View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7949_low_11 (Length: 407)

Name: NF7949_low_11
Description: NF7949
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7949_low_11
NF7949_low_11
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-384)||(38357048-38357431)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (1-385)||(3584822-3585206)
chr6 (2-385)||(3576013-3576396)
chr6 (2-381)||(3564034-3564413)
chr6 (11-385)||(13275969-13276343)
chr6 (1-381)||(3569681-3570061)
chr6 (1-381)||(3572728-3573108)
chr6 (32-385)||(3577899-3578252)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-321)||(42602845-42603165)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (202-345)||(33992648-33992791)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 384
Target Start/End: Original strand, 38357048 - 38357431
Alignment:
Q  1 tgaggctgtatggttcaaggccggatcccagatctttagcgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtttggtccatgctcagagcattcttgcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38357048 tgaggctgtatggttcaaggccggatcccagatctttagcgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtttggtccatgctcagagcattcttgcc 38357147  T
Q  101 atctgggctacccaagttatcttgatgggcgctgttgaaggttaccgtattgctggtggtcctcttggtgaggttgttgacccactatacccaggaggca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38357148 atctgggctacccaagttatcttgatgggcgctgttgaaggttaccgtattgctggtggtcctcttggtgaggttgttgacccactatacccaggaggca 38357247  T
Q  201 gctttgacccattgggtctagctgacgacccagaggctttcgcagagttgaaggttaaggaactcaagaacggtagattagccatgttctctatgttcgg 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38357248 gctttgacccattgggcctagctgacgacccagaggctttcgcagagttgaaggttaaggaactcaagaacggtagattagccatgttctctatgttcgg 38357347  T
Q  301 attctttgttcaggctattgtgaccggaaagggacctttggagaaccttgccgatcatcttgccgacccagtcaacaacaacgc 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38357348 attctttgttcaggctattgtgaccggaaagggacctttggagaaccttgccgatcatcttgccgacccagtcaacaacaacgc 38357431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 3585206 - 3584822
Alignment:
Q  1 tgaggctgtatggttcaaggccggatcccagatctttagcgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtttggtccatgctcagagcattcttgcc 100  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| || ||||| |||||     
T  3585206 tgaggctgtgtggtttaaggcaggatctcaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccatgcacaaagcatccttgct 3585107  T
Q  101 atctgggctacccaagttatcttgatgggcgctgttgaaggttaccgtattgctggtggtcctcttggtgaggttgttgacccactatacccaggaggca 200  Q
    || ||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||| || |    
T  3585106 atttgggctgtccaagttatcttaatgggagctgttgaaggttaccgtattgccggtggacctcttggtgaggtagtcgacccactctatccaggtggaa 3585007  T
Q  201 gctttgacccattgggtctagctgacgacccagaggctttcgcagagttgaaggttaaggaactcaagaacggtagattagccatgttctctatgttcgg 300  Q
    |||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  3585006 gctttgacccattgggccttgctgaggaccccgaggcttttgcagagttaaaggttaaagaactcaagaatggtaggttagcgatgttctctatgtttgg 3584907  T
Q  301 attctttgttcaggctattgtgaccggaaagggacctttggagaaccttgccgatcatcttgccgacccagtcaacaacaacgct 385  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||  | |||||||| || ||  | || |||||||| ||||||||||||    
T  3584906 attctttgttcaagccatcgtgaccggaaagggacctttaaaaaaccttgctgaccacatcgctgacccagttaacaacaacgct 3584822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Original strand, 3576013 - 3576396
Alignment:
Q  2 gaggctgtatggttcaaggccggatcccagatctttagcgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtttggtccatgctcagagcattcttgcca 101  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||| || || || || ||||| |    
T  3576013 gaggctgtgtggttcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggaggacttgactacttgggtaacccaagcctagtccacgcacaaagtatccttgcta 3576112  T
Q  102 tctgggctacccaagttatcttgatgggcgctgttgaaggttaccgtattgctggtggtcctcttggtgaggttgttgacccactatacccaggaggcag 201  Q
    | ||||||  |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||    
T  3576113 tatgggctgtccaagttatcttaatgggagctgttgagggttaccgtattgccggtggacctcttggtgaggtagtcgacccactctacccaggtggaag 3576212  T
Q  202 ctttgacccattgggtctagctgacgacccagaggctttcgcagagttgaaggttaaggaactcaagaacggtagattagccatgttctctatgttcgga 301  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||  |||| |||||||||||||| |||    
T  3576213 ctttgacccattgggcctcgctgacgacccagaggcttttgcagagttaaaggtgaaagaacttaagaatggtaggctagctatgttctctatgtttgga 3576312  T
Q  302 ttctttgttcaggctattgtgaccggaaagggacctttggagaaccttgccgatcatcttgccgacccagtcaacaacaacgct 385  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| |  | ||||| |||||||||||||||    
T  3576313 ttcttcgttcaggccattgtaaccggaaagggacctctagagaaccttgccgaccatatcactgaccccgtcaacaacaacgct 3576396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 2 - 381
Target Start/End: Original strand, 3564034 - 3564413
Alignment:
Q  2 gaggctgtatggttcaaggccggatcccagatctttagcgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtttggtccatgctcagagcattcttgcca 101  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||| ||||| |    
T  3564034 gaggctgtatggttcaaggcaggatcccaaatttttagtgagggtgggcttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgcacaaagcatccttgcta 3564133  T
Q  102 tctgggctacccaagttatcttgatgggcgctgttgaaggttaccgtattgctggtggtcctcttggtgaggttgttgacccactatacccaggaggcag 201  Q
    | ||||||  |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  3564134 tatgggctgtccaagttatcttaatgggtgctgttgagggttaccgtattgctggtggacctctcggtgaggtggttgacccactctacccaggtggcag 3564233  T
Q  202 ctttgacccattgggtctagctgacgacccagaggctttcgcagagttgaaggttaaggaactcaagaacggtagattagccatgttctctatgttcgga 301  Q
    ||||||||| ||||| || || || || || |||||||| |||||||||||||| || ||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  3564234 ctttgaccccttgggccttgccgaagatcccgaggcttttgcagagttgaaggtgaaagaactaaaaaatggtaggttagctatgttctctatgtttgga 3564333  T
Q  302 ttctttgttcaggctattgtgaccggaaagggacctttggagaaccttgccgatcatcttgccgacccagtcaacaacaa 381  Q
    || || ||||| || |||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||||||    
T  3564334 tttttcgttcaagccattgtgactggaaagggacctatcgagaacctcgccgaccaccttgctgacccggttaacaacaa 3564413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 11 - 385
Target Start/End: Original strand, 13275969 - 13276343
Alignment:
Q  11 tggttcaaggccggatcccagatctttagcgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtttggtccatgctcagagcattcttgccatctgggcta 110  Q
    |||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||| | || ||||| || ||||| |||||||| |||||      
T  13275969 tggttcaaggccaggtcccaaatctttagtgagggtgggctagactatttgggcaacccaagtcttgtacatgcacaaagcatccttgccatatgggcct 13276068  T
Q  111 cccaagttatcttgatgggcgctgttgaaggttaccgtattgctggtggtcctcttggtgaggttgttgacccactatacccaggaggcagctttgaccc 210  Q
     |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||| || ||||| |||||    
T  13276069 gccaagttatcttgatgggtgctgttgagggttaccgtattgctggtggacctcttggtgaggtgattgacccactctacccaggtggtagcttcgaccc 13276168  T
