View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7906_high_25 (Length: 230)

Name: NF7906_high_25
Description: NF7906
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7906_high_25
NF7906_high_25
[»] chr6 (36 HSPs)
chr6 (1-212)||(26802990-26803202)
chr6 (1-214)||(27427038-27427252)
chr6 (1-214)||(28786780-28786994)
chr6 (1-214)||(28792901-28793115)
chr6 (1-207)||(27679499-27679706)
chr6 (1-207)||(27592447-27592654)
chr6 (1-207)||(27705830-27706037)
chr6 (1-211)||(27717925-27718136)
chr6 (1-211)||(27610546-27610757)
chr6 (1-207)||(27677046-27677253)
chr6 (1-214)||(27604130-27604344)
chr6 (52-214)||(28781643-28781805)
chr6 (1-210)||(27698012-27698222)
chr6 (64-209)||(27530791-27530936)
chr6 (1-192)||(26623835-26624027)
chr6 (1-192)||(26729812-26730004)
chr6 (50-189)||(31285126-31285265)
chr6 (44-208)||(26656514-26656677)
chr6 (44-208)||(26762485-26762648)
chr6 (1-208)||(26647027-26647235)
chr6 (1-208)||(26752995-26753203)
chr6 (132-206)||(25539093-25539167)
chr6 (50-205)||(26824370-26824525)
chr6 (132-206)||(25483609-25483683)
chr6 (132-206)||(25580272-25580346)
chr6 (132-206)||(26143418-26143492)
chr6 (129-206)||(25511488-25511565)
chr6 (46-114)||(27337567-27337635)
chr6 (160-208)||(27337681-27337728)
chr6 (46-114)||(27398307-27398375)
chr6 (160-208)||(27398421-27398468)
chr6 (160-207)||(27215001-27215048)
chr6 (46-115)||(25492791-25492860)
chr6 (129-206)||(26056472-26056549)
chr6 (129-206)||(26076442-26076519)
chr6 (149-205)||(26884621-26884677)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (1-214)||(60111-60325)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-214)||(18074303-18074517)
chr4 (48-214)||(18679030-18679196)
chr4 (50-214)||(18730976-18731140)
chr4 (33-214)||(18698855-18699036)
chr4 (50-214)||(18723557-18723721)
chr4 (50-214)||(18654949-18655113)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (48-214)||(4186-4352)
scaffold0277 (1-214)||(13101-13315)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (1-214)||(8029-8243)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (1-211)||(2965-3176)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-195)||(267766-267961)
chr1 (161-207)||(28127262-28127308)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-208)||(29273271-29273472)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (75-172)||(3280243-3280340)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 36)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 26803202 - 26802990
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggaccc-atcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  26803202 cctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgagagtgcaatccaacagggt 26803103  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | |||    
T  26803102 aattagcaacatgtaagggctgacgattgatcttgttggagatgtatttgactatctctccaatcaacttgtattcatatctattcatgtccaacaagat 26803003  T
Q  200 aagttagtatgta 212  Q
    |||||||||||||    
T  26803002 aagttagtatgta 26802990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 27427038 - 27427252
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggaccc-atcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  27427038 cctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggt 27427137  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    || ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||  ||    
T  27427138 aagtggcaacatgtaaggactgtcgactgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagctcgtattcatatctattcatgtccaataatat 27427237  T
Q  200 aagttagtatgtaac 214  Q
    |||||||||||||||    
T  27427238 aagttagtatgtaac 27427252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 28786994 - 28786780
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggac-ccatcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||| |  |||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  28786994 cctccagtaccataaagtcctaccatgcggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggt 28786895  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||    
T  28786894 aattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatctccaataaacttgtattcatatctattcatgtcatataagat 28786795  T
Q  200 aagttagtatgtaac 214  Q
    |||||||||||||||    
T  28786794 aagttagtatgtaac 28786780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 28793115 - 28792901
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggac-ccatcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||| |  |||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  28793115 cctccagtaccataaagtcctaccatgcggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggt 28793016  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||    
T  28793015 aattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatctccaataaacttgtattcatatctattaatgtccgataagat 28792916  T
Q  200 aagttagtatgtaac 214  Q
    |||||||||||||||    
T  28792915 aagttagtatgtaac 28792901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 27679706 - 27679499
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggaccc-atcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  27679706 cctccaatgccataaattccaaccatatggaccccatcatcggatccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggt 27679607  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||    
T  27679606 aagtggcaacatgtaagggctgtcgactgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagat 27679507  T
Q  200 aagttagt 207  Q
    ||||||||    
T  27679506 aagttagt 27679499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 27592447 - 27592654
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggaccc-atcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || | ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  27592447 cctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatgatcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggt 27592546  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    || ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||    
T  27592547 aagtggcaacatttaagggctgtcgactgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagat 27592646  T
Q  200 aagttagt 207  Q
    ||||||||    
T  27592647 aagttagt 27592654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 27705830 - 27706037
