View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7943_low_7 (Length: 542)

Name: NF7943_low_7
Description: NF7943
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7943_low_7
NF7943_low_7
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (12-526)||(27570413-27570924)
chr4 (12-299)||(27412166-27412449)
chr4 (17-338)||(27422677-27422991)
chr4 (200-420)||(27414963-27415176)
chr4 (379-518)||(27419697-27419832)
chr4 (197-524)||(27425107-27425423)
chr4 (168-315)||(27566449-27566595)
chr4 (200-276)||(27419887-27419963)
chr4 (12-68)||(27563708-27563763)
chr4 (396-458)||(27422579-27422641)
chr4 (483-524)||(27412020-27412061)
chr4 (12-64)||(27566314-27566365)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 477; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 526
Target Start/End: Original strand, 27570413 - 27570924
Alignment:
Q  12 gaatatatatagttaaaagaataattgagaaaccattggctacttgaatgattggtggagggatatactgtagtataggattaggatggagtcatagcat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||    
T  27570413 gaatatatatagttaaaagaataattgagaaaccattggctacttgaatgattggtggaggtatatactgtagtataggatcaggatggagtcatggaat 27570512  T
Q  112 ctacatggagacaagagcaacatatataagatcacatggtattgtcttagaggtctaccctaccataaaacagacctattcatggaagagaaagtttaat 211  Q
    ||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27570513 ctacaaggagacaagagca---tatataagatcacatggtattgtcttagaggtctaccctaccataaaacagacctattcatggaatagaaagtttaat 27570609  T
Q  212 tgaccttgatacttaattaggaatgcaaggacctcaaagttctgtcctggtatgcaaatatcatggagttggtcttgcaaaaataaaataaaatgtggtt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27570610 tgaccttgatacttaattaggaatgcaaggacctcaaagttctgtcctggtatgcaaatatcatggagttggtcttgcaaaaataaaataaaatgtggtt 27570709  T
Q  312 tataatgtctcatgaacttgcgttcaacattcattatcttcttgcctcctaacactgtctcttagctgctaacaattaggtcctacacaagctttacaag 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27570710 tataatgtctcatgaacttgcgttcaacattcattatcttcttgcctcctaacactgtctcttagctgctaacaattaggtcctacacaagctttacaag 27570809  T
Q  412 ttgcacataaatctgatatatattcaaatggtagatgtatattagctgcattgtcaattcgaagaaattacatgtgagatgtcgagagcatgtctaccat 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27570810 ttgcacataaatctgatatatattcaaatggtagatgtatattagctgcattgtcaattcgaagaaattacatgtgagatgtcgagagcatgtctaccat 27570909  T
Q  512 tggattagttataac 526  Q
    |||||||||||||||    
T  27570910 tggattagttataac 27570924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 12 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 27412449 - 27412166
Alignment:
Q  12 gaatatatatagttaaaagaataattgagaaaccattggctacttgaatgattggtggagggatatactgtagtataggattaggatggagtcatagcat 111  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||    
T  27412449 gaatatatatagataaaagaata-ttgagaaaccattggctacttgaatgattggtggaggtttatactgtagtataggatcaggatggagtcatggaat 27412351  T
Q  112 ctacatggagacaagagcaacatatataagatcacatggtattgtcttagaggtctaccctaccataaaacagacctattcatggaagagaaagtttaat 211  Q
    ||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27412350 ctacaaggagacaagagca---tatataagatcacatggtattgtcttagaggtctaccctaccataaaacagacctattcatggaatagaaagtttaat 27412254  T
Q  212 tgaccttgatacttaattaggaatgcaaggacctcaaagttctgtcctggtatgcaaatatcatggagttggtcttgcaaaaataaaa 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27412253 tgaccttgatacttaattaggaatgcaaggacctcaaagttctgtcctggtatgcaaatatcatggagttggtcttacaaaaataaaa 27412166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 17 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 27422991 - 27422677
Alignment:
Q  17 tatatagttaaaagaataattgagaaaccattggctacttgaatgattggtggagggatatactgtagtataggattaggatggagtcatagcatctaca 116  Q
    ||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  27422991 tatatagataaaagaatt-ttgagaaaccattggctacttgaattattagtggaagtatatactgtagtataggatcaggatggagtcatggaatctaca 27422893  T
Q  117 tggagacaagagcaacatatataagatcacatggtattgtcttagaggtctaccctaccataaaacagacctattcatggaagagaaagtttaattgacc 216  Q
     |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27422892 aggagacaagagca---tatataagatcacatggtattgtcttagaggcctaccctaccataaaacagacctattcatggaatagaaagtttaattgacc 27422796  T
Q  217 ttgatacttaattaggaatgcaaggacctcaaagttctgtcctggtatgcaaatatcatggagttggtcttgcaaaaataaaataaaatgtggtttataa 316  Q
    || ||| || |||||||  ||| ||| | ||||||| ||| ||||||||||||| |  ||||||  ||| |||||||||   ||||||||||||| |||     
T  27422795 ttcatatttgattaggatggcagggatcgcaaagttttgttctggtatgcaaattttgtggagtctgtcatgcaaaaat---ataaaatgtggttcatag 27422699  T
Q  317 tgtctcatgaacttgcgttcaa 338  Q
    || ||||||  |||| ||||||    
T  27422698 tggctcatgttcttgtgttcaa 27422677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 200 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 27415176 - 27414963
Alignment:
Q  200 agaaagtttaattgaccttgatacttaattaggaatgcaaggacctcaaagttctgtcctggtatgcaaatatcatggagttggtcttgcaaaaataaaa 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||    ||||| |    
T  27415176 agaaagtttaattgaccttgatacttaattaagaaggcaaggaccgcaaacttctgtcctggtatgcaaatatcatgaagcttgtcttg---taataata 27415080  T
