View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7915_low_2 (Length: 382)

Name: NF7915_low_2
Description: NF7915
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7915_low_2
NF7915_low_2
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (1-382)||(2320528-2320909)
chr2 (1-382)||(2302827-2303208)
chr2 (2-382)||(2330097-2330477)
chr2 (1-382)||(2293208-2293595)
chr2 (1-381)||(2309540-2309926)
chr2 (5-380)||(2326384-2326759)
chr2 (2-380)||(2350399-2350783)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-251)||(41126540-41126773)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 2320909 - 2320528
Alignment:
Q  1 ttactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccatcggttacgcaaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2320909 ttactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccatcggttacgcaaca 2320810  T
Q  101 aaatccttgtacctttcggccaaaaattcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2320809 aaatccttgtacctttcggccaaaaattcagtatattgaatctgctaatattcaacagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatc 2320710  T
Q  201 gttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattccgatgcagtt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  2320709 gttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaatacagcataacgaaagtgagaaacgaccgtaatagaatcctcagattccgatgcagtt 2320610  T
Q  301 ttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcgg 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2320609 ttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcgg 2320528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 2303208 - 2302827
Alignment:
Q  1 ttactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccatcggttacgcaaca 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2303208 ttactctccttaacttgtttcctcgctcttatcagcggaagtagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactccttccatcggttacgcaaca 2303109  T
Q  101 aaatccttgtacctttcggccaaaaattcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatc 200  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| || | ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2303108 aaatccttgtaactttcggccagaaattcagtatattgaatctgccgatatttaacataattgtcatttgcacacgctcaatatcactgatattctcatc 2303009  T
Q  201 gttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattccgatgcagtt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  2303008 gttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaagctaaacatagcataacgaaagggagaaacaaccgtgacagaatctgcagattccgatgcggtt 2302909  T
Q  301 ttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcgg 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  2302908 ttgagacggttgatgagagtgtgtaacacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggaaggatgaagtatctcgg 2302827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 2 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 2330477 - 2330097
Alignment:
Q  2 tactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccatcggttacgcaacaa 101  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||   ||||| |||||||| |||||||||||    
T  2330477 tactctccttaacatgcttcctcgctcttatcagcggaagcagaacatcttcttgatctttaagcaacttcgccaactcatcccatcgtttacgcaacaa 2330378  T
Q  102 aatccttgtacctttcggccaaaaattcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcg 201  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  2330377 aatccttgtaactttcggccagaaattcagtatattaaatctgctaaaattcaacagaatcgtcctttgtacacgctcaatatcgttaattttctcatcg 2330278  T
Q  202 ttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattccgatgcagttt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  2330277 ttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaatacagcataacgaaagtgagaaacgaccgtaacagaatcctcagattccgatgcagttt 2330178  T
Q  302 tgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcgg 382  Q
    ||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||| ||||| |||||| | || |||||||||||||||||||    
T  2330177 tgagacggttgatgagagtctgcagaacccacttccgaatttcagagaatgatttgatcttagatggatgaagcatctcgg 2330097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 2293595 - 2293208
Alignment:
Q  1 ttactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccatcggttacgcaaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2293595 ttactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccattggttacgcaaca 2293496  T
Q  101 aaatccttgtacctttcggccaaaaattcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatc 200  Q
    ||||||||||| |||||||||| || |||||| |||||||||||| || ||| || | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2293495 aaatccttgtaactttcggccagaagttcagtttattgaatctgccaaaatttaacataatcttcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatc 2293396  T
Q  201 gttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatc------tgcagattccgat 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    ||||| |  | |||| ||| ||||||      | | ||||| |||    
T  2293395 gttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaagagaacatagcatatttgaagtgtggcataaccttaatagaatccgttagttccgattctgat 2293296  T
Q  295 gcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcgg 382  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  2293295 gcagttttgagacgattgatgagagtgcgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttgagtttggatggatgaagcatctcgg 2293208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 2309926 - 2309540
