View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7950_low_6 (Length: 665)

Name: NF7950_low_6
Description: NF7950
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7950_low_6
NF7950_low_6
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (21-646)||(42067851-42068482)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 543; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 543; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 42068482 - 42067851
Alignment:
Q  21 agatgacccatatacaaaatgtattaagattttacgttaaaatattatgtttaaatcatttatatggttgcccttgattcaacgtggaacccgagctcc- 119  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42068482 agatgacccatatacaaaatatcttaagattttacgttaaaatattatgtttaactcatttatatgattgcccttgattcaacgtggaacccgagctcct 42068383  T
Q  120 --cttcatgagcaaacaaaaatacaacccacttgaggggtgatagaagatagagag--tagtattgattctgagtatagtttgccaattgaccaatcaac 215  Q
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42068382 cccttcatgatcaaacaaaaatacaacccacttgaggggtgatagaagatagagagggtagtattgattctgagtatagtttgccaattgaccaatcaac 42068283  T
Q  216 aacactatttacttcacgataaacatatgcttcacatagacctctcaaccacgatccaatcaatacttccatgtttgaaacatcctcaactaaggtatta 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42068282 aacactatttacttcacgataaacat--gcttcacatagacctctcaaccacgatccaatcaatacttccatgtttgaaacatcctcaactaaggtatta 42068185  T
Q  316 gatttgcagtgattttgagagaagtaaaaagaaagcccaattttatgcttaaaaaataattttattttgtaccgatgattatgaagaaaaattccatgat 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42068184 gatttgcagtgattttgagagaagtaaaaagaaagcccaattttatgcttaaaaaataattttattttgtaccgatgattatgaagaaaaattccatgat 42068085  T
Q  416 aaaccgcacctctgtggagtatgcaataatccatcaacaacaaaaatctaacacgtaacttcactaactaatttaaatgatgcaaaattataagtgtgtt 515  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42068084 aaaccgcacctctgtgcagtatgcaataatccatcaacaacaaaaatctaacacgtaacttcactaactaatttaaatgatgcaaaattataagtgtatt 42067985  T
Q  516 acaagtacaacacacaaccatatatt-ataaaaggaaattagaaaacccctcttcagaaaaaataaaatgaacacggaaatacatgggg--acctatagt 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||    
T  42067984 acaagtacaacacacaaccatatattaataaaaggaaattagaaaacccctcttcagaaaaaataaaatgaacacggaaatacatgggggaccctatagt 42067885  T
Q  613 ccgttttatttgtcaaaatgttactcatgcatgc 646  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42067884 ccgttttatttgtcaaaatgttacacatgcatgc 42067851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University