View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7951_low_2 (Length: 462)

Name: NF7951_low_2
Description: NF7951
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7951_low_2
NF7951_low_2
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (21-189)||(34725830-34725998)
chr3 (201-363)||(38247818-38247979)
chr3 (201-363)||(50989223-50989385)
chr3 (201-363)||(51092355-51092517)
chr3 (201-361)||(8496726-8496887)
chr3 (201-363)||(48034808-48034971)
chr3 (201-361)||(12224006-12224165)
chr3 (364-450)||(34725991-34726077)
chr3 (201-365)||(9271130-9271296)
chr3 (280-365)||(54713623-54713708)
chr3 (201-262)||(33288152-33288213)
chr3 (201-246)||(23004776-23004821)
chr3 (293-364)||(46135636-46135708)
chr3 (294-363)||(40725959-40726029)
chr3 (297-364)||(23004870-23004938)
[»] chr4 (25 HSPs)
chr4 (201-363)||(25164471-25164633)
chr4 (201-363)||(37605691-37605853)
chr4 (201-364)||(55281228-55281391)
chr4 (201-364)||(17044023-17044185)
chr4 (202-363)||(45995895-45996055)
chr4 (201-364)||(43749112-43749277)
chr4 (201-363)||(3287104-3287262)
chr4 (202-363)||(5817380-5817541)
chr4 (280-365)||(39631008-39631093)
chr4 (201-365)||(51579600-51579764)
chr4 (288-365)||(24059133-24059210)
chr4 (304-365)||(5208425-5208486)
chr4 (315-364)||(51293081-51293130)
chr4 (291-365)||(14149958-14150033)
chr4 (201-252)||(51579340-51579391)
chr4 (201-263)||(42179237-42179299)
chr4 (201-263)||(50498230-50498292)
chr4 (291-363)||(48525435-48525508)
chr4 (201-331)||(26719936-26720063)
chr4 (288-351)||(32525034-32525097)
chr4 (280-365)||(9118513-9118599)
chr4 (291-364)||(40947103-40947176)
chr4 (201-252)||(20107130-20107182)
chr4 (202-246)||(25784025-25784069)
chr4 (202-246)||(32290235-32290279)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (201-365)||(1994973-1995136)
chr1 (201-364)||(27325626-27325790)
chr1 (202-362)||(29637211-29637371)
chr1 (201-365)||(44797465-44797628)
chr1 (202-365)||(2402923-2403086)
chr1 (202-365)||(32267463-32267626)
chr1 (202-355)||(1673390-1673543)
chr1 (285-364)||(40030890-40030969)
chr1 (280-364)||(15066019-15066104)
chr1 (291-365)||(19989346-19989420)
chr1 (201-252)||(26040990-26041041)
chr1 (297-366)||(526906-526976)
chr1 (201-263)||(526999-527061)
chr1 (291-364)||(47571562-47571636)
chr1 (203-252)||(6487750-6487799)
chr1 (201-362)||(29731208-29731369)
chr1 (201-261)||(7178213-7178273)
chr1 (297-364)||(13276473-13276541)
chr1 (201-252)||(13276575-13276626)
chr1 (297-363)||(46845666-46845733)
chr1 (201-263)||(46845756-46845818)
chr1 (297-364)||(40314197-40314265)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (201-364)||(13988267-13988430)
chr5 (201-364)||(36890397-36890559)
chr5 (201-365)||(11247212-11247376)
chr5 (288-365)||(20151481-20151558)
chr5 (201-365)||(12248293-12248457)
chr5 (297-365)||(15285434-15285503)
chr5 (280-363)||(1447748-1447830)
chr5 (291-364)||(8076364-8076438)
chr5 (202-363)||(43100208-43100369)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (201-364)||(33496519-33496682)
chr7 (201-365)||(46576240-46576404)
chr7 (201-365)||(30922708-30922872)
chr7 (201-362)||(51958-52118)
chr7 (201-363)||(38754897-38755057)
chr7 (201-359)||(48460679-48460830)
chr7 (291-365)||(38349457-38349532)
chr7 (288-365)||(47480012-47480090)
chr7 (201-364)||(28713697-28713860)
chr7 (201-252)||(31741063-31741114)
chr7 (201-251)||(42974490-42974540)
chr7 (297-365)||(31741148-31741217)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (201-364)||(32599247-32599410)
chr2 (201-363)||(13696965-13697127)
chr2 (201-363)||(17823599-17823761)
chr2 (201-363)||(36272661-36272823)
chr2 (202-365)||(36709190-36709352)
chr2 (201-365)||(33555360-33555525)
chr2 (212-365)||(40095294-40095446)
chr2 (202-364)||(14242523-14242676)
chr2 (206-363)||(42061237-42061388)
chr2 (288-363)||(4434592-4434667)
chr2 (297-363)||(3121715-3121782)
chr2 (201-268)||(23860259-23860326)
chr2 (201-364)||(40216429-40216592)
chr2 (325-363)||(23860198-23860236)
chr2 (201-238)||(14945861-14945898)
chr2 (201-252)||(24475812-24475863)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (201-363)||(34792651-34792813)
chr6 (201-364)||(9045853-9046015)
chr6 (201-365)||(14313985-14314148)
chr6 (201-366)||(1244553-1244718)
chr6 (280-365)||(9521810-9521895)
chr6 (297-365)||(23916077-23916146)
chr6 (291-365)||(12748321-12748396)
chr6 (201-252)||(29429604-29429655)
chr6 (291-363)||(16718106-16718179)
chr6 (201-237)||(9521943-9521979)
chr6 (201-263)||(23915992-23916054)
chr6 (291-363)||(32720468-32720541)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (201-365)||(43065903-43066066)
chr8 (201-364)||(14342186-14342351)
chr8 (201-364)||(1993638-1993802)
chr8 (280-365)||(4076767-4076852)
chr8 (288-363)||(5749029-5749104)
chr8 (201-363)||(11904873-11905035)
chr8 (201-252)||(8368482-8368533)
chr8 (201-263)||(4077061-4077123)
chr8 (291-365)||(35200665-35200740)
chr8 (201-251)||(2599551-2599601)
chr8 (201-251)||(41075709-41075759)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (212-365)||(3054-3204)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (201-363)||(10232-10393)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 136; Significance: 9e-71; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 21 - 189
Target Start/End: Original strand, 34725830 - 34725998
Alignment:
Q  21 agtgcgtggatagtgtttctatctgtgcctgtagcaaaatagtgatggacccttgttcaataatgcatctttgtcatggaagctggtctatagttttaat 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34725830 agtgcgtggatagtgtttctatctgtgcctgtagcaaaatagtgatggacccttgttcaataatgcatctttgtcatggaagctggtctatagttttaat 34725929  T
Q  121 cnnnnnnncacggcgataccaacttaaatgcacgtcctttttaaagctatagtttgtagcgttgctaaa 189  Q
    |       ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34725930 ctttttttcacggtgataccaacttaaatgcacgtccttcataaagctatagtttgtagcgttgctaaa 34725998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 201 - 363
Target Start/End: Original strand, 38247818 - 38247979
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||        ||| ||||||||||||||||    
T  38247818 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtctctcac 38247917  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  38247918 acactctcacatagagtggtacaatgtgtgtatg-gaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 38247979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 201 - 363
Target Start/End: Original strand, 50989223 - 50989385
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |  | |       |||| ||||||||||||||||    
T  50989223 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccctaaacgcaaaaaaactcacatgtattgtctctcac 50989322  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  50989323 acactctcacatgaagtggtataatgtgtgtataaaaaaaaatgtgtacatgaaacattatcc 50989385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 201 - 363
Target Start/End: Original strand, 51092355 - 51092517
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |  | |       |||| ||||||||||||||||    
T  51092355 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccctaaacgcaaaaaaactcacatgtattgtctctcac 51092454  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  51092455 acactctcacatgaagtggtataatgtgtgtataaaaaaaaatgtgtacatgaaacattatcc 51092517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 201 - 361
Target Start/End: Original strand, 8496726 - 8496887
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctc-cacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctca 299  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||        ||||||||||||||||||||    
