View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7901_low_1 (Length: 595)

Name: NF7901_low_1
Description: NF7901
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7901_low_1
NF7901_low_1
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (83-574)||(40825557-40826048)
chr8 (176-529)||(40806828-40807181)
chr8 (176-529)||(40817084-40817437)
chr8 (164-533)||(40811913-40812282)
chr8 (163-540)||(40805086-40805470)
[»] scaffold0415 (1 HSPs)
scaffold0415 (176-529)||(14927-15280)
[»] scaffold0559 (1 HSPs)
scaffold0559 (176-529)||(7447-7803)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 464; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 464; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 83 - 574
Target Start/End: Original strand, 40825557 - 40826048
Alignment:
Q  83 ttacaagagcgaaaagtttcccaaatgagggctctcaaatgaattgaattgtgcctaatatctgtcatatgtgaattgaatatctacattaagccgcata 182  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40825557 ttacaagagcaaaaagtttcccaaatgagggctctcaaatgaattgaattgtgcctaatatctgtcatatgtgaattgaatatctacattaagccgcata 40825656  T
Q  183 tcaaaccatagaccgtgatcagagcaattataagggaatgatccacgccagccgccaaatccaaagttagaacatcattactcagaacaaccccggatga 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40825657 tcaaaccatagaccgtgatcagagcgattataagggaatgatccacgccagccgccaaatccaaagttagaacatcattactcagaacaacccctgatga 40825756  T
Q  283 agactgtttttgttttgcctctgcaatgatttctccatttttgtttactatcctaaaagcaaatgattttcctatactgattctttctatgcacatattt 382  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40825757 agactgtttttgctttgcctctgcaatgatttctccatttttgtttactatcctaaaagcaaatgattttcctatgctgattctttctatgcacatattt 40825856  T
Q  383 tgggaccccactttaatctggcaagctattttccctgatataaccttatgacatctattaactttgaaccatggttgctcctcttgccttcttaaacttg 482  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40825857 tgggatcccactttaatctggcaagctattttccctgatataaccttatgacatcttttaactttgaaccatggttgctcctcttgccttcttaaacttg 40825956  T
Q  483 aattgttgcaatatttgtggccttcccagcatccaaaagctagtaatctctgcaaaatttgattaaaaattaattaattaactaattaatga 574  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40825957 aattgttgcaatatttgtggccttcccagcatccaaaagctagtaatctctgcaaaatttgattaaaaattaattaattaactaattaatga 40826048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 176 - 529
Target Start/End: Original strand, 40806828 - 40807181
Alignment:
Q  176 ccgcatatcaaaccatagaccgtgatcagagcaattataagggaatgatccacgccagccgccaaatccaaagttagaacatcattactcagaacaaccc 275  Q
    ||||||||||| || |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  40806828 ccgcatatcaatccgtagaccgttatcaaagccattataagagaatgatccgtgccagccgccaaatccaaagttagaatatcattactcagaacaaccc 40806927  T
Q  276 cggatgaagactgtttttgttttgcctctgcaatgatttctccatttttgtttactatcctaaaagcaaatgattttcctatactgattctttctatgca 375  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  40806928 cggatgacgacagtttttgctttgcctctgcaatgatttctccatctttgtttataatcctaaaagcaaatgattttcctatactgattctttctataca 40807027  T
Q  376 catattttgggaccccactttaatctggcaagctattttccctgatataaccttatgacatctattaactttgaaccatggttgctcctcttgccttctt 475  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  40807028 caaattttggcaccccactttaatctggcaagctattttcccagagaaaaccttatgacatcttttaactttgaaccatggttgctcctcttggcttttt 40807127  T
Q  476 aaacttgaattgttgcaatatttgtggccttcccagcatccaaaagctagtaat 529  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40807128 aaacttgaattattgcaatatttgtagccttcccaacatccaaaagctagtaat 40807181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 176 - 529
Target Start/End: Original strand, 40817084 - 40817437
Alignment:
Q  176 ccgcatatcaaaccatagaccgtgatcagagcaattataagggaatgatccacgccagccgccaaatccaaagttagaacatcattactcagaacaaccc 275  Q
    ||||||||||| || |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40817084 ccgcatatcaatccgtagaccgtaatcaaagccattataagggaatgatccgttccagcagccaaatccaaagttagaacatcattactcagaacaaccc 40817183  T
Q  276 cggatgaagactgtttttgttttgcctctgcaatgatttctccatttttgtttactatcctaaaagcaaatgattttcctatactgattctttctatgca 375  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40817184 cggatgaagactgtttttgctttgcctctgcaatgatttctccatttttgtttactatcctaaaagcaaatgattttcctgtactgattctttctatgca 40817283  T
Q  376 catattttgggaccccactttaatctggcaagctattttccctgatataaccttatgacatctattaactttgaaccatggttgctcctcttgccttctt 475  Q
    || |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||  |||| ||||  |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||      
T  40817284 caaattttgggaccctactttaatctgacaagctacttttcctgtgataatcttagtacatcttttaacttggaaccatggttgttcctcttggcttcca 40817383  T
Q  476 aaacttgaattgttgcaatatttgtggccttcccagcatccaaaagctagtaat 529  Q
    ||| | |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40817384 aaattagaattgttacaatatttgtagccttcccaacatccaaaagctagtaat 40817437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 164 - 533
Target Start/End: Original strand, 40811913 - 40812282
Alignment:
Q  164 atctacattaagccgcatatcaaaccatagaccgtgatcagagcaattataagggaatgatccacgccagccgccaaatccaaagttagaacatcattac 263  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||  | |||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  40811913 atctacatcaagccgcatatcaatccatataccgttatcaaagccgtaataagggaatgatccacgccggtggccaaatccaacgttagaacatcgttac 40812012  T
Q  264 tcagaacaaccccggatgaagactgtttttgttttgcctctgcaatgatttctccatttttgtttactatcctaaaagcaaatgattttcctatactgat 363  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40812013 tcagaacaacccctgaggatgactgtttttgctttgcctcagcaatgatttctccatctttgtttactatccgaaaagcaaatgattttcctatactgat 40812112  T
Q  364 tctttctatgcacatattttgggaccccactttaatctggcaagctattttccctgatataaccttatgacatctattaactttgaaccatggttgctcc 463  Q
    ||||||||| |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||    
T  40812113 tctttctatacacaaattttggctccccactttaatctggcaagctattttcccagagaaaaccttatgacatcttttaacttgaaaccatggttgttcc 40812212  T
Q  464 tcttgccttcttaaacttgaattgttgcaatatttgtggccttcccagcatccaaaagctagtaatctct 533  Q
    | ||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  40812213 ttttggcttctaaaagtagaattgttgcaatatttgtggccttcccaacatccaaaaactagtaatctct 40812282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 163 - 540
Target Start/End: Original strand, 40805086 - 40805470
Alignment:
Q  163 tatctacattaagccgcatatcaaaccatagaccgtgatcagagcaattataagggaatgatccacg-------ccagccgccaaatccaaagttagaac 255  Q
    |||||||| ||||||||||||  | ||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||||| || |       ||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  40805086 tatctacaataagccgcatattgatccatagaccgttatcaaagccattataagggcatgatgcatgatccgttccagcggccaagtccaacgttagaac 40805185  T
Q  256 atcattactcagaacaaccccggatgaagactgtttttgttttgcctctgcaatgatttctccatttttgtttactatcctaaaagcaaatgattttcct 355  Q
    ||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40805186 atcattacttagaacaacccctgacgatgactgtttttgctttgcatctgcaatgatttgtccatctttgtttactatccgaaaagcaaatgattttcct 40805285  T
Q  356 atactgattctttctatgcacatattttgggaccccactttaatctggcaagctattttccctgatataaccttatgacatctattaactttgaaccatg 455  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| || ||||  |||||||    
T  40805286 atactgattctttctatgcataaattttggcaccccactttaatctggcaagctattttccctgtaataatcttatgacatcttttgacttgaaaccatg 40805385  T
Q  456 gttgctcctcttgccttcttaaacttgaattgttgcaatatttgtggccttcccagcatccaaaagctagtaatctctgcaaaat 540  Q
    |||||||||| || ||||| | | | || ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40805386 gttgctcctcctggcttctaatattagagttgctgcaatatttgtgtccttcccaacatccaaaagctagtaatctctgcaaaat 40805470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0415 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: scaffold0415
Description:

