View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7955_low_1 (Length: 273)

Name: NF7955_low_1
Description: NF7955
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7955_low_1
NF7955_low_1
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (48-265)||(5165273-5165491)
chr6 (48-264)||(25942203-25942420)
chr6 (48-264)||(17694281-17694498)
chr6 (48-264)||(13879273-13879490)
chr6 (111-264)||(22351348-22351501)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (48-263)||(47882318-47882534)
chr3 (48-264)||(22625409-22625626)
chr3 (48-264)||(10612207-10612424)
chr3 (48-264)||(10897539-10897756)
chr3 (48-264)||(29913385-29913602)
chr3 (48-260)||(54189048-54189261)
chr3 (60-264)||(16458000-16458205)
chr3 (48-264)||(6303845-6304062)
chr3 (48-264)||(10205121-10205338)
chr3 (48-264)||(10098225-10098442)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (48-264)||(33033175-33033391)
chr8 (57-264)||(21034402-21034610)
chr8 (58-264)||(28891298-28891505)
chr8 (48-264)||(16756690-16756907)
chr8 (48-264)||(28328442-28328659)
chr8 (48-261)||(15945189-15945409)
chr8 (48-147)||(4819669-4819769)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (48-264)||(44016095-44016312)
chr7 (48-264)||(25351886-25352103)
chr7 (48-264)||(7070329-7070546)
chr7 (48-264)||(25405948-25406165)
chr7 (48-264)||(3324217-3324434)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (48-264)||(20054190-20054407)
chr2 (48-264)||(22716663-22716880)
chr2 (48-265)||(28456933-28457151)
chr2 (48-264)||(2736739-2736956)
chr2 (48-264)||(39680580-39680797)
chr2 (56-220)||(10941948-10942113)
chr2 (56-220)||(10947817-10947982)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (57-264)||(4558842-4559050)
chr4 (60-264)||(15312852-15313057)
chr4 (58-265)||(16633023-16633231)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (48-264)||(16859-17076)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (57-264)||(9522259-9522467)
chr1 (48-264)||(2400654-2400871)
chr1 (48-265)||(14997570-14997786)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (48-265)||(31781890-31782109)
chr5 (48-265)||(10627892-10628110)
chr5 (48-264)||(25446021-25446238)
chr5 (118-261)||(28786936-28787079)
chr5 (57-118)||(28788402-28788464)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (183-264)||(16601-16682)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 48 - 265
Target Start/End: Original strand, 5165273 - 5165491
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    |||||||  |||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  5165273 ttgaatttcgtcaattgatccattataggttttgattccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcggacattgtctatgtgccaaggacttggtca 5165372  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  5165373 tgtacaatgaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgaaaccttatccccaagacaaagaatgatagcactgac 5165472  T
Q  247 cgctttatcattcatctca 265  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5165473 cgctttatcattcatctca 5165491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 25942420 - 25942203
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  25942420 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaagacttggtca 25942321  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  25942320 tgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 25942221  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||||||||||||||||||    
T  25942220 cgctttatcattcatctc 25942203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Original strand, 17694281 - 17694498
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||| |    
T  17694281 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcgataaaagtagagttgttgtttcagacattttctatgtgccaaagacttggtta 17694380  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  17694381 tgtataattaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 17694480  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||||||||||||||||||    
T  17694481 cgctttatcattcatctc 17694498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 13879490 - 13879273
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacctt-cggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | || ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||    
T  13879490 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttggtca 13879391  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  13879390 tgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 13879291  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  13879290 cgccttatcattcatctc 13879273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 111 - 264
Target Start/End: Original strand, 22351348 - 22351501
Alignment:
Q  111 gtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtcatgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcga 210  Q
    ||||| ||||||| |||||||| ||  | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||| |    
T  22351348 gtttccgacattgactatgtgccaaagatttggtcatgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaa 22351447  T
Q  211 caccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaacgctttatcattcatctc 264  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22351448 caccttatccccaagacatagaatgatagcactgatcgctttatcattcatctc 22351501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 48 - 263
Target Start/End: Original strand, 47882318 - 47882534
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47882318 ttgaactccgtctgttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaaggacttggtca 47882417  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||     
T  47882418 tgtacaatgaatcaagtttatttcacatagacacaacagtagtctcccttgctacctctctcaacaccttatccccaagacacaaaatgatagcactgac 47882517  T
Q  247 cgctttatcattcatct 263  Q
    |||||||||||||||||    
T  47882518 cgctttatcattcatct 47882534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Original strand, 22625409 - 22625626
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||    
T  22625409 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttggtca 22625508  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||  || ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  22625509 tgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctatcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 22625608  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||||||||||||||||||    
T  22625609 cgctttatcattcatctc 22625626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Original strand, 10612207 - 10612424
