View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7933_low_2 (Length: 517)

Name: NF7933_low_2
Description: NF7933
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7933_low_2
NF7933_low_2
[»] chr4 (57 HSPs)
chr4 (25-517)||(27513583-27514092)
chr4 (26-436)||(27469279-27469693)
chr4 (115-437)||(27486895-27487220)
chr4 (115-454)||(27505591-27505930)
chr4 (25-454)||(27523291-27523724)
chr4 (25-454)||(27526001-27526431)
chr4 (115-454)||(27479813-27480153)
chr4 (27-438)||(27476510-27476922)
chr4 (25-386)||(27500295-27500653)
chr4 (115-385)||(27516567-27516834)
chr4 (123-379)||(27498338-27498591)
chr4 (116-385)||(27473808-27474074)
chr4 (116-385)||(27466737-27467003)
chr4 (115-372)||(27501232-27501486)
chr4 (164-378)||(27557450-27557664)
chr4 (164-381)||(27444756-27444973)
chr4 (268-437)||(27502041-27502210)
chr4 (199-431)||(27460474-27460706)
chr4 (184-381)||(27431110-27431307)
chr4 (115-381)||(27554226-27554487)
chr4 (162-379)||(27502771-27502988)
chr4 (187-384)||(27567239-27567436)
chr4 (168-343)||(27412635-27412804)
chr4 (162-343)||(27425771-27425952)
chr4 (187-344)||(27411455-27411612)
chr4 (179-384)||(27414263-27414468)
chr4 (187-344)||(27424513-27424670)
chr4 (202-343)||(27485943-27486084)
chr4 (168-350)||(27415589-27415768)
chr4 (202-342)||(27478884-27479024)
chr4 (202-343)||(27506697-27506838)
chr4 (168-341)||(27565953-27566126)
chr4 (187-384)||(27571607-27571804)
chr4 (156-379)||(27507777-27508000)
chr4 (168-350)||(27585653-27585835)
chr4 (170-343)||(27563346-27563519)
chr4 (162-343)||(27570049-27570230)
chr4 (184-350)||(17970280-17970446)
chr4 (187-377)||(27419037-27419227)
chr4 (187-350)||(27556372-27556535)
chr4 (162-343)||(27420367-27420548)
chr4 (187-384)||(27421890-27422091)
chr4 (187-362)||(27446131-27446306)
chr4 (205-343)||(27503924-27504062)
chr4 (202-343)||(27524523-27524664)
chr4 (164-343)||(27497322-27497501)
chr4 (187-350)||(27559233-27559396)
chr4 (205-343)||(27468327-27468465)
chr4 (205-350)||(27514893-27515038)
chr4 (187-323)||(27527145-27527281)
chr4 (287-350)||(27495620-27495683)
chr4 (205-342)||(27475580-27475717)
chr4 (202-338)||(27508851-27508987)
chr4 (204-339)||(27489961-27490096)
chr4 (169-381)||(27423188-27423400)
chr4 (311-350)||(27600661-27600700)
chr4 (458-488)||(27513553-27513583)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (115-379)||(1754206-1754466)
chr5 (211-398)||(1759256-1759447)
chr5 (187-343)||(1756757-1756913)
chr5 (202-350)||(1754687-1754835)
chr5 (25-82)||(1754499-1754556)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (184-377)||(55084767-55084960)
chr3 (184-377)||(50904758-50904951)
chr3 (184-377)||(50909941-50910134)
chr3 (196-343)||(38043896-38044043)
chr3 (164-350)||(38024868-38025054)
chr3 (164-350)||(38031320-38031506)
chr3 (184-373)||(38028736-38028925)
chr3 (184-359)||(48840696-48840870)
chr3 (184-373)||(38040051-38040240)
chr3 (184-349)||(50911863-50912028)
chr3 (184-373)||(38036763-38036952)
chr3 (187-360)||(50913480-50913653)
chr3 (184-320)||(38033802-38033938)
chr3 (311-350)||(55088044-55088083)
chr3 (187-257)||(38032266-38032336)
chr3 (271-360)||(38035123-38035212)
chr3 (187-296)||(38041924-38042033)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (184-350)||(3073550-3073716)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (187-350)||(21607289-21607452)
chr8 (184-373)||(21604724-21604913)
chr8 (187-257)||(21608241-21608311)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (202-257)||(21477460-21477514)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 57)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 27514092 - 27513583
Alignment:
Q  25 tcattcacctcccaaggcatttgaagttcagaaacttgagtcttctatacacaactctcnnnnnnnnagactaatcttctctttttaattcatacaacaa 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27514092 tcattcacctcccaaggcatttgaagttcagaaacttgagtcttctatacacaactct--tttttttagaccaatcttctctttttaattcatacaacaa 27513995  T
Q  125 tgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaat 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27513994 tgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaat 27513895  T
Q  225 gaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggt 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27513894 gaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatatgaatatgatcatccaatgggt 27513795  T
Q  325 ggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattgaatcagatctttgaagttagcatagtattgacgtagatatt 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27513794 ggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattgaatcaaatctttgaagttagcatagtattgacgtagatatt 27513695  T
Q  425 tgacccaattttttagtagcat-------------------agtttctcttttcaatgacaaatttattaacattattattgttatcatacttggttgta 505  Q
    |||||||||||| |||||| ||                   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27513694 tgacccaattttgtagtagtatagtttctcaccttgaaaagagtttctcttttgaatgacaaatttattaacattattattgttatcatacttggttgta 27513595  T
Q  506 aaaagttcatct 517  Q
    ||||||||||||    
T  27513594 aaaagttcatct 27513583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 26 - 436
Target Start/End: Original strand, 27469279 - 27469693
Alignment:
Q  26 cattcacctcccaaggcatttgaagttcagaaacttgagtcttctatacacaactctcnnnnnnnnagactaatcttctctttttaa----ttcatacaa 121  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||         |||| || |||||||||| ||    | |||||||    
T  27469279 cattcacatcccaaggcatttgaaattcagaaacttgagtcttctatatacaactctttcttttttagaccaagcttctcttttaaacacatacatacaa 27469378  T
Q  122 caatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaa 221  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27469379 caatgggttttcgtttaccaagtctcatcagatcaagagtatcatcttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaa 27469478  T
Q  222 aatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatg 321  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27469479 aatgaagcggtttgtgatccctatatcatatttgaagcaaacatcattacaagaactgttgagccaagctgaagaacaatttgaatatgaacatccaatg 27469578  T
Q  322 ggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattgaatcagatctttgaagttagcatagtattgacgtagat 421  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||| |||||||| || ||||||||| || ||||| | ||||||||||    
T  27469579 ggtggtctaactattccttgcagagaagaaattttcttagatatcacctctcacttcaattgaattagctctttgaagatatcataggactgacgtagat 27469678  T
Q  422 atttgacccaatttt 436  Q
    || ||||||| ||||    
T  27469679 atctgacccattttt 27469693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 115 - 437
Target Start/End: Original strand, 27486895 - 27487220
Alignment:
Q  115 catacaacaatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtag 214  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  27486895 catacaacaatgggtttccgtttaccaagtatcatcagatcaagggcatcatcttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtag 27486994  T
Q  215 gagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatca 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27486995 gagagaaaatgaagcggtttgtgatccctttatcatacttaaaccaaccatcgtttcaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatca 27487094  T
Q  315 tccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattga---atcagatctttgaagttagcatagtat 411  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  | ||||||||||| ||||||| ||||||||||   || || ||||||||| || ||||| |     
T  27487095 tccaatgggtggtcttactattccttgcaaagaagacattttcttagatattacttctcacttgaattgaattattagttctttgaagatatcataggac 27487194  T
Q  412 tgacgtagatatttgacccaattttt 437  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||    
T  27487195 tgacgtagatatctgacccatttttt 27487220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 115 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 27505930 - 27505591
Alignment:
Q  115 catacaacaatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtag 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | | || |||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  27505930 catacaacaatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaaaggcatcatcttcaaaaggtttggaggtgccaaaggggtatctagcagtgtacgtag 27505831  T
Q  215 gagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatca 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  27505830 gagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaattgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgacca 27505731  T
Q  315 tccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattgaatcagatctttgaagttagcatagtattga 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||||||| || ||| | | | |    
