View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7911_high_1 (Length: 1078)

Name: NF7911_high_1
Description: NF7911
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7911_high_1
NF7911_high_1
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (338-1061)||(5196937-5197666)
chr4 (348-1060)||(5215092-5215810)
chr4 (341-1047)||(5174199-5174904)
chr4 (341-1047)||(4840618-4841323)
chr4 (324-1060)||(5161241-5161985)
chr4 (341-1058)||(5183541-5184264)
chr4 (341-1060)||(4855106-4855829)
chr4 (26-195)||(4855963-4856132)
chr4 (345-677)||(7143408-7143740)
chr4 (26-201)||(5160978-5161153)
chr4 (26-195)||(5214782-5214951)
chr4 (26-195)||(7143124-7143293)
chr4 (65-195)||(5183258-5183389)
chr4 (55-195)||(5173913-5174053)
chr4 (65-195)||(4841466-4841596)
chr4 (56-195)||(5196655-5196794)
chr4 (119-160)||(5203556-5203597)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 450; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 450; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 338 - 1061
Target Start/End: Original strand, 5196937 - 5197666
Alignment:
Q  338 ttggaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacag 437  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5196937 ttggaagtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatgcaataagctaacag 5197036  T
Q  438 gtatcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatct 537  Q
    || |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  5197037 gtgtcatcccttctcaaattggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcacttgtcaggtcccattccaatcactttttcaaatct 5197136  T
Q  538 taccaaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtca 637  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||| | |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5197137 tacccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtca 5197236  T
Q  638 tacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgcaacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctca 737  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197237 tacaacaacctttctggaacaccacctagtataggccagtttgcaaactttgatgaggataactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctca 5197336  T
Q  738 atcggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagttt 837  Q
     ||| ||||||||||||| |||| || |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||   ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  5197337 gtcgaaagtgtgaacgtgtcgagcctccaccatcatcccaatccaatgacaatgaagaagaggaaactggtgtggacatgataacattttattggagttt 5197436  T
Q  838 cacagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgttgtgcatcaatgcatgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatg 937  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197437 cacagcatcttacataacaatactattggccttcataacagtgttgtgcatcaatccacgttggcgcatggcctggttttattacatcagtaagtttatg 5197536  T
Q  938 cgtagattttttccaaattttccattttattgatgagtgtccatagtacctgttgaa-----atgtggagtcgcaaatatttggatattataatttttat 1032  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||||     |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  5197537 cgtagattctttccaacttttccattgtattgaagagtggccatagttcctgttgaaacattatgtggagtctcaaatatttgcatattgtaatttttat 5197636  T
Q  1033 ctttagctttaatttc-gacagtttgatgt 1061  Q
     |||| |||||||||| |||| ||||||||    
T  5197637 atttacctttaatttcagacaatttgatgt 5197666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 348 - 1060
Target Start/End: Original strand, 5215092 - 5215810
Alignment:
Q  348 agttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggtatcatccc 447  Q
    |||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  5215092 agttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatggaataacctaacaggtctcatccc 5215191  T
Q  448 ttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttaccaaaata 547  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5215192 ttctcaaattggtcaccttcaacaagttagagccttgaacctatcacataatcacttgtctggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaata 5215291  T
Q  548 gagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatacaacaacc 647  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||     
T  5215292 gagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccaaatgaactaacccagttgaactttttatcaaccttcaatgtatcatacaacaact 5215391  T
Q  648 tttctggaacaccacctagtacaggacaatttgcaacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatcggaagtg 747  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  |||||    
T  5215392 tttctggaacaccacctagtacaggacagtttggaggttttgatgaggacagttacagaggtaatcccggtctttgtggaccactcctctatcaaaagtg 5215491  T
Q  748 tgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcacagcatct 847  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215492 tgaacgtgtcgagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaaaccatggtggacatgataacattttattggagtttcacagcatct 5215591  T