T  8496726 ccttaggtggcatgtaccacttgtccacccacatacaattttgacaagtgtctttgtggtcccccacacgcaaaaaaatactcatatgtattgtctctca 8496825  T
Q  300 cacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattat 361  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  8496826 catactctcacatggagtggtagaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtgcatgaaacattat 8496887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 201 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 48034971 - 48034808
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctcc-acgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctca 299  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || || |||       |||| |||||||||||||||    
T  48034971 ccttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcccccccacacacaaaaaaactcaaatgtattgtctctca 48034872  T
Q  300 cacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  48034871 cacactctcacatgaagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacataaaacattatcc 48034808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 201 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 12224165 - 12224006
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||       |||| ||||||||||||||||    
T  12224165 ccttaggtggcatgtaccatttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcccctcacacacaagaaaactcacatgtattgtctctcac 12224066  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattat 361  Q
    |||||||||| || ||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12224065 acactctcacctgaagtggtacaa-gtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattat 12224006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 364 - 450
Target Start/End: Original strand, 34725991 - 34726077
Alignment:
Q  364 ttgctaaaaccgctgtaatgatagtacattaggacgcgagaatttaagagacgtctgactttccaaacatacactaacttgcatatt 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34725991 ttgctaaaaccgctgtaatgatagtacattaggacgcgagaatttaagagacgtctgactttccaaacatacactaacttgcatatt 34726077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 201 - 365
Target Start/End: Original strand, 9271130 - 9271296
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnn--ctcatatgtattgtctctc 298  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||         |||| |||||||||| |||    
T  9271130 ccttagatggcatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtccctccacacacacaaaaaaactcacatgtattgtccctc 9271229  T
Q  299 acacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9271230 acacactcttacatgaagtggtacaatatatgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 9271296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 280 - 365
Target Start/End: Original strand, 54713623 - 54713708
Alignment:
Q  280 ctcatatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  54713623 ctcatatttattgtctctcacacactctcacatggggttatataatgtatgtgtggaaaaaagggtgtacatgaaatattatcctt 54713708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 201 - 262
Target Start/End: Original strand, 33288152 - 33288213
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtcc 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||  ||||||||    
T  33288152 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgatatgtgtctatgtggtcc 33288213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 201 - 246
Target Start/End: Original strand, 23004776 - 23004821
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgaca 246  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23004776 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgaca 23004821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 293 - 364
Target Start/End: Original strand, 46135636 - 46135708
Alignment:
Q  293 tctctcacacactctcacat-ggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||| | ||||   ||| ||||||||||||||||    
T  46135636 tctctcacacactctcacataggggtggtacaatgtgtgtatggagaaaatgatgttcatgaaacattatcct 46135708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 294 - 363
Target Start/End: Original strand, 40725959 - 40726029
Alignment:
Q  294 ctctcacacactctcacat-ggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    |||||||||| |||||||| |||||| || |  ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||    
T  40725959 ctctcacacattctcacataggagtgatacatagtgtgtatgaaaaaaaatgtgtccatgaaacattatcc 40726029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 297 - 364
Target Start/End: Original strand, 23004870 - 23004938
Alignment:
Q  297 tcacacactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |  ||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  23004870 tcacacactctcacatggaagtggtgcatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 23004938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 25)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 201 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 25164633 - 25164471
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||       |||| ||||||||||||||||    
T  25164633 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcctccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcac 25164534  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25164533 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 25164471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 201 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 37605853 - 37605691
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||        ||| |||||||||| |||||    
T  37605853 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtccctcac 37605754  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37605753 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 37605691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 201 - 364
Target Start/End: Original strand, 55281228 - 55281391
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||        ||| ||||||||||||||||    
T  55281228 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtctctcac 55281327  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  55281328 acattctcacatggagtggtacaatgtatgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 55281391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 201 - 364
Target Start/End: Original strand, 17044023 - 17044185
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||        ||  ||||||||||||||||    
T  17044023 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcc-ccacacacaaaaaaagtcccatgtattgtctctcac 17044121  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17044122 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 17044185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 202 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 45996055 - 45995895
Alignment:
Q  202 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcaca 301  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | |||| |||       |||| |||||||||||||||||    
T  45996055 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgttcttgtggtctc-ccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcaca 45995957  T
Q  302 cactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  45995956 cactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaaatgtgtacatgaaacattatcc 45995895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 201 - 364
Target Start/End: Original strand, 43749112 - 43749277
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctc--cacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctc 298  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |||       |||| || ||||||| |||    
