View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7901_low_2 (Length: 542)

Name: NF7901_low_2
Description: NF7901
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7901_low_2
NF7901_low_2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (15-542)||(38422803-38423330)
chr4 (70-314)||(38412971-38413218)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 542
Target Start/End: Original strand, 38422803 - 38423330
Alignment:
Q  15 aacctgtgattgcattgaataggaggaagttagaaaaatggtacaaattgtagataaatcagaagctgcaaccacaacaaaggtaaaagaagcagagggt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38422803 aacctgtgattgcattgaataggaggaagttagaaaaatggtacaaattgtagataaatcagaagctgcaaccacaacaaaggtaaaagaagcagagggt 38422902  T
Q  115 gagaacaagaacaacagcctcaaaggcagagacaaccttaaaaacaacatcttccatgaatgaaacaggcaaagtaagtctgttccacttgaatgatgat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38422903 gagaacaagaacaacagcctcaaaggcagagacaaccttaaaaacaacatcttccatgaatgaaacaggcaaagtaagtgtgttccacttgaatgatgat 38423002  T
Q  215 gatttccacaaaaacttcaacctcaatgcttccttcttcagtctcttcaacaacgatcttttcttcccaacaattgacattccgttttttcctttgatta 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38423003 gatttccacaaaaacttcaacctcaatgcttccttcttcagtctcttcaacaacgatcttttcttcccaacaattgacattacgttttttcctttgatta 38423102  T
Q  315 attactcaaataatcaactttgctttgtgtttgcaactaagagatgggttggggtttatattaaggagaaaaggaaggttccacgttggcttttcttagt 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38423103 attactcaaataatcaactttgctttgtgtttgcaactaagagatgggttggggtttatattaaggagaaaaggaaggttccacgttggcttttcttagt 38423202  T
Q  415 actcaaggnnnnnnnaatgggatagagaaaaagaaaattaggaatatagttgaaaaacaagtgttttatttatgaataataaataatcctcataatatgg 514  Q
    ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38423203 actcaaggtttttttaatgggatagagaaaaagaaaattaggaatatagttgaaaaacaagtgttttatttatgaataataaataatcctcataatatgg 38423302  T
Q  515 tcatgtttggtggtttgaacttgatgga 542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38423303 tcatgtttggtggtttgaacttgatgga 38423330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 70 - 314
Target Start/End: Original strand, 38412971 - 38413218
Alignment:
Q  70 aaatcagaagctgcaaccacaacaaaggtaaaagaagcagagggtgagaacaagaacaacagcctcaaaggcagagacaaccttaaaaacaacatcttcc 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38412971 aaatcagaagctgcaaccacaacaaaggtaaaagaagcagagggtgagaacaagaacaacagcctcaaaggcagagacaaccttaaaaacaatatcttcc 38413070  T
Q  170 atgaatgaaacaggcaaagtaagtctgttccacttgaa---tgatgatgatttccacaaaaacttcaacctcaatgcttccttcttcagtctcttcaaca 266  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||   |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  38413071 atgaatgaaaccggcgaagtaagtctgttccacctgaatcctgatgaagattgccacaaaaacttcaacctcaatgtttccttcttcagcctcttcaaca 38413170  T
Q  267 acgatcttttcttcccaacaattgacattccgttttttcctttgatta 314  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  38413171 acgatcttttcttctcaaccattgacattccgtttttctctttgatta 38413218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University