T  27505730 tccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagagattttcttagatatcatttctcacttgaattgaattagctctttgaagatatcattggactaa 27505631  T
Q  415 cgtagatatttgacccaattttttagtagcatagtttctc 454  Q
     |||||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||    
T  27505630 tgtagatatttgacccatttttgtagcagtttagtttctc 27505591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 25 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 27523724 - 27523291
Alignment:
Q  25 tcattcacctcccaaggcatttgaagttcagaaacttgagtcttctatacacaactctcnnnnnnnnagactaatcttctctttttaattcataca---- 120  Q
    |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||| ||||||||| |||||| |||||||        
T  27523724 tcattcacatcccaagtcagttgaagttcagaaacttgagtcttctatacacaactct-ttctttttagaccaatcttctccttttaactcatacataca 27523626  T
Q  121 acaatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagaga 220  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  27523625 acaatgggttttcgtttacgtagtatcatcagatcaagggcatcatcttcaaaagctgtggacgttccaaagggctatctagcagtgtacgtaggagaga 27523526  T
Q  221 aaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaat 320  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| | |||| || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  27523525 aaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatatttgaaccaaacttcattccaagaattgttgagcgaagccgaggaacaatttgaatatgaccatccaat 27523426  T
Q  321 gggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattgaatcagatctttgaagttagcatagta-ttgacgtag 419  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||  | ||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||| || ||||| |  |||| |||    
T  27523425 gggtggtctaactattccttgcaaagaagacattttcttagatattacttctcacttgaattgaattagctctttgaagatatcataggacatgacatag 27523326  T
Q  420 atatttgacccaattttttagtagcatagtttctc 454  Q
    |||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||    
T  27523325 atatttgacccagttttgtagcagtttagtttctc 27523291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 25 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 27526431 - 27526001
Alignment:
Q  25 tcattcacctcccaaggcatttgaagttcagaaacttgagtcttctatacacaactctcnnnnnnnnagactaatcttctctttttaa----ttcataca 120  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||         |||| |||||   ||||| ||    | ||||||    
T  27526431 tcattcacatcccaaggcatctgaagttcagaaacttgagtcttctaaatacaagtctttcttttttagaccaatctctccttttcaacacatacataca 27526332  T
Q  121 acaatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagaga 220  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |   |||| |||||||||||||| ||| || || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  27526331 acaatgggttttcgtttacctagtatcatcaaa---agggcatcatcttcaaaaggtgtcgatgttccaaagggatatctagcagtgtatgttggagaga 27526235  T
Q  221 aaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaat 320  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  27526234 aaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaattgttgagccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaac 27526135  T
Q  321 gggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattgaatcagatctttgaagttagcatagtattgacgtaga 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||  | |||  |||| || ||||  |||||||||||    
T  27526134 gggtggtctcactattccttgcagagaagacgttttcttagagatcacttctcgtttgaattgaattggctctcggaagataccataagattgacgtaga 27526035  T
Q  421 tatttgacccaattttttagtagcatagtttctc 454  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||    
T  27526034 tatttgacccatttttgtagcagtttagtttctc 27526001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 115 - 454
Target Start/End: Original strand, 27479813 - 27480153
Alignment:
Q  115 catacaacaatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtag 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | |||||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  27479813 catacaacaatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggcatcatcttcaaaaggtttggacgtgccaaaaggctatctagcagtatacgtag 27479912  T
Q  215 gagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatca 314  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27479913 gagagaaaatgaagcgttttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacatcattccaaaagttgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgatca 27480012  T
Q  315 tccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattgaatcagatctttgaagttagcatagtattga 414  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||||| |||||||||||| |  | ||||||| || ||||| | |||    
T  27480013 tccaatgggtggtctcaccattccttgcagagaagacattttcttagatattaattctcacttgaattgaattacctttttgaagatatcataggactga 27480112  T
Q  415 cgtagatatttgacccaattttt-tagtagcatagtttctc 454  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||| ||||||  |||||||||    
T  27480113 cgtagttatttgatccattttttgtagtagtttagtttctc 27480153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Original strand, 27476510 - 27476922
Alignment:
Q  27 attcacctcccaaggcatttgaagttcagaaacttgagtcttctatacacaactctcnnnnnnnnagactaatcttctctttttaa----ttcatacaac 122  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |         |||  ||| |  |||||| ||    | ||||||||    
T  27476510 attcacatcccaaggcatttgaaattcagaaacttgagtcttctatatacaactgtttcttttttagatcaatatcttcttttcaacacatacatacaac 27476609  T
Q  123 aatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaa 222  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||| |   |||  ||||||||||||| | || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  27476610 aatgggtttccgtttacctagtatcatcaaa---aggacatcatcttcaaaaaccgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtatgttggtgagaaa 27476706  T
Q  223 atgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgg 322  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27476707 atgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaactgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgg 27476806  T
Q  323 gtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattgaatcagatctttgaagttagcatagtattgacgtagata 422  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| ||||| || |||| ||| |||||||| || ||||||||| || ||||| | |||||||||||    
T  27476807 gtggtctaactattccttgcagagaagacattttcttggatattacctctcacttaaattgaattagctctttgaagatatcataggactgacgtagata 27476906  T
Q  423 tttgacccaatttttt 438  Q
    ||| || || ||||||    
T  27476907 ttttactcattttttt 27476922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 25 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 27500653 - 27500295
Alignment:
Q  25 tcattcacctcccaaggcatttgaagttcagaaacttgagtcttctatacacaactctcnnnnnnnnagactaatcttctctttttaattcatacaacaa 124  Q
    |||||||| | ||||  |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||         |||| ||||   |||||||||  | ||||||||    
T  27500653 tcattcacattccaactcatttgaaattcagaaacttgactcttctatatacaactctttcttttttagaccaatccattctttttaacacgtacaacaa 27500554  T
Q  125 tgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaat 224  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |   |||  ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27500553 tgggttttcgtttacctagtatcatcaaa---aggtcatcatcttcaaaatctgtggacgtaccaaaaggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaat 27500457  T
Q  225 gaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggt 324  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||  || |||||||||||| ||| |||| |||||||||| || | |||||| ||||||||||||    
T  27500456 gaagcgatttgtgatccctatatcatacttaaaccaaagttcattccaagaattgctgagccaatctgaagaacagttcggatatgaccatccaatgggt 27500357  T
Q  325 ggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattgaat 386  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||  | ||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  27500356 ggcatcactattccttgcagagaagaccttttcttagaattcacttcttgcttgaattgaat 27500295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 115 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27516834 - 27516567
Alignment:
Q  115 catacaacaatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtag 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |   |||  ||||||||||||| |||| | ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  27516834 catacaacaatgggttttcgtttacctagtatcatcaaa---aggtcatcatcttcaaaatctgtgggcgttccaaagggatatctagctgtgtatgtag 27516738  T
Q  215 gagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatca 314  Q
    || || | |||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  27516737 gaaaggacatgaagagatttgtgatccctatatcatatttgaagcaaaaatcattccaagaattgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgacca 27516638  T