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| || | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  10612207 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatttgataaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaagacttggtca 10612306  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |  ||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||     
T  10612307 tgtataatgaatcaagtttattccacatagacacaacaatagtctcccttgatacttttctcaacaccttatccccaaaacacagaatgatagcgctgac 10612406  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||||||||||||||||||    
T  10612407 cgctttatcattcatctc 10612424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 10897756 - 10897539
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||  |||||||||    
T  10897756 ttgaactccgtcagttgctcgattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgcctatgggccaaagacttggtca 10897657  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  10897656 tgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 10897557  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||||||||||||||||||    
T  10897556 cgctttatcattcatctc 10897539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Original strand, 29913385 - 29913602
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  29913385 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaagacttggtca 29913484  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |     
T  29913485 tgtataatgaatcaagtttattcctcatagacacagcagtagactcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctaac 29913584  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  29913585 cgccttatcattcatctc 29913602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 48 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 54189261 - 54189048
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  54189261 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaagacttggtca 54189162  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||     
T  54189161 tgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtttcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacataatgatagcgctgac 54189062  T
Q  247 cgctttatcattca 260  Q
    ||| ||||||||||    
T  54189061 cgccttatcattca 54189048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 60 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 16458205 - 16458000
Alignment:
Q  60 agttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtcatgtacaataaat 158  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| ||| |||    
T  16458205 agttgctccattataggttttgactccaccatttggtaaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttggtcatgtataatgaat 16458106  T
Q  159 caagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaacgctttatcatt 258  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  16458105 caagcttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgaccgccttatcatt 16458006  T
Q  259 catctc 264  Q
    ||||||    
T  16458005 catctc 16458000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 6304062 - 6303845
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacctt-cggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | || ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||    
T  6304062 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttggtca 6303963  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||     
T  6303962 tgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgttgac 6303863  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  6303862 cgccttatcattcatctc 6303845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Original strand, 10205121 - 10205338
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacctt-cggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||    
T  10205121 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacggtaaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttggtca 10205220  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| | | |||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  10205221 tgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcccctcttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 10205320  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  10205321 cgccttatcattcatctc 10205338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Original strand, 10098225 - 10098442
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacctt-cggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||    
T  10098225 ttgaactccgtcaattgctccattataggttttgactccaccatacggtaaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttggtca 10098324  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||     
T  10098325 tgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagccccccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacaaaatgatagcgctgac 10098424  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  10098425 cgccttatcattcatctc 10098442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 134; Significance: 8e-70; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 33033391 - 33033175
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  33033391 ttgaactccgtcagttgctccattataagtttcgactccaccattcggtaaaagta-agttgttgcttcagacattgtctatgtgccaaggacttggtca 33033293  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||     
T  33033292 tgtacaatgaatcaagtttattccacatagacacagtagtagtctcccttgctacctctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcactgac 33033193  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||||||||||||||||||    
T  33033192 cgctttatcattcatctc 33033175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 57 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 21034610 - 21034402
Alignment:
Q  57 gtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtcatgtacaata 155  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||     
T  21034610 gtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagtcattgtctatgtgccaaagacttggtcatgtataatg 21034511  T
Q  156 aatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaacgctttatc 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||  ||||||||||| |||| || | |||||||||||||| |||||||||    
T  21034510 aatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctcttaacaccttatccccaagccacaaaatgatagcactgaccgctttatc 21034411  T
Q  256 attcatctc 264  Q
    |||||||||    
T  21034410 attcatctc 21034402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 58 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 28891505 - 28891298
Alignment:
Q  58 tcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtcatgtacaataa 156  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||| |    