T  43749112 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtccctccacacacacaaaaaagctcacatatattgtccctc 43749211  T
Q  299 acacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43749212 acacactcttacatggagtggtacaatatatgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 43749277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 201 - 363
Target Start/End: Original strand, 3287104 - 3287262
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| ||        |||    ||||| ||||||||    
T  3287104 ccttagatggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagagtccttgtggtctctccacaca-aaaaaaactc----gtattatctctcac 3287198  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtat-gcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3287199 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 3287262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 202 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 5817541 - 5817380
Alignment:
Q  202 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcaca 301  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||  ||| |||       ||||||| |||||||||  |||    
T  5817541 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacaccaaaaaactcatatttattgtctcctaca 5817442  T
Q  302 cactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    |||| | |||||| |||||| |||||||||||| | |||||  |||||||||||||||||||    
T  5817441 cacttttacatggggtggtacaatgtgtgtatggagaaaaggatgtacatgaaacattatcc 5817380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 280 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 39631093 - 39631008
Alignment:
Q  280 ctcatatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39631093 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatagagtggtacaatgtgtatatggaaaaaagtatgtacatgaaacattatcctt 39631008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 201 - 365
Target Start/End: Original strand, 51579600 - 51579764
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||  |||| | ||  |||  ||       |||| || |||||||||| ||    
T  51579600 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccaaatacaattgtgacatgtgtccatgtgattcccacacatacaaaaaaactcacatttattgtctcttac 51579699  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  51579700 acactctcacatggggtggtacaatgtgtgtatgaaagaaagtgtttacataaaacattatcctt 51579764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 288 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 24059210 - 24059133
Alignment:
Q  288 tattgtctctcacacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||    
T  24059210 tattgtctcttacacactcttacatggggtggtacaatgtgtgtatggaagaaagtgtgtacataaaacattatcctt 24059133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 304 - 365
Target Start/End: Original strand, 5208425 - 5208486
Alignment:
Q  304 ctctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5208425 ctctcacatggagtggtacaatatgtgtatgaaaaaaagtgtgtacataaaacattatcctt 5208486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 315 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 51293130 - 51293081
Alignment:
Q  315 agtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  51293130 agtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 51293081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 291 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 14150033 - 14149958
Alignment:
Q  291 tgtctctcacacactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||  | ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  14150033 tgtctctcaaacactttcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcctt 14149958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 252
Target Start/End: Original strand, 51579340 - 51579391
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtc 252  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  51579340 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtc 51579391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 42179299 - 42179237
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccc 263  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  42179299 ccttaggtggtatgtaccacttatacacccatgcacaattgtgacatgtgtccatgtggtccc 42179237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 263
Target Start/End: Original strand, 50498230 - 50498292
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccc 263  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  50498230 ccttaggtagtatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccc 50498292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 291 - 363
Target Start/End: Original strand, 48525435 - 48525508
Alignment:
Q  291 tgtctctcacacactctcacatgg-agtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |  |||| |||| |||||||||||||||    
T  48525435 tgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatcc 48525508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 201 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 26720063 - 26719936
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||||||||  ||||| | ||| ||||| ||||||||||  |||||||       |||| || |  ||||||||||    
T  26720063 ccttaggtggcgtgtaccacttctacacccacattcaattgtaacatgtgtctttgtggtccccacacgcacaaaa---ctcacattttgtgtctctcac 26719967  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgt 331  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||||||    
T  26719966 acactgtcacatggggtggtacaatgtgtgt 26719936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 288 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 32525097 - 32525034
Alignment:
Q  288 tattgtctctcacacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacat 351  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  32525097 tattatctctcacacactctcatatggggtgatacaatgtgtgtatggaaaaaaaggtgtacat 32525034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 280 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 9118599 - 9118513
Alignment:
Q  280 ctcatatgtattgtctctcacacactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | |||||| | ||| |||||| |  |||| |||| ||||||| |||||||||    
T  9118599 ctcatatttattgtctctcacgcactctcacatgaatgtggtacattgtatgtatggaggaaagggtgttcatgaaatattatcctt 9118513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 40947176 - 40947103
Alignment:
Q  291 tgtctctcacacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||| | | |||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  40947176 tgtctctcacacactctcatatgaaatggtacaatatttatatgaaaaaaagagtgtccataaaacattatcct 40947103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 201 - 252
Target Start/End: Original strand, 20107130 - 20107182
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtaca-cccacacacaattttgacaagtgtc 252  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||    
T  20107130 ccttaggtggcatgtaccacttgtacaccccgcacacaattgtgacatgtgtc 20107182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 25784069 - 25784025
Alignment:
Q  202 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgaca 246  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||    
T  25784069 cttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacataattgtgaca 25784025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 202 - 246
Target Start/End: Original strand, 32290235 - 32290279
Alignment:
Q  202 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgaca 246  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  32290235 cttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgaca 32290279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 201 - 365