Q  315 tccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattgaa 385  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  27516637 tccaatggggggtctcactattccttgcaaagaagaagttttcttagatatcacttctaacttgaattgaa 27516567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 123 - 379
Target Start/End: Original strand, 27498338 - 27498591
Alignment:
Q  123 aatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaa 222  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||   |||  ||| ||||||||||  || ||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||    
T  27498338 aatgggttttcgtttaccaggtatcatcaga---aggacatcgtcttcaaaaggcgtggacatgccaaagggatatctagcagtatatgttggagaggaa 27498434  T
Q  223 atgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgg 322  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||    
T  27498435 atgaaacgttttgtgatccctatatcatacttgaaccaaccatcgttccaagacttgttgaaccaagccgaggaacaattcgaatatgatcatccaatgg 27498534  T
Q  323 gtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttga 379  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||||| ||||    
T  27498535 gtggtctcactattccttgcggagaagacatgttcttagatatcacttctcgtttga 27498591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 116 - 385
Target Start/End: Original strand, 27473808 - 27474074
Alignment:
Q  116 atacaacaatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtagg 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| ||||||||||||| |||| |  || ||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  27473808 atacaacaatgggttttcgtttaccaagtatcatcaaa---agggcatcatcttcaaaatctgtgggtgttccaaagggatatctagctgtgtacgtagg 27473904  T
Q  216 agagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcat 315  Q
    |||| | |||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| ||||  || |||||||||||| ||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  27473905 agaggagatgaagagatttgtgatccctatatcatatttgaagcaaaaatcattccaagaattgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcat 27474004  T
Q  316 ccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattgaa 385  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27474005 ccaatgggtggtctcaccattccttgcggagaagacgttttcttagacatcacttctcgcttgaattgaa 27474074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 116 - 385
Target Start/End: Original strand, 27466737 - 27467003
Alignment:
Q  116 atacaacaatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtagg 215  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| |   |||  ||||||||||||| |||| | ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  27466737 atacgacaatgggtttccgtttacctagtatcatcaaa---aggtcatcatcttcaaaatctgtgggcgttccaaagggatatctagcagtgtacgtagg 27466833  T
Q  216 agagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcat 315  Q
    | || | |||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| ||||  |  ||||||||| || ||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  27466834 aaaggagatgaagagatttgtgatccctatatcatatttgaagcaaaaattattccaagaactgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcat 27466933  T
Q  316 ccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattgaa 385  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  27466934 ccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagttttcttagacatcacttctagcttgaattgaa 27467003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 115 - 372
Target Start/End: Original strand, 27501232 - 27501486
Alignment:
Q  115 catacaacaatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtag 214  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||  ||||| | |||   |||  |||||||||||||| ||| || || ||||| |||| ||||||||| ||||| |    
T  27501232 catacaagaatgggttttcgtttacctggtatcctaaga---aggacatcatcttcaaaaggtgtcgaggttccaaagggatgtctagcagtatatgttg 27501328  T
Q  215 gagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatca 314  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  27501329 gagaggaaatgaaacggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagacttgttgaaccaagccgaggaacaatttgaatacgatca 27501428  T
Q  315 tccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttct 372  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  27501429 tccaacgggtggtctcactattccttgtagagaagacatgttcttagatatcacttct 27501486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 164 - 378
Target Start/End: Original strand, 27557450 - 27557664
Alignment:
Q  164 catcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaac 263  Q
    |||||||||| | ||| || |||||||  |||||||| || || ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| |    
T  27557450 catcttcaaagggtgtggatgtgccaaggggatatcttgccgtatatgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatgtcatacttaaaccaacc 27557549  T
Q  264 ctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagat 363  Q
     || || ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  27557550 atcatttcaagaattgctgaatcaagctgaggaacaatttgaatatgttcatccaatgggtggtctcactattccatgcagagaagatgttttcttagat 27557649  T
Q  364 atcacttctcgcttg 378  Q
    |||||||| ||||||    
T  27557650 atcacttcgcgcttg 27557664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 164 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 27444973 - 27444756
Alignment:
Q  164 catcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaac 263  Q
    ||||||||||||  || || |||||||| |||||||| ||||| || || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  27444973 catcttcaaaaggcgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatacgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgagccaatc 27444874  T
Q  264 ctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagat 363  Q
     || || |||||||| ||||| ||||| || |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  27444873 atcatttcaagaattattgaatcaagccgaggaacaattcggatatgaccatccaatgggtggtctcacaattccttgcagagaagacgttttcttagat 27444774  T
Q  364 atcacttctcgcttgaat 381  Q
    || |||||||| ||||||    
T  27444773 attacttctcgtttgaat 27444756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 268 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 27502210 - 27502041
Alignment:
Q  268 ttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatca 367  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  27502210 ttccaagaattgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctaactattccttgcagagaagacattttcttagatatca 27502111  T
Q  368 cttctcgcttgaattgaatcagatctttgaagttagcatagtattgacgtagatatttgacccaattttt 437  Q
    | |||| ||| |||||||| || ||||||||| || ||||| | ||||||||||||||||| || |||||    
T  27502110 cctctcacttaaattgaattagctctttgaagatatcataggactgacgtagatatttgacacatttttt 27502041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 199 - 431
Target Start/End: Original strand, 27460474 - 27460706
Alignment:
Q  199 ctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaac 298  Q
    |||||||||||  |||||||| | |||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| ||||  || |||||||||||| ||| ||||  ||| ||||    
T  27460474 ctagcagtgtacataggagaggacatgaagagatttgtgatccctatatcatatttgaagcaaaaatcattccaagaattgctgagccaaagtgaggaac 27460573  T
Q  299 aatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattgaatcagatctttgaa 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||| |||||||| |||| ||| | |||||| || ||||||||    
T  27460574 aatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcagagaagacattttcttggatatcacctctcacttaatttgaattagctctttgaa 27460673  T
Q  399 gttagcatagtattgacgtagatatttgaccca 431  Q
    | || ||||| | |||||||| |||||||||||    
T  27460674 gatatcataggactgacgtagttatttgaccca 27460706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 184 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 27431307 - 27431110
Alignment:
Q  184 gtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttga 283  Q
    |||||||| |||||| | ||||| ||||| || ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || || |||||||||||||    
T  27431307 gtgccaaagggatatattgcagtatatgttggggatgaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccgtcatttcaagaattgttga 27431208  T
Q  284 accaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaat 381  Q
    | ||||| || |||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||| ||||||    
T  27431207 atcaagccgaggaacaatttggatatgaccatccaaccggtggtctcacaattccttgcagagaagacgttttcttaaatattacttctcgtttgaat 27431110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 115 - 381
Target Start/End: Original strand, 27554226 - 27554487
Alignment:
Q  115 catacaacaatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtag 214  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||| | ||||     ||||||||||||  || || |||||||| ||||| || ||||| ||||| |    