T  28891505 tcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaagacttggtcatgtataatga 28891406  T
Q  157 atcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaacgctttatca 256  Q
    |||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  28891405 atcaagcttattccacatagacacagcattagcctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgaccgccttatca 28891306  T
Q  257 ttcatctc 264  Q
    ||||||||    
T  28891305 ttcatctc 28891298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Original strand, 16756690 - 16756907
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacctt-cggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | || ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||    
T  16756690 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttggtca 16756789  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  16756790 tgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 16756889  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  16756890 cgccttatcattcatctc 16756907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 28328659 - 28328442
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacctt-cggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | || ||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||  |||||||||    
T  28328659 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcaggcactgtctatgtgccaaagacttggtca 28328560  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  28328559 tgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 28328460  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  28328459 cgccttatcattcatctc 28328442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 48 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 15945409 - 15945189
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgatt---ccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttgg 143  Q
    ||||| || ||||||| |||||||||| ||||||| |   ||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  15945409 ttgaactccgtcagtttctccattataggttttgagtacgccaccattcagtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaggacttgg 15945310  T
Q  144 tcatgtacaataaatcaagtttattccacatagacac---aacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagc 240  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||   |  |||||||||||||| |||||| | | || |||||||  ||||||| | |||||| ||    
T  15945309 tcatgtacgatgaatcatgtttattccacatagacacagtagtagtagtctcccttgatacctctcccaactccttatctccaagacacaaaatgatggc 15945210  T
Q  241 actgaacgctttatcattcat 261  Q
    ||||| | |||||||||||||    
T  15945209 actgaccactttatcattcat 15945189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 147
Target Start/End: Original strand, 4819669 - 4819769
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacctt-cggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||| ||||||| |||||| | || ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||    
T  4819669 ttgaactccgtcatttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttggtca 4819768  T
Q  147 t 147  Q
    |    
T  4819769 t 4819769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 134; Significance: 8e-70; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Original strand, 44016095 - 44016312
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  44016095 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccactattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaggacttggtca 44016194  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||| |||||||||| |||||     
T  44016195 tgtacaatgaatcaagtttattccacatagacacaacaatagtttcccttgctacctctctcaacaccttatcccaaagacatagaatgatagaactgac 44016294  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||||||||||||||||||    
T  44016295 cgctttatcattcatctc 44016312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 25352103 - 25351886
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  25352103 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaagacttggtca 25352004  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  25352003 tgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 25351904  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||||||||||||||||||    
T  25351903 cgctttatcattcatctc 25351886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 7070546 - 7070329
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacctt-cggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | || ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||    
T  7070546 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagacattgcctatgtgccaaagacttggtca 7070447  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  7070446 tgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 7070347  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  7070346 cgccttatcattcatctc 7070329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 25406165 - 25405948
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacctt-cggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | || ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||    
T  25406165 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttggtca 25406066  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  25406065 tgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 25405966  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  25405965 cgccttatcattcatctc 25405948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Original strand, 3324217 - 3324434
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacctt-cggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | || ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||    
T  3324217 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttggtca 3324316  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||  ||| || ||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  3324317 tgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctccctttatacttctctcaacaccttgtccccaagacacagaatgatagcgctgac 3324416  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  3324417 cgccttatcattcatctc 3324434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 134; Significance: 8e-70; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Original strand, 20054190 - 20054407
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  20054190 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaagacttggtca 20054289  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  20054290 tgtataatgaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 20054389  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||||||||||||||||||    
