View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7965_low_13 (Length: 388)

Name: NF7965_low_13
Description: NF7965
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7965_low_13
NF7965_low_13
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (83-372)||(31954578-31954870)
chr4 (83-372)||(40137656-40137946)
chr4 (83-364)||(24826435-24826721)
chr4 (82-325)||(25243293-25243536)
chr4 (84-166)||(24557058-24557140)
chr4 (236-313)||(23935511-23935588)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (84-372)||(4108905-4109197)
chr2 (86-371)||(37349577-37349866)
chr2 (83-371)||(13968741-13969033)
chr2 (84-332)||(45109481-45109730)
chr2 (93-332)||(45107771-45108011)
chr2 (230-334)||(5169276-5169380)
chr2 (84-165)||(19038249-19038331)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (83-372)||(25248879-25249171)
chr7 (84-372)||(17834895-17835185)
chr7 (84-372)||(12611862-12612152)
chr7 (82-372)||(12599185-12599477)
chr7 (249-332)||(21687140-21687223)
chr7 (84-136)||(23792802-23792854)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (84-362)||(17441575-17441856)
chr3 (86-369)||(17471813-17472099)
chr3 (84-369)||(14486370-14486658)
chr3 (83-371)||(20127588-20127879)
chr3 (82-132)||(8820458-8820508)
chr3 (82-161)||(25407273-25407352)
chr3 (84-165)||(20000658-20000740)
chr3 (86-147)||(23459301-23459362)
chr3 (334-372)||(14513348-14513386)
chr3 (232-313)||(25407424-25407505)
[»] scaffold0227 (1 HSPs)
scaffold0227 (165-372)||(20506-20714)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (80-371)||(16990186-16990481)
chr6 (83-136)||(34220014-34220067)
chr6 (87-166)||(22748502-22748581)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (84-372)||(22860451-22860743)
chr5 (230-334)||(38472062-38472166)
chr5 (230-372)||(28297780-28297925)
chr5 (84-137)||(38472250-38472303)
chr5 (133-187)||(28297695-28297749)
chr5 (230-334)||(31679167-31679270)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (81-332)||(7351732-7351983)
chr1 (231-372)||(11801154-11801298)
chr1 (83-165)||(3400576-3400659)
chr1 (84-161)||(11801376-11801453)
chr1 (230-334)||(32876894-32876998)
chr1 (83-136)||(13117385-13117438)
chr1 (79-163)||(42606646-42606729)
chr1 (86-146)||(7644698-7644758)
chr1 (17-60)||(48254388-48254432)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (84-163)||(38809600-38809680)
chr8 (86-166)||(26568642-26568722)
chr8 (232-334)||(26568479-26568580)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 83 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 31954870 - 31954578
Alignment:
Q  83 ttgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaata 182  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31954870 ttgtttacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctacaggagtaaatgaata 31954771  T
Q  183 atacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcat 282  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  31954770 atacaatgttttttactatctgggatctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagccctcaaagtgttggcttaatggacctttctctgatcat 31954671  T
Q  283 tctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtactg 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31954670 tctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgctttgagtacggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccatactg 31954578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 83 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 40137946 - 40137656
Alignment:
Q  83 ttgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaata 182  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  40137946 ttgttcacgtatgtaaa--caagttaattacaacaggtgagctgcttagtgaaacatcctaggtggagtctcaagagaactcttcagaagtaaatgaata 40137849  T
Q  183 atacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcat 282  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  40137848 atacaatgtttttcactctttggaatctgtcccatcacatatgaacttcccccttttatagccctcaaagtgttggcttaatgggcctttctccgatcat 40137749  T
Q  283 tctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtactg 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40137748 tctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtgtgctttgagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactg 40137656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 83 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 24826721 - 24826435
Alignment:
Q  83 ttgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaata 182  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24826721 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcaatgaaacatcctaggtggagtctcaagatcactctacagaagtaaatgaata 24826622  T
Q  183 atacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagttccc-ccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatca 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||   ||||    
T  24826621 atacaatgtttttcactatctggaatctctcccatcacatctaaacttccctccttttataggcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctcgcatca 24826522  T
Q  282 ttctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg----acggccgcgtgtggactaggaagcaactcct 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||     ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24826521 ttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcatattggttgtctgcttttgagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcct 24826435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 82 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 25243536 - 25243293
Alignment:
Q  82 attgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaat 181  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  25243536 attgttcacgtatgtaaacacaaattaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacatcctaggtggagtctcaagagcactctcaagaagtaaatgaat 25243437  T
Q  182 aatacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagt-tcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatc 280  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| |||| | ||  || | |||| |||||||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  25243436 aatacactgttttt-actatctggaatttgtcccctcaaacattaagtgtcccccttttatagtcatcaaagtgttggtttaatgggcctttctctgatc 25243338  T
