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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF7962_high_19 (Length: 364)
Name: NF7962_high_19
Description: NF7962
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7962_high_19 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 53534237 - 53533896
Alignment:
| Q |
6 |
gaagaatattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatctacgggtataatttatccgatttatttaatttgttttcttttct |
105 |
Q |
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| T |
53534237 |
gaagaaaattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatgtacgggtataatttatcctatttatttaatttgttttcttttct |
53534138 |
T |
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| Q |
106 |
ttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgtcagatttggaagtaccag |
205 |
Q |
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| T |
53534137 |
ttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgtcagatttggaagtaccag |
53534038 |
T |
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| Q |
206 |
aggtacgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggagtgac |
305 |
Q |
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| T |
53534037 |
aggtacgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggaatgac |
53533938 |
T |
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| Q |
306 |
cagcttagtggcgtcgcaattttcacttcacatacggtatgt |
347 |
Q |
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| T |
53533937 |
cagcttagtggcgtcgcaattttcacttcatatacggtatgt |
53533896 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 6 - 347
Target Start/End: Original strand, 42916686 - 42917027
Alignment:
| Q |
6 |
gaagaatattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatctacgggtataatttatccgatttatttaatttgttttcttttct |
105 |
Q |
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| T |
42916686 |
gaagaaaattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatctacgggtataatttatcctatttatttaatttgttttcttttct |
42916785 |
T |
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| Q |
106 |
ttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgtcagatttggaagtaccag |
205 |
Q |
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| T |
42916786 |
ttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgtcagatttggaagtactag |
42916885 |
T |
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| Q |
206 |
aggtacgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggagtgac |
305 |
Q |
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| T |
42916886 |
aggtatgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggaatgac |
42916985 |
T |
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| Q |
306 |
cagcttagtggcgtcgcaattttcacttcacatacggtatgt |
347 |
Q |
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| T |
42916986 |
cagcttagtggcgtcgcaattttcacttcatatacggtatgt |
42917027 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 6 - 347
Target Start/End: Original strand, 23253570 - 23253911
Alignment:
| Q |
6 |
gaagaatattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatctacgggtataatttatccgatttatttaatttgttttcttttct |
105 |
Q |
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| T |
23253570 |
gaagaaaattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatctacgggtataatttatcctatttatttaatttgttttcttttct |
23253669 |
T |
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| Q |
106 |
ttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgtcagatttggaagtaccag |
205 |
Q |
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| T |
23253670 |
ttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgttagatttggaagtactag |
23253769 |
T |
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| Q |
206 |
aggtacgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggagtgac |
305 |
Q |
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| T |
23253770 |
aggtacgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggaatgac |
23253869 |
T |
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| Q |
306 |
cagcttagtggcgtcgcaattttcacttcacatacggtatgt |
347 |
Q |
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| T |
23253870 |
cagcttagtggcgtcgcaattttcacttcatatacggtatgt |
23253911 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 6 - 347
Target Start/End: Original strand, 4754225 - 4754566
Alignment:
| Q |
6 |
gaagaatattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatctacgggtataatttatccgatttatttaatttgttttcttttct |
105 |
Q |
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| T |
4754225 |
gaagaaaattatgcagaaaatagcaatgtactacatgaagatattggattagaatctacgggtataatttatcctatttatttaatttgttttcttttct |
4754324 |
T |
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| Q |
106 |
ttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgtcagatttggaagtaccag |
205 |
Q |
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| T |
4754325 |
ttctaataattaatctatgaaaacgtcttatataatgtttatttcatcctacatatagaagaagacaatgacaatgacatgttagatttggaagtactag |
4754424 |
T |
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| Q |
206 |
aggtacgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggagtgac |
305 |
Q |
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| T |
4754425 |
aggtacgaaggagaaaggtgttgtctaatattgaaagaagattaatatatgaggctttattagagaaaagtgttgatggaaaattgaaaagaggaatgac |
4754524 |
T |
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| Q |
306 |
cagcttagtggcgtcgcaattttcacttcacatacggtatgt |
347 |
Q |
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| T |
4754525 |
cagcttagtggcgtcgcaattttcacttcatatacggtatgt |
4754566 |
T |
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