T  20054390 cgctttatcattcatctc 20054407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Original strand, 22716663 - 22716880
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  22716663 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaagacttggtca 22716762  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  22716763 tgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 22716862  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||||||||||||||||||    
T  22716863 cgctttatcattcatctc 22716880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 48 - 265
Target Start/End: Original strand, 28456933 - 28457151
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||  ||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  28456933 ttgaactccgtcagttattccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagaattgttgtttcagacattgtctatgtgacaaggacttggtca 28457032  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || |||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||     
T  28457033 tgtacaatgaatcaagtttattccacatagaaacaacagtagtctctcatgttacctctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatggcactgat 28457132  T
Q  247 cgctttatcattcatctca 265  Q
    |||||||||||||||||||    
T  28457133 cgctttatcattcatctca 28457151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 2736956 - 2736739
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacctt-cggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | || ||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||  |||||||||    
T  2736956 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcagaaattgcctatgtgccaaagacttggtca 2736857  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||  || ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  2736856 tgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctttcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 2736757  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  2736756 cgccttatcattcatctc 2736739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 39680797 - 39680580
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacctt-cggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | || ||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||  |||||||||    
T  39680797 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatacgataaaagtagagttgttgtttcaggcactgtctatgtgccaaagacttggtca 39680698  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| || ||| |||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||     
T  39680697 tgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttatccctaagacacagaatgatagcgctgac 39680598  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
     || ||||||||||||||    
T  39680597 tgccttatcattcatctc 39680580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 56 - 220
Target Start/End: Original strand, 10941948 - 10942113
Alignment:
Q  56 tgtcagttgctccattatatgttttgattccaccttcg-gtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtcatgtacaat 154  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||  |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||| ||||| ||||||    
T  10941948 tgtcagttgctccattatatattttgactccaccatccagtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctacgtgccaaagactttgtcatatacaat 10942047  T
Q  155 aaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcc 220  Q
     |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  10942048 gaatctagtttattccatatagacacatcagtagtctcccttgctacctttctcaacaccttatcc 10942113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 56 - 220
Target Start/End: Original strand, 10947817 - 10947982
Alignment:
Q  56 tgtcagttgctccattatatgttttgattccaccttcg-gtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtcatgtacaat 154  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||  |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||| ||||| ||||||    
T  10947817 tgtcagttgctccattatatattttgactccaccatccagtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctacgtgccaaagactttgtcatatacaat 10947916  T
Q  155 aaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcc 220  Q
     |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  10947917 gaatctagtttattccatatagacacatcagtagtctcccttgctacctttctcaacaccttatcc 10947982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 57 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 4559050 - 4558842
Alignment:
Q  57 gtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtcatgtacaata 155  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||     
T  4559050 gtcagttgctccattataggttttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtaccaagtacttggtcatgtacaatg 4558951  T
Q  156 aatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaacgctttatc 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | | |||||||    
T  4558950 aatcaagtttattccacatagacacaacaatagtctcccttcctacctctctccacaccttatccccaagacacagaatgatagcactaacctctttatc 4558851  T
Q  256 attcatctc 264  Q
    |||||||||    
T  4558850 attcatctc 4558842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 60 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 15313057 - 15312852
Alignment:
Q  60 agttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtcatgtacaataaat 158  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| | |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||    
T  15313057 agttgctccattataggttttgactccatcattcgataaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaagacttggtcatgtataataaat 15312958  T
Q  159 caagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaacgctttatcatt 258  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||| ||| ||||||  ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  15312957 caagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacatcttatctccaagacacagaatgatagcgctgaccgctttatcatt 15312858  T
Q  259 catctc 264  Q
    ||||||    
T  15312857 catctc 15312852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 58 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 16633231 - 16633023
Alignment:
Q  58 tcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtcatgtacaataa 156  Q
    |||||| ||||||| |  ||||||| |||||| |||||||  |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| |    
T  16633231 tcagttactccattgtgggttttgactccaccattcggtataagtagagttgttgtttcaaacattgtgtatgtgccaaggacttggtcatgtacaatga 16633132  T
Q  157 atcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaacgctttatca 256  Q