Target: scaffold0415; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 176 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 15280 - 14927
Alignment:
Q  176 ccgcatatcaaaccatagaccgtgatcagagcaattataagggaatgatccacgccagccgccaaatccaaagttagaacatcattactcagaacaaccc 275  Q
    ||||||||||| || |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15280 ccgcatatcaatccgtagaccgtaatcaaagccattataagggaatgatccgttccagcagccaaatccaaagttagaacatcattactcagaacaaccc 15181  T
Q  276 cggatgaagactgtttttgttttgcctctgcaatgatttctccatttttgtttactatcctaaaagcaaatgattttcctatactgattctttctatgca 375  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15180 cggatgaagactgtttttgctttgcctctgcaatgatttctccatttttgtttactatcctaaaagcaaatgattttcctgtactgattctttctatgca 15081  T
Q  376 catattttgggaccccactttaatctggcaagctattttccctgatataaccttatgacatctattaactttgaaccatggttgctcctcttgccttctt 475  Q
    || |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||  |||| ||||  |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||      
T  15080 caaattttgggaccctactttaatctgacaagctacttttcctgtgataatcttagtacatcttttaacttggaaccatggttgttcctcttggcttcca 14981  T
Q  476 aaacttgaattgttgcaatatttgtggccttcccagcatccaaaagctagtaat 529  Q
    ||| | |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14980 aaattagaattgttacaatatttgtagccttcccaacatccaaaagctagtaat 14927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0559 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: scaffold0559
Description:

Target: scaffold0559; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 176 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 7803 - 7447
Alignment:
Q  176 ccgcatatcaaaccatagaccgtgatcagagcaattataagggaatgatccacgccagccgccaaatccaaagttagaacatcattactcagaacaaccc 275  Q
    ||||||||||| || |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7803 ccgcatatcaatccgtagaccgttatcaaagccattataagagaatgatccgtgccagccgccaaatccaaagttagaatatcattactcagaacaaccc 7704  T
Q  276 cggatgaagactgttttt-gttttgcctctgcaatgatttctccatttttgtttactatcctaaaa-gcaaatgattttcctatactgattctttctatg 373  Q
    ||||||| ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7703 cggatgacgacagttttttgctttgcctctgcaatgatttctccatctttgtttataatcctaaaaagcaaatgattttcctatactgattctttctata 7604  T
Q  374 cacatattttgggaccccactttaatctggcaagctattttccctgatataaccttatgacatctattaactttgaaccatggttgctcctcttgccttc 473  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  7603 cacaaattttggcaccccactttaatctggcaagctattttcccagagaaaaccttatgacatcttttaactttgaaccatggttgctcctcttggcttt 7504  T
Q  474 ttaaacttgaattgttgcaatatttgtggccttcccagcatcc-aaaagctagtaat 529  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  7503 ttaaacttgaattattgcaatatttgtagccttcccaacatccaaaaagctagtaat 7447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University