View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF7950_low_1 (Length: 1178)
Name: NF7950_low_1
Description: NF7950
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7950_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 380 - 1053
Target Start/End: Original strand, 39982585 - 39983258
Alignment:
| Q |
380 |
cccttgcagatgcagcgagagaagatcatagaggtctaccaacatacttgatcccacgatcgggcgtattagagacttggcatcttgtcgggttgtatag |
479 |
Q |
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| T |
39982585 |
cccttgcagatgcaacgagagaagatcatagaggtctaccaacatacttgatcccacgatcgggcgtattagagacttggcatcttgtcgggttgtatag |
39982684 |
T |
|
| Q |
480 |
gatgacactcatgtttaagatgttacgaagctactggccccttccagtacactagacactctagttctaagaaatttgtnnnnnnntcatggtgtacatg |
579 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
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|
| T |
39982685 |
gatgacactcatgtttaagatgttacgaagctactggccccttccagtac--tagacactctagttctaagaaatttgtaaaaaaatcatggtgtacatg |
39982782 |
T |
|
| Q |
580 |
gtga-------gtctaatgaagaaagcatgtcatcttgcaagagttttactagcttggctcattcatgaacctttagtgttaaatttatatgtctaatat |
672 |
Q |
| |
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|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
39982783 |
gtgactggtgagtctaatgaagaaagcatgtcatcttgcaagagttttactagcttggctcattcatgaacctttagtgttaaatttat--gtctaatat |
39982880 |
T |
|
| Q |
673 |
ttgtatttaaatttgannnnnnnnnn-cttgctagtatgaatcatgatgttatttgatatatatgaatcatgttatctgaatgcctactttaatatgatt |
771 |
Q |
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|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
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|
| T |
39982881 |
ttgtatttaaatttgatttttttttttcttgctagtatgaatcatgatgttatttgatat----gaatcatgttatctgaatgcctattttaatatgatt |
39982976 |
T |
|
| Q |
772 |
tcaaaatgaagaaattccatatgtctagatactacaatccaaacaaataccgtttatttagattacaaaatccaagcatgagtagttttgaaattttgaa |
871 |
Q |
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|
| T |
39982977 |
tcaaaaggaagaaattccatacgtctagatactacaatccaaacaaataccgtttatttagattacaaaatccaagcatgagtagttttgaaattttgaa |
39983076 |
T |
|
| Q |
872 |
agcatggggtgagaagaaaatcacttattatctagctccaaaaagaaaaccactcaactttgctaccggcattataacctagaatggaatagaagaatct |
971 |
Q |
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| T |
39983077 |
agcatggggtgagaagaaaatcacttattatctagctccaaaaagaaaactactcaactttgctaccggcattataacctagaatggaatagaagaatct |
39983176 |
T |
|
| Q |
972 |
accggaataattttaaattttggattttttaagtggccaaattgttggaacatattaatttccaaaaaattgatatgtccaa |
1053 |
Q |
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|
| T |
39983177 |
accggaataattttatattttggattttttaagtggccaaattgttggaacatattaatttcccaaaaattgatatgtccaa |
39983258 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 40416815 - 40416147
Alignment:
| Q |
19 |
gctaggaatatgatagattagatacgatgggaggatcctcgtgctagttaatttgttctaactatgaggggtatgtatgccacatacatgcttacatgcc |
118 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
40416815 |
gctaggaatatgatagattagatacgatgggaggatcctcgtgctagttaatttgttctaactaggaggggtatgtatgccacatacatccttacatgcc |
40416716 |
T |
|
| Q |
119 |
aattggttctatttaggatggatcaaacgcgatgctcgttagatgagacttg-----cgccagtttagatacatgcagactatctctctcgatcgtggca |
213 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40416715 |
aattggttctatttaggatggatcaaacgcgatgctcgttagatggtatgttatcctccccagtttagatacatgcagactatctctctcgatcgtggca |
40416616 |
T |
|
| Q |
214 |
tctaattgtatccattctatagtaaacttggagcatgctagctcaatatttagattatattcctagccatccatgagacacattatttggatatatgtga |
313 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40416615 |
tctaattgtatccattctatagtaaacttggagcatgctagctcaatatttagattatattcctagccatccatgagacacattatttggatatatgtga |
40416516 |
T |
|
| Q |
314 |
tggtatttctagatataacatccttacacgaaggaaagttgtagagggcaattgaagaagaagtggcccttgcagatgcagcgagagaagatcatagagg |
413 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40416515 |
tggtatttctagatataacatccttacacgaaggaaagttgtagagggcaattgaagaagaagtggcccttgcagatgcagcgagagaagatcatagagg |
40416416 |
T |
|
| Q |
414 |
tctaccaacatacttgatcccacgatcgggcgtattagagacttggcatcttgtcgggttgtataggatgacactcatg---tttaagatgttac----- |
505 |
Q |
| |
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|
| T |
40416415 |
tctaccaacatacttgatcccacgatcgggcgtattagagacttggcatcttgtcgggttgtataggatgacactcatgctgtttaagatgttacgaagt |
40416316 |
T |
|
| Q |
506 |
-----------gaagctactggccccttccagtacactagacactctagttctaagaaatttgtnnnnnnnt------------catggtgtacatggt- |
581 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || | | ||||||||||||||| |
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|
| T |
40416315 |
agatcctcaaggaagctactggccccttccagtac--tagacactctaattctaagaaagttctaagaaattgaaaaaaaaaatcatggtgtacatggtt |
40416218 |
T |
|
| Q |
582 |
gagtctaatgaagaaagcatgtcatcttgcaagagttttactagcttggctcattcatgaacctttagtgt |
652 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
40416217 |
gagtctaatgaaaaaagcatgtcatcttgcaagagttttaccagcttagctcattcatgaacttttagtgt |
40416147 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 268
Target Start/End: Original strand, 39982278 - 39982527
Alignment:
| Q |
19 |
gctaggaatatgatagattagatacgatgggaggatcctcgtgctagttaatttgttctaactatgaggggtatgtatgccacatacatgcttacatgcc |
118 |
Q |
| |
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||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
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|
| T |
39982278 |
gctaggaatatgataaattagatacgatgggaggatcctcgtgctagtt-----gttctaactaggaggggtatgtatgccacatacatccttacatgcc |
39982372 |
T |
|
| Q |
119 |
aattggttctatttaggatggatcaaacgcgatgctcgttagatgagactt-----gcgccagtttagatacatgcagactatctctctcgatcgtggca |
213 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | |
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| T |
39982373 |
aattggttctatttaggatggatcaaacgcgatgctcgttagatggtatgttatcctccccagtttagatacatgcaaactatctctctcgatcgaggaa |
39982472 |
T |
|
| Q |
214 |
tctaattgtatccattctatagtaaacttggagcatgctagctcaatatttagat |
268 |
Q |
| |
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|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
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| T |
39982473 |
tccaattgtatccattctatagtaaacttggagcacgctagctcaatatttagat |
39982527 |
T |
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