Alignment:
Q  1 ttactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccatcggttacgcaaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  2309926 ttactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccattggttacgcgaca 2309827  T
Q  101 aaatccttgtacctttcggccaaaaattcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatc 200  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||| || ||| || | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2309826 aaatccttgtaactttcggccagaaattcagtttattgaatctgccaaaatttaacataatcttcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatc 2309727  T
Q  201 gttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatc------tgcagattccgat 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    ||||| |  | |||| ||| ||||||      | | ||||| |||    
T  2309726 gttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaagagaacatagcatatttgaagtgtggcataaccttaatagaatccgttggttccgattctgat 2309627  T
Q  295 gcagttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctcg 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  2309626 gcagttttgagacggttgatgagagtgcgtaagacccacttctgaatttctgagaacgatttgagtttggatggatgaagcatctcg 2309540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 5 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 2326759 - 2326384
Alignment:
Q  5 tctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccatcggttacgcaacaaaat 104  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||  || | ||| |||| || ||||||||| | ||||||||||||||    
T  2326759 tctccttaacttgcttcctccctcttatcagcggaagcaaaacatcttcttgatctctacgcaacatcaacaattcctcccattgtttacgcaacaaaat 2326660  T
Q  105 ccttgtacctttcggccaaaaattcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcgtta 204  Q
    || || | |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||| | || ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||    
T  2326659 ccatgcaacttttggccagaaatgcagtatattgaatctgctaaccttcaacaaaagtgtcctttgtacacgctcaatatcattaattttttcatcgtta 2326560  T
Q  205 actctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcagattccgatgcagttttga 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | || ||| |||||| |||||| |||||| |||||| ||||||    
T  2326559 actctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacagaacatagcataatgaaagtgtggaataactgtaacataatctgtagattctgatgcaattttga 2326460  T
Q  305 gacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctc 380  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  2326459 gacggttgatgagagtgtgtagaacccacttccgaatttcagagaatgatttgatcttggatggatgaagcatctc 2326384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 2 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 2350783 - 2350399
Alignment:
Q  2 tactctccttaacttgcttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccatcggttacgcaacaa 101  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||| || |  |||||    
T  2350783 tactctctttaacttgcttcctcgctctaatcagcggaagcaaaacatcttcttgatcctttcgtaacttcaacaactcttcccatcgtttgcaaaacaa 2350684  T
Q  102 aatccttgtacctttcggccaaaaattcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcg 201  Q
    |||||  ||| |||| ||||| ||||| | |||||||||| || ||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2350683 aatccgagtaacttttggccagaaatttattatattgaatttgttaacactcaacagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatca 2350584  T
Q  202 ttaactctttcaccaaaacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcataacgaaagtgagaaacaaccgtaacagaatctgcag------attccgatg 295  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    ||||| |  | |||  ||| | |||| || |      |||| ||||    
T  2350583 ttaactctttcaccaaaacacatgaaaacaagtaaacagaacatagcatagttgaagtgtggcataactttaatataatcagctgtttccaattcggatg 2350484  T
Q  296 cagttttgagacggttgatgagagtgtgtaagacccacttccgaatttctgagaacgatttggttttggatggatgaagcatctc 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||    
T  2350483 cagttttgagacggttgatgagagtgtgtaggacccacttacggatttctgagaaagatttgatcttagatggatgaagcatctc 2350399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 46; Significance: 4e-17; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 41126773 - 41126540
Alignment:
Q  18 cttccttgctcttatcagcggaagcagaacatcctcttgatccttaagtaacttcaaaaactcctcccatcggttacgcaacaaaatccttgtacctttc 117  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||  | |||||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||  ||  ||||     
T  41126773 cttcctcgctcttattagcggaagtagaacatcttcttgatcttttcgcaacttcaacaattcctcccatcgtttacggaataaaatccgagtcactttg 41126674  T
Q  118 ggccaaaaattcagtatattgaatctgctaatattcaatagaattgtcctttgtacacgctcaatatcactgattttctcatcgttaactctttcaccaa 217  Q
    ||  | | |||||  || |||||| || | | |   |  |||| || |||||||||| | || || || |||||||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  41126673 ggaaagatattcaaaatgttgaatttgttgagacctatcagaagtgccctttgtacaagttcgatgtcgctgattttatcatcattaactcgttcaccaa 41126574  T
Q  218 aacacataaaaacaagtaaacaaaacatagcata 251  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  41126573 aacacataaaaacgagtaagcaaaacattgcata 41126540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University