View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7902_high_1 (Length: 757)

Name: NF7902_high_1
Description: NF7902
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7902_high_1
NF7902_high_1
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (31-735)||(27045301-27046005)
chr3 (202-447)||(27069598-27069843)
chr3 (202-735)||(27098038-27098565)
chr3 (202-735)||(27105037-27105564)
chr3 (202-456)||(27062522-27062776)
chr3 (202-456)||(27056480-27056734)
chr3 (568-736)||(27069312-27069480)
chr3 (570-736)||(27062245-27062411)
chr3 (202-456)||(27085645-27085899)
chr3 (644-736)||(27040961-27041053)
chr3 (316-456)||(27041208-27041348)
chr3 (644-722)||(27079615-27079693)
chr3 (644-722)||(27085412-27085490)
chr3 (202-263)||(27041360-27041421)
chr3 (1-35)||(27046013-27046047)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (660-735)||(19414049-19414124)
chr6 (572-625)||(19414159-19414212)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 656; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 656; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 27046005 - 27045301
Alignment:
Q  31 acttcaaccaaaagaacctattgcattttcacctttagttcaaccagaaacagttattaaaatctattgttttaaggttgagaatgaggtgatnnnnnnn 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  27046005 acttcaaccaaaagaacctattgcattttcacctttagttcaaccaaaaacagttattaaaatctattgttttaaggttgagaatgaggtgataaaaaga 27045906  T
Q  131 cttaagatgagtttgatgaaggaaggtgatagtgaaagtgaaccagttacaacttatgagtcacttggtgcttatgtgtggaggtcaagagcaagagcct 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045905 cttaagatgagtttgatgaaggaaggtggtagtgaaagtgaaccagttacaacttatgagtcacttggtgcttatgtgtggaggtcaagagcaagagcct 27045806  T
Q  231 tacaacttagcaacaatggaaaaacaatgttgaatatgttagttggtattagacgcagcatgaaaggttatgatcctttgcctatagggtattatggtaa 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045805 tacaacttagcaacaatggaaaaacaatgttgaatatgttagttggtattagacgcagcatgaaaggttatgatcctttgcctatagggtattatggtaa 27045706  T
Q  331 tactactgtggatggaaaagttgtgttaaaagttagtgagctcaatgaaatgccactctatgaaattgttaagttgatcaaagaggctaaaaagattgct 430  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045705 tactactgtggatggaaaagttgtgttaaaagttagtgagctcaatgaaatgccactctatgaaattgttaagttgatcaaagaggctaaaaagattgct 27045606  T
Q  431 tcctccactgattatgtcaaaaactcgatcgatcacactccgaagacggagcataagcaagattttagcatggacggtagcggtgcggtaacgattctga 530  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045605 tcctccactgattatgtcaaaaactcgatcgatcacactccggagacggagcataagcaagattttagcatggacggtagcggtgcggtaacgattctga 27045506  T
Q  531 ctgagtggaagcatttaggttttgttgatgaaaatagtatagattttggagggtatgaatcagtgaattttgtaccagcaccatgcaacatgtttgcgtc 630  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045505 ctgagtggaagcatttaggttttgttgatgaaaataatatagattttggagggtatgaatcagtgaattttgtaccagcaccatgcaacatgtttgcgtc 27045406  T
Q  631 tttagaagggtgcattttcgcatctcctggtaaacttgatgatgatgatccatcgatgaaaggaggagttaagatatttacatcactccctgttgctgcc 730  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27045405 tttggaagggtgcattttcgcatctcctggtaaacttgatgatgatgatccatcaatgaaaggaggagttaagatttttacatcactccctgttgctgcc 27045306  T
Q  731 atgcc 735  Q
    |||||    
T  27045305 atgcc 27045301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 202 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 27069843 - 27069598
Alignment:
Q  202 ttatgtgtggaggtcaagagcaagagccttacaacttagcaacaatggaaaaacaatgttgaatatgttagttggtattagacgcagcatgaaaggttat 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | | |||  | || |    
T  27069843 ttatgtgtggaggtcaagagcaagagccttaaagcttagcagcaatgataaaacaatgctgaatatgttagttggtatgagacgtaacttgatggatttt 27069744  T
Q  302 gatcctttgcctatagggtattatggtaatactactgtggatggaaaagttgtgttaaaagttagtgagctcaatgaaatgccactctatgaaattgtta 401  Q
    ||| |||| || | ||||||||| || ||| ||||  |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27069743 gatactttaccgaaagggtattacgggaattctaccatggatgcaaaagttgttttaaaagtgagtgagctcgatgaaatgccactctatgaaattgtta 27069644  T
Q  402 agttgatcaaagaggctaaaaagattgcttcctccactgattatgt 447  Q
    || |||| |||||| ||||||| ||| ||| | |||||||||||||    