Q  848 tacataacaatattgttggccttcataacagtgttgtgcatcaatgcatgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagatttt 947  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  5215592 tacataacaatactattggccttcataacagtgttgtgcgtcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtaaaattt 5215691  T
Q  948 ttccaaattttccattttattgatgagtgtccatagtacctgttgaa-----atgtggagtcgcaaatatttggatattataatttttatctttagcttt 1042  Q
    ||||||  |||||||| |||||| |||||||  |  | |||||||||     | ||| |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||    
T  5215692 ttccaacgtttccattgtattgaagagtgtctgttattcctgttgaaacttcaagtgaagtctcaaatatttggatattgtaatttttatatttaccttt 5215791  T
Q  1043 aatttc-gacagtttgatg 1060  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  5215792 aatttcagacagtttgatg 5215810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 341 - 1047
Target Start/End: Original strand, 5174199 - 5174904
Alignment:
Q  341 gaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggta 440  Q
    |||||| ||||||||||||||||  | || |||| |||||| |||| | | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5174199 gaagtggagttcagaacaaagcacaatgaatactcttacaagggtatagttctagagaatatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtg 5174298  T
Q  441 tcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttac 540  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  5174299 tcatcccttctcaaattggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcacttgtctggtcccattccaatcactttttcaaatcttac 5174398  T
Q  541 caaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatac 640  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  5174399 ccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtcatac 5174498  T
Q  641 aacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgcaacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatc 740  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| || ||||||    
T  5174499 aacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttggaggctttgttgaggaaaactacataggtaatcctggtctttgtggaccattcgtcaatc 5174598  T
Q  741 ggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcac 840  Q
    | |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |    ||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  5174599 gaaagtgtgaacatgtcgagtcttcagcatcatcacaatccaatgacgacggagaaaaggaaaccatggtggacatgataactttttattggagtttcac 5174698  T
Q  841 agcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgttgtgcatcaatgcatgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgt 940  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5174699 agcatcttacataacaatattgttggccctcataacagttttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattatatcagtaagtttatgcgt 5174798  T
Q  941 agattttttccaaattttccattttattgatgagtgtccatagt---acctgttgaaatgtggagtcgcaaatatttggatattataatttttatcttta 1037  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||   | || |    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  5174799 agattttttccaacttttccattgtattgaagagtgtccatagtttaaacttt----atgtggagtctcaaatatttggatattgtaatttttaccttta 5174894  T
Q  1038 gctttaattt 1047  Q
    ||||||||||    
T  5174895 gctttaattt 5174904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 341 - 1047
Target Start/End: Complemental strand, 4841323 - 4840618
Alignment:
Q  341 gaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggta 440  Q
    |||||| |||| |||||||||||  | || ||||||||||| |||||| | |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||     
T  4841323 gaagtggagtttagaacaaagcacaatgaatacttttacaagggtaaagttctagagattatgactggattggatttatcatgcaataatttaacaggtg 4841224  T
Q  441 tcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttac 540  Q
    | |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  4841223 ttatcccttcccaaattggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcacttgtcaggtcccattccaatcactttttcaaatcttac 4841124  T
Q  541 caaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatac 640  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||    
T  4841123 ccaaatagagagtcttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccaaatgaactaacccagttgaactttttagaaatcttcaatgtgtcatac 4841024  T
Q  641 aacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgcaacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatc 740  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  4841023 aacaacctctctggaacaccacctagtacaggacaatttggaggctttgttgaggaaaactacataggtaatcctggtctttgtggaccattcctcaatc 4840924  T
Q  741 ggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcac 840  Q
    | |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |    ||||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  4840923 gaaagtgtgaacatgtcgagtcttcagcatcatcacaatccaatgacgacggagaaaaggaaaccatggtggacatgataactttttattggagtttcac 4840824  T
Q  841 agcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgttgtgcatcaatgcatgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgt 940  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4840823 agcatcttacataacaatattgttagccttcataacagtgttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgt 4840724  T
