View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF7926_low_5 (Length: 618)
Name: NF7926_low_5
Description: NF7926
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7926_low_5 |
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| [»] scaffold0907 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0907 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0907
Description:
Target: scaffold0907; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 600
Target Start/End: Original strand, 1575 - 2172
Alignment:
| Q |
1 |
aagaaccaaattcatgtactatagagtaatgagtgttgaaagtacacataaataaatggaaataaaataaaatacaagtacttgagtatcaaccatcaaa |
100 |
Q |
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| T |
1575 |
aagaaccaaattcatgtactatagagtaatgagtgttgaaagtacacataaataaatggaaataaaatcaaatacaagtacttgaatatcaaccatcaaa |
1674 |
T |
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| Q |
101 |
atactagtactatctacaactagcaagaaattatagtgaaagagagtacggagtataatgatattatatattgggaaaatattaacaaaaatatgtattc |
200 |
Q |
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| T |
1675 |
atactagtactatctacaactagcaagaaattatagtgaaatagagtacggagtataatgatattatatattgggaaaatattaacaaaaatatgtattc |
1774 |
T |
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| Q |
201 |
tagtgtcattaaaaatcattatggatatgtctctcatcaattggaccattcatattattattatgattcaaatcccaatgcctatattctcccaccactg |
300 |
Q |
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| T |
1775 |
tagtgtcattaaaaatcattatggatatgtctctcatcagttggaccattcatattattattatgattcaaatcccaatgcctatattttcccaccactg |
1874 |
T |
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| Q |
301 |
ccttacactcagtaataacacaagcaagttggcaactatttttgaccaaatccaaacctatggccatgggtgccagaaaatattgatttactgctccaaa |
400 |
Q |
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| T |
1875 |
ccttacactcagtaataacataagcaagttggcaactatttttgaccaaatccaaacctatggccatgggtgccagaaaatattgattcactgctccaaa |
1974 |
T |
|
| Q |
401 |
ctgacatacatatgatgaaattactgagatactgtataagaaagtgatggaaatcatgagaaataaaggatgctatgaaggnnnnnnntgtgtgagtgag |
500 |
Q |
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| T |
1975 |
ctgacatacatatgatgaaattacagagatactctataagaaagtgatggaaatcatgagaaataaaggatgttatgaa-aatgtatatgtgtgagtgag |
2073 |
T |
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| Q |
501 |
tgtgtatgatagttgttacactaacacttgaaatatttttcactattttatgtctgctcagtgaaatatgacgtgtgaagatgataaaatataatcataa |
600 |
Q |
| |
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| T |
2074 |
tgtgtttgtta-ttgttatactaacacttgaaatatttttcactatgttatgtctgctcagtgaaatatgacgtgtgaagatgataaaatataaacataa |
2172 |
T |
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