View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7912_high_1 (Length: 586)

Name: NF7912_high_1
Description: NF7912
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7912_high_1
NF7912_high_1
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (10-569)||(13372793-13373352)
chr5 (10-390)||(13378768-13379148)
chr5 (424-570)||(13378547-13378693)
chr5 (85-327)||(13385391-13385633)
chr5 (29-323)||(13419297-13419591)
chr5 (162-327)||(13412948-13413113)
chr5 (85-327)||(13389212-13389454)
chr5 (29-323)||(13426188-13426482)
chr5 (18-327)||(13393552-13393861)
chr5 (18-323)||(13446848-13447153)
chr5 (18-327)||(13453797-13454106)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-359)||(28430520-28430869)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (100-327)||(47601115-47601342)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 528; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 13373352 - 13372793
Alignment:
10 aagaatattgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
13373352 aagaatattgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgcccacgaacacttcgtgatccgtattcctgatgccttaccacttgatg 13373253  T
110 ccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttgg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13373252 ccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtatatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttgg 13373153  T
210 tggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13373152 tggattaggtcatatggctgtgaaatttaccaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacac 13373053  T
310 ttaggagctgactcatttgtggttagccacgaacaagaccaaatgcaggtgcgtaccaatagctcgcttttaataactaatctatatatgaaatcagtta 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13373052 ttaggagctgactcatttgtggttagccacgaacaagaccaaatgcaggtgcgtaccaatagctcgcttttaataactaatctatatatgaaatcagtta 13372953  T
410 taaacttctaacactgttcattatgttataggctgtaatggacacccttgatggtattattgacactgtttcagcactccatccactaatgcccttgatg 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13372952 taaacttctaacactgttcattatgttataggctgtaatgggcacctttgatggtattattgacactgtttcagcactccatccactaatgcccttgatg 13372853  T
510 ggtttattgaagaatcatggtaaacttgttatggttggagctccagaaaagcctttggag 569  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
13372852 ggtttattgaagaatcatggtaaacttgttatggttggagctccagagaagcctttggag 13372793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 10 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 13379148 - 13378768
Alignment:
10 aagaatattgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatg 109  Q
    |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |  |||||||||| ||||||||| |||||||||    
13379148 aagaatgttgatggcactatcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattgtccgtattcccgatgccttatcacttgatg 13379049  T
110 ccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttgg 209  Q
    | || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| || |||| |||||  | ||| | |||||||||||||||||    
13379048 ctgccgctcctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggatttgacaaacctggactgcatataggtgtggttggtcttgg 13378949  T
210 tggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacac 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
13378948 tggattaggtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacgc 13378849  T
310 ttaggagctgactcatttgtggttagccacgaacaagaccaaatgcaggtgcgtaccaatagctcgcttttaataactaat 390  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||||||||||| ||||||    
13378848 ttaggagctgactcattcgtggttagtcgcgaacaagaccagatgaaggtgcgtaccaataattcgcttttaatgactaat 13378768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 424 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 13378693 - 13378547
Alignment:
424 tgttcattatgttataggctgtaatggacacccttgatggtattattgacactgtttcagcactccatccactaatgcccttgatgggtttattgaagaa 523  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  ||  ||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||| ||||||||||    
13378693 tgttcaatatgttataggctgtaatgggaacgtttgatggaatcatcgacactgtttcagcactccatcctctaatgcctttgcttggtctattgaagaa 13378594  T
524 tcatggtaaacttgttatggttggagctccagaaaagcctttggagt 570  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
13378593 taatggtaaacttgttatggttggagctccagagaagcctttggagt 13378547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 85 - 327
Target Start/End: Original strand, 13385391 - 13385633
Alignment:
85 attcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtt 184  Q
    ||||||||||  ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||| | | ||| ||||||||  |||| ||||||     
13385391 attcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatactttggactcgacaaacctggtc 13385490  T
185 tacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaa 284  Q
    | ||||| ||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || || || || ||| |||     
