View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7963_low_3 (Length: 610)

Name: NF7963_low_3
Description: NF7963
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7963_low_3
NF7963_low_3
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (54-610)||(42215809-42216362)
chr1 (54-610)||(42198073-42198625)
chr1 (54-610)||(42206941-42207493)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 452; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 42216362 - 42215809
Alignment:
Q  54 ggataggttaggtcctggactcaccatcacgctagtgacgaggacatcgctcaaggctccaagattacttacaaatcatccttcagagaggttgttagat 153  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42216362 ggataggttaggttctggactcaccatcacgctagtgacgaggacatctctcaaggctccaagattacttacaaatcatcctccagagaggttgttagat 42216263  T
Q  154 atttttgtggagtttaattttcattcacaaattcaaggtggtataagcgaacttgtcaacattttagagatcacatatatcggatgcaagcaaacatcta 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42216262 atttttgtggagtttaattttcattcacaaattcaaggtggtataagcgaacttgtcaacattttagagatcacatatatcggatgcaagcaaacatcta 42216163  T
Q  254 gttannnnnnnnnnnagatctgactatttgcagagaaaattagtttggattatgtattttggtttgttaacgccttattnnnnnnnnnnnntgctaaata 353  Q
    ||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||    
T  42216162 gttattttttcttt-agatctgactatttgcagagaaaattagtttggattatgtattttggtttgttaacgccttattaaaaaagaaaaatgctaaata 42216064  T
Q  354 gcgcgacaatattttcttgctacacacacgaatgcgatatcaccaaagagaggaatggactgagaggaaaatatcccaaagagatacctaacaagtttat 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42216063 gcgcgacaatattttcttgctacacacacgaatgcgatatcaccaaagagaggaatggactgagaggaaaatatcccaaagagatatctaacaagtttat 42215964  T
Q  454 gaatggaaccagttttggaaacttgaagacatcagacataaatgtctgaaattaagaggtatggcttttagtgtggcatataatgagacaattcgttctg 553  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42215963 gaatggaaccagttttggaaacttgaagacatcagacataagtgtctgaaattaaga--tatggcttttagtgtggcatataatgagacaattcgttctg 42215866  T
Q  554 aggataacatgaagttatgcacttgtgttggttctatgatacacagcgtgtcttttg 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42215865 aggataacatgaagttatgcacttgtgttggttctatgatacacagcgtgtcttttg 42215809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 42198625 - 42198073
Alignment:
Q  54 ggataggttaggtcctggactcaccatcacgctagtgacgaggacatcgctcaaggctccaagattacttacaaatcatccttcagagaggttgttagat 153  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42198625 ggataggttaggtcctgggctcac-atcacgctagtgacgaggacatctctcaaggctccaagattacttacaaatcatcctccagagaggttgttagat 42198527  T
Q  154 atttttgtggagtttaattttcattcacaaattcaaggtggtataagcgaacttgtcaacattttagagatcacatatatcggatgcaagcaaacatcta 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42198526 atttttgtggagtttaattttcattcacaaattcaaggtggtataagcgaacttgtcaacattttagagatcacatatatcggatgcaagcaaacatcta 42198427  T
Q  254 gttannnnnnnnnnnagatctgactatttgcagagaaaattagtttggattatgtattttggtttgttaacgccttattnnnnnnnnnnnntgctaaata 353  Q
    ||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||    
T  42198426 gttattttttcttt-agatctgactatttgcagagaaaattagtttggattatgtattttggtttgttaacgccttattaaaaaagaaaaatgctaaata 42198328  T
Q  354 gcgcgacaatattttcttgctacacacacgaatgcgatatcaccaaagagaggaatggactgagaggaaaatatcccaaagagatacctaacaagtttat 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42198327 gcgcgacaatattttcttgctacacacacgaatgcgatatcaccaaagagaggaatggactgagaggaaaatatcccaaagagatatctaacaagtttat 42198228  T
Q  454 gaatggaaccagttttggaaacttgaagacatcagacataaatgtctgaaattaagaggtatggcttttagtgtggcatataatgagacaattcgttctg 553  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42198227 gaatggaaccagttttggaaacttgaagacatcagacataagtgtctgaaattaaga--tatggcttttagtgtggcatataatgagacaattcgttctg 42198130  T
Q  554 aggataacatgaagttatgcacttgtgttggttctatgatacacagcgtgtcttttg 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42198129 aggataacatgaagttatgcacttgtgttggttctatgatacacagcgtgtcttttg 42198073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 610
Target Start/End: Complemental strand, 42207493 - 42206941
Alignment:
Q  54 ggataggttaggtcctggactcaccatcacgctagtgacgaggacatcgctcaaggctccaagattacttacaaatcatccttcagagaggttgttagat 153  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42207493 ggataggttaggtcctgggctcac-atcacgctagtgacgaggacatctctcaaggctccaagattacttacaaatcatcctccagagaggttgttagat 42207395  T
Q  154 atttttgtggagtttaattttcattcacaaattcaaggtggtataagcgaacttgtcaacattttagagatcacatatatcggatgcaagcaaacatcta 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42207394 atttttgtggagtttaattttcattcacaaattcaaggtggtataagcgaacttgtcaacattttagagatcacatatatcggatgcaagcaaacatcta 42207295  T
Q  254 gttannnnnnnnnnnagatctgactatttgcagagaaaattagtttggattatgtattttggtttgttaacgccttattnnnnnnnnnnnntgctaaata 353  Q
    ||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||    
T  42207294 gttattttttcttt-agatctgactatttgcagagaaaattagtttggattatgtattttggtttgttaacgccttattaaaaaagaaaaatgctaaata 42207196  T
Q  354 gcgcgacaatattttcttgctacacacacgaatgcgatatcaccaaagagaggaatggactgagaggaaaatatcccaaagagatacctaacaagtttat 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42207195 gcgcgacaatattttcttgctacacacacgaatgcgatatcaccaaagagaggaatggactgagaggaaaatatcccaaagagatatctaacaagtttat 42207096  T
Q  454 gaatggaaccagttttggaaacttgaagacatcagacataaatgtctgaaattaagaggtatggcttttagtgtggcatataatgagacaattcgttctg 553  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42207095 gaatggaaccagttttggaaacttgaagacatcagacataagtgtctgaaattaaga--tatggcttttagtgtggcatataatgagacaattcgttctg 42206998  T
Q  554 aggataacatgaagttatgcacttgtgttggttctatgatacacagcgtgtcttttg 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42206997 aggataacatgaagttatgcacttgtgttggttctatgatacacagcgtgtcttttg 42206941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University