Q  300 taaaatgtggtttataatgtctcatgaacttgcgttcaacattcattatcttcttgcctcctaacactgtctcttagctgctaacaattaggtcctacac 399  Q
    |||||||||||| |||  | | ||||| |||| |||||| |||  || |||| || |||||| ||||||| ||| |   ||||  ||| ||||||||| |    
T  27415079 taaaatgtggttcatagaggcccatgatcttgtgttcaaaattggttctctt-tttcctcctcacactgtttctga---gctataaatcaggtcctactc 27414984  T
Q  400 aagctttacaagttgcacata 420  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  27414983 aagctttacaagttgcacata 27414963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 379 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 27419832 - 27419697
Alignment:
Q  379 gctaacaattaggtcctacacaagctttacaagttgcacataaatctgatatatattcaaatggtagatgtatattagctgcattgtcaattcgaagaaa 478  Q
    |||| |||| ||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||     
T  27419832 gctatcaatcaggtcctacacaacctt-ataagtttcacataaatatgatatatattcagttggtagatgtatatttgctgcaatgtcaattagaagaa- 27419735  T
Q  479 ttacatgtgagatgtcgagagcatgtctaccattggatta 518  Q
      |||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  27419734 --acatgtgagatgtctaaagcatgtctacaattggatta 27419697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 197 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 27425423 - 27425107
Alignment:
Q  197 aagagaaagtttaattgaccttgatacttaattaggaatgcaaggacctcaaagttctgtcctggtatgcaaatatcatggagttggtcttgcaaaaata 296  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| |||| || ||| ||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||     
T  27425423 aagagaaagtttaattaaccttgttacttatttagcaaggcagggaccgcaaagttccgttcaggtatgcaaatatcatggagtttgtctggcaaaaat- 27425325  T
Q  297 aaataaaatgtggtttataatgtctcatgaacttgcgttcaacattcattatcttcttgcctcctaacactgtctcttagctgctaacaattaggtccta 396  Q
      ||||| |||||||  |  ||  |  ||| |||| |||||| |||  || || | || |||||||||||||  ||| |    |||  ||| ||||||||    
T  27425324 --ataaattgtggttcctggtggtttgtgatcttgtgttcaatatttgttctcgtttttcctcctaacactgcttctga---actataaatcaggtccta 27425230  T
Q  397 cacaagctttacaagttgcacataaatctgatatatattcaaatggtagatgtatattagctgcattgtcaattcgaagaaattacatgtgagatgtcga 496  Q
    | |||||||||||||| |||||||||| ||  || |||| |  ||||| ||||||||||| | | ||||||||| ||||||   | |||||||||||| |    
T  27425229 cgcaagctttacaagtggcacataaatatg--atttatttagctggtatatgtatattagtttccttgtcaattagaagaa---agatgtgagatgtcta 27425135  T
Q  497 gagcatgtctaccattggattagttata 524  Q
     | |||||||||||||| ||||| ||||    
T  27425134 aaccatgtctaccattgcattagctata 27425107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 168 - 315
Target Start/End: Original strand, 27566449 - 27566595
Alignment:
Q  168 accctaccataaaacagacctattcatggaagagaaagtttaattgaccttgatacttaattaggaatgcaaggacctcaaagttctgtcctggtatgca 267  Q
    |||| |||| ||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||  |||||||||    
T  27566449 accccaccaaaaaacaggcctatcaatgcaagagaaagtttaattgaccatgttacttatttagcaatgcagggaccgcaaagttctgttatggtatgca 27566548  T
Q  268 aatatcatggagttggtcttgcaaaaataaaataaaatgtggtttata 315  Q
    ||| | ||||| || ||| || |||||  | |||||||||||||||||    
T  27566549 aatttaatggaatttgtcctg-aaaaactatataaaatgtggtttata 27566595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 200 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 27419963 - 27419887
Alignment:
Q  200 agaaagtttaattgaccttgatacttaattaggaatgcaaggacctcaaagttctgtcctggtatgcaaatatcatg 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  27419963 agaaagtttaattgaccttgatacttaattaagaaggcagggaccgcgaagttctgttctggtaagcaaatatcatg 27419887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 68
Target Start/End: Original strand, 27563708 - 27563763
Alignment:
Q  12 gaatatatatagttaaaagaataattgagaaaccattggctacttgaatgattggtg 68  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  27563708 gaatatatatagataaaagaata-ttgcaaaactattggctacttgaatgattggtg 27563763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 396 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 27422641 - 27422579
Alignment:
Q  396 acacaagctttacaagttgcacataaatctgatatatattcaaatggtagatgtatattagct 458  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||||| || |||| |  |||||||||||||||||||    
T  27422641 acacaagcctaacaagttgcacacaaatctgagatgtatttagctggtagatgtatattagct 27422579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 483 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 27412061 - 27412020
Alignment:
Q  483 atgtgagatgtcgagagcatgtctaccattggattagttata 524  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||    
T  27412061 atgtgagatgtctaaagcatgtctaccattggattagctata 27412020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 12 - 64
Target Start/End: Original strand, 27566314 - 27566365
Alignment:
Q  12 gaatatatatagttaaaagaataattgagaaaccattggctacttgaatgatt 64  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||    
T  27566314 gaatatatatagataaaagaat-attgaaaaactgttggctacttgaatgatt 27566365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University