13385491 ttcatgtcggtgttgttggtcttggtgggcttggtcacatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaatgtgaccgtaattagtacatctgctag 13385590  T
285 caaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactcattt 327  Q
    |||| | |||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||    
13385591 caaagaaaaggaagcaaaagaacacttaggagctgattcattt 13385633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 29 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 13419591 - 13419297
Alignment:
29 tcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttg 128  Q
    ||||||||||||| ||||| ||  | |||||||| ||||| |||||  |||| || |||||||||  |||||| |||||||| || | ||||||||||||    
13419591 tcacatatggaggttactccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgctgccggtcctcttctttg 13419492  T
129 tgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggct 228  Q
     || || |||||||||||||| ||| |   | |||||| |||  ||||||||||| |  || | ||||| ||||||||||||||| | || |||||||||    
13419491 cgctggaatcacagtgtatagtcctcttcgacattttgaactcgacaagcctggtatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggct 13419392  T
229 gtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactc 323  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||||||| || || || || || || ||| ||||| | |||||||| || |||||||| |||||||||||    
13419391 gtgaaatttgcaaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctcacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgactc 13419297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 162 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 13413113 - 13412948
Alignment:
162 ttttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgta 261  Q
    |||||||||  | ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||     
13413113 ttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaatttgccaaagctttcggtgctaatgtt 13413014  T
262 acagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactcattt 327  Q
    || || || || || || ||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
13413013 accgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttaggagctgattcattt 13412948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 85 - 327
Target Start/End: Original strand, 13389212 - 13389454
Alignment:
85 attcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtt 184  Q
    ||||||||||  ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||| | | ||||| ||||||  | || ||||||     
13389212 attcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggactcgataaacctggtc 13389311  T
185 tacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaa 284  Q
    | | | | ||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||| || || || || ||    
13389312 ttcgtataggtgttgttggtcttggtgggcttggtcacatggctgtgaaatttgccaaagcatttggtgcgattgtaacagtgattagtacatcacccaa 13389411  T
285 caaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactcattt 327  Q
    |||| |||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||    
13389412 caaagagaaagaagcaatagaacacttaggagccgattcattt 13389454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 29 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 13426482 - 13426188
Alignment:
29 tcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgctcctcttctttg 128  Q
    ||||||||||||| || || ||  | |||||||| || || |||||  |||| || |||||||||  |||||| |||||||  || | ||||||||||||    
13426482 tcacatatggaggttattccgactcaatggttgcagatgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgttgccggtcctcttctttg 13426383  T
129 tgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggct 228  Q
     || ||  ||||||||||||| ||| |     |||||  |||  ||||||||||| |  || | || || ||||||||||||||| | ||||||||||||    
13426382 cgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgtcattttcaactcgacaagcctggtatgaatataggcgttgttggtcttggtggacttggtcatatggct 13426283  T
229 gtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagctgactc 323  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || || || || |||| |||| | |||||||| || ||||| ||||||||||||||    
13426282 gtgaaattcgccaaagcttttggtgctaatgtaacagtaattagtacatcgcctagcaaagaaaaggaagcgatagaacatttaggagctgactc 13426188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 327
Target Start/End: Original strand, 13393552 - 13393861
Alignment:
18 tgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgct 117  Q
    ||||||||  |||||||||||||| ||||||||  | |||||||| || || |||||  |  | |  |||||||||| ||||||||||||  | ||||||    
13393552 tgatggaagcatcacatatggagggtactctgactcaatggttgcagatgagcactttatagttcacattcctgatggcttaccacttgaatctgctgct 13393651  T
118 cctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattag 217  Q
    ||||| |||||||| || || || |||||||| ||| |   ||||||||||||  ||||||||||| |  || | ||| | ||||||||||||||| | |    
13393652 cctctcctttgtgccggtattactgtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaagcctggtatgaatataggtattgttggtcttggtggacttg 13393751  T
218 gtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagc 317  Q