Q  211 attgggtctagctgacgacccagaggctttcgcagagttgaaggttaaggaactcaagaacggtagattagccatgttctctatgttcggattctttgtt 310  Q
    ||||||||| || || |||||||| ||||| | ||||||||| || || ||  | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||    
T  13276169 attgggtctcgccgatgacccagaagcttttgtagagttgaaagtgaaagagattaagaatggtaggttagccatgttttctatgtttggattcttcgtt 13276268  T
Q  311 caggctattgtgaccggaaagggacctttggagaaccttgccgatcatcttgccgacccagtcaacaacaacgct 385  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || || || ||||| |||||||||||||||    
T  13276269 caagccattgtgaccggaaagggacctttggaaaaccttgctgaccacctcgcagacccggtcaacaacaacgct 13276343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 381
Target Start/End: Original strand, 3569681 - 3570061
Alignment:
Q  1 tgaggctgtatggttcaaggccggatcccagatctttagcgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtttggtccatgctcagagcattcttgcc 100  Q
    |||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||| |||||     
T  3569681 tgaggccgtgtggttcaaggcaggatcccaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtctagtccatgcacaaagcatccttgct 3569780  T
Q  101 atctgggctacccaagttatcttgatgggcgctgttgaaggttaccgtattgctggtggtcctcttggtgaggttgttgacccactatacccaggaggca 200  Q
    || |||||   |||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || || ||||| |||||||| ||||    
T  3569781 atatgggcagtccaagttatcttaatgggcgccgtggagggttaccgtattgctggtggacctctaggcgaggtagtcgatccactctacccaggtggca 3569880  T
Q  201 gctttgacccattgggtctagctgacgacccagaggctttcgcagagttgaaggttaaggaactcaagaacggtagattagccatgttctctatgttcgg 300  Q
    |||||||||| ||||| || || || || || |||||||| |||||||||||||| || ||||| || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  3569881 gctttgaccccttgggccttgccgaagatcccgaggcttttgcagagttgaaggtgaaagaactaaaaaatggtaggttagctatgttctctatgtttgg 3569980  T
Q  301 attctttgttcaggctattgtgaccggaaagggacctttggagaaccttgccgatcatcttgccgacccagtcaacaacaa 381  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||| || || || ||||| || ||||| ||||||||    
T  3569981 attcttcgttcaggccattgtcaccggaaagggacctattgagaacctcgctgaccaccttgctgatccagttaacaacaa 3570061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 381
Target Start/End: Original strand, 3572728 - 3573108
Alignment:
Q  1 tgaggctgtatggttcaaggccggatcccagatctttagcgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtttggtccatgctcagagcattcttgcc 100  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||| | |||||||| || ||||| |||||     
T  3572728 tgaggccgtgtggttcaaggcaggatctcaaatctttagtgagggtggacttgactacttgggaaatccaagtctagtccatgcacaaagcatccttgct 3572827  T
Q  101 atctgggctacccaagttatcttgatgggcgctgttgaaggttaccgtattgctggtggtcctcttggtgaggttgttgacccactatacccaggaggca 200  Q
    || ||||||  |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || |    
T  3572828 atatgggctgtccaagttatcttaatgggtgctgttgagggttatcgtattgcaggtggacctctcggtgaggttgtcgacccactctacccaggtggta 3572927  T
Q  201 gctttgacccattgggtctagctgacgacccagaggctttcgcagagttgaaggttaaggaactcaagaacggtagattagccatgttctctatgttcgg 300  Q
    | ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| || || || ||||| ||||| || ||||| ||    
T  3572928 gttttgacccattaggcctagctgatgacccagaggcttttgcagagttaaaggtgaaagaactcaaaaatggaaggttagctatgttttccatgtttgg 3573027  T
Q  301 attctttgttcaggctattgtgaccggaaagggacctttggagaaccttgccgatcatcttgccgacccagtcaacaacaa 381  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| | ||||| ||||| || || ||||| |||||||| ||||||||    
T  3573028 attctttgttcaagctattgtaaccggaaaaggacctatagagaatcttgctgaccaccttgctgacccagttaacaacaa 3573108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 32 - 385