Target Start/End: Original strand, 1994973 - 1995136
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||       |||| ||||||||||||||||    
T  1994973 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtctttgtggtcc-tccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcac 1995071  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1995072 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 1995136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 201 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 27325790 - 27325626
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||| |||        ||| ||||||||||||||||    
T  27325790 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtctctcac 27325691  T
Q  301 acactct-cacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27325690 acactcttcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 27325626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 202 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 29637371 - 29637211
Alignment:
Q  202 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcaca 301  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||       ||||||||||||||||||| ||    
T  29637371 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacacaaaaaaactcatatgtattgtctctctca 29637272  T
Q  302 cactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatc 362  Q
    |||||||| |||  |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29637271 cactctcatatgtggtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatc 29637211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 201 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 44797628 - 44797465
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||  |||       |||| ||||||||||||||||    
T  44797628 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggtccc-ccaaacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcac 44797530  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44797529 acactctcacatgaagtggtacaatgtgtgtatagaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 44797465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 202 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 2403086 - 2402923
Alignment:
Q  202 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcaca 301  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||| ||        |||| |||||||||||||| ||    
T  2403086 cttagatggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgaaaagtgttcttgtggtccccccacacaaaaaaaaactcacatgtattgtctctcgca 2402987  T
Q  302 cactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2402986 cactctcacatggaatggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 2402923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 202 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 32267626 - 32267463
Alignment:
Q  202 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcaca 301  Q
    |||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  ||       |||| |||||||| ||||||||    
T  32267626 cttaagtggcatgtacaatttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccttccacatacaaaaaaactcacatgtattggctctcaca 32267527  T
Q  302 cactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32267526 cactctcacatggagtagtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaatattatcctt 32267463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 202 - 355
Target Start/End: Original strand, 1673390 - 1673543
Alignment:
Q  202 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcaca 301  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || | ||  ||       |||||||||||||||||||| |    
T  1673390 cttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggttcccctacatacaaaaaaactcatatgtattgtctctcata 1673489  T
Q  302 cactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaa 355  Q
    |||||| ||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1673490 cactcttacatgaaatggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaa 1673543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 285 - 364
Target Start/End: Original strand, 40030890 - 40030969
Alignment:
Q  285 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40030890 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 40030969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 280 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 15066104 - 15066019
Alignment:
Q  280 ctcatatgtattgtctctcacacactctcacatg-gagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  15066104 ctcatatttattgtctctcacacactctcacatgagagtggtacattgtatgtatggaaaaaagagtgttcatgaaacattatcct 15066019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 365
Target Start/End: Original strand, 19989346 - 19989420
Alignment:
Q  291 tgtctctcacacactctcacatg-gagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  19989346 tgtctctcacacactctcacatgagagtggtacaatgtgtgtatg-agaaaagagtgtctatgaaacattatcctt 19989420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 252
Target Start/End: Original strand, 26040990 - 26041041
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtc 252  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  26040990 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtc 26041041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 297 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 526976 - 526906
Alignment:
Q  297 tcacacactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttg 366  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  526976 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatccttg 526906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 527061 - 526999
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccc 263  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  527061 ccttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccc 526999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 47571636 - 47571562
Alignment:
Q  291 tgtctctcacacactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |  |||| |||| ||||||||||||||||    
T  47571636 tgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatcct 47571562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 203 - 252
Target Start/End: Original strand, 6487750 - 6487799
Alignment:
Q  203 ttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtc 252  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  6487750 ttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattgtgacatgtgtc 6487799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 201 - 362
Target Start/End: Original strand, 29731208 - 29731369
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| || ||||||| ||||||||||| | |||| ||||| |||||  |||||||||| ||| |||        |||| | |  |||||||||     
T  29731208 ccttaggtggcatataccactagtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctacacacacaagaaat-tcatcttttgtgtctctcaa 29731306  T
Q  301 acactctcacatgg-agtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatc 362  Q
    |||||||||||||| |||| || |||||||||||  | ||||| |||| ||||||||||||||    
T  29731307 acactctcacatggaagtgatacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatc 29731369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 201 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 7178273 - 7178213
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtc 261  Q
    |||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||    
T  7178273 ccttaggtgacatgtaccatttgtacacccacatacaattgtgacaagtgtctatgtggtc 7178213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 297 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 13276541 - 13276473
