View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7963_low_1 (Length: 651)

Name: NF7963_low_1
Description: NF7963
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7963_low_1
NF7963_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-635)||(28208952-28209573)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 547; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 547; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 635
Target Start/End: Original strand, 28208952 - 28209573
Alignment:
Q  17 aaaaacatcacgtacatgtataaattatatgtcgtgcaaaacatcaaaacatgatcaattccttaaattaaacatcaagacatgacaaaaatgtgaatat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28208952 aaaaacatcacgtacatgtataaattatatgtcgtgcaaaacat--------gatcaattccttaaattaaacatcaagacatgacaaaaatgtgaatat 28209043  T
Q  117 tgtcaattgttttgaaatcatgttatgactatttgc-----------tcatagtaaatgaatgtccttattatggatgtggatatgaaaaagtacacacc 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209044 tgtcaattgttttgaaatcatgttatgactatttgcaaccaaaaagctcatagtaaatgaatgtccttgttatggatgtggatatgaaaaagtacacacc 28209143  T
Q  206 acaagcatgaaacataaaattactgtacatacaaacaagtttgttatcacacctttgatacataactaataaaattcacgtaaactaataaattttatca 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209144 acaagcatgaaacataaaattactgtacatacaaacaagtttgttatcacacctttgatacataactaataaaattcacgtaaactaataaattttatca 28209243  T
Q  306 tgttattccatatctaaaattccacccccctaaatcatctttattgaagcctcttagtttaatcaaaactaaatatgcaaatttcggattatttaacggc 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28209244 tgttattccatatctaaaattccacccccctaaatcatctttattgaagcctcttagtttaatcaaaattaaatatgaaaatttcggattatttaacggc 28209343  T
Q  406 caaaattgatgcatgcaaaatgacatgatatatataagcaatttataattgtacctgtaagaaaacatcttgatatcacaatcgggttttcttccataat 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209344 caaaattgatgcatgcaaaatgacatgatatatataagcaatttataattgtacctgtaagaaaacatcttgatatcacaatcgggttttcttccataat 28209443  T
Q  506 ccacatccatttgtttgatttgttcacaagatgaaagaaaagggacgttgaccatatgcaaactaccaatttgcacaccaatgtttccactaacatacac 605  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209444 ccacatccattcgtttgatttgttcacaagatgaaagaaaagggacgttgaccatatgcaaactaccaatttgcacaccaatgtttccactaacatacac 28209543  T
Q  606 gtcaaacaccatctcatatgccttgatgtc 635  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209544 gtcaaacaccatctcatatgccttgatgtc 28209573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University