T  27069643 agctgattaaagagactaaaaatatttctttcaccactgattatgt 27069598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 202 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 27098565 - 27098038
Alignment:
Q  202 ttatgtgtggaggtcaagagcaagagccttacaacttagcaacaatggaaaaacaatgttgaatatgttagttggtattagacgcagcatgaaaggttat 301  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||  ||||| |  |||  ||  |||  ||||||||||||| | |||| | || |    
T  27098565 ttatgtttggagatcaagagcaagagccttaaaacttaacagcaatggtgaaacagtactgaccattgtagcaggtattagacgcaacttgaaggatttt 27098466  T
Q  302 gatcctttgcctatagggtattatggtaatactactgtggatggaaaagttgtgttaaaagttagtgagctcaatgaaatgccactctatgaaattgtta 401  Q
    |||||||| ||||  || |||||||| ||| |   ||| |||| |||   |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||    
T  27098465 gatcctttacctaatggttattatgggaattcatgtgttgatgcaaacactgtgttaaaagttagtgagctcgatgaaaggccactctatgaaattatta 27098366  T
Q  402 agttgatcaaagaggctaaaaagattgcttcctccactgattatgtcaaaaactcgatcgatcacactccgaagacggagcataagcaagattttagcat 501  Q
    || | |||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||    ||||   | ||||  |  ||||  | || |  || ||    
T  27098365 agctcatcagagagactaaaaacattgcttccaccactgattttgtcaaaaattcaatc---aacacgttggagactaattataacgaggaatcaaggat 27098269  T
Q  502 ggacggtagcggtgcggtaacgattctgactgagtggaagcatttaggttttgttgatgaaaatagtatagattttggagggtatgaatcagtgaatttt 601  Q
    ||   |||  ||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| |||   | |||||||||| ||| | ||| ||||||||||     
T  27098268 ggtaagtactggtgcagtaacggttctgacagagtggaaacatttaggttttcttgatggaaa---tgtagattttggtgggaacgaagcagtgaattta 27098172  T
Q  602 gtaccagcaccatgcaacatgtttgcgtctttagaagggtgcattttcgcatctcctggtaaacttgatgatgatgatccatcgatgaaaggaggagtta 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | |||    |||||||  ||||||||  |||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  27098171 gtaccagcaccatgcaacatgtttgcgtcaattgaaattagcatttttacatctcctaataaatttgacaatgatgatccatcaatgaaaggaggggtta 27098072  T
Q  702 agatatttacatcactccctgttgctgccatgcc 735  Q
    |||| |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  27098071 agatttttactacactccctgttgctgccatgcc 27098038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 202 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 27105564 - 27105037
Alignment:
Q  202 ttatgtgtggaggtcaagagcaagagccttacaacttagcaacaatggaaaaacaatgttgaatatgttagttggtattagacgcagcatgaaaggttat 301  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||  ||||| ||||||  ||  ||| ||||||||||||||   |||| | || |    
T  27105564 ttatgtgtggagatcaagagcaagagccttaaaacttaacaacaatggtgaaacagtgttgaccattgtagctggtattagacgcaagttgaaggatttt 27105465  T
Q  302 gatcctttgcctatagggtattatggtaatactactgtggatggaaaagttgtgttaaaagttagtgagctcaatgaaatgccactctatgaaattgtta 401  Q
    || ||||| ||||  || |||||||| ||| |   ||| |||| |||   ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||| |||    
T  27105464 gaacctttacctaatggttattatgggaattcatgtgttgatgcaaacactgtgttaaaagttagcgagctcgatgaaaggccactctatgaaattatta 27105365  T
Q  402 agttgatcaaagaggctaaaaagattgcttcctccactgattatgtcaaaaactcgatcgatcacactccgaagacggagcataagcaagattttagcat 501  Q
    |  | || | |||| ||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||| || ||| |   |||   | ||||| |  ||||  | || |  || ||    
T  27105364 acctaataagagagactaaaaacattgcttccaccactgattttatcaaaaattcaatcaa---cacgttggagacgaattataaagaggaatccaggat 27105268  T
Q  502 ggacggtagcggtgcggtaacgattctgactgagtggaagcatttaggttttgttgatgaaaatagtatagattttggagggtatgaatcagtgaatttt 601  Q
    |    ||| |||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||||    |||||||||| ||| ||||| ||||||||||     
T  27105267 gctaagtaccggtgcagtaacggttctgacagagtggaaacatttaggttttcttgatggaaatg---tagattttggtgggcatgaagcagtgaattta 27105171  T
Q  602 gtaccagcaccatgcaacatgtttgcgtctttagaagggtgcattttcgcatctcctggtaaacttgatgatgatgatccatcgatgaaaggaggagtta 701  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  | |||  | |||||||  || |||||  |||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||  |||    
T  27105170 gtaccagcaccatgcaacttgtttgcgtccatggaaatgagcatttttacacctcctaataaatttgacaatgatgatccatctatgaaaggagggatta 27105071  T
Q  702 agatatttacatcactccctgttgctgccatgcc 735  Q