Alignment:
Q  297 tcacacactctcacatgg-agtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  13276541 tcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 13276473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 201 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 13276626 - 13276575
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtc 252  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||    
T  13276626 ccttaggtggtatgtaccacttatacactcatacacaattatgacatgtgtc 13276575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 297 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 46845733 - 46845666
Alignment:
Q  297 tcacacactctcacatgg-agtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |   |||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  46845733 tcacacactctcacatgggagtggtacataatgtgtatgcagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 46845666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 46845818 - 46845756
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccc 263  Q
    |||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  46845818 ccttagatggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccc 46845756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 297 - 364
Target Start/End: Original strand, 40314197 - 40314265
Alignment:
Q  297 tcacacactctcacatgg-agtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||  || |||||| ||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  40314197 tcacacactctcatatgggagtggtatatagtatgtatggaaaaaatggtgttcatgaaacattatcct 40314265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 111; Significance: 7e-56; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 201 - 364
Target Start/End: Original strand, 13988267 - 13988430
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||        ||| ||||||||||||||||    
T  13988267 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtctctcac 13988366  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13988367 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 13988430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 201 - 364
Target Start/End: Original strand, 36890397 - 36890559
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||       |||| |||||||||||||||     
T  36890397 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccc-ccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcat 36890495  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36890496 acactctcacatcgagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 36890559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 201 - 365
Target Start/End: Original strand, 11247212 - 11247376
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||| ||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| | || |||       |||| ||||||||||||||||    
T  11247212 ccttagatggcatatactacttgtacatccacacacaattttgacaaatgtctttgtgatccccctacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcac 11247311  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11247312 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 11247376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 288 - 365
Target Start/End: Original strand, 20151481 - 20151558
Alignment:
Q  288 tattgtctctcacacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  20151481 tattgtctctcacacactctcacatggggtggtataatgtatgtatggaaaaaaaggtgtacatgaaatattatcctt 20151558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 201 - 365
Target Start/End: Original strand, 12248293 - 12248457
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| ||||| | |||| ||||| |||||  |||||||||| |||||||       ||||| | |  |||||||||     
T  12248293 ccttaggtggcatataccacttgtacatccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctacacgcacaagaaa-ctcatcttttgtgtctctcaa 12248391  T
Q  301 acactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||  | ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  12248392 acactatcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcctt 12248457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 297 - 365
Target Start/End: Original strand, 15285434 - 15285503
Alignment:
Q  297 tcacacactctcacatgg-agtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  15285434 tcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgcagaaaagggtgttcatgaaacattatcctt 15285503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 280 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 1447830 - 1447748
Alignment:
Q  280 ctcatatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||| |  ||||| || ||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||    
T  1447830 ctcatatttattgtctctcatacactctcacattggatggtacaacgtgtgtatagaaaaaag-gtgttcatgaaacattatcc 1447748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 364
Target Start/End: Original strand, 8076364 - 8076438
Alignment:
Q  291 tgtctctcacacactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||  | ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  8076364 tgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtatgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 8076438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 202 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 43100369 - 43100208
Alignment:
Q  202 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcaca 301  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||  ||||||| || ||| |||        |||| | |  ||||||||| |    
T  43100369 cttaggtggtatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtctctacacacacaagaaat-tcatcttttgtgtctctcaaa 43100271  T
Q  302 cactctcacatg-gagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    |||| |||||||  ||||||| |||||||||||  | ||||| |||| |||||||||||||||    
T  43100270 cactatcacatgaaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 43100208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 201 - 364
Target Start/End: Original strand, 33496519 - 33496682
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||       |||||||||||||||||||||    
T  33496519 ccttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatataattttgacaagtgtctttgtgatccccccacacacaaaaaaactcatatgtattgtctctcac 33496618  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33496619 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 33496682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 201 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 46576404 - 46576240
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||| |||        ||| ||||||||||||||||    
T  46576404 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttaacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtctctcac 46576305  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46576304 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 46576240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 201 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 30922872 - 30922708
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||| |||| ||||| |||| |||       |||| ||||||||||||||||    
T  30922872 ccttaggtggtatgtaccacatgtacattcacacataattttgacaagtgtccttgtagtccccccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcac 30922773  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30922772 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtatgtacatgaaacattatcctt 30922708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 201 - 362
Target Start/End: Original strand, 51958 - 52118
