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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF7950_low_2 (Length: 1132)
Name: NF7950_low_2
Description: NF7950
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7950_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 334 - 1007
Target Start/End: Original strand, 39982585 - 39983258
Alignment:
| Q |
334 |
cccttgcagatgcagcgagagaagatcatagaggtctaccaacatacttgatcccacgatcgggcgtattagagacttggcatcttgtcgggttgtatag |
433 |
Q |
| |
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|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
39982585 |
cccttgcagatgcaacgagagaagatcatagaggtctaccaacatacttgatcccacgatcgggcgtattagagacttggcatcttgtcgggttgtatag |
39982684 |
T |
|
| Q |
434 |
gatgacactcatgtttaagatgttacgaagctactggccccttccagtacactagacactctagttctaagaaatttgtnnnnnnntcatggtgtacatg |
533 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
39982685 |
gatgacactcatgtttaagatgttacgaagctactggccccttccagtac--tagacactctagttctaagaaatttgtaaaaaaatcatggtgtacatg |
39982782 |
T |
|
| Q |
534 |
gtga-------gtctaatgaagaaagcatgtcatcttgcaagagttttactagcttggctcattcatgaacctttagtgttaaatttatatgtctaatat |
626 |
Q |
| |
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|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
39982783 |
gtgactggtgagtctaatgaagaaagcatgtcatcttgcaagagttttactagcttggctcattcatgaacctttagtgttaaatttat--gtctaatat |
39982880 |
T |
|
| Q |
627 |
ttgtatttaaatttgannnnnnnnnn-cttgctagtatgaatcatgatgttatttgatatatatgaatcatgttatctgaatgcctactttaatatgatt |
725 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
39982881 |
ttgtatttaaatttgatttttttttttcttgctagtatgaatcatgatgttatttgatat----gaatcatgttatctgaatgcctattttaatatgatt |
39982976 |
T |
|
| Q |
726 |
tcaaaatgaagaaattccatatgtctagatactacaatccaaacaaataccgtttatttagattacaaaatccaagcatgagtagttttgaaattttgaa |
825 |
Q |
| |
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|||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39982977 |
tcaaaaggaagaaattccatacgtctagatactacaatccaaacaaataccgtttatttagattacaaaatccaagcatgagtagttttgaaattttgaa |
39983076 |
T |
|
| Q |
826 |
agcatggggtgagaagaaaatcacttattatctagctccaaaaagaaaaccactcaactttgctaccggcattataacctagaatggaatagaagaatct |
925 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
39983077 |
agcatggggtgagaagaaaatcacttattatctagctccaaaaagaaaactactcaactttgctaccggcattataacctagaatggaatagaagaatct |
39983176 |
T |
|
| Q |
926 |
accggaataattttaaattttggattttttaagtggccaaattgttggaacatattaatttccaaaaaattgatatgtccaa |
1007 |
Q |
| |
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||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39983177 |
accggaataattttatattttggattttttaagtggccaaattgttggaacatattaatttcccaaaaattgatatgtccaa |
39983258 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 40416770 - 40416147
Alignment:
| Q |
18 |
agttaatttgttctaactatgaggggtatgtatgccacatacatgcttacatgccaattggttctatttaggatggatcaaacgcgatgctcgttagatg |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40416770 |
agttaatttgttctaactaggaggggtatgtatgccacatacatccttacatgccaattggttctatttaggatggatcaaacgcgatgctcgttagatg |
40416671 |
T |
|
| Q |
118 |
agacttg-----cgccagtttagatacatgcagactatctctctcgatcgtggcatctaattgtatccattctatagtaaacttggagcatgctagctca |
212 |
Q |
| |
|
| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40416670 |
gtatgttatcctccccagtttagatacatgcagactatctctctcgatcgtggcatctaattgtatccattctatagtaaacttggagcatgctagctca |
40416571 |
T |
|
| Q |
213 |
atatttagattatattcctagccatccatgagacacattatttggatatatgtgatggtatttctagatataacatccttacacgaaggaaagttgtaga |
312 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40416570 |
atatttagattatattcctagccatccatgagacacattatttggatatatgtgatggtatttctagatataacatccttacacgaaggaaagttgtaga |
40416471 |
T |
|
| Q |
313 |
gggcaattgaagaagaagtggcccttgcagatgcagcgagagaagatcatagaggtctaccaacatacttgatcccacgatcgggcgtattagagacttg |
412 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40416470 |
gggcaattgaagaagaagtggcccttgcagatgcagcgagagaagatcatagaggtctaccaacatacttgatcccacgatcgggcgtattagagacttg |
40416371 |
T |
|
| Q |
413 |
gcatcttgtcgggttgtataggatgacactcatg---tttaagatgttac----------------gaagctactggccccttccagtacactagacact |
493 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
40416370 |
gcatcttgtcgggttgtataggatgacactcatgctgtttaagatgttacgaagtagatcctcaaggaagctactggccccttccagtac--tagacact |
40416273 |
T |
|
| Q |
494 |
ctagttctaagaaatttgtnnnnnnnt------------catggtgtacatggt-gagtctaatgaagaaagcatgtcatcttgcaagagttttactagc |
580 |
Q |
| |
|
||| |||||||||| || | | ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
40416272 |
ctaattctaagaaagttctaagaaattgaaaaaaaaaatcatggtgtacatggttgagtctaatgaaaaaagcatgtcatcttgcaagagttttaccagc |
40416173 |
T |
|
| Q |
581 |
ttggctcattcatgaacctttagtgt |
606 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||| |||||||| |
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|
| T |
40416172 |
ttagctcattcatgaacttttagtgt |
40416147 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 25 - 222
Target Start/End: Original strand, 39982325 - 39982527
Alignment:
| Q |
25 |
ttgttctaactatgaggggtatgtatgccacatacatgcttacatgccaattggttctatttaggatggatcaaacgcgatgctcgttagatgagactt- |
123 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |
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|
| T |
39982325 |
ttgttctaactaggaggggtatgtatgccacatacatccttacatgccaattggttctatttaggatggatcaaacgcgatgctcgttagatggtatgtt |
39982424 |
T |
|
| Q |
124 |
----gcgccagtttagatacatgcagactatctctctcgatcgtggcatctaattgtatccattctatagtaaacttggagcatgctagctcaatattta |
219 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
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|
| T |
39982425 |
atcctccccagtttagatacatgcaaactatctctctcgatcgaggaatccaattgtatccattctatagtaaacttggagcacgctagctcaatattta |
39982524 |
T |
|
| Q |
220 |
gat |
222 |
Q |
| |
|
||| |
|
|
| T |
39982525 |
gat |
39982527 |
T |
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