T  27554226 catacaagaatgggttttcgtttacctggtatcctcaaaccaag-----catcttcaaaaggagtggatgtgccaaagggataccttgcagtatatgttg 27554320  T
Q  215 gagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatca 314  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  |||| || |  || | |||| | ||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  27554321 gagaggaaatgaagcggtttgtgatatcaatttctttgttaagccaaccatcgtttcaagaattgctgaatcaagctgaggaacaatttggatatgatca 27554420  T
Q  315 tccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaat 381  Q
    ||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  27554421 tccaacgggtagtctcacaattccttgtagagaagacgttttcttagatattacttctcgtttgaat 27554487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 162 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 27502988 - 27502771
Alignment:
Q  162 atcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaa 261  Q
    ||||||||||||||   | || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||    
T  27502988 atcatcttcaaaaggcttggatgtgccaaaaggatatcttgccgtttatgtaggagagaagatgaagcggtttgtgattccaatgtcatatttgaatcaa 27502889  T
Q  262 acctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttag 361  Q
    || || || ||||| ||| ||| ||||||||  ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||  | ||| |||    
T  27502888 acttcatttcaagacttgctgagccaagctgtggaagaatttggatatgaccatccaatgggtggtcttactattccttgtgaagaagattttttcgtag 27502789  T
Q  362 atatcacttctcgcttga 379  Q
    ||||||||||||||||||    
T  27502788 atatcacttctcgcttga 27502771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 187 - 384
Target Start/End: Original strand, 27567239 - 27567436
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 286  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| | |||||  ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||  | || |    
T  27567239 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgagacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatc 27567338  T
Q  287 aagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattga 384  Q
    || | |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||||||||  ||||||||| ||||||||||    
T  27567339 aaacagaagaagaatttggttatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgcagcgaagatgctttcttagaactcacttctcacttgaattga 27567436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 168 - 343
Target Start/End: Original strand, 27412635 - 27412804
Alignment:
Q  168 ttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcg 267  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||| | || |||||||| |||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |      
T  27412635 ttcaaaagctgttgacatgccaaagggatatattgccgtgtatgttggagagaaa------cggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatta 27412728  T
Q  268 ttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 343  Q
    || ||||| || ||||  |||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27412729 tttcaagacttattgagtcaagctgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 27412804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 162 - 343
Target Start/End: Original strand, 27425771 - 27425952
Alignment:
Q  162 atcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaa 261  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27425771 atcagcttcgaaagctgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacaaaagcggtatgtgatcccaatatcatacttgaaccaa 27425870  T
Q  262 acctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 343  Q
     | || || ||||| || ||||  |||  ||| ||| | |||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  27425871 ccatcatttcaagacttattgagtcaatttgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgca 27425952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 187 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 27411612 - 27411455
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 286  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| | |||||  ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||  | || |    
T  27411612 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgagacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatc 27411513  T
Q  287 aagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcag 344  Q
    |||| |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  27411512 aagcagaagaagaatttggatatgatcatcctatgggtggtctcacaattccttgcag 27411455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 179 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 27414468 - 27414263
Alignment:
Q  179 ttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaatt 278  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||||  ||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| || ||||||||    
T  27414468 ttgaagtgccaaaaggctatcttgcagtctacgttggagataaaatgagacggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaccctcatttcaagaatt 27414369  T
Q  279 gttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttg 378  Q
      | || ||| | |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| | ||||  | |  ||||||||||| ||    
T  27414368 actaaatcaatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtcttacaattccgtgcagtgaagatgaattccaaaacctcacttctcgcatg 27414269  T
Q  379 aattga 384  Q
    ||||||    
T  27414268 aattga 27414263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 187 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 27424670 - 27424513
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 286  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||  |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | || || ||||||||| | || |    
T  27424670 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatcaaatgaggcggtttgtgattccagtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgctaaatc 27424571  T
Q  287 aagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcag 344  Q
    || |||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  27424570 aatctgaagaagaatatggatatgatcatccaatgggtggtcttaccattccgtgcag 27424513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 202 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 27486084 - 27485943
Alignment:
Q  202 gcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaat 301  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||| |  | ||||| |||||| |||    
T  27486084 gcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatcaagcggaagaagaat 27485985  T
Q  302 ttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 343  Q
    ||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  27485984 ttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgca 27485943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 168 - 350
Target Start/End: Original strand, 27415589 - 27415768
Alignment:
Q  168 ttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcg 267  Q
    |||||||| ||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |  |||   |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||    
T  27415589 ttcaaaagttgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggaaaacaaa---agcgatttgtgatccccatatcatacttgaaccaaccatcg 27415685  T
Q  268 ttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 350  Q
    || ||||| |||||||  |||||||| ||| | |||| |||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  27415686 tttcaagacttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcattccatgggtggcctcaccattccttgcacagaaga 27415768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 202 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 27479024 - 27478884
Alignment:
Q  202 gcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaat 301  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||| |  | ||||| |||||| |||    
T  27479024 gcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatcaagcggaagaagaat 27478925  T
Q  302 ttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgc 342  Q
    ||| |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  27478924 ttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgc 27478884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 202 - 343
Target Start/End: Original strand, 27506697 - 27506838
Alignment:
Q  202 gcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaat 301  Q
    ||||| ||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||| ||||||||| |  | ||||| |||||| |||    
T  27506697 gcagtatatgtcggagagaaacagacgcggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagaattgctacatcaagcggaagaagaat 27506796  T
Q  302 ttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 343  Q