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||| | | | |||||||| |||||| || ||||||||| ||||| ||        |||||||||||| |||||| |    
T  51958 ccttaggtggtatgtactatttgtacatctatatacaattttaacaagtatccttgtggtccttccacaca-aaaaaaactcatatgtattatctctctc 52056  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatc 362  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  52057 acactctcatatgtagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatc 52118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 201 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 38755057 - 38754897
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||| |||||  |||| ||||  ||| |||       |||| || |||||||||||||    
T  38755057 ccttaggtggcatgtaccacttgaacacccatacataattatgacatgtgtccatgtgatccc--cacacacaaaaaaactcacatttattgtctctcac 38754960  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||| |||||||    
T  38754959 acactctcacatggggtggtataatgtatgtatggaaaaaaaggtgtacatgaaatattatcc 38754897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 201 - 359
Target Start/End: Original strand, 48460679 - 48460830
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| || || |||| ||||  ||       |||    ||||||||||||||    
T  48460679 ccttaggtggcatgtaccatttgtacatccacatacaattttgacaagtgtccttatgatccc-ccac--acaataaaactc----gtattgtctctcac 48460771  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacatt 359  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| |||||||    
T  48460772 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtgtggaaaaaagtgtgtacataaaacatt 48460830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 291 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 38349532 - 38349457
Alignment:
Q  291 tgtctctcacacactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |  |||| |||| |||||||||||||||||    
T  38349532 tgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatcctt 38349457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 47480090 - 47480012
Alignment:
Q  288 tattgtctctcacacactctcacat-ggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||| || ||||||| ||||| ||| ||| |||||    
T  47480090 tattgtctcttacacactctcacatgggggtggtacaatgtgtgtatggaagaaagtgtatacattaaagattgtcctt 47480012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 201 - 364
Target Start/End: Original strand, 28713697 - 28713860
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||  |||| ||||| ||| ||        ||||| | |  |||||||||     
T  28713697 ccttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtgttccctacacaca-taagaaactcatcttttgtgtctctcaa 28713795  T
Q  301 acactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||||||||| | |||||| ||| |||||||  | ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  28713796 acactctcacatgaaagtggtacaatatgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcct 28713860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 201 - 252
Target Start/End: Original strand, 31741063 - 31741114
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtc 252  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  31741063 ccttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtc 31741114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 42974540 - 42974490
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgt 251  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  42974540 ccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattgtgacatgtgt 42974490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 297 - 365
Target Start/End: Original strand, 31741148 - 31741217
Alignment:
Q  297 tcacacactctcacatgg-agtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||  |||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  31741148 tcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatagaaaaaaggatgttcatgaaacattatcctt 31741217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 201 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 32599410 - 32599247
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||       |||| ||||||||||| ||||    
T  32599410 ccttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacataattttgacaagtgtccttgtggtccctccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctgtcac 32599311  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32599310 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 32599247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 201 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 13697127 - 13696965
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||        ||| ||||||||||||||||    
T  13697127 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtctctcac 13697028  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13697027 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 13696965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 201 - 363
Target Start/End: Original strand, 17823599 - 17823761
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||       |||| ||||||||||||||||    
T  17823599 ccttagatggtatgtatcacttgtacacccacatacaattttgataagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcac 17823698  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17823699 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 17823761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 201 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 36272823 - 36272661
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||       |||| ||||||||||| ||||    
T  36272823 ccttaggtggcatgtaccacttatacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccacacacacaaaaaaactcacatgtattgtctttcac 36272724  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36272723 acactctcacatggagtggtacaatgtgtatatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 36272661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 202 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 36709352 - 36709190
Alignment:
Q  202 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcaca 301  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||       |||| ||||||||||| |||||    
T  36709352 cttaggtggtatgtaccacttatacacccacacacaattttgacaaatgtcattgtggtccccccacacac-aaaaaactcacatgtattgtctgtcaca 36709254  T
Q  302 cactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    || ||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36709253 cattctcatatggagtggtacaatgtttgtatggaaaaaaatgtgtacatgaaacattatcctt 36709190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 201 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 33555525 - 33555360
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnn-ctcatatgtattgtctctca 299  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||         |||| ||||||||||| |||    
T  33555525 ccttaagtggcatgtaccacttgtacacttacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccccccacacaaaaaaaaaactcacatgtattgtctgtca 33555426  T
Q  300 cacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33555425 cacattctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 33555360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 212 - 365
Target Start/End: Original strand, 40095294 - 40095446
Alignment:
Q  212 atgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcacacactctcaca 311  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||       || | |||||||||||||||||||||||| ||    
T  40095294 atgtaccacttgtacatccacatacaattttgacaagtgtcattgtggtccccccacacacaaaaaaacttacatgtattgtctctcacacactctcgca 40095393  T