    |||| |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  27105070 agatttttactacactccctgttgctgccatgcc 27105037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 202 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 27062776 - 27062522
Alignment:
Q  202 ttatgtgtggaggtcaagagcaagagccttacaacttagcaacaatggaaaaacaatgttgaatatgttagttggtattagacgcagcatgaaaggttat 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||| | | |||  | ||||    
T  27062776 ttatgtgtggaggtcaagagcaagagccttaaaacttagcagcaatgacaaaacaatgctaaatgtgttagttggtatcagacgaaacttgatggattat 27062677  T
Q  302 gatcctttgcctatagggtattatggtaatactactgtggatggaaaagttgtgttaaaagttagtgagctcaatgaaatgccactctatgaaattgtta 401  Q
    ||  |||| |||| |||||||||||| ||| ||||  | |||| ||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  27062676 gaaactttacctaaagggtattatggcaattctaccatagatgcaaaagttgttttaaaagtgagtgaactcgatgaaatgccactctataaaatcgtta 27062577  T
Q  402 agttgatcaaagaggctaaaaagattgcttcctccactgattatgtcaaaaactc 456  Q
    || |||| |||||| ||||||| ||||||| | |  |||||||||| | ||||||    
T  27062576 agctgattaaagagactaaaaatattgctttcactgctgattatgtaagaaactc 27062522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 202 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 27056734 - 27056480
Alignment:
Q  202 ttatgtgtggaggtcaagagcaagagccttacaacttagcaacaatggaaaaacaatgttgaatatgttagttggtattagacgcagcatgaaaggttat 301  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||  ||||| || |||  ||   ||||||||||||||||| | || | | ||||    
T  27056734 ttatgtgtagaggtcaagagcaagagccttaaaacttaacagcaatggtgaaacagtgctgaccattgcagttggtattagacgcaacttggaggattat 27056635  T
Q  302 gatcctttgcctatagggtattatggtaatactactgtggatggaaaagttgtgttaaaagttagtgagctcaatgaaatgccactctatgaaattgtta 401  Q
    ||| |||| |||| |||||| ||||| ||| ||||| | |||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27056634 gatactttacctaaagggtaatatggaaattctactatagatgtaaatgttgttttaaaagtgagtgagctcaacgaaatgccactctatgaaattgtta 27056535  T
Q  402 agttgatcaaagaggctaaaaagattgcttcctccactgattatgtcaaaaactc 456  Q
    || |||| |||||| ||||||| ||||||| |    |||||||||||| ||||||    
T  27056534 agctgattaaagagactaaaaatattgctttcattgctgattatgtcacaaactc 27056480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 568 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 27069480 - 27069312
Alignment:
Q  568 tatagattttggagggtatgaatcagtgaattttgtaccagcaccatgcaacatgtttgcgtctttagaagggtgcattttcgcatctcctggtaaactt 667  Q
    ||||||||||||||| ||||||   |||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||  |  | || | |||||||||| | ||||||  |||||||    
T  27069480 tatagattttggaggctatgaagttgtgaatttagtaccagcaccgtgcaagatgcttgctaccgttgatgcgtgcattttctcgtctcctaataaactt 27069381  T
Q  668 gatgatgatgatccatcgatgaaaggaggagttaagatatttacatcactccctgttgctgccatgcct 736  Q
    |||||| |||||||||| ||| | |||||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||||||||    
T  27069380 gatgatcatgatccatcaatggatggaggagttaggattttcacatcactccctgttgatgccatgcct 27069312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 570 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 27062411 - 27062245
Alignment:
Q  570 tagattttggagggtatgaatcagtgaattttgtaccagcaccatgcaacatgtttgcgtctttagaagggtgcattttcgcatctcctggtaaacttga 669  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||  |  | || |  ||||||||| ||||  ||  |||||||||    
T  27062411 tagattttggaggttatgaattagtgaattttctacctgcaccatgcaagatgcttgccaccgtcgatgcatgcattttctcatcagctaataaacttga 27062312  T
Q  670 tgatgatgatccatcgatgaaaggaggagttaagatatttacatcactccctgttgctgccatgcct 736  Q
    |||| |||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  27062311 tgatcatgatccatcaatggatggaggagttaggatatttacttcactccccgttgctgctatgcct 27062245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 202 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 27085899 - 27085645
Alignment:
Q  202 ttatgtgtggaggtcaagagcaagagccttacaacttagcaacaatggaaaaacaatgttgaatatgttagttggtattagacgcagcatgaaaggttat 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||   ||||  | | |  ||   |||||||| |||||||| | | || | ||||    
T  27085899 ttatgtgtggaggtcaagagcaagagccttaaaacttaaaagcaatggtttaacagcgctaaccattgcagttggtagtagacgcaacttaaaggattat 27085800  T