Q  941 agattttttccaaattttccattttattgatgagtgtccatagt---acctgttgaaatgtggagtcgcaaatatttggatattataatttttatcttta 1037  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||   | || |    ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4840723 agattttttccaacttttccattgtattaaagagtgtccatagtttaaacttt----atgtggagtctaaaatatttggatattgtaatttttatcttta 4840628  T
Q  1038 gctttaattt 1047  Q
    ||||||||||    
T  4840627 gctttaattt 4840618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 324 - 1060
Target Start/End: Original strand, 5161241 - 5161985
Alignment:
Q  324 atggcgaactatacttggaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatg 423  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  5161241 atggcgaactacacttggaagtggagttcagaacaaagcacaatgattacttttacaaaggtaaagtcctagagaaaatgactggattggatttatcatg 5161340  T
Q  424 caataagctaacaggtatcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaatt 523  Q
    ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||  |||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  5161341 caacaagctaacaggtactatcccttctcaaattgggcacctgcaacaagttttagccttgaacctatcacataatcacttgtcgggtcctattccaatt 5161440  T
Q  524 actttttcaaatcttaccaaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaa 623  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  5161441 acgttttcaaatcttaccgaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgagctaacccagttgacctttttatcaa 5161540  T
Q  624 cattcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgcaacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttg 723  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  5161541 ccttcaacgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacagtttgcaaccttcgttgaggacagctacagaggtaatcccggtctttg 5161640  T
Q  724 tggaccactcctcaatcggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataaca 823  Q
    |||| |||||||| | || ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |    ||||| | |||||||    
T  5161641 tggatcactcctcgaccgaaagtgtgaaggtgtcaagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatgaagaagaggaaacaaatgtggacatgataaca 5161740  T
Q  824 ttttattgga-gtttc-acagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgttgtgcatcaatgcatgttggcgtatggcctggttttatta 921  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  5161741 ttttattggaggtttctacagcatcttacataacaatattgttggccttcgtaacagtgttgtgtatcaatgctcgttggcgtatggcttggttttatta 5161840  T
Q  922 catcagtaagtttatgcgtagattttttccaaattttccattttattgatgagtgtccatagtacctgttgaa-----atgtggagtcgcaaatatttgg 1016  Q
    ||| |||||||||   ||    |||||||||| ||||||||| || ||| |||||| | ||||||||||||||     | |||||||| |||||||||||    
T  5161841 cattagtaagtttgcacgatttttttttccaacttttccattgtactgaagagtgtacgtagtacctgttgaaactttacgtggagtctcaaatatttgg 5161940  T
Q  1017 atattataatttttatctttagctttaatttc-gacagtttgatg 1060  Q
    ||||| |||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||    
T  5161941 atattgtaatttttatatttatcgttaatttcagacagtttgatg 5161985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 341 - 1058
Target Start/End: Original strand, 5183541 - 5184264
Alignment:
Q  341 gaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggta 440  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||| | | ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5183541 gaagtgcagtttagaacaaagcactatgattacttttacaagggtatagttctaaagatcatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtg 5183640  T
Q  441 tcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttac 540  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  5183641 tcatcccttctcaaattggagacctacaacaaattaaagccttgaatctatcacataattacttgtctggtcctattccaataactttttcaaaacttac 5183740  T
Q  541 caaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatac 640  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| || ||||  ||  |||||||||||||||    
T  5183741 ccaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagattccttatgaactaaccaagttgacctctttagaaatcttcaatgtgtcatac 5183840  T
Q  641 aacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgcaacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatc 740  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||    
T  5183841 aacaacctttctggaacaccacctagcacaagacaatttgcaaactttgatgagtacaactacagaggtaatcccggtctttgcggacaactcctaaatc 5183940  T
Q  741 ggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcac 840  Q
      ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |    ||||| | |||||||||||||||||||||||     
T  5183941 aaaagtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatcacaatccaatgacaatggagaaaagcaaaccatggtggacatgataacattttattggagtttcat 5184040  T
Q  841 agcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgttgtgcatcaatgcatgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgt 940  Q
    | ||||||| || |||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5184041 aacatcttatattacaatactattggccttcataactgtgttgggcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgt 5184140  T