    ||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  16633131 atcaattttatttcacatagacacatcagtagtctcccttgctgcctctctcaacaccttatccccaatacacagaatgatggcactgaccgcttcatca 16633032  T
Q  257 ttcatctca 265  Q
    |||||||||    
T  16633031 ttcatctca 16633023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 17076 - 16859
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||    
T  17076 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgattccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttggtca 16977  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||      
T  16976 tgtataatgaatcaagcttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttgtccccaagacacagaatgatagcactggc 16877  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||||||||||||||||||    
T  16876 cgctttatcattcatctc 16859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 57 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 9522467 - 9522259
Alignment:
Q  57 gtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtcatgtacaata 155  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| |||     
T  9522467 gtcagttgctccattataggttttgactccaccattcgataaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttggtcatgtataatg 9522368  T
Q  156 aatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaacgctttatc 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  9522367 aatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgaccgctttatc 9522268  T
Q  256 attcatctc 264  Q
    |||||||||    
T  9522267 attcatctc 9522259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Original strand, 2400654 - 2400871
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||    
T  2400654 ttgaactctgtcagttgctccattatagattttgactccaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaagacttagtca 2400753  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    ||||  || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||     
T  2400754 tgtattatgaattaagtttattccatatagacacaacagtagtttcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatatcactgac 2400853  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||||||||||||||||||    
T  2400854 cgctttatcattcatctc 2400871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 48 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 14997786 - 14997570
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  14997786 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccaccatttggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaggacttggtca 14997687  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||| ||||||| | |||||| ||||| |     
T  14997686 tgtacaa--aatcaagtctattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctatctcaataccttatccccaagacacataatgatggcactaac 14997589  T
Q  247 cgctttatcattcatctca 265  Q
    | | |||||||||||||||    
T  14997588 cacgttatcattcatctca 14997570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 48 - 265
Target Start/End: Original strand, 31781890 - 31782109
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgtttt-gattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtc 145  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||  ||||| || || ||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||   || ||||||||    
T  31781890 ttgaattccgtcagttgcttcattattggtttttgactcgaccattcggtaaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgtccaggacttggtc 31781989  T
Q  146 atgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactga 245  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||    
T  31781990 atgtacaatgaatcaagtttattccacatagacacaacaatagtctcccttgctacctctctcaacaccttatccccaagacacagaacgatggcactga 31782089  T
Q  246 acgctttatcattcatctca 265  Q
     |||||||||||||||||||    
T  31782090 tcgctttatcattcatctca 31782109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 48 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 10628110 - 10627892
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  10628110 ttgaactccgtcagttgctccattatcggttttgactccaccattcggttaaagtagagttgttgtttcagacattgtctatgtgccaaggacttggtca 10628011  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| | ||| ||||| ||||||| |||||||| |||||||     
T  10628010 tgcacaatgaatcaagtttattccacatagacacaacaatagtctcccttgctaactctctctataccgtatccccaagacacagaatgatggcactgac 10627911  T
Q  247 cgctttatcattcatctca 265  Q
     ||||||||||||||||||    
T  10627910 agctttatcattcatctca 10627892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 48 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 25446238 - 25446021
Alignment:
Q  48 ttgaattctgtcagttgctccattatatgttttgattccacctt-cggtaatagtatagttgttgtttcagacattgtctatgtgctaagcacttggtca 146  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||| |||    
T  25446238 ttgaactccgtcagttgctccattataggttttgactccacctttcgataaaagtagagttgttgtttcagacactgtctatgtgccaaagacttgatca 25446139  T
Q  147 tgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaa 246  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||     
T  25446138 tgtataatgaatcaagtttattccacatagacatagcagtagcctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgac 25446039  T
Q  247 cgctttatcattcatctc 264  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  25446038 cgccttatcattcatctc 25446021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 118 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 28787079 - 28786936
Alignment:
Q  118 acattgtctatgtgctaagcacttggtcatgtacaataaatcaagtttattccacatagacacaacagtagtctcccttgctacctcactcgacacctta 217  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||    
T  28787079 acattgtctatgtgccaaagacttggccatgtataatgaatcaagtttattccacatagacacagcagtagtctcccttgatacttctctcaacacctta 28786980  T
Q  218 tcctcaagacaaagaatgatagcactgaacgctttatcattcat 261  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28786979 tccccaagacacagaatgatagcactgaccgctttatcattcat 28786936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 57 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 28788464 - 28788402
Alignment:
Q  57 gtcagttgctccattatatgttttgattccacc-ttcggtaatagtatagttgttgtttcaga 118  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  28788464 gtcagttgctccattataggttttgactccaccgttcgataaaagtatggttgttgtttcaga 28788402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 183 - 264
Target Start/End: Original strand, 16601 - 16682
Alignment:
Q  183 cagtagtctcccttgctacctcactcgacaccttatcctcaagacaaagaatgatagcactgaacgctttatcattcatctc 264  Q
    ||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  16601 cagtagtctcccttgatacttctctcaacaccttatccccaagacacagaatgatagcgctgaccgctttatcattcatctc 16682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University