View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7949_low_1 (Length: 805)

Name: NF7949_low_1
Description: NF7949
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7949_low_1
NF7949_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-793)||(49221385-49222161)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 692; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 692; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 793
Target Start/End: Original strand, 49221385 - 49222161
Alignment:
Q  19 gtagaagcccttcggatttgtgagatatcaaatcggcatgtatgcgtcaagtggtggaaacttggtaggtggatctatggctaccgcggtagggatgagt 118  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49221385 gtagaagcccttcggacttgtgagatatcaaatcggcatgtatgcgtcaagtggtggaaacttggtaggtggatctatggctaccgcggtagggatgagt 49221484  T
Q  119 tactttttcgttgggtttctttggcagatctggcaacagaagacggtgagtctgttttgggagtgcttcgtcgagggactgttcatgaggttttacgtgt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49221485 tactttttcgttgggtttctttggcagatctggcaacagaagacggtgagtctgttttgggagtgcttcgtcgaggtactgttcatgaggttttacgtgt 49221584  T
Q  219 tcagatatctgccattggtcataagtcaattccttggtcctatcaggttacccagagattggaatagtcacaaggatatcaactaaaagtgttaatattt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  49221585 tcagatatctgccattggtcataagtcaattccttggtcctatcaggttacccagagattggaatagtcacaaggatatcacctaaaagtgttaatattt 49221684  T
Q  319 attagcaccaactataagtgtccatatttatcagtaatagcatgcgtgaatatctattagtatgtgtatagttatag-tttacaaaattctgcaataaaa 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||     
T  49221685 attagcaccaactataagtgtccatatttatcagtaatagcatgtgtgaatatctattagtatgtgtatagttatagttttacaaaattctgcaat-aat 49221783  T
Q  418 gatacatgtgtagtatatcatcaaagacagtacagtgataaattataatgctcattatcttcttcccattggaatgttagatctccatatctcgtctata 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49221784 gatacatgtgtagtatatcatcaaagacagtacagtgataaattataatgctcattatcttcttcccattggaatgttagatctccatatctcgtctata 49221883  T
Q  518 acttaagagttcacaaacttgaattttggtagcaccttataaaatgaaaagaagacataaaagttttggtgatgttacttgttaggcacatttagtagtt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49221884 acttaagagttcacaaacttgaattttggcagcaccttataaaatgaaaagaagacataaaggttttggtgatgttacttgttaggcacatttagtagtt 49221983  T
Q  618 ctgttgttatatgtat--acacactgctattcaacnnnnnnnnncttacagtgctattagatttttcatgtgagtgattgccaagctcataatatgacga 715  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49221984 ctgttgttatatgtatacacacactgctattcaacaaaaaaaaacttacagtgctattagatttttcatgtgagtgattgccaagctcataatatgacga 49222083  T
Q  716 tgagaagaacaacagcacctttaagtgctgcagcatggcctactagtacttgtattgttaacaatctctcttcatctc 793  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49222084 tgagaagaacaacagcacctttaagtgctgcagcatggcctactagtacttgtattgttaacaatctctcttcttctc 49222161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University