View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7938_low_4 (Length: 228)

Name: NF7938_low_4
Description: NF7938
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7938_low_4
NF7938_low_4
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (18-212)||(39030105-39030299)
chr3 (24-198)||(37863298-37863472)
chr3 (21-198)||(37859272-37859449)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (30-198)||(5310443-5310611)
chr7 (30-198)||(5289605-5289773)
chr7 (30-193)||(46706901-46707064)
chr7 (30-198)||(5284354-5284522)
chr7 (30-198)||(5302542-5302710)
chr7 (30-198)||(5315157-5315325)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-211)||(35250845-35251038)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (42-193)||(44128632-44128783)
chr1 (42-193)||(44132837-44132988)
chr1 (42-193)||(44141259-44141410)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (30-198)||(1492214-1492382)
chr5 (33-198)||(1478048-1478213)
chr5 (28-198)||(1505021-1505191)
chr5 (30-198)||(1482239-1482407)
chr5 (30-198)||(1509170-1509338)
chr5 (30-198)||(1499286-1499454)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (30-198)||(24163698-24163866)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 212
Target Start/End: Original strand, 39030105 - 39030299
Alignment:
Q  18 gaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39030105 gaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaatggttactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctg 39030204  T
Q  118 actatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgc 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39030205 actatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgc 39030299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 24 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 37863472 - 37863298
Alignment:
Q  24 gcaataaaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatc 123  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  37863472 gcaacaaaggctatcaaggaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatc 37863373  T
Q  124 agctcacaaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 198  Q
    |||||||||||||||| || ||| | || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37863372 agctcacaaagctcttgggtcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtg 37863298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 21 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 37859449 - 37859272
Alignment:
Q  21 gcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgact 120  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||  | ||||| || || ||||| || || ||||    
T  37859449 gcagcaacaaaggccatcaaggaatggggtcaacctaagtccaagattacccacctcatcttttgcaccaccagtggcgtggacatgcccggtgccgact 37859350  T
Q  121 atcagctcacaaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 198  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37859349 atcagctgacaaagctcttgggccttcgtccatatgtgaagcgttacatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 37859272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 77; Significance: 7e-36; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 30 - 198
Target Start/End: Original strand, 5310443 - 5310611
Alignment:
Q  30 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 129  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  5310443 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattatcaactca 5310542  T
Q  130 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 198  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||| ||  | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5310543 caaaactcttgggccttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtg 5310611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 30 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 5289773 - 5289605
Alignment:
Q  30 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 129  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  5289773 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactca 5289674  T
Q  130 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 198  Q
    |||| ||||| || ||| |||||||||| ||  | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5289673 caaaactcttgggtcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtg 5289605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 30 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 46707064 - 46706901
Alignment:
Q  30 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 129  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||  | ||  |||||||| | |||||||| || |||||||||||||| || || ||||    
T  46707064 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactca 46706965  T
Q  130 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgc 193  Q
    |||| ||||| || ||| | |||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  46706964 caaaactcttcggtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgc 46706901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 198
Target Start/End: Original strand, 5284354 - 5284522
Alignment:
Q  30 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 129  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  5284354 aaggctataaaagaatggggccaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactca 5284453  T
Q  130 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 198  Q
    | || ||||| || ||| | |||||||| ||  | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5284454 ccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtg 5284522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 198
Target Start/End: Original strand, 5302542 - 5302710
Alignment:
Q  30 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 129  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || ||||| | |||||| ||||| ||||    
T  5302542 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcccgaagctgattatcaactca 5302641  T
Q  130 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 198  Q
    | || ||||| || ||| | |||||||| ||  | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5302642 ccaaactcttgggtcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtg 5302710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 198
Target Start/End: Original strand, 5315157 - 5315325
Alignment:
Q  30 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 129  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||    
T  5315157 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactca 5315256  T
Q  130 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 198  Q
    | || || ||||| ||| | |||||||| ||  | || ||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  5315257 ccaaactattaggtcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttgcaggtg 5315325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 74; Significance: 4e-34; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 211
Target Start/End: Original strand, 35250845 - 35251038
Alignment:
Q  18 gaagcagcaataaaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctg 117  Q
    |||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||| ||||    
T  35250845 gaagcagcaacaaaagcgatcaaggaatggggtcaaccaaagtccaagatcactcacctcatattttgcattactagtggtgtggatatgcctggtgctg 35250944  T