    ||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  27506797 ttggatatgatcatcccatgggtggactcaccattccttgca 27506838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 168 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 27566126 - 27565953
Alignment:
Q  168 ttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcg 267  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| | | |    
T  27566126 ttcaaaagttgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccattg 27566027  T
Q  268 ttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttg 341  Q
    || ||||| ||| |||  |||| ||| ||| |   || ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  27566026 tttcaagacttgctgatacaagttgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 27565953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 187 - 384
Target Start/End: Original strand, 27571607 - 27571804
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 286  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| | ||||| |||||| ||||| ||| ||||||| |||| |||  | ||||| ||||||||  | || |    
T  27571607 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgaggcggttcgtgattccagtatcatatttgagccagccatcgtttcaagaattactaaatc 27571706  T
Q  287 aagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattga 384  Q
    || | |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || || | |||| || || | ||||||||||||||||||    
T  27571707 aatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgcggcgaggatgaattcctaaatcttacttctcgcttgaattga 27571804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 156 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 27508000 - 27507777
Alignment:
Q  156 aagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttg 255  Q
    ||||| ||||||||||||||   | ||  ||||||| ||||| || || ||||| |||||||  ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||    
T  27508000 aagggcatcatcttcaaaaggcttggatatgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttg 27507901  T
Q  256 aaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtat 355  Q
    || ||||| ||  | ||||| ||| | | ||| ||||  ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||   ||||||  | |    
T  27507900 aatcaaacttcacttcaagagttgctcagccaggctgtcgaagaatttggatatgaccatccaatgggtggtcttacaattccttgtgaagaagatcttt 27507801  T
Q  356 tcttagatatcacttctcgcttga 379  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  27507800 tcttagatatcacttctcgcttga 27507777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 168 - 350
Target Start/End: Original strand, 27585653 - 27585835
Alignment:
Q  168 ttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcg 267  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||  || || || |||   ||| | |||||||||||  ||||||||||||||||| | | |    
T  27585653 ttcaaaagttgtggacgtgccaaagggatatctcgcagtgtgcgttggtgataaacaaaagagatttgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattg 27585752  T
Q  268 ttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 350  Q
    || ||||| ||| |||  ||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||    
T  27585753 tttcaagatttgatgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggaggtctcaccattccttgcacagaaga 27585835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 170 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 27563519 - 27563346
Alignment:
Q  170 caaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgtt 269  Q
    |||||| ||| ||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||| |||   ||| |  ||||||||||  ||||||||||||||||||| | |||    
T  27563519 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaacattgtt 27563420  T
Q  270 ccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 343  Q
     ||||| ||| |||  ||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27563419 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgca 27563346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 162 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 27570230 - 27570049
Alignment:
Q  162 atcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaa 261  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||  || ||||| |||||||||  |||||||||| | ||||    
T  27570230 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaa 27570131  T
Q  262 acctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 343  Q
     | || || ||||| ||| |||  |||||||| ||| | || | |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  27570130 ccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgca 27570049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 184 - 350
Target Start/End: Original strand, 17970280 - 17970446
Alignment:
Q  184 gtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttga 283  Q
    |||||||| |||||||| || ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| || || ||| | ||| |||    
T  17970280 gtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgctga 17970379  T
Q  284 accaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 350  Q
      |  || || ||| |||| | ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  17970380 gtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaaga 17970446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 187 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 27419227 - 27419037
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 286  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| | ||||| |||||| ||||| ||| ||||||| |||| |||  | ||||| ||||||||  | || |    
T  27419227 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgaggcggttcgtgattccagtatcatatttgagccagccatcgtttcaagaattactaaatc 27419128  T
Q  287 aagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgctt 377  Q
    || | |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||| |  |||||| |  |||||||||||||    
T  27419127 aatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtcttacaattccttgcggtgaagatgctttcttacaactcacttctcgctt 27419037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 187 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27556535 - 27556372
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 286  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||  ||||||||| | || || ||||||||  |  | |    
T  27556535 ccaaaaggctatctcgcagtttatgttggagaaaaaatgaagcgatttgtgattcccatttcattattgaaccaaccttcatttcaagaattactacatc 27556436  T
Q  287 aagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 350  Q
    |||| |||||| |||||| |||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  27556435 aagcagaagaagaatttggatatgatcattctatgggtggtctcacaattccatgcagtgaaga 27556372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 162 - 343
Target Start/End: Original strand, 27420367 - 27420548
Alignment:
Q  162 atcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaa 261  Q
    |||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||  || ||||| | | |||||  |||||||||||| ||||    
T  27420367 atcagcttcaaaatctgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatttaatccccgtatcatacttgagccaa 27420466  T
Q  262 acctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 343  Q
     | || || ||||  ||| |||  |||| ||| ||| | |||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  27420467 ccttcatttcaaggcttgctgagtcaagttgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgca 27420548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 187 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 27422091 - 27421890
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 286  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| | |||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| | |  || ||||||||  | || |    
T  27422091 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgaaacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccattatttcaagaattactaaatc 27421992  T
Q  287 aagctgaagaacaatt----tgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaatt 382  Q
    |||| |||||| ||||    || ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||    |||||| |  |||||||||| |||||||    
T  27421991 aagcagaagaagaatttggatggatacgatcatccaacgggtggtctcacaattccttgcagtgaagattctttcttacaactcacttctcgattgaatt 27421892  T
Q  383 ga 384  Q
    ||    
T  27421891 ga 27421890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 187 - 362
Target Start/End: Original strand, 27446131 - 27446306
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 286  Q
    |||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||  ||||  ||||| ||| | || || ||||| | ||| | ||    
T  27446131 ccaaaaggctatcttgcggtttatgttggagaaaaaatgaagcgatttgtgattccaacttcattattgaatcaaccttcatttcaagagtcgttaagcc 27446230  T
Q  287 aagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttaga 362  Q