Q  941 agattttttccaaattttccattttattgatgagtgtccatagtacctgttgaa-----atgtggagtcgcaaatatttggatattataatttttatctt 1035  Q
    ||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||     ||||||||||  ||||||||||||| | || ||||||| ||    
T  5184141 agattctttccatcttttccattatattgatgagtgtccatagttcctgttgaaactttatgtggagtctaaaatatttggatactgtattttttatatt 5184240  T
Q  1036 tagctttaatttc-gacagtttga 1058  Q
    || | |||||| | ||||||||||    
T  5184241 taccgttaattccagacagtttga 5184264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 341 - 1060
Target Start/End: Complemental strand, 4855829 - 4855106
Alignment:
Q  341 gaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggta 440  Q
    |||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||     
T  4855829 gaagtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatggaataacctaacaggtg 4855730  T
Q  441 tcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttac 540  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4855729 tcatcccttctcaaattggtcaccttcaaccagttagagccttgaacctatcacataatcacttgtctggtcctattccaattactttttcaaatcttac 4855630  T
Q  541 caaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatac 640  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || ||||  || ||||||||||||||||    
T  4855629 ccaaatagaaagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaaccaagttgacctctttagaaatattcaatgtgtcatac 4855530  T
Q  641 aacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgcaacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatc 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||   |||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | |    
T  4855529 aacaacctttctggaacaccacctagtacaggacagtttgcaaccttcattgaggacagctacagaggtaatcccgatctttgtggaccactcctcgacc 4855430  T
Q  741 ggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcac 840  Q
    | ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |    ||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  4855429 gaaagtgtgaaggtgccaagtcttcaccatcatcacaatccaatgacaatgaagaagaggaaacaaatgtggacatgataacattttattggagtttcac 4855330  T
Q  841 agcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgttgtgcatcaatgcatgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgt 940  Q
    | ||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||  ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||    
T  4855329 accatcttacataacaatactactgaccttcataacagtgt--tgcatcaatccacgttggcgtttggcctggttttattacattagtaagtttgtaggt 4855232  T
Q  941 agattttttccaaattttccattttattgatgagtgtccatagtacctgttgaa-----atgtggagtcgcaaatatttggatattataatttttatctt 1035  Q
    |  |||||||||| ||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||     |||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||    
T  4855231 atcttttttccaacttttccattgtattaaagagtgtccgtagtacctgttgaaactttatgtggagtctcaaatatttgggtattgtaatttttatatt 4855132  T
Q  1036 tagctttaatttc-gacagtttgatg 1060  Q
    || |||||||||| ||||||||||||    
T  4855131 taactttaatttcagacagtttgatg 4855106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 26 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 4856132 - 4855963
Alignment:
Q  26 tggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaacaaagatcaaca 125  Q
    |||||||| || || | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  4856132 tggatggataacctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaacttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgaca 4856033  T
Q  126 tgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttggaat 195  Q
    | ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  4856032 taatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttggaat 4855963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 345 - 677
Target Start/End: Original strand, 7143408 - 7143740
Alignment:
Q  345 tgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggtatcat 444  Q
    ||||||| ||||||||| | || || ||||||||| | | ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||  |  ||||    
T  7143408 tgcagtttagaacaaagaactatgagtacttttacgacgctaaaatcctagagatgatgactggattggatttatcatgcaatatcgtaactagagtcat 7143507  T
Q  445 cccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttaccaaa 544  Q
     |||||| || ||||| || | ||| |   | ||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  7143508 accttctgaacttggagacatgcaaaaccatcgagtcttgaatctataacataatcacttgtcaggtcctattccaatcactttttccaatcttacccaa 7143607  T
Q  545 atagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatacaaca 644  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||| || ||| | ||||||  || |||| |||| ||   |  ||||||||||| |||||||    
T  7143608 atagagagtcttgacttatcatagagtaacttgaatggtaaggtagcttctcaactaagtcacttgacctttatagatatcttcaatgtgtcttacaaca 7143707  T
Q  645 acctttctggaacaccacctagtacaggacaat 677  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7143708 acctttctggaacaccacctagtataggacaat 7143740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 26 - 201