Q  281 attctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgt 325  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25243337 attcaaggcccattaagttgtgatccagagcctcctattggttgt 25243293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 24557140 - 24557058
Alignment:
Q  84 tgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactcta 166  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| || || | |||| || |||||||||||| | | ||||||||||||    
T  24557140 tgttcacgtatgtaaacataagttaattacaaaaggtaagttgtttagtggaatgttttaggtggaattttaagagcactcta 24557058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 236 - 313
Target Start/End: Original strand, 23935511 - 23935588
Alignment:
Q  236 ttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcattctaggcccaataagttgtgatccagagcct 313  Q
    |||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||  ||||||||| | | ||| |||||||||||| |||||||    
T  23935511 ttttatagtcctcaaagtgttggtttgatgggcctttcactgatcattcaaagtccattaagttgtgatctagagcct 23935588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 84 - 372
Target Start/End: Original strand, 4108905 - 4109197
Alignment:
Q  84 tgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaataa 183  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4108905 tgtttacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgtccaaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaactgaataa 4109004  T
Q  184 tacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagttccccc-ttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcat 282  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  4109005 tacaatgtttttcactatctgggatctgtcccatcacatctaaacttccccctttttatagctctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcat 4109104  T
Q  283 tctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtactg 372  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4109105 tttaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgctttgagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactg 4109197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 86 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 37349866 - 37349577
Alignment:
Q  86 ttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaataata 185  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37349866 ttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactcttcagaagtaaatgaataata 37349767  T
Q  186 caatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatg-ggcctttctttgatcattc 284  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||| |||||||||    
T  37349766 caatgtttttcattatcaggaatctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagccctcaaagtgttggcttaatgaaacctttctctgatcattc 37349667  T
Q  285 taggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtact 371  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37349666 tagacccaataagttgtgatccagagcctcatattggttgtctgctttgagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtact 37349577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 83 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 13969033 - 13968741
Alignment:
Q  83 ttgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaata 182  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||| ||| ||||||    
T  13969033 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaagtgagctgctcaatgaaacgtcttaggaggagtctcaagagcactcttaagaaataactgaata 13968934  T
Q  183 atacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccac-ctaaagt-tcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatc 280  Q
    ||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||  ||  | |||| | |||||||||||| |||||| ||||||| | |||||| |||| | |||||    
T  13968933 atacact-attttcactatctggaatctgtcccatcaaacattcaagtgttccccttttatagtcctcaaggtgttggtttaatgggtctttttctgatc 13968835  T
Q  281 attctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtact 371  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||   |||||||||   ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  13968834 attcaaggcccattaagttgtgatccagagcctcctattggttgtatgttttgagtacggccgcgcacggactaggatgcaactcatccgtact 13968741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 84 - 332
Target Start/End: Original strand, 45109481 - 45109730
Alignment:
Q  84 tgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaataa 183  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  45109481 tgttcacgtatgtaaacacaagataattacaacaggtgagctgctcagtgaaacatcctaggtggagtctcaagagcactcttaagaagtaaatgaataa 45109580  T
Q  184 tacaatgtttttcactatctggaatc---tgtctcatcccacctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatc 280  Q
    |||| || ||||||| || |||||||   | |||||   || ||||   ||||||||| |||| | |||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  45109581 tacattg-ttttcaccatttggaatctcttctctca-aacatctaagagtccccctttaatagtcatcaaagtgttggtttaatgggcctttctctgatc 45109678  T
Q  281 attctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgcttt 332  Q
    |||| | ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  45109679 attcaaagcccattaagttgtgatccagagcctcccattggttgtctgcttt 45109730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 93 - 332
Target Start/End: Original strand, 45107771 - 45108011
Alignment:
Q  93 atgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaataatacaatgtt 192  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| || |    
T  45107771 atgtaaacacaagataattacaacaggtgagctgctcagtgaaacatcctaggtggagtctcaagagcactattaagaagtaaatgaataatacattg-t 45107869  T
Q  193 tttcactatctggaatc---tgtctcatcccacctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcattctaggc 289  Q
    |||||| ||||||||||   | |||||   || ||||   ||||||||| |||| | |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| | ||    
T  45107870 tttcaccatctggaatctcttctctca-aacatctaagtgtccccctttaatagtcatcaaagtgttggtttaatgggcctttctctgatcattcaaagc 45107968  T
Q  290 ccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgcttt 332  Q
    ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  45107969 ccattaagttgtgatccagagcctcccattggttgtctgcttt 45108011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 230 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 5169380 - 5169276