    || | |||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  27446231 aatcagaagaagagtttgaatatgatcatcgaatggatggtctctcgattccttgcagtgaagatgttttcttaga 27446306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 205 - 343
Target Start/End: Original strand, 27503924 - 27504062
Alignment:
Q  205 gtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttg 304  Q
    |||||||| ||||||||| ||  |||||||||  | ||  ||||||||||||||||| | || || ||||| |||||||  ||||| || ||| | ||||    
T  27503924 gtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaagccgaggaagagtttg 27504023  T
Q  305 aatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 343  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27504024 gatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgca 27504062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 202 - 343
Target Start/End: Original strand, 27524523 - 27524664
Alignment:
Q  202 gcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaat 301  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||  |  | ||  ||||||| ||||||||| | || || ||||| |||||||| |||||||| ||| | |    
T  27524523 gcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagt 27524622  T
Q  302 ttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 343  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  27524623 ttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccgtgca 27524664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 164 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 27497501 - 27497322
Alignment:
Q  164 catcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaac 263  Q
    |||| |||||| |||| || || ||||| || ||| | ||||||||||| ||||| |||   ||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |    
T  27497501 catcatcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaacc 27497402  T
Q  264 ctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 343  Q
     | ||| ||| | |||||||  |||||||| ||| | |||| |||||||||||| |  ||||| ||||| ||||||||||    
T  27497401 attgtttcaatatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcaccattccttgca 27497322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 187 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27559396 - 27559233
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 286  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||| | ||| |||| || || ||||  ||||| ||| | || || ||| | || || | ||    
T  27559396 ccaaaaggctatctcgcagtttatgttggagacaaaatgaagagatttctgattcctatttcattattgaatcaatcttcatttcaatagttattaagcc 27559297  T
Q  287 aagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 350  Q
    || | |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  27559296 aatcagaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgcagtgaaga 27559233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 205 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 27468465 - 27468327
Alignment:
Q  205 gtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttg 304  Q
    |||||||| ||||||||| ||  |||||||||  ||||  |||||||||| |||||| | || || ||||| |||||||  ||| | || ||| ||||||    
T  27468465 gtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttaaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaatccgaggaagaatttg 27468366  T
Q  305 aatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 343  Q
     |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  27468365 gatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgca 27468327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 205 - 350
Target Start/End: Original strand, 27514893 - 27515038
Alignment:
Q  205 gtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttg 304  Q
    |||||||| ||||||||| ||  |||||||||  ||||  ||||||||||||| ||| | || || ||||| |||||||  ||| | || ||| ||||||    
T  27514893 gtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaatccgaggaagaatttg 27514992  T
Q  305 aatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 350  Q
     |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| | ||||||    
T  27514993 gatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgtacagaaga 27515038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 187 - 323
Target Start/End: Original strand, 27527145 - 27527281
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 286  Q
    ||||| || ||||| || |||||||| ||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||| | ||| ||| |||  |    
T  27527145 ccaaagggctatcttgcggtgtatgttggagataaacagaaacggtttgtgatcccaatatcacacttaaaccaaccatcgtttctagagttgctgagtc 27527244  T
Q  287 aagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatggg 323  Q
    ||||||| ||| | |||| |||||||||||| |||||    
T  27527245 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccatggg 27527281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 287 - 350
Target Start/End: Original strand, 27495620 - 27495683
Alignment:
Q  287 aagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 350  Q
    ||||||||||| | |||| || | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27495620 aagctgaagaagagtttggatttaatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcagagaaga 27495683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 205 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 27475717 - 27475580
Alignment:
Q  205 gtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttg 304  Q
    |||||||| ||||||||| ||  |||||||||  | ||  ||||||||||||| ||| | || || ||||| |||||||  ||||| || ||| | ||||    
T  27475717 gtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaagccgaggaagagtttg 27475618  T
Q  305 aatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgc 342  Q
     |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  27475617 gatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgc 27475580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 202 - 338
Target Start/End: Original strand, 27508851 - 27508987
Alignment:
Q  202 gcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaat 301  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||  | ||  | ||||| ||||||||| | || || ||||| |||||||| || ||||| ||| | |    
T  27508851 gcagtgtatgttggagagaaactgacgcgttttgtcgttcctgtgtcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaggctgaggaagagt 27508950  T
Q  302 ttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattcc 338  Q
    ||| |||||||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  27508951 ttggatatgatcatccaacgggtggcctcaccattcc 27508987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 339
Target Start/End: Original strand, 27489961 - 27490096
Alignment:
Q  204 agtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaattt 303  Q
    ||||||||| |||||||||   || ||||||||  ||||  | |||||||| ||| || | || || ||||| |||||||| ||||| || ||| | |||    
T  27489961 agtgtatgttggagagaaacaaaaacggtttgtagtccctgtgtcatacttaaacaaaccatcatttcaagatttgttgaatcaagccgaggaagagttt 27490060  T
Q  304 gaatatgatcatccaatgggtggtctcactattcct 339  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  27490061 ggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcct 27490096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #55
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 169 - 381
Target Start/End: Original strand, 27423188 - 27423400
Alignment:
Q  169 tcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgt 268  Q
    ||||||||||  ||| |||||||  ||||||| || || ||||| ||| |||||  ||  |||  ||||||||  |||||||||||||||||| | || |    
T  27423188 tcaaaagctgcggacatgccaaagagatatcttgctgtatatgttggatagaaacagacacggcatgtgatccgcatatcatacttgaaccaaccttcat 27423287  T
Q  269 tccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcac 368  Q
    | |||||||||||||  ||||| || ||| | ||||  ||  ||||||| |||||||| |||||  |||||||||  ||||| || |||  | |||| ||    
T  27423288 ttcaagaattgttgagtcaagccgaggaagagtttggttacaatcatcccatgggtggcctcaccgttccttgcacggaagatgttttccaacatataac 27423387  T
Q  369 ttctcgcttgaat 381  Q
    ||||| |||||||    
T  27423388 ttctcacttgaat 27423400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #56
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 311 - 350
Target Start/End: Original strand, 27600661 - 27600700
Alignment:
Q  311 atcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 350  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  27600661 atcatccaatgggtggtctcacaattccttgcaaagaaga 27600700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #57
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 458 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 27513583 - 27513553
Alignment:
Q  458 tcaatgacaaatttattaacattattattgt 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27513583 tcaatgacaaatttattaacattattattgt 27513553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 111; Significance: 8e-56; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 115 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 1754466 - 1754206
Alignment:
Q  115 catacaacaatgggttttcgtttaccaagtatcatcagatcaagggtatcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtag 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |   |||  ||||||  ||||||  || |||| |||||||||||||||||| || ||||| |    
T  1754466 catacaacaatgggttttcgtttacctagtatcatcaaa---aggacatcatccccaaaaggcgtggacgagccaaaaggatatctagctgtatatgttg 1754370  T
Q  215 gagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatca 314  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | || || ||| ||||| | ||| || |||| ||||| ||||||||||||||    
T  1754369 gagaagaaatgaagcggtttgtgatccccgtatcatacttgaaccaatcgtcatttcaaaaattgctaaacaaatctgaggaacagtttgaatatgatca 1754270  T
Q  315 tccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttga 379  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |  | |||||||||||||||||||||||||    
T  1754269 tccgatgggtggtctcactattccttgtagagaa-accttttcttagatatcacttctcgcttga 1754206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 211 - 398
Target Start/End: Original strand, 1759256 - 1759447
Alignment:
Q  211 gtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagc----tgaagaacaatttgaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| || |||||||| || |||||||||||||||| ||||||    ||| ||||||||||||    
T  1759256 gtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatatttaaaccaaacatcattccaagaattgttgagccaagcaagctgaggaacaatttgaa 1759355  T
Q  307 tatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgcttgaattgaatcagatctttgaa 398  Q
    ||  | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  1759356 tacaaccatccaatgggtggtctcaccattctttgcagagaagaagttttcttagatatcacttctcacttgaattgaatcagctctctgaa 1759447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 187 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 1756913 - 1756757
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 286  Q
    ||||| || ||||| |||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| | |||||||  |    
T  1756913 ccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaatacttgttgagtc 1756814  T
Q  287 aagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 343  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||    
T  1756813 aagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgca 1756757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 202 - 350
Target Start/End: Original strand, 1754687 - 1754835
Alignment:
Q  202 gcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaat 301  Q
    ||||||||| | |||||||||  ||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||   |||||||  |||||||  ||| | |    
T  1754687 gcagtgtatattggagagaaacagaaacggcatgtgatcccaatatcatacttgaatcaaccatcgtttcaatccttgttgagtcaagctgcggaagagt 1754786  T
Q  302 ttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 350  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||    
T  1754787 ttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattctttgcacagaaga 1754835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 1754556 - 1754499
Alignment:
Q  25 tcattcacctcccaaggcatttgaagttcagaaacttgagtcttctatacacaactct 82  Q
    |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  1754556 tcattcacattccaaggcatttgaaattcagaaacttgagtcttctatatacaaatct 1754499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 184 - 377
Target Start/End: Original strand, 55084767 - 55084960
Alignment:
Q  184 gtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttga 283  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| | || || ||||| |||||||    
T  55084767 gtgccaaaagggtgtcttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcttacttgaaccaaccatcatttcaagacttgttga 55084866  T
Q  284 accaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgctt 377  Q
      |  || || ||| |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| || |||||  |||| |||||||||||    
T  55084867 gtcgggcggaggaagaatttggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgttttctttcatattacttctcgctt 55084960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 184 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 50904951 - 50904758
Alignment:
Q  184 gtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttga 283  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||  || || |||||||||||||| || || ||||| |||||||    
T  50904951 gtgccaaagggatatcttgcagtgtacgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccatatgtcctacttgaaccaaacttcatttcaagacttgttga 50904852  T
Q  284 accaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgctt 377  Q
      | ||| || ||  |||| | ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||    
T  50904851 gtcgagcagaggatgaattcggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcagagaagaggtttttttgcatatcacttctcgctt 50904758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 184 - 377
Target Start/End: Original strand, 50909941 - 50910134
Alignment:
Q  184 gtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttga 283  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||| |||||  ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || || ||| | |||||||    
T  50909941 gtgccaaagggttatcttgcagtgtatgttggagagcaaatgctgcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttga 50910040  T
Q  284 accaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctcgctt 377  Q
    | ||||  || ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| || |||||  | || |||||||||||    
T  50910041 atcaagtggaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtcttcttgcaaattacttctcgctt 50910134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 196 - 343
Target Start/End: Original strand, 38043896 - 38044043
Alignment:
Q  196 tatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaag 295  Q
    ||||| ||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||  ||||| || |    
T  38043896 tatcttgcagtgtactttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcatacttgaatcaaacttcgtttcaagacttgctgagtcaagcagagg 38043995  T
Q  296 aacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgca 343  Q
    || |||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  38043996 aagaatttggatatgatcatccaatgggcggcctcacaattccttgca 38044043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 164 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 38025054 - 38024868
Alignment:
Q  164 catcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaac 263  Q
    |||| |||||||||||  | || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |    
T  38025054 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 38024955  T
Q  264 ctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 350  Q
     || || ||| | || ||||  ||||| || ||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  38024954 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 38024868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 164 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 38031506 - 38031320
Alignment:
Q  164 catcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaac 263  Q
    |||| |||||||||||  | || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |    
T  38031506 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 38031407  T
Q  264 ctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 350  Q
     || || ||| | || ||||  ||||| || ||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  38031406 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 38031320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 184 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 38028925 - 38028736
Alignment:
Q  184 gtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttga 283  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| || |||||| |||||||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||| | || || ||| |  ||||||    
T  38028925 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgttga 38028826  T
Q  284 accaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctc 373  Q
      ||||| || ||| |||||| |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||| |||||| || |||||  |||| |||||||    
T  38028825 gtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctc 38028736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 184 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 48840870 - 48840696
Alignment:
Q  184 gtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttga 283  Q