Target Start/End: Original strand, 5160978 - 5161153
Alignment:
Q  26 tggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaacaaagatcaaca 125  Q
    ||||| || ||||| | |||||| |||| ||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  5160978 tggattgataatctctcagagttgcgtgttcttttactaggatggaataacttggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaaca 5161077  T
Q  126 tgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttggaataggaca 201  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  5161078 tgatggacctatcgcggaacatgttcaatgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgacatttggtataggaca 5161153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 26 - 195
Target Start/End: Original strand, 5214782 - 5214951
Alignment:
Q  26 tggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaacaaagatcaaca 125  Q
    |||||||| || || | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||    
T  5214782 tggatggataagctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatagaca 5214881  T
Q  126 tgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttggaat 195  Q
    | ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  5214882 taatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttggaat 5214951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 26 - 195
Target Start/End: Original strand, 7143124 - 7143293
Alignment:
Q  26 tggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaacaaagatcaaca 125  Q
    |||||||| || || | ||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  7143124 tggatggataagctatcagagttacgtgttcttttattaggaaggaacaatttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgaca 7143223  T
Q  126 tgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttggaat 195  Q
      || ||||||||  | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  7143224 aaatagacctatcagaaaacatgctcaatgcttcaataccaccttgcttccaaaatatgtcatttggaat 7143293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 65 - 195
Target Start/End: Original strand, 5183258 - 5183389
Alignment:
Q  65 ggagggaacaatttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggt-taacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaata 163  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||| |||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  5183258 ggagggaacaattttgaaggagatattccaattcaattgtgtccttctaaaaaagatcaacataatggacttatcacggaacatgctcaatgcttcaata 5183357  T
Q  164 ccatcttgcttccaaaatttgtcatttggaat 195  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  5183358 ccatcttgctttcaaaatatgtcatttggaat 5183389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 55 - 195
Target Start/End: Original strand, 5173913 - 5174053
Alignment:
Q  55 tcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagt 154  Q
    ||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |||| | ||||||| |||| ||||| ||||| | ||||||||||| |    
T  5173913 tcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattttgttggttcaaaaagatcgacataatggatctatcacggaacatgctcaat 5174012  T
Q  155 gcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttggaat 195  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  5174013 gcttcaataccatcttgcctccaaaatatgtcatttggaat 5174053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 65 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 4841596 - 4841466
Alignment:
Q  65 ggagggaacaatttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaatac 164  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||   ||| ||| |||| ||| |||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  4841596 ggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattgtgtcatctaaaaaatatcaccataatggacttatcacggaacatgctcaatgcttcaatac 4841497  T
Q  165 catcttgcttccaaaatttgtcatttggaat 195  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4841496 catcttgcttccaaaatatgtcatttggaat 4841466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 56 - 195
Target Start/End: Original strand, 5196655 - 5196794
Alignment:
Q  56 cttttacttggagggaacaatttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtg 155  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| |  |||||||||| ||    
T  5196655 cttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaatgcagttgtgtcggttaaaaaagatcaacataatggacttatcacgaaacatgctcaatg 5196754  T
Q  156 cttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttggaat 195  Q
    |||| |||||||||||||| | |||| ||| |||||||||    
T  5196755 cttccataccatcttgctttcgaaatatgttatttggaat 5196794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 119 - 160
Target Start/End: Original strand, 5203556 - 5203597
Alignment:
Q  119 atcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttca 160  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  5203556 atcaacatgatggacctatcacggaacatgctcaatgcttca 5203597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University