Q  312 tggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    | |||||||| | ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40095394 tagagtggtacagtgtatgtatggaaaaaa-tgtgtacatgaaacattatcctt 40095446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 202 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 14242676 - 14242523
Alignment:
Q  202 cttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcaca 301  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |         | |||| |||       |||| |||||||| |||||| |    
T  14242676 cttaggtggtatgtaccacctgtacacccacacacaattttgacaagtgtta---------ccccacacacaaaaaagctcacatgtattgcctctcaga 14242586  T
Q  302 cactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14242585 cactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 14242523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 206 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 42061388 - 42061237
Alignment:
Q  206 ggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcac-nnnnnnnctcatatgtattg--tctctcacac 302  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||        |||| ||||||||  ||||||||||    
T  42061388 ggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacacaaaaaactcacatgtattgtctctctcacac 42061289  T
Q  303 actctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||| ||||||||         ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42061288 actctcatatggagtg---------gtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 42061237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 288 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 4434667 - 4434592
Alignment:
Q  288 tattgtctctcacacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||    
T  4434667 tattgtctctcacacattctcacatgaggtggtacaatgtgtgtatggaaaaaatagtgttcatgaaacattatcc 4434592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 297 - 363
Target Start/End: Original strand, 3121715 - 3121782
Alignment:
Q  297 tcacacactctcacatgg-agtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  3121715 tcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgcagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 3121782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 23860326 - 23860259
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccac 268  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||  ||||| |||| ||||    
T  23860326 ccttaggtggcatgtaccacttgtatactcacacactattttgacaagtgttcttgtgatccccccac 23860259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 364
Target Start/End: Original strand, 40216429 - 40216592
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||| || ||| ||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||  |||||||||| ||| ||        ||||| | |  |||||||||     
T  40216429 ccttagatgatatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctacacaca-taagaaactcatcttttatgtctctcaa 40216527  T
Q  301 acactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |  |||| |||| ||||||||||||||||    
T  40216528 acactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatcct 40216592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 23860236 - 23860198
Alignment:
Q  325 tgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23860236 tgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 23860198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 201 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 14945898 - 14945861
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaa 238  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14945898 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaa 14945861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 201 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 24475863 - 24475812
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtc 252  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  24475863 ccttaggtggtatgtatcacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtc 24475812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 106; Significance: 7e-53; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 201 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 34792813 - 34792651
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||| || |||       |||| ||||||||||||||||    
T  34792813 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatataattttgacaagtgtccttgtggtctctctacacacacaaaaactcacatgtattgtctctcac 34792714  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34792713 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 34792651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 201 - 364
Target Start/End: Original strand, 9045853 - 9046015
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||       || | ||||||||||||||||    
T  9045853 ccttaggtggcatgtatcacttgtacacccacacacaattttgacaagtgttcttgtggtcc-tccacacacacaaaaacttacatgtattgtctctcac 9045951  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9045952 acactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 9046015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 201 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 14314148 - 14313985
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||        ||| ||||||||||||||||    
T  14314148 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagtcacatgtattgtctctcac 14314049  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14314048 acactctcacataaagtggtacaatgtgtgtatg-gaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 14313985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 201 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 1244718 - 1244553
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||| |||       |||| ||||||||||||||      
T  1244718 ccttaagtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattttggcaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcga 1244619  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatccttg 366  Q
    ||||||||| ||| ||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1244618 acactctcatatgaagtagtacaatgtgtgtatgaaaaaaaatgtgtacatgaaacattatccttg 1244553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 280 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 9521895 - 9521810
Alignment:
Q  280 ctcatatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||| |||||||||  ||||||| | ||||||  ||||| |||||||||||| | |||||  |||||||||||||||||||||    
T  9521895 ctcatatttattgtctcctacacacttttacatgggatggtacaatgtgtgtatggagaaaaggatgtacatgaaacattatcctt 9521810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 297 - 365
Target Start/End: Original strand, 23916077 - 23916146
Alignment:
Q  297 tcacacactctcacatgg-agtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  23916077 tcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatgcagaaaagggtgttcatgaaacattatcctt 23916146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 291 - 365
Target Start/End: Original strand, 12748321 - 12748396
Alignment:
Q  291 tgtctctcacacactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||  | ||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  12748321 tgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtataaagaaaagggtgtttatgaaacattatcctt 12748396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 252
Target Start/End: Original strand, 29429604 - 29429655
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtc 252  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  29429604 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtc 29429655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 291 - 363