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggaccc-atcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||| | ||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  27705830 cctccaatgccaaaaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagtgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggt 27705929  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    || |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||    
T  27705930 aagtggcaacatgtaagggatgtcgactgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagat 27706029  T
Q  200 aagttagt 207  Q
    ||||||||    
T  27706030 aagttagt 27706037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 27717925 - 27718136
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggac-ccatcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||| | ||||| |||||| ||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  27717925 cctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggt 27718024  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||    
T  27718025 aattggcaacatgtaagggttgacgactggtcttgttggagatgtatttgactatctctccaataaactcgtattcatatctattcatgtccagtaagat 27718124  T
Q  200 aagttagtatgt 211  Q
    ||||||||||||    
T  27718125 aagttagtatgt 27718136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 27610546 - 27610757
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggac-ccatcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||| | ||||| |||||| ||| ||  ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  27610546 cctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgatttcacttcttgtacttgagactgcaatccaacagggt 27610645  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||    
T  27610646 aattggcaacatgtaagggttgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatctctccagtaaactcgtattcatatctattcatgcccaataagat 27610745  T
Q  200 aagttagtatgt 211  Q
    ||||||||||||    
T  27610746 aagttagtatgt 27610757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 27677046 - 27677253
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggaccc-atcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || | ||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  27677046 cctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatgatcagatccttcatcaagaagcgatttcatttgttgtactcgagactgcaatccaacagggt 27677145  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    || |||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||    
T  27677146 aagtggcaacatgtaagggttgttgactgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagat 27677245  T
Q  200 aagttagt 207  Q
    ||||||||    
T  27677246 aagttagt 27677253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 27604130 - 27604344
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggac-ccatcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||| | ||||| |||||| ||| ||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  || |    
T  27604130 cctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagagatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaataggat 27604229  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  || ||||||| |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  27604230 aattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagatttctttcactatctttccaataagctcgtattcatatctattcatgtccaataagat 27604329  T
Q  200 aagttagtatgtaac 214  Q
    |||||||||||||||    
T  27604330 aagttagtatgtaac 27604344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 52 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 28781805 - 28781643
Alignment:
Q  52 caagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgac 151  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||    
T  28781805 caagaagcgatttcacttgttgtactcgggactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagtgctgacgactgatcttgttggagatgtatttgac 28781706  T
Q  152 tatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttagtatgtaac 214  Q
    ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  28781705 tatatcgccaataaacttgtattcatatctattcatgtcatataagataagttagtatgtaac 28781643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 27698012 - 27698222
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggaccc-atcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||| | ||||||||  ||| |||||  ||||||| ||||||| || ||||| ||||    
T  27698012 cctccaatcccaaaaattccaaccatatggaccccatcatcagatccattatcaagaattgatttcactctttgtacttgagactgtaatccaacagggt 27698111  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||| | || ||     
T  27698112 aattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatctcttcaataaacttgtattcatatctactcgtgtcgagtaagaa 27698211  T
Q  200 aagttagtatg 210  Q
    |||||||||||    
T  27698212 aagttagtatg 27698222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 64 - 209
Target Start/End: Original strand, 27530791 - 27530936
Alignment:
Q  64 tcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaat 163  Q
    |||| ||||||||||| ||||| || ||||| || || |||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||||| ||||  | |||||||| ||||||    
T  27530791 tcacatgttgtactcgggactgtaatccaacaggatatttggcaacatctaagggctcacgactaatcctgttggaaatgtcttcgactatctttccaat 27530890  T
Q  164 aaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttagtat 209  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27530891 aaactcgtattcatatctattcatgtccaataagataagttagtat 27530936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 26624027 - 26623835
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggaccc-atcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||| ||| | ||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||| || ||||| ||||    
T  26624027 cctccaatcccatacattccaaccatatggaccccatcatcagatccattatcaagaagtgatttcacttgttgtagttgagactgtaatccaacagggt 26623928  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtcca 192  Q
    | || |||||||||||||||  |||| | ||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||| |  || |||||||| ||||||||||    
T  26623927 atttagcaacatgtaagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatcttttcaataaaatcatattcatatctgttcatgtcca 26623835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 26730004 - 26729812
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggaccc-atcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||| ||| | ||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||| || ||||| ||||    
T  26730004 cctccaatcccatacattccaaccatatggaccccatcatcagatccattatcaagaagtgatttcacttgttgtagttgagactgtaatccaacagggt 26729905  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtcca 192  Q