Alignment:
Q  230 tcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcattctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgc 329  Q
    ||||||||||||| || |||||||||| ||| |||||| |||||| | ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||     
T  5169380 tcccccttttataaccatcaaagtgttcgcttaatgggtctttctctaatcattcaaagcccattaagttgtgatccagagcctcccattggttgtctgt 5169281  T
Q  330 tttga 334  Q
    |||||    
T  5169280 tttga 5169276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 165
Target Start/End: Original strand, 19038249 - 19038331
Alignment:
Q  84 tgttcacgtatgtaaaaacaagttaatt-acaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactct 165  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||| |  ||||||||||||    
T  19038249 tgttcacgtatgtaaacacaagttaatttacaacaggtgagctgctcaatgaaatgtcctaggtggaattccaagagcactct 19038331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 83 - 372
Target Start/End: Original strand, 25248879 - 25249171
Alignment:
Q  83 ttgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaata 182  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  25248879 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtccaaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaacagaata 25248978  T
Q  183 atacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcat 282  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  25248979 atacaatattttttactatctgggatctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagccctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcat 25249078  T
Q  283 tctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtactg 372  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25249079 tctaggcccaataagttgtgatacaaagcctcctattggttgtctgctttgagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactg 25249171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 84 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 17835185 - 17834895
Alignment:
Q  84 tgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaataa 183  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  17835185 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactttaca-aagtaactgaataa 17835087  T
Q  184 tacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcatt 283  Q
    ||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||| || |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17835086 taccatgtttttcactctctgggatctgtcccatcacatctaaacctcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctttgatcatt 17834987  T
Q  284 ctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtactg 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17834986 ctaggcccaataagttgtgatccagatcctcctattggttgtctgctttgagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactg 17834895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 84 - 372
Target Start/End: Original strand, 12611862 - 12612152
Alignment:
Q  84 tgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaataa 183  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||| |||||| |||| |||||| || ||||    
T  12611862 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtgaagtctcaatagcactttaca-aagtaactggataa 12611960  T
Q  184 tacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcatt 283  Q
    ||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  12611961 taccatgtttttcactctctgggatctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcatt 12612060  T
Q  284 ctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtactg 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12612061 ctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgctttgagtatggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactg 12612152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 82 - 372
Target Start/End: Original strand, 12599185 - 12599477
Alignment:
Q  82 attgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaat 181  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||| |||| |||||| || ||    
T  12599185 attgttcacgtatctaaacacaagttagttacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaatagcactttaca-aagtaactggat 12599283  T
Q  182 aatacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatca 281  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  12599284 aataccatgtttttcactctctgggatctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatca 12599383  T
Q  282 ttctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctt---tgacggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtactg 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12599384 ttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcttaaagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactg 12599477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 249 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 21687223 - 21687140
Alignment:
Q  249 aaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcattctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgcttt 332  Q
    ||||||||||   |||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||    
T  21687223 aaagtgttggtctaatgggtctttctttgatcattcaaagcccattaagttgtgatccatagcctcccattggttgtctgcttt 21687140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 84 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 23792854 - 23792802
Alignment:
Q  84 tgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaa 136  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  23792854 tgttcacgtatgtaaacacaagataattacaacatgtgagttgctcagtgaaa 23792802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 84 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 17441856 - 17441575
Alignment:
Q  84 tgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaataa 183  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  17441856 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgtcctaggtggagtctcgagagcactcttcagaagtaaatgaataa 17441757  T
Q  184 tacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcatt 283  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  17441756 tacaatgtttttcactatctggaatctgtcccatcacatctaaactttccccttttatagccctcaaagtgttggcttaacgggcctttctctgatcatt 17441657  T
