View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7949_low_2 (Length: 623)

Name: NF7949_low_2
Description: NF7949
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7949_low_2
NF7949_low_2
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-610)||(39703792-39704398)
chr2 (1-550)||(39694940-39695489)
chr2 (1-394)||(39934624-39935019)
chr2 (1-546)||(39928977-39929519)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-537)||(38061654-38062191)
chr8 (459-547)||(38180845-38180933)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 512; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 512; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 39704398 - 39703792
Alignment:
Q  1 aacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaactgtggaaacaaccataacacagacatggaaacattatgcacatgtactaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    ||||   |||||||||| |||    
T  39704398 aacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaattgtggaaacaaccataacacagacatttccacat---gcacatgtaccaat 39704302  T
Q  101 ttgagtctctttgattcaacaaaagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctactcctattcgttgaagcggcataggcgtttttccag 200  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39704301 ttgagcctctttgattcaacaagagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctactcctattcgttgaagtggcataggcgtttttccag 39704202  T
Q  201 taatcttatgccaacctggcaataacactctgtcaagaaaggtgaggaaaatggatgttgatattaggactataacagaaacagaaccagctgggatttt 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39704201 taatcttatgccaacatggcaatagcactctgtcaagaaaggtgaggaaaatggatgttgatattatgactataacagaaacagaaccagctggaatttt 39704102  T
Q  301 gaaatggggtcctaatgagcgatccatgactaaagcttgaagtacaaccaagctactttggattgctattggagttgctaagaatatacttgaactccat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39704101 gaaatggggtcctaatgagcgatccatggctaaagcttgaagtaccgtcacactactttggattgctattggagttgctaagaatatacttgaactccat 39704002  T
Q  401 agtggtaggattgcaaatatctttttgaaatcttccacttgttgaactgtgcatagtttccatgatgatttcttaattgagccatctgattttagatctg 500  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39704001 agtggtaggattccaaatatctttttgaaatcttccacttgttgaactgtgcatagtttccatgatgatttcttaattgagccatctgattttaggtctg 39703902  T
Q  501 catcagttatcagagttgcgcgattgaagaacctgcatttgcatatagattaacataatgtttttgcagaccgagaaagattcgtctatgcagactacta 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39703901 catcagttatcagagttgcgcgattgaagaacctgcatttgcatatagattaacataatgtttttgcagaccgagaaagattcgtctatgcagactacta 39703802  T
Q  601 actttacttt 610  Q
    ||||||||||    
T  39703801 actttacttt 39703792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 39695489 - 39694940
Alignment:
Q  1 aacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaactgtggaaacaaccataacacagacatggaaacattatgcacatgtactaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39695489 aacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaactgtggaaacaaccataacacagacatggaaacattatgcacatgtactaat 39695390  T
Q  101 ttgagtctctttgattcaacaaaagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctactcctattcgttgaagcggcataggcgtttttccag 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| |  |    
T  39695389 ttgagtctctttgattcaacaagagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctgctcctattcgttggagcggcataggcattttcctgg 39695290  T
Q  201 taatcttatgccaacctggcaataacactctgtcaagaaaggtgaggaaaatggatgttgatattaggactataacagaaacagaaccagctgggatttt 300  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39695289 taaccttatgccaacctggtaatagcactctgtcaagaaatgtgaggaaaatgggtgctgatatcaagactataacagaaacagaactagctgggatttt 39695190  T
Q  301 gaaatggggtcctaatgagcgatccatgactaaagcttgaagtacaaccaagctactttggattgctattggagttgctaagaatatacttgaactccat 400  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||     
T  39695189 aaaatggggtcctaatgaacgatccatgactaaagcttgaagtacaaccaagcaactttggattgctattggagttgctaagaatatacttgaagaccac 39695090  T
Q  401 agtggtaggattgcaaatatctttttgaaatcttccacttgttgaactgtgcatagtttccatgatgatttcttaattgagccatctgattttagatctg 500  Q
    | |||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||    
T  39695089 aatggtaggattccaattatttttttgaaatcatccacttgttgaactgtgcatagtctccatgatgattttttaactgagccatctgattttaggtctg 39694990  T
Q  501 catcagttatcagagttgcgcgattgaagaacctgcatttgcatatagat 550  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39694989 catcagttattagagatgcccgattgaagaacctgcatttgcatatagat 39694940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 394
Target Start/End: Original strand, 39934624 - 39935019
Alignment:
Q  1 aacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaactgtggaaacaaccataacacagacatggaaacattat--gcacatgtacta 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||    
T  39934624 aacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaattgtggaaaaaaccataacacggacatggaaacattatatgcacatgtgcta 39934723  T
Q  99 atttgagtctctttgattcaacaaaagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctactcctattcgttgaagcggcataggcgtttttcc 198  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| | | ||| ||    
T  39934724 atttgagtctctttgattcaacaagagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctgctcctattcgctggagcggcataagtgatttgcc 39934823  T