    ||||  ||| |||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||| || || || || || |||||| |||| ||||| || ||| || |||||||    
13393752 gtcacttgggtgtgaagtttgcaaaagcttttggagctaatgtaacagtaattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatagaaaacctaggagc 13393851  T
318 tgactcattt 327  Q
    ||| ||||||    
13393852 tgattcattt 13393861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 13447153 - 13446848
Alignment:
18 tgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgct 117  Q
    |||||| || ||||| |||||||| | ||| ||  | |||||||| ||||| |||||  |||| || |||||||||  |||||| |||||||  || | |    
13447153 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 13447054  T
118 cctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattag 217  Q
    ||||||||||| || ||  ||||||||||||| ||| |   | ||||||||||  ||||||||||| |  || | || || ||||||||||||||| | |    
13447053 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgttggtcttggtggacttg 13446954  T
218 gtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagc 317  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || || || || || || || ||||| ||  | |||||||| || ||||||||||||||    
13446953 gtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgaccgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 13446854  T
318 tgactc 323  Q
     |||||    
13446853 agactc 13446848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 13454106 - 13453797
Alignment:
18 tgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgct 117  Q
    ||||||||| | |||  ||||||||| ||||||  | |||||| ||||||| |||||  || | || ||||| |||   ||||| |||||||| ||||||    
13454106 tgatggaaccagcactcatggaggcttctctgactcaatggtttccgacgagcactttgtgtttcgcattccagatcagttacctcttgatgcagctgct 13454007  T
118 cctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattag 217  Q
    ||||| |||||||| ||||| || || ||||| ||| |   | ||||||||||  ||||||||| | |  || | ||||| ||||||||||||||| | |    
13454006 cctctcctttgtgctgggataaccgtatatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctgatatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttg 13453907  T
218 gtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagc 317  Q
    | |||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||| || || || || || || ||||| ||  | ||||||||  | ||||||||| ||||    
13453906 gccatatggccgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcacctaaaaaggaaaaggaagcattagaacacttacgagc 13453807  T
318 tgactcattt 327  Q
     |||||||||    
13453806 ggactcattt 13453797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 10 - 359
Target Start/End: Original strand, 28430520 - 28430869
Alignment:
10 aagaatattgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgccgacgaacacttcttgatccgtattcctgatgccttaccacttgatg 109  Q
    |||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||||  ||||||||  |||  ||||| | |||||  ||  | |||| |||||||    
28430520 aagaatcttgatggcaccatcacatatggaggctactccgacacaatggtcaccgacgaaagctttgtgatcagcattccaaatagcctacctcttgatg 28430619  T
110 ccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttgg 209  Q
    | || |||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||   || ||  | |||||||||||||||||    
28430620 ctgcagctcctctcctctgcgccgggatcacggtgtatagccctttgaaatattttggacttgataaacctaacttgcaattaggtgtggttggtcttgg 28430719  T
210 tggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacac 309  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||      
28430720 tggacttggtcatatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaaggtaacagtgattagcacttctcctaacaaaaagaaggaagctattgaactt 28430819  T
310 ttaggagctgactcatttgtggttagccacgaacaagaccaaatgcaggt 359  Q
     | ||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||    
28430820 cttggagctgactcatttgtggttagcagtgaacaagatcaaatgcaggt 28430869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 100 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 47601342 - 47601115
Alignment:
100 ccacttgatgccgctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtgtatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtgg 199  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |   ||||||||||||  | || |||||| | ||| | ||||| |    
47601342 ccacttgaagctactgctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgataaacctggtatgcatataggtgttg 47601243  T
200 ttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaaatttggcaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagc 299  Q
    |||||||||||||| | ||||| |||||||| || ||||  ||||||||||| |||||||| || || || || || || ||||||||| | || |||||    
47601242 ttggtcttggtggacttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggggctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagc 47601143  T
300 cattgaacacttaggagctgactcattt 327  Q
     |  |||  |||||||||||||||||||    
47601142 aagagaatgcttaggagctgactcattt 47601115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University