Q  284 ctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactc 362  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||   | ||||||| |||||||||||||||||||    
T  17441656 ctaggcccattaagttgtgatctagagcctccttttggttgtctgctttgagtaaggccgcgcgtggactaggaagcaactc 17441575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 86 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 17472099 - 17471813
Alignment:
Q  86 ttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaataata 185  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17472099 ttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacatcctacgtggagtctcgagagcactcttcagaagtaaatgaataata 17472000  T
Q  186 caatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcattct 285  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  17471999 caatgtttttcactatctgaaatcagtcccatcacatctaaacttcccccttttatagccctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcattct 17471900  T
Q  286 aggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgta 369  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   | ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  17471899 aggcccattaagttgtgatccagagcctcctattggttgtttgctttgagtaaggccgtgcgtggactaggaagcaactcatccgta 17471813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 84 - 369
Target Start/End: Original strand, 14486370 - 14486658
Alignment:
Q  84 tgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaataa 183  Q
    |||||| ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14486370 tgttcatgtatgtaaacataagttaattacaacagatgagctgttcagtgaaatgttttaggtggagtctcaagagcactcttcagaagtaaatgaataa 14486469  T
Q  184 tacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcatt 283  Q
    || | |||||||||| |||||||||||||| |||   | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  14486470 tatactgtttttcaccatctggaatctgtcccataagatctaaacttcccccttttatagccctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcatt 14486569  T
Q  284 ctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgta 369  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||   ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  14486570 ctaggcccattaagttgtgatccagagcctcctattggttgcctcctttgagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcatccgta 14486658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 83 - 371
Target Start/End: Original strand, 20127588 - 20127879
Alignment:
Q  83 ttgttcacgtatgtaaaaacaagtt-aattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaat 181  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  20127588 ttgttcatgtatgtaaacacaagtttaattacaacagatgagctgctcagtgaaacatcataggtggagtctcaagagcactcttaagaaataaatgaat 20127687  T
Q  182 aatacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatca 281  Q
    |||||| |||||| |||||||| |||| |||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||    
T  20127688 aatacattgtttt-cactatctagaatttgtcccatcccatctaaatgtcccccttttatagccctcaaagtgttagcttaatgggcctttctctaatca 20127786  T
Q  282 ttctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtact 371  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| || | ||||||||||||||   || |||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  20127787 ttctaggcccattaagttatgatccagagcctcctttcggttgtctgctttgagtacagccgcgcgtggattaggaagtaactcatccgtact 20127879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 82 - 132
Target Start/End: Original strand, 8820458 - 8820508
Alignment:
Q  82 attgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagt 132  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8820458 attgttcacgtatgaaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagt 8820508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 161
Target Start/End: Original strand, 25407273 - 25407352
Alignment:
Q  82 attgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagca 161  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||| | || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  25407273 attgttcatgtatgtaaacacaaattaattacaataggtgtgttgttaagtgaaacgttttagctggagtttcaagagca 25407352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 84 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 20000740 - 20000658
Alignment:
Q  84 tgttcacgtatgtaaaaacaagttaa-ttacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactct 165  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||| || |||||| || ||||||||| | |||||||||||||    
T  20000740 tgttcacgtatgtaaacacaagttaaattacaatagatgagctgttcggtgaaatgtcttaggtggaatttcaagagcactct 20000658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 86 - 147
Target Start/End: Original strand, 23459301 - 23459362
Alignment:
Q  86 ttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtg 147  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| || |||||||    
T  23459301 ttcacgtatgtaaacacaagttaattacaataggtgagttgctgagtgaaatgtcttaggtg 23459362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 334 - 372
Target Start/End: Original strand, 14513348 - 14513386
Alignment:
Q  334 acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtactg 372  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14513348 acggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactg 14513386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 232 - 313
Target Start/End: Original strand, 25407424 - 25407505
Alignment:
Q  232 ccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcattctaggcccaataagttgtgatccagagcct 313  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||| | ||| ||||||||| ||||||||  | |  || ||||||||||||||||||||    
T  25407424 ccccttttatagccatcaaagtattggtttaatcggcctttctctgatcatttaaagttcattaagttgtgatccagagcct 25407505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0227 (Bit Score: 133; Significance: 5e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0227
Description:

Target: scaffold0227; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 165 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 20714 - 20506
Alignment:
Q  165 tacagaagtaaatgaataatacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccacctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaat 264  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  20714 tacaggagtcaatgaataatacaatgtttttccctctctggaatctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaat 20615  T
Q  265 gggcctttctttgatcattctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg-acggccgcgtgtggactaggaagcaactcc 363  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  20614 gggcctttctctgatcattctaggcccagtaagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgctgagtacggccgtgcgtggactaggaagcaactcc 20515  T
Q  364 tccgtactg 372  Q
    |||||||||    
T  20514 tccgtactg 20506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 80 - 371
Target Start/End: Original strand, 16990186 - 16990481
Alignment:
Q  80 taattgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatga 179  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  16990186 taattgttcgcgtatgtaaacacaagtcaattactacaggtgagctgctatgtgaaacatcttaggtggagtctcaagagcactcttaagaagtaaatga 16990285  T
Q  180 ataatacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccaccta-aagt-tcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttg 277  Q
    ||||||||   ||||  | ||| ||||||||||| ||||  || |  |||| | |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| ||    
T  16990286 ataatacaccattttcga-tatatggaatctgtcccatcaaacatccaagtgttccccttttatagtcctcaaagtgttggtttaatgggcctttctctg 16990384  T
Q  278 atcattctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtact 371  Q
    ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||    
T  16990385 atcattcaaggcccattgagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgctttgagtacggccgcgcgtagactaggaagcaactcatccgtact 16990481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 83 - 136
Target Start/End: Original strand, 34220014 - 34220067
Alignment:
Q  83 ttgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaa 136  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||| |||||    
T  34220014 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaataggtaagttgctcaatgaaa 34220067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 87 - 166
Target Start/End: Original strand, 22748502 - 22748581
Alignment:
Q  87 tcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactcta 166  Q
    ||||||||| ||| | | || |||| || |||||||| |||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  22748502 tcacgtatggaaagatatgtaaattgcatcaggtgagttgctcagtgaaatgttttagttggaatttcaagagcactcta 22748581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 84 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 22860743 - 22860451
Alignment:
Q  84 tgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaataa 183  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||| ||||||||   |||||||||||| ||    
T  22860743 tgttcacgtatgtaaacataagttaattacaacaggtgagctgcttagtgaaacgtcctacgtggagtctcaaaagcactcttacgaagtaaatgaacaa 22860644  T
Q  184 tacaatgtttttcactatctggaatctgtctcatcccac--ctaaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatca 281  Q
    |||| |||||| |||| | | ||||||||| ||||  ||  ||||   |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||    
T  22860643 tacattgtttt-cactgttttgaatctgtcccatcaaacatctaagtgtcccccttttatagtcctcaaagtgttggtttaatgggtctttctctgatca 22860545  T
Q  282 ttctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtactg 372  Q
    ||| ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||   |||| |||| |||||||||||||||| || |||||||||    
T  22860544 ttcaaggcccattaagttgtgatctagagcctcctattggttgtctgctttgagtacggacgcgcgtggactaggaagcaattcatccgtactg 22860451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 230 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 38472166 - 38472062
Alignment:
Q  230 tcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcattctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgc 329  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||| | ||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38472166 tcccccttttatagtcctcgaagtgttggtttaatgggcctttatctgatcatccaaggcccattaagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgc 38472067  T
Q  330 tttga 334  Q
    |||||    
T  38472066 tttga 38472062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 230 - 372
Target Start/End: Original strand, 28297780 - 28297925
Alignment:
Q  230 tcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcattctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgc 329  Q
    |||||||||||||  | |||| ||||||| | |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  28297780 tcccccttttataatcttcaatgtgttggtttaatgggtctttctttgatcattcaaggcccattaagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgt 28297879  T
Q  330 tttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtactg 372  Q
    ||||   | || ||||  ||||||| |||||||||| |||||||||    
T  28297880 tttgagtatggtcgcgcatggactaagaagcaactcatccgtactg 28297925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 84 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 38472303 - 38472250
Alignment:
Q  84 tgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaac 137  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38472303 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacagatgagctgctcagtgaaac 38472250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 133 - 187
Target Start/End: Original strand, 28297695 - 28297749
Alignment:
Q  133 gaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaataataca 187  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  28297695 gaaacgtcttaggtggagtcttaagagcactcttaagaagtaaatgaataataca 28297749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 230 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 31679270 - 31679167
Alignment:
Q  230 tcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcattctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgc 329  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||| | |||| | |||||| |||||| || | | ||| ||||||||||||| |||||| |  |||||||||||     
T  31679270 tcccccttttataaccatcaaagtgttggtttaatgagtctttctctgatcactcaaag-ccattaagttgtgatccggagcctccagttggttgtctgt 31679172  T
Q  330 tttga 334  Q
    |||||    
T  31679171 tttga 31679167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 81 - 332