    | || |||||||||||||||  |||| | ||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||| |  || |||||||| ||||||||||    
T  26729904 atttagcaacatgtaagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttgactatcttttcaataaaatcatattcatatctgttcatgtcca 26729812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 50 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 31285265 - 31285126
Alignment:
Q  50 atcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttg 149  Q
    |||||||||| || |||||||||||| |||| |||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||||||||  |||    
T  31285265 atcaagaagcaatttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggcacacgattgatcttgttggagatgtatttg 31285166  T
Q  150 actatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgt 189  Q
    ||||| ||||||||||| |  || |||||||| |||||||    
T  31285165 actatgtctccaataaaatcatattcatatctgttcatgt 31285126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 26656677 - 26656514
Alignment:
Q  44 tccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatg 143  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||||      |||| | ||||||| |||||||    
T  26656677 tcccttatcaagaagcaatttcacttgttgtactcgagactctaatccaacagggtatttggcaacatgtaaaaaaacacgattgatcttgtcggagatg 26656578  T
Q  144 ttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttagta 208  Q
    |  |||||||| |   ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  26656577 tctttgactatattctcaataaacttgtattcatatctattcatgtacaaga-gataagttagta 26656514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 26762648 - 26762485
Alignment:
Q  44 tccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatg 143  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||||      |||| | ||||||| |||||||    
T  26762648 tcccttatcaagaagcaatttcacttgttgtactcgagactctaatccaacagggtatttggcaacatgtaaaaaaacacgattgatcttgtcggagatg 26762549  T
Q  144 ttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttagta 208  Q
    |  |||||||| |   ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  26762548 tctttgactatattctcaataaacttgtattcatatctattcatgtacaaga-gataagttagta 26762485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 26647235 - 26647027
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggacccat-caacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||| | || ||| | | | |||||||||| || ||||||||| || ||| ||||  || ||||| ||||    
T  26647235 cctccagtaccataaagtcctaccatatggaccccttcatcagattctttatcaagaagcaatttcacttgttctaatcgggactctaatccaacagggt 26647136  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    | ||||| ||||||||      |||| | ||||||||||||||||  | ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| | | |||    
T  26647135 atttggctacatgtaaaatgacacgattgatcttgttggagatgtcttcgactatcttcccaataaacttgtattcatatctattcatgtcccacaagat 26647036  T
Q  200 aagttagta 208  Q
    |||||||||    
T  26647035 aagttagta 26647027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 26753203 - 26752995
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggacccat-caacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||| | || ||| | | | |||||||||| || ||||||||| || ||| ||||  || ||||| ||||    
T  26753203 cctccagtaccataaagtcctaccatatggaccccttcatcagattctttatcaagaagcaatttcacttgttctaatcgggactctaatccaacagggt 26753104  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    | ||||| ||||||||      |||| | ||||||||||||||||  | ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| | | |||    
T  26753103 atttggctacatgtaaaatgacacgattgatcttgttggagatgtcttcgactatcttcccaataaacttgtattcatatctattcatgtcccacaagat 26753004  T
Q  200 aagttagta 208  Q
    |||||||||    
T  26753003 aagttagta 26752995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 132 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 25539167 - 25539093
Alignment:
Q  132 ttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttag 206  Q
    |||||||||||||  | ||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25539167 ttgttggagatgtcttcgactatcttctcaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataagttag 25539093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 50 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 26824525 - 26824370
Alignment:
Q  50 atcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttg 149  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||      |||| | |||| ||||| || |||  ||    
T  26824525 atcaagaagagatttcacttgttgtactcgggactgtaatccaaccgggtatttggcaacatgtaaactaacacgattgatctggttggtgacgtttctg 26824426  T
Q  150 actatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagtta 205  Q
    | |||||| ||||||  |||||| ||||||| |||| || |||||| |||||||||    
T  26824425 attatctcaccaatacgcttgtattcatatccattcctgcccaataagataagtta 26824370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 25483683 - 25483609
Alignment:
Q  132 ttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttag 206  Q
    |||||||||||||  | ||||||||   ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25483683 ttgttggagatgtattggactatcttctcaataaacttgtgttcatatctattcatgtccaataagataagttag 25483609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 25580346 - 25580272
Alignment:
Q  132 ttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttag 206  Q
    |||||||||||||  | ||||||||   ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  25580346 ttgttggagatgtcttcgactatcttctcaataaacttgtattcatatctattcgtgtccaataagataagttag 25580272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 26143492 - 26143418
Alignment:
Q  132 ttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttag 206  Q
    |||||||||||||  | ||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  26143492 ttgttggagatgtcttcgactatcttctcaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaattag 26143418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 129 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 25511565 - 25511488
Alignment:
Q  129 atcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttag 206  Q
    ||||||||||||||||  | ||||||||   ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  25511565 atcttgttggagatgtcttcgactatcttctcaataaacttgtattcagatctattcatgtccaataaggtaagttag 25511488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 114
Target Start/End: Original strand, 27337567 - 27337635
Alignment:
Q  46 cctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgta 114  Q
