View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF7911_low_9 (Length: 293)
Name: NF7911_low_9
Description: NF7911
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7911_low_9 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 23 - 276
Target Start/End: Original strand, 5197407 - 5197666
Alignment:
| Q |
23 |
tgtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgttgtgcatcaatgcatgttggcgtatg |
122 |
Q |
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| T |
5197407 |
tgtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatactattggccttcataacagtgttgtgcatcaatccacgttggcgcatg |
5197506 |
T |
|
| Q |
123 |
gcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaaattttccattttattgatgagtgtccatagtacctgttgaa-----atgtggag |
217 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |
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|
| T |
5197507 |
gcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattctttccaacttttccattgtattgaagagtggccatagttcctgttgaaacattatgtggag |
5197606 |
T |
|
| Q |
218 |
tcgcaaatatttggatattataatttttatctttagctttaatttc-gacagtttgatgt |
276 |
Q |
| |
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|| |||||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
5197607 |
tctcaaatatttgcatattgtaatttttatatttacctttaatttcagacaatttgatgt |
5197666 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 24 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 4840855 - 4840618
Alignment:
| Q |
24 |
gtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgttgtgcatcaatgcatgttggcgtatgg |
123 |
Q |
| |
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|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |
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|
| T |
4840855 |
gtggacatgataactttttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttagccttcataacagtgttgtgcatcaatccacgttggcgtatgg |
4840756 |
T |
|
| Q |
124 |
cctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaaattttccattttattgatgagtgtccatagt---acctgttgaaatgtggagtcg |
220 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||||| | || | |||||||||| |
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|
| T |
4840755 |
cctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaacttttccattgtattaaagagtgtccatagtttaaacttt----atgtggagtct |
4840660 |
T |
|
| Q |
221 |
caaatatttggatattataatttttatctttagctttaattt |
262 |
Q |
| |
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||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
4840659 |
aaaatatttggatattgtaatttttatctttagctttaattt |
4840618 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 24 - 262
Target Start/End: Original strand, 5174667 - 5174904
Alignment:
| Q |
24 |
gtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgttgtgcatcaatgcatgttggcgtatgg |
123 |
Q |
| |
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|
| T |
5174667 |
gtggacatgataactttttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccctcataacagttttgtgcatcaatccacgttggcgtatgg |
5174766 |
T |
|
| Q |
124 |
cctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaaattttccattttattgatgagtgtccatagt---acctgttgaaatgtggagtcg |
220 |
Q |
| |
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||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| | || | |||||||||| |
|
|
| T |
5174767 |
cctggttttattatatcagtaagtttatgcgtagattttttccaacttttccattgtattgaagagtgtccatagtttaaacttt----atgtggagtct |
5174862 |
T |
|
| Q |
221 |
caaatatttggatattataatttttatctttagctttaattt |
262 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
5174863 |
caaatatttggatattgtaatttttacctttagctttaattt |
5174904 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 24 - 275
Target Start/End: Original strand, 5215553 - 5215810
Alignment:
| Q |
24 |
gtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgttgtgcatcaatgcatgttggcgtatgg |
123 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| |
|
|
| T |
5215553 |
gtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatactattggccttcataacagtgttgtgcgtcaatccacgttggcgtatgg |
5215652 |
T |
|
| Q |
124 |
cctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaaattttccattttattgatgagtgtccatagtacctgttgaa-----atgtggagt |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||| ||||||| | | ||||||||| | ||| ||| |
|
|
| T |
5215653 |
cctggttttattacatcagtaagtttatgcgtaaaatttttccaacgtttccattgtattgaagagtgtctgttattcctgttgaaacttcaagtgaagt |
5215752 |
T |
|
| Q |
219 |
cgcaaatatttggatattataatttttatctttagctttaatttc-gacagtttgatg |
275 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
5215753 |
ctcaaatatttggatattgtaatttttatatttacctttaatttcagacagtttgatg |
5215810 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 24 - 273
Target Start/End: Original strand, 5184009 - 5184264
Alignment:
| Q |
24 |
gtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgttgtgcatcaatgcatgttggcgtatgg |
123 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| || |||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||| |
|
|
| T |
5184009 |
gtggacatgataacattttattggagtttcataacatcttatattacaatactattggccttcataactgtgttgggcatcaatccacgttggcgtatgg |
5184108 |
T |
|
| Q |
124 |
cctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaaattttccattttattgatgagtgtccatagtacctgttgaa-----atgtggagt |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
5184109 |
cctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattctttccatcttttccattatattgatgagtgtccatagttcctgttgaaactttatgtggagt |
5184208 |
T |
|
| Q |
219 |
cgcaaatatttggatattataatttttatctttagctttaatttc-gacagtttga |
273 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||| | || ||||||| |||| | |||||| | |||||||||| |
|
|
| T |
5184209 |
ctaaaatatttggatactgtattttttatatttaccgttaattccagacagtttga |
5184264 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 4855367 - 4855106
Alignment:
| Q |
18 |
acaaatgtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgttgtgcatcaatgcatgttggc |
117 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||||||||| || |||||| |
|
|
| T |
4855367 |
acaaatgtggacatgataacattttattggagtttcacaccatcttacataacaatactactgaccttcataacagtgt--tgcatcaatccacgttggc |
4855270 |
T |
|
| Q |
118 |
gtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaaattttccattttattgatgagtgtccatagtacctgttgaa-----atg |
212 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||| |||| | |||||||| |||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
4855269 |
gtttggcctggttttattacattagtaagtttgtaggtatcttttttccaacttttccattgtattaaagagtgtccgtagtacctgttgaaactttatg |
4855170 |
T |
|
| Q |
213 |
tggagtcgcaaatatttggatattataatttttatctttagctttaatttc-gacagtttgatg |
275 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
4855169 |
tggagtctcaaatatttgggtattgtaatttttatatttaactttaatttcagacagtttgatg |
4855106 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 275
Target Start/End: Original strand, 5161720 - 5161985
Alignment:
| Q |
18 |
acaaatgtggacatgataacattttattggag-tttc-acagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgttgtgcatcaatgcatgttg |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
5161720 |
acaaatgtggacatgataacattttattggaggtttctacagcatcttacataacaatattgttggccttcgtaacagtgttgtgtatcaatgctcgttg |
5161819 |
T |
|
| Q |
116 |
gcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaaattttccattttattgatgagtgtccatagtacctgttgaa-----a |
210 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||||| || ||| |||||| | |||||||||||||| | |
|
|
| T |
5161820 |
gcgtatggcttggttttattacattagtaagtttgcacgatttttttttccaacttttccattgtactgaagagtgtacgtagtacctgttgaaacttta |
5161919 |
T |
|
| Q |
211 |
tgtggagtcgcaaatatttggatattataatttttatctttagctttaatttc-gacagtttgatg |
275 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| | |||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
5161920 |
cgtggagtctcaaatatttggatattgtaatttttatatttatcgttaatttcagacagtttgatg |
5161985 |
T |
|
Back To:
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