Target Start/End: Original strand, 16718106 - 16718179
Alignment:
Q  291 tgtctctcacacactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||  | ||||| |||| |||||||||||||||    
T  16718106 tgtctctcaaacactatcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 16718179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 201 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 9521979 - 9521943
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacaca 237  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9521979 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacaca 9521943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 263
Target Start/End: Original strand, 23915992 - 23916054
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccc 263  Q
    |||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  23915992 ccttagatggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccc 23916054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 363
Target Start/End: Original strand, 32720468 - 32720541
Alignment:
Q  291 tgtctctcacacactctcacat-ggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||| || ||||||||    
T  32720468 tgtctctcacatactttcaaataggagtggtataatgtgtgtatggaaaaaaaggtgtccataaagcattatcc 32720541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 201 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 43066066 - 43065903
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||       |||| ||||||||||||||||    
T  43066066 ccttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccc-ccacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcac 43065968  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  43065967 acactctcacatggaatggtacaatgtatgtatggaaaaaaatgtgtacataaaacattatcctt 43065903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 201 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 14342351 - 14342186
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaatttt-gacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnct-catatgtattgtctctc 298  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||  |||        | || ||||||||||||||    
T  14342351 ccttaggtggcatgtaccacttatacacccacacacaatttttgacaagtgtccttgtggtccccccatacacaaaaaaaattcacatgtattgtctctc 14342252  T
Q  299 acacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14342251 acacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 14342186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 201 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 1993802 - 1993638
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnn-ctcatatgtattgtctctca 299  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| ||         |||| |||||||||||||||    
T  1993802 ccttaggtggcatgtatcacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtctccccacacataaaaaaaactcacatgtattgtctctca 1993703  T
Q  300 cacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcct 364  Q
     ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1993702 tacactctcacatgaaatggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacacgaaacattatcct 1993638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 280 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 4076852 - 4076767
Alignment:
Q  280 ctcatatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4076852 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatagagtggtacaatatgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 4076767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 288 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 5749104 - 5749029
Alignment:
Q  288 tattgtctctcacacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||   ||||||||||| |||||||    
T  5749104 tattgtctctcacacactctcacatggggtggtataatgtatgtatgaaaaaaaagatgtacatgaaatattatcc 5749029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 201 - 363
Target Start/End: Original strand, 11904873 - 11905035
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||  |||||||||| | | |||       ||||| | |  |||||||||     
T  11904873 ccttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctactcacacaagaaa-ctcatcttttgtgtctctcaa 11904971  T
Q  301 acactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||  | ||||| |||| |||||||||||||||    
T  11904972 acactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacattatcc 11905035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 8368533 - 8368482
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtc 252  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  8368533 ccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgacatgtgtc 8368482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 201 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 4077123 - 4077061
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccc 263  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||    
T  4077123 ccttaggtggcatgtaccacttgtatacccacacacaactttgataagtgttcttgtggtccc 4077061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 291 - 365
Target Start/End: Original strand, 35200665 - 35200740
Alignment:
Q  291 tgtctctcacacactctcacatgga-gtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||  | ||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  35200665 tgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatcaaacattatcctt 35200740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 251
Target Start/End: Original strand, 2599551 - 2599601
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgt 251  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  2599551 ccttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgt 2599601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 201 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 41075759 - 41075709
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgt 251  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  41075759 ccttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgt 41075709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 79; Significance: 9e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 212 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 3204 - 3054
Alignment:
Q  212 atgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcacacactctcaca 311  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||    |||        ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3204 atgtaccatttgtacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtagtccctca---cacaaaaaaattcatatgtattgtctctcatacactctcaca 3108  T
Q  312 tggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcctt 365  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3107 tggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacattatcctt 3054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 201 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 10393 - 10232
Alignment:
Q  201 ccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccctccacgcacnnnnnnnctcatatgtattgtctctcac 300  Q
    |||||||||  |||||| ||||||| |  |||| | |||||||||||||||| |||||||||   ||| |||       |||| ||||||||||||||||    
T  10393 ccttaggtgacatgtactacttgtatattcacatataattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacaaaaaaactcacatgtattgtctctcac 10294  T
Q  301 acactctcacatggagtggtataatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacattatcc 363  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||    
T  10293 atactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatg-gaaaaagtgcgtacatgaaacattatcc 10232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University