Q  302 gatcctttgcctatagggtattatggtaatactactgtggatggaaaagttgtgttaaaagttagtgagctcaatgaaatgccactctatgaaattgtta 401  Q
    ||| |||| |||| |||||||||||| ||| ||| | | |||| ||| ||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||   |||    
T  27085799 gatactttacctaaagggtattatgggaattctattatagatgtaaatgttgttttaaaagtgagtgtgctcaacgaaatgccactctatgaaaccatta 27085700  T
Q  402 agttgatcaaagaggctaaaaagattgcttcctccactgattatgtcaaaaactc 456  Q
    || |||| |||||| ||||||| ||||||| | |  |||||||||| | ||||||    
T  27085699 agctgattaaagagactaaaaatattgctttcactgctgattatgttacaaactc 27085645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 644 - 736
Target Start/End: Complemental strand, 27041053 - 27040961
Alignment:
Q  644 attttcgcatctcctggtaaacttgatgatgatgatccatcgatgaaaggaggagttaagatatttacatcactccctgttgctgccatgcct 736  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27041053 attttctcatctcctaataaacttgatgatcatgatctatcaatggaaggaggagttaggatatttacatcactccctgttgctgctatgcct 27040961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 316 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 27041348 - 27041208
Alignment:
Q  316 agggtattatggtaatactactgtggatggaaaagttgtgttaaaagttagtgagctcaatgaaatgccactctatgaaattgttaagttgatcaaagag 415  Q
    |||||||||||| ||| ||||| | |||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||| |||| ||||||    
T  27041348 agggtattatggaaattctactatagatgtaaatgttgttttaaaagtgagtgagctcaacgaaatgccactctatgaaaccattaagctgattaaagag 27041249  T
Q  416 gctaaaaagattgcttcctccactgattatgtcaaaaactc 456  Q
     ||||||| ||||||| | |  |||||||||| | ||||||    
T  27041248 actaaaaatattgctttcactgctgattatgttacaaactc 27041208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 644 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 27079693 - 27079615
Alignment:
Q  644 attttcgcatctcctggtaaacttgatgatgatgatccatcgatgaaaggaggagttaagatatttacatcactccctg 722  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||  || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27079693 attttctcatctcctaataaacttgatgatcatgatctgtcaatggaaggaggagttaggatatttacatcactccctg 27079615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 644 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 27085490 - 27085412
Alignment:
Q  644 attttcgcatctcctggtaaacttgatgatgatgatccatcgatgaaaggaggagttaagatatttacatcactccctg 722  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||  || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27085490 attttctcatctcctaataaacttgatgatcatgatctgtcaatggaaggaggagttaggatatttacatcactccctg 27085412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 202 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 27041421 - 27041360
Alignment:
Q  202 ttatgtgtggaggtcaagagcaagagccttacaacttagcaacaatggaaaaacaatgttga 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||  ||||| ||||||    
T  27041421 ttatgtgtggaggtcaagagcaagagccttaaaacttaacagcaatggtgaaacagtgttga 27041360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 35
Target Start/End: Complemental strand, 27046047 - 27046013
Alignment:
Q  1 agttggtgcttcaacaagtaccaaacaaccacttc 35  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27046047 agttggggcttcaacaagtaccaaacaaccacttc 27046013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000007; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 660 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 19414124 - 19414049
Alignment:
Q  660 gtaaacttgatgatgatgatccatcgatgaaaggaggagttaagatatttacatcactccctgttgctgccatgcc 735  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  | ||| || | | |||||||||||| |||||||||    
T  19414124 gtaaacttgatgatcaagatccatcgatgaaaggaggagcaaggattttcataacactccctgttgatgccatgcc 19414049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 572 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 19414212 - 19414159
Alignment:
Q  572 gattttggagggtatgaatcagtgaattttgtaccagcaccatgcaacatgttt 625  Q
    ||||||||||| | |||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||    
T  19414212 gattttggaggatttgaagcagttaattttgtaatagcaccatgcaacatgttt 19414159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University