Q  118 actatcagctcacaaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcg 211  Q
    | ||||||||||||||  |  |||| ||| |||| |  || || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||| ||||||    
T  35250945 attatcagctcacaaaattgctaggacttcgtccgtcggtgaaacgttatatgatgtaccaacaagggtgtttcgctggtggtatggttcttcg 35251038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 42 - 193
Target Start/End: Original strand, 44128632 - 44128783
Alignment:
Q  42 gaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttag 141  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || |||||||||||||| || || |||||||| |||||||    
T  44128632 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttag 44128731  T
Q  142 gcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgc 193  Q
    | ||| | |||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44128732 gtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgc 44128783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 42 - 193
Target Start/End: Original strand, 44132837 - 44132988
Alignment:
Q  42 gaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttag 141  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || |||||||||||||| || || |||||||| |||||||    
T  44132837 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttag 44132936  T
Q  142 gcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgc 193  Q
    | ||| | |||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44132937 gtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgc 44132988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 42 - 193
Target Start/End: Original strand, 44141259 - 44141410
Alignment:
Q  42 gaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttag 141  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || |||||||||||||| || || |||||||| |||||||    
T  44141259 gaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttag 44141358  T
Q  142 gcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgc 193  Q
    | ||| | |||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44141359 gtcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgc 44141410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 61; Significance: 2e-26; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 30 - 198
Target Start/End: Original strand, 1492214 - 1492382
Alignment:
Q  30 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 129  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||| ||||| || |||||||| || || ||||| ||||    
T  1492214 aaggctataaaagaatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagcggtgtagacatgcctggggccgattatcaactca 1492313  T
Q  130 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 198  Q
    | || |||||||| ||| |||||||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  1492314 ctaaactcttaggtcttcgtccatatgtaaaaagatacatgatgtaccagcaaggttgttttgcaggtg 1492382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 33 - 198
Target Start/End: Original strand, 1478048 - 1478213
Alignment:
Q  33 gctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaa 132  Q
    ||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||| ||  | || ||||||||  |||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||| |    
T  1478048 gctataaaagaatggggccaaccaaaatcaaagattacacacttgatcttttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggcgctgattaccaactcacca 1478147  T
Q  133 agctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 198  Q
    | |||||||| ||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  1478148 aactcttaggtcttcgtccatatgtgaagaggtatatgatgtaccaacaaggatgttttgcaggtg 1478213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 28 - 198
Target Start/End: Original strand, 1505021 - 1505191
Alignment:
Q  28 taaaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagct 127  Q
    |||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||  | ||  |||||||  |||||||||| || |||||||||||||| || || ||    
T  1505021 taaaagctataaaagaatggggtcagccaaagtcaaagattactcacttaattgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaact 1505120  T
Q  128 cacaaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 198  Q
    ||| || |||||||| ||| | |||||||| ||| | || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  1505121 caccaaactcttaggtcttcgcccatatgtgaagaggtacatgatgtaccagcaaggatgttttgcaggtg 1505191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 198
Target Start/End: Original strand, 1482239 - 1482407
Alignment:
Q  30 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 129  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||| ||  | |||||||| ||  |||||||||| || |||||||| || || || || ||||    
T  1482239 aaggctataaaagaatggggccaaccaaaatcaaagattacacacttaatattttgtaccacaagtggtgtagacatgcctggtgccgattaccaactca 1482338  T
Q  130 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 198  Q
    |||| |||||||| ||| |||||||||| ||| | || ||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  1482339 caaaactcttaggtcttcgtccatatgtgaagagatacatgatgtaccaacaaggatgctttgcaggtg 1482407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 198
Target Start/End: Original strand, 1509170 - 1509338
Alignment:
Q  30 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 129  Q
    |||||||| || |||||||| || || || ||||||||||| ||| | || ||||||||  |||||||||| |||||| |||||||| | ||||| || |    
T  1509170 aaggctataaaagaatggggccagccaaaatcaaagattacacatttaatcttttgcaccacaagtggtgttgatatgtctggagctcattatcaactta 1509269  T
Q  130 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 198  Q
    | || || ||||| |||   |||||||||||  | || ||||||||||||||| | |||||||| ||||    
T  1509270 ccaaacttttaggtcttcacccatatgtaaaaaggtacatgatgtaccaacaaaggtgttttgcaggtg 1509338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 30 - 198
Target Start/End: Original strand, 1499286 - 1499454
Alignment:
Q  30 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 129  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||| ||| | || |||||||| |  |||||||| || |||||||| || || || || || |    
T  1499286 aaggctatcgaagaatggggtcaaccgaagtcaaatattacacatttaattttttgcacctatagtggtgtagacatgcctggtgcggattaccaactaa 1499385  T
Q  130 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 198  Q
    |||| |||||||| |||   |||||||| ||  | || ||||||||||||| ||| |||| ||| ||||    
T  1499386 caaaactcttaggtcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaactagggtgttatgcaggtg 1499454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 61; Significance: 2e-26; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 30 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 24163866 - 24163698
Alignment:
Q  30 aaggctatcaatgaatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctca 129  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || ||  | ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| || || || || ||||    
T  24163866 aaggctataaaagaatggggccaaccaaagtcaaagatcacacacttaatattttgcactataagtggtgtagatatgcctggtgccgattaccaactca 24163767  T
Q  130 caaagctcttaggcctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtg 198  Q
    |||| |||||||| ||| | |||| ||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  24163766 caaaactcttaggtcttcgcccatgtgtaaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtg 24163698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University