    |||||||| |||||||| ||| |||| || |||||| | |||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||| |||| || ||||| |||||||    
T  48840870 gtgccaaagggatatcttgcattgtacgtcggagaggagatgaagcgatttgtaatccccatgccatacttgaaccaagcctcatttcaagacttgttga 48840771  T
Q  284 accaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattctt 359  Q
       |||  ||  || |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| || |||||    
T  48840770 gt-aagtggagaaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgttttctt 48840696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 184 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 38040240 - 38040051
Alignment:
Q  184 gtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttga 283  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| || |||||| |||||||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||| | || || ||| |  ||||||    
T  38040240 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgttga 38040141  T
Q  284 accaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctc 373  Q
      ||||| || ||| |||| | |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||| |||||| || |||||  |||| |||||||    
T  38040140 gtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctc 38040051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 184 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 50912028 - 50911863
Alignment:
Q  184 gtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttga 283  Q
    |||||||| || ||||| || || ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||| | || || ||| | |||||||    
T  50912028 gtgccaaagggctatcttgcggtatatgttggagacaagatgaaacggtttgtgatccccaagtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttga 50911929  T
Q  284 accaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaag 349  Q
      ||||| || ||| |||||| ||||||||| ||||||||||| || || |||||||||| |||||    
T  50911928 gtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctaacaattccttgcacagaag 50911863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 184 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 38036952 - 38036763
Alignment:
Q  184 gtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttga 283  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||  |||| ||  |||||||||||||| | || || ||| | |||||||    
T  38036952 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaaacggtttgttgtccccatgccatacttgaaccaagcttcatttcaaaatttgttga 38036853  T
Q  284 accaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctc 373  Q
      ||||| || ||| |||| | |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||| |||| | || |||||  |||| |||||||    
T  38036852 gtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaatacgttttcttgcatattacttctc 38036763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 360
Target Start/End: Original strand, 50913480 - 50913653
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 286  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||| ||||||  |  | |  || ||||||||| | | ||    
T  50913480 ccaaaaggctatcttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagaggttcttgattccaatatcattcttgaatgagcctttatttcaagaattgcttagcc 50913579  T
Q  287 aagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattctta 360  Q
    ||||||||||  ||||||  ||   |||||||||||||||||| || ||||| ||||  ||||| || ||||||    
T  50913580 aagctgaagaggaatttggctactgtcatccaatgggtggtcttacaattccctgcaaggaagatgtcttctta 50913653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 184 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 38033938 - 38033802
Alignment:
Q  184 gtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttga 283  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||  | |||||| |||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||| | || || ||| | |||||||    
T  38033938 gtgccaaagggctatcttgcagtgtacattggagagcaaatgaagcggtttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttga 38033839  T
Q  284 accaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaat 320  Q
      ||||| || ||| |||||| |||||| ||||||||    
T  38033838 gtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaat 38033802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 311 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 55088083 - 55088044
Alignment:
Q  311 atcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  55088083 atcatccaatgggtggtctcactattccatgcaaagaaga 55088044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 187 - 257
Target Start/End: Original strand, 38032266 - 38032336
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaa 257  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||   ||||| |||| ||| |||||| ||||||    
T  38032266 ccaaaaggctatcttgcagtgtatgttggagagaaaatgagaaggtttatgattccagtatcattcttgaa 38032336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 271 - 360
Target Start/End: Original strand, 38035123 - 38035212
Alignment:
Q  271 caagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattctta 360  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||  |||| |  |||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||    
T  38035123 caagaattgcttagccaagctgaagaggaattcggttattgtcatccaatgggtggtctcacaattccctgcaaggaagacgtattctta 38035212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 187 - 296
Target Start/End: Original strand, 38041924 - 38042033
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 286  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||| |||||| |||||||| ||||  |||| ||| || ||| ||||||  |  | | ||| ||||||||||||| ||    
T  38041924 ccaaaaggctatttagcggtgtatgttggagaggaaatgaagaggttcttgattccagtagcattcttgaatgagcctttgtttcaagaattgttgagcc 38042023  T
Q  287 aagctgaaga 296  Q
    ||||||||||    
T  38042024 aagctgaaga 38042033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 184 - 350
Target Start/End: Original strand, 3073550 - 3073716
Alignment:
Q  184 gtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttga 283  Q
    |||||||| |||||||| || ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| || || ||| | ||| |||    
T  3073550 gtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgctga 3073649  T
Q  284 accaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 350  Q
      |  || || ||| |||| | ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  3073650 gtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaaga 3073716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 187 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 21607452 - 21607289
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttgaacc 286  Q
    ||||| |||||||| || || ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| | | || || ||| | || ||||  |    
T  21607452 ccaaagggatatcttgcggtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccgagcttcctttcaaaacttattgagtc 21607353  T
Q  287 aagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 350  Q
    |||| || ||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||    
T  21607352 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacggttccttgcacagaaga 21607289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 184 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 21604913 - 21604724
Alignment:
Q  184 gtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaacctcgttccaagaattgttga 283  Q
    |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||| | || || ||| |  ||||||    
T  21604913 gtgccaaagggctatcttgcagtgtaagtaggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacatgttga 21604814  T
Q  284 accaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttagatatcacttctc 373  Q
      ||||  || ||| |||| | |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||| |||||| || |||||  |||| |||||||    
T  21604813 gtcaagacgaggaagaattaggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctc 21604724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 187 - 257
Target Start/End: Original strand, 21608241 - 21608311
Alignment:
Q  187 ccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaa 257  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||   ||||  |||| |||||||||| ||||||    
T  21608241 ccaaaaggctatcttgcagtgtatgttggagagaaaatgagaaggttcatgattccaatatcattcttgaa 21608311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 202 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 21477514 - 21477460
Alignment:
Q  202 gcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaa 257  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  | |||||| ||||||||||||||||||||    
T  21477514 gcagtgtatgttggagagaaaatgacaccgtttgt-atcccaatatcatacttgaa 21477460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University