    |||||||||||||| || | |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  27337567 cctcatcaagaagcaattttacttgttgtactcgggactgtaatccaacagggtatttggcaacgtgta 27337635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 208
Target Start/End: Original strand, 27337681 - 27337728
Alignment:
Q  160 caataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttagta 208  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27337681 caataagctcgtactcatatctattcatgtccaata-gataagttagta 27337728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 114
Target Start/End: Original strand, 27398307 - 27398375
Alignment:
Q  46 cctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgta 114  Q
    |||||||||||||| || | |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  27398307 cctcatcaagaagcaattttacttgttgtactcgggactgtaatccaacagggtatttggcaacgtgta 27398375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 208
Target Start/End: Original strand, 27398421 - 27398468
Alignment:
Q  160 caataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttagta 208  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27398421 caataagctcgtactcatatctattcatgtccaata-gataagttagta 27398468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 160 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 27215048 - 27215001
Alignment:
Q  160 caataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttagt 207  Q
    ||||||||||||| |||||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  27215048 caataaacttgtattcatatctgttaatgtccaataagataagttagt 27215001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 46 - 115
Target Start/End: Original strand, 25492791 - 25492860
Alignment:
Q  46 cctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgtaa 115  Q
    ||||||| |||||| || |||| ||||||||||| || || || ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  25492791 cctcatctagaagcaatttcacgtgttgtactcgggattgtaatccaacagggtatttggcaacatgtaa 25492860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 129 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 26056549 - 26056472
Alignment:
Q  129 atcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttag 206  Q
    |||||||||||||||   | ||||||||   ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  26056549 atcttgttggagatgccttcgactatcttctcaataaacttgcattcagatctattcatgtccaataaggtaagttag 26056472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 129 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 26076519 - 26076442
Alignment:
Q  129 atcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttag 206  Q
    |||||||||||||||   | ||||||||   ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  26076519 atcttgttggagatgccttcgactatcttctcaataaacttgcattcagatctattcatgtccaataaggtaagttag 26076442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 26884677 - 26884621
Alignment:
Q  149 gactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagtta 205  Q
    ||||||||  || ||||||| ||| || ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26884677 gactatcttcccgataaactcgtattcgtatctattcatgtccaataagataagtta 26884621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 60325 - 60111
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggaccc-atcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  60325 cctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggt 60226  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    || ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||  ||    
T  60225 aagtggcaacatgtaaggactgtcgactgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagctcgtattcatatctattcatgtccaataatat 60126  T
Q  200 aagttagtatgtaac 214  Q
    |||||||||||||||    
T  60125 aagttagtatgtaac 60111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 18074517 - 18074303
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggaccc-atcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  18074517 cctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggt 18074418  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    || ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||  ||    
T  18074417 aagtggcaacatgtaaggactgtcgactgatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagctcgtattcatatctattcatgtccaataatat 18074318  T
Q  200 aagttagtatgtaac 214  Q
    |||||||||||||||    
T  18074317 aagttagtatgtaac 18074303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 48 - 214
Target Start/End: Original strand, 18679030 - 18679196
Alignment:
Q  48 tcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttct 147  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||  |    
T  18679030 tcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgccgactgatcttgttagagacgtatt 18679129  T
Q  148 tgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttagtatgtaac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  18679130 tgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataagtcagtatgtaac 18679196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 50 - 214
Target Start/End: Original strand, 18730976 - 18731140
Alignment:
Q  50 atcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttg 149  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |  |||    
T  18730976 atcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaacccaacagggtaaatggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagacatatttg 18731075  T
Q  150 actatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttagtatgtaac 214  Q
    ||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  18731076 actatcttttcaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataagtcagtatgtaac 18731140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 33 - 214
Target Start/End: Original strand, 18698855 - 18699036
Alignment:
Q  33 ccatcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgtaagggctgacgacttatct 132  Q
    |||||| ||| ||| | ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18698855 ccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgactgatct 18698954  T
Q  133 tgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttagtatgtaac 214  Q
    ||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||    
T  18698955 tgttggagacgtatttgactatatctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgtgtaac 18699036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 50 - 214
Target Start/End: Original strand, 18723557 - 18723721
Alignment:
Q  50 atcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttg 149  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||  |  |||    
T  18723557 atcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaacccaacagggtaagtggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttgttgacatatttg 18723656  T
Q  150 actatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttagtatgtaac 214  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  18723657 actatctttccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataagtcagtatgtaac 18723721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 50 - 214
Target Start/End: Original strand, 18654949 - 18655113
Alignment:
Q  50 atcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttg 149  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||  |  |||    
T  18654949 atcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaacccaacagggtaactggcagcatgtaagggctgacgactgatcttgttggagacatatttg 18655048  T
Q  150 actatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttagtatgtaac 214  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||    
T  18655049 actatctttccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgtgtaac 18655113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 48 - 214
Target Start/End: Original strand, 4186 - 4352
Alignment:
Q  48 tcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttct 147  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  4186 tcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgatgactgatcttgttggagatgttct 4285  T
Q  148 tgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttagtatgtaac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  4286 tgactatctctccaataaacttgtattcatatctattaatgtccgataagataagttagtatgtaac 4352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 13101 - 13315
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggac-ccatcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||| | ||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  13101 cctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggt 13200  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||    
T  13201 aattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatcgccaataaacttgtattcatatctattcatgtcatataagat 13300  T
Q  200 aagttagtatgtaac 214  Q
    |||||||||||||||    
T  13301 aagttagtatgtaac 13315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 119; Significance: 6e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 8243 - 8029
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggac-ccatcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||| | ||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  8243 cctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggt 8144  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||    
T  8143 aattggcaacatgtaagggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatcgccaataaacttgtattcatatctattcatgtcatataagat 8044  T
Q  200 aagttagtatgtaac 214  Q
    |||||||||||||||    
T  8043 aagttagtatgtaac 8029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 112; Significance: 9e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 2965 - 3176
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggac-ccatcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||| | ||||| |||||| ||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||    
T  2965 cctccagtaccataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagacttcattccaacagggt 3064  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgat 199  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||    
T  3065 aattggcaacatgtaagggttgacgactggtcttgttggagatgtatttgactatctctccaataaactcgtattcatatctattcatgtccagtaagat 3164  T
Q  200 aagttagtatgt 211  Q
    ||||||||||||    
T  3165 aagttagtatgt 3176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 108; Significance: 2e-54; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Original strand, 267766 - 267961
Alignment:
Q  1 cctccagtcccataaattccaaccgtatggaccc-atcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggt 99  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||| | |||||||||| || |||||||||||||| |||||   || ||||| ||||    
T  267766 cctccaatcccataaattccaaccatatggaccccatcatcagatccattatcaagaagcaatttcacttgttgtacttgagaccataatccaacagggt 267865  T
Q  100 aattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaata 195  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  267866 aattggcaacatgtaagggctcacgactgatcttgttggagatgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtcaaata 267961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 161 - 207
Target Start/End: Original strand, 28127262 - 28127308
Alignment:
Q  161 aataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttagt 207  Q
    |||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||    
T  28127262 aataaacttgtattcatatctattaatctccaataagataagttagt 28127308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 94; Significance: 5e-46; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 8 - 208
Target Start/End: Original strand, 29273271 - 29273472
Alignment:
Q  8 tcccataaattccaaccgtatgga-cccatcaacaggtccctcatcaagaagcgatctcacttgttgtactcgagactgcaacccaacggggtaattggc 106  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||| | ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| || ||||| ||||| |||||    
T  29273271 tcccataaattccaaccatatggatcccatcatcagatccattatcaagaagcgatttgacttgttgtacttgagactgtaatccaacagggtatttggc 29273370  T
Q  107 aacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtactcatatctattcatgtccaatacgataagttag 206  Q
    |||||||||||||   || || ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | |||||||    
T  29273371 aacatgtaagggcacgcggctgatcttgttggagatgtatttgactatctctccgataaacttgtattcatatctattcatgtcaaataatacaagttag 29273470  T
Q  207 ta 208  Q
    ||    
T  29273471 ta 29273472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 75 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 3280340 - 3280243
Alignment:
Q  75 actcgagactgcaacccaacggggtaattggcaacatgtaagggctgacgacttatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgta 172  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||| | |||||||||| ||   |||| ||||||||||||| |  || |||||||| || || |||||||||||    
T  3280340 actcgagactgcatgccaaccgggtaatcgacaacatgtaaaggagcacgatttatcttgttggatacatttttgactatatcccctataaacttgta 3280243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University