: Original strand, 6347418 - 6347456
Alignment:
Q  24 aaaaggagactgtagtgtaggttttcatggtttattatt 62  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6347418 aaaaggagattgtagtgtaggttttcttggtttattatt 6347456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 387 - 460
Target Start/End: Original strand, 6439623 - 6439696
Alignment:
Q  387 tctttgaaagagaatgatttccttgtctttaagtacaacggtgaatcactctttgaggttttaatctttaatgg 460  Q
    |||||||||||||| || |||||  ||||||||||||| ||| ||||  | |||||||||||||| ||| ||||    
T  6439623 tctttgaaagagaacgacttcctgttctttaagtacaatggtaaatcgttgtttgaggttttaatatttgatgg 6439696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University