Q  199 agtaatcttatgccaacctggcaataacactctgtcaagaaaggtgaggaaaatggatgttgatattaggactataacagaaacagaaccagctgggatt 298  Q
     |||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  39934824 ggtaatcttatgccaacatggcaagagcaccctgtcaagaaaagtgagaaaaatgggtgctgatattaagacaataacagaaacaaaactagctgggatt 39934923  T
Q  299 ttgaaatggggtcctaatgagcgatccatgactaaagcttgaagtacaaccaagctactttggattgctattggagttgctaagaatatacttgaa 394  Q
    || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  39934924 ttaaaatggggtcctaaagaccgatccatgactaaagcttgaagtacaaccaagctactttggattgctattggagttgataggaatatacttgaa 39935019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 546
Target Start/End: Original strand, 39928977 - 39929519
Alignment:
Q  1 aacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaactgtggaaacaaccataacacagacatggaaacattatgcacatgtactaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||  |   ||||  |||||    
T  39928977 aacttgtccaggaaaatgaaacgcttctccgataccaaccaacactaattgtggaaacaaccataatacagacattgaaacatgtt---catgcgctaat 39929073  T
Q  101 ttgagtctctttgattcaacaaaagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctactcctattcgttgaagcggcataggcgtttttccag 200  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | || ||| || |||| | |||||  |    
T  39929074 ttgagtctcttcgattcaacaagagcagagaccaccatgccaagaacattgaacacatgtcctactcctatttgatggagcagcttaggagattttctgg 39929173  T
Q  201 taatcttatgccaacctggcaataacactctgtcaagaaaggtgaggaaaatggatgttgatattaggactataacagaaacagaaccagctgggatttt 300  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  39929174 taaccttatgccaacttggcaatagcaccctgtcaagaaaagtgaggaaaatgggtgctgatattaagactataacagaaatagaaccagctgggatttc 39929273  T
Q  301 gaaatggggtcctaatgagcgatccatgactaaagcttgaagtacaaccaagctactttggattgctattggagttgctaagaatatacttgaactccat 400  Q
     ||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||  |||    |||| ||| |||||||| ||| || ||||| ||||||| |||||    
T  39929274 aaaatggtatcctaaagaacgatccatgactaaagcttgaagtataatgaagtccatttgcattactattggaattgataggaatagacttgaagtccat 39929373  T
Q  401 agtggtaggattgcaaatatctttttgaaatcttccacttgttgaactgtgcatagtttccatgatgatttcttaattgagccatctgattttagatctg 500  Q
    | |||||  ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||| ||||    
T  39929374 aatggtaatattccaactatttttttgaaatcttccacttgttgaattgtgcatagtctccatgatgatttcttaattgtgccatttgagtgtaggtctg 39929473  T
Q  501 catcagttatcagagttgcgcgattgaagaacctgcatttgcatat 546  Q
    |||||||||| ||||  || || ||||| |||||||||||||||||    
T  39929474 catcagttattagagcggcacggttgaaaaacctgcatttgcatat 39929519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 225; Significance: 1e-123; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 537
Target Start/End: Original strand, 38061654 - 38062191
Alignment:
Q  1 aacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaataccaaccaacactaactgtggaaacaaccataacacagacatggaaacattatgcacatgtactaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||| ||||||||||| ||||||||||||||    |||| |   |||||| |||||    
T  38061654 aacttgtccaggaaaatgaaaagcttctccaatactcaccagcattaattgtggaaacaaacataacacagacatttccacatga---acatgtgctaat 38061750  T
Q  101 ttgagtctctttgattcaacaaaagcagagacaaccatgccaagaacagtcaacacatgtcctactcctattcgttgaagcggcataggcgtttttc-ca 199  Q
    |||||||| ||||  ||||||| ||| ||||||||||| || ||||  ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  |     
T  38061751 ttgagtctttttgtctcaacaagagcggagacaaccatacccagaatggtcaacacatagcctactcctattcgttggagcggcataggcttttttttcg 38061850  T
Q  200 gtaatcttatgccaacctggcaataacactctgtcaagaaaggtgaggaaaatggatgttgatattaggact---ataacagaaacagaaccagctggga 296  Q
    || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||   |||||||||||||||||||||||||    
T  38061851 gttatcgtattccaacctggcaataacactctgtcaagaaaggtgaggaaaatagatgttgatattaacactataataacagaaacagaaccagctggga 38061950  T
Q  297 ttttgaaatggggtcctaatgagcgatccatgactaaagcttgaagtacaaccaagctactttggattgctattggagttgctaagaatatacttgaact 396  Q
    |||| ||||| | |||||  || |||||||||| |||| ||||||||||||  |||  | | | | || |||||||| |||  | ||||| ||||||| |    
T  38061951 ttttaaaatgagatcctacagaacgatccatgattaaatcttgaagtacaatgaagaaattctcggttactattggaattgaaaggaatagacttgaagt 38062050  T
Q  397 ccatagtggtaggattgcaaatatctttttgaaatcttccacttgttgaactgtgcatagtttccatgatgatttcttaattgagccatctgattttaga 496  Q
    |||||||||||  ||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||     
T  38062051 ccatagtggtaatattccaattatttttttgaaatcttccacttgttgaactgtgcatagtctccatgatgaattcttaactgagccatctgagtttagg 38062150  T
Q  497 tctgcatcagttatcagagttgcgcgattgaagaacctgca 537  Q
    |||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||||    
T  38062151 tctgcatcagttattaaagctgcacgattgaagaacctgca 38062191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 459 - 547
Target Start/End: Original strand, 38180845 - 38180933
Alignment:
Q  459 tccatgatgatttcttaattgagccatctgattttagatctgcatcagttatcagagttgcgcgattgaagaacctgcatttgcatata 547  Q
    |||||||||| ||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||    
T  38180845 tccatgatgacttcttaacttagccatctgagtttaggtctgcatcaattattagagttgcacgattgaataactttcatttgcatata 38180933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University