Target Start/End: Original strand, 3577899 - 3578252
Alignment:
Q  32 atctttagcgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtttggtccatgctcagagcattcttgccatctgggctacccaagttatcttgatgggcg 131  Q
    |||||||| || || || |||||||||||||||||||||||  | ||||| || || ||||| ||||| || |||| |  || || |||||| ||||| |    
T  3577899 atctttagtgatggagggcttgactacttgggtaacccaagcctagtccacgcacaaagcatccttgctatttgggttgtcctagctatcttaatgggag 3577998  T
Q  132 ctgttgaaggttaccgtattgctggtggtcctcttggtgaggttgttgacccactatacccaggaggcagctttgacccattgggtctagctgacgaccc 231  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||| || || ||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  3577999 ctgttgagggttaccgtattgccgatggacctcttggtgaggtagtcgatccactctaccccggtggaagctttgacccattgggcctcgcagacgaccc 3578098  T
Q  232 agaggctttcgcagagttgaaggttaaggaactcaagaacggtagattagccatgttctctatgttcggattctttgttcaggctattgtgaccggaaag 331  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||| ||||    
T  3578099 agaggcttttgcagagttaaaggttaaagaactcaagaatggcaggttagctatgttctcgatgtttggatttttcgttcaggccattgtaaccgaaaag 3578198  T
Q  332 ggacctttggagaaccttgccgatcatcttgccgacccagtcaacaacaacgct 385  Q
    |||||  | ||||||||||| || ||  | || || |||||||||| |||||||    
T  3578199 ggaccactagagaaccttgctgaccacatcgctgatccagtcaacagcaacgct 3578252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 321
Target Start/End: Original strand, 42602845 - 42603165
Alignment:
Q  1 tgaggctgtatggttcaaggccggatcccagatctttagcgagggtggacttgactacttgggtaacccaagtttggtccatgctcagagcattcttgcc 100  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||  ||||||||||    |||||||| |||||||| ||||| |||||||   || ||||||||||||||||||||||     
T  42602845 tgaggctgtgtggtttaaggctggtgcccagatcttctctgagggtggccttgactatttgggcaacccaaacctgatccatgctcagagcattcttgca 42602944  T
Q  101 atctgggctacccaagttatcttgatgggcgctgttgaaggttaccgtattgctggtggtcctcttggtgaggttgttgacccactatacccaggaggca 200  Q
    ||||||||||| || ||| |  | |||||   ||||||||| ||| |  ||| ||| || || |||||||| |   | |||||||| ||||| || ||      
T  42602945 atctgggctactcaggttgtgctcatgggatttgttgaaggctacagagttggtggaggaccacttggtgaaggactggacccactttaccctggtggtg 42603044  T
Q  201 gctttgacccattgggtctagctgacgacccagaggctttcgcagagttgaaggttaaggaactcaagaacggtagattagccatgttctctatgttcgg 300  Q
     |||||||||  | ||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| || |||||||| ||||| ||    
T  42603045 cctttgaccctcttggtcttgctgatgaccccgatgcattcgcagagttgaaggtcaaggaactcaagaacggccgattggctatgttctccatgtttgg 42603144  T
Q  301 attctttgttcaggctattgt 321  Q
     ||||||||||| || |||||    
T  42603145 tttctttgttcaagccattgt 42603165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000009; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 202 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 33992791 - 33992648
Alignment:
Q  202 ctttgacccattgggtctagctgacgacccagaggctttcgcagagttgaaggttaaggaactcaagaacggtagattagccatgttctctatgttcgga 301  Q
    |||||||||  | |||||||| ||||| ||||   ||||||| ||| | || || |||||| |||| || || ||||| || ||||| || ||||| ||     
T  33992791 ctttgaccctcttggtctagccgacgatccagttactttcgccgagcttaaagtgaaggaaatcaaaaatggaagattggctatgttttcaatgtttggt 33992692  T
Q  302 ttctttgttcaggctattgtgaccggaaagggacctttggagaa 345  Q
    ||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||||||    
T  33992691 ttctttgttcaagctattgttactggtaaaggacctttggagaa 33992648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University