Target Start/End: Original strand, 7351732 - 7351983
Alignment:
Q  81 aattgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaaatgaa 180  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  7351732 aattgttcacgtatgtaaacacaagataattacaacaggtgagctactcagtgaaacatcttaggtggagtctcaagagcactcttaaaaagtaaatgaa 7351831  T
Q  181 taatacaatgtttttcactatctggaatct-gtctcatcccacct-aaagttcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttga 278  Q
    ||||||| || ||||||| |||||||||||  |||| ||  || |  ||||  |||||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  7351832 taatacattg-ttttcaccatctggaatctcctctc-tcaaacatctaagtgtccccttttatagtcatcaaagtgttggtttaatgggcctttctttga 7351929  T
Q  279 tcattctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgcttt 332  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  7351930 tcattcaaagcccattaagttgtgatccagagcctcccattggttgtctgcttt 7351983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 231 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 11801298 - 11801154
Alignment:
Q  231 cccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcattctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgct 330  Q
    |||||||||||| || |||||||||||| | ||||| ||||||| |  |||||| |  |||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||||| |    
T  11801298 cccccttttataaccttcaaagtgttggtttaatggacctttctctattcattcaaatcccattaagtggtgatccagagcctcccattggttgtctgtt 11801199  T
Q  331 ttg---acggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccgtactg 372  Q
    |||   |||| || ||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  11801198 ttgagtacggtcgtgtgtggactagggtgcaactcgtccgtactg 11801154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 83 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 3400659 - 3400576
Alignment:
Q  83 ttgttcacgtatgtaaaaacaagttaa-ttacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactct 165  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||  |||||||| | |||||||||||||    
T  3400659 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaaattacaataggtgagctgctcggtgaaatgtcctaggtggaatttcaagagcactct 3400576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 84 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 11801453 - 11801376
Alignment:
Q  84 tgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagca 161  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| || ||||||||| | |||||||||    
T  11801453 tgttcacgtatgtgaacacaagttaattataacaggtgagcggttcagtgaaatgtcttaggtggaatttcaagagca 11801376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 230 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 32876998 - 32876894
Alignment:
Q  230 tcccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcattctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgc 329  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||  | ||||||||||||||||||||||| |  || | |||||| ||||||||| | | ||||||||||||||     
T  32876998 tcccccttttataatcctcaatgtgttgaattaatgggcctttctttgatcattcaaaacctattaagttatgatccagaacatcctattggttgtctgg 32876899  T
Q  330 tttga 334  Q
    |||||    
T  32876898 tttga 32876894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 83 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 13117438 - 13117385
Alignment:
Q  83 ttgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaa 136  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  13117438 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaccatatgagctgctcagtgaaa 13117385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 79 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 42606729 - 42606646
Alignment:
Q  79 ataattgttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcact 163  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| || |||| |||| ||||| ||| |||||||| | |||||||||||    
T  42606729 ataattgttcacgcgtgtaaacacaagttaattacaacatgtaagctactcaatgaaatgttctaggtggaat-tcaagagcact 42606646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 86 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 7644758 - 7644698
Alignment:
Q  86 ttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggt 146  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||| |||| ||||    
T  7644758 ttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacatgtgagttgttcaatgaaatgtttgaggt 7644698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 17 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 48254432 - 48254388
Alignment:
Q  17 atattatttggttatatatgcc-cttgcagacaagtatgcctaat 60  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  48254432 atattatttggttatatatgccacttgcaaacaagtaggcctaat 48254388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000009; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 84 - 163
Target Start/End: Original strand, 38809600 - 38809680
Alignment:
Q  84 tgttcacgtatgtaaaaacaagttaa-ttacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcact 163  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||| |  ||||||||||    
T  38809600 tgttcacgtatgtaaacacaagttaaatttcaacaggtgagctgctcggtgaaatgtcctaggtggaattccaagagcact 38809680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 86 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 26568722 - 26568642
Alignment:
Q  86 ttcacgtatgtaaaaacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgttttaggtggagtctcaagagcactcta 166  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||| ||| |||| ||| |   ||||||||||||    
T  26568722 ttcatgtatgtaaacacaagttaattacaacagatgagctgttgagtgaaatgttctaggaggaattctaagagcactcta 26568642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 232 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 26568580 - 26568479
Alignment:
Q  232 ccccttttatagccctcaaagtgttggctgaatgggcctttctttgatcattctaggcccaataagttgtgatccagagccttctattggttgtctgctt 331  Q
    ||||||||||||||||  |  ||||| || ||||||| |||||||| ||| || || |||| ||| |||||||||| ||||| | |||||||||||| ||    
T  26568580 ccccttttatagccctggatttgttgacttaatgggcatttctttggtcactc-agacccattaatttgtgatccaaagcctcccattggttgtctggtt 26568482  T
Q  332 tga 334  Q
    |||    
T  26568481 tga 26568479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University