View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7970_low_4 (Length: 519)

Name: NF7970_low_4
Description: NF7970
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7970_low_4
NF7970_low_4
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (14-502)||(5802044-5802532)
chr3 (14-445)||(5827769-5828200)
chr3 (18-502)||(5490231-5490715)
chr3 (18-502)||(5853742-5854226)
chr3 (18-367)||(5848576-5848925)
chr3 (18-502)||(5455054-5455538)
chr3 (18-502)||(5503044-5503528)
chr3 (14-445)||(20343670-20344101)
chr3 (18-502)||(5525881-5526368)
chr3 (23-373)||(5446500-5446847)
chr3 (23-208)||(5484842-5485027)
chr3 (275-502)||(5485067-5485294)
chr3 (156-208)||(5974187-5974239)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (23-373)||(25808965-25809312)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (21-92)||(34194284-34194355)
chr2 (21-92)||(34217221-34217292)
chr2 (11-76)||(34205812-34205877)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 453; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 5802532 - 5802044
Alignment:
Q  14 aatattgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgcaatgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5802532 aatattgttaaaccaaagtaagcagccactaccaccatccctgatatctgaatttgcatatgcggtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacat 5802433  T
Q  114 tcttcaaggctaaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgagacaattcaatt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5802432 tcttcaaggctaaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgagacaattcaatt 5802333  T
Q  214 ttgttctcctcagacacccaccagaccaatctgatgactcccactgtagttcaaatttcggcatgaaaccttccaagcatttacatactggaaagtcatt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  5802332 ttgttctcctcagacacccaccagaccaatctgatgactcccactgtagttcaaatttcggcatgaaaccttccacgcattcacatactggaaattcatt 5802233  T
Q  314 aatattgcaatttgagttgataccacataaggaataatcatcacactggtctgccggacgagaagatatagccttccaaatttgtgtgctatctgaccat 413  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5802232 aatattgcaatttgagttgataccgcataaggaataatcatcacactggtctgccggacgagaagatatagccttccaaatttgtgtgctatctgaccat 5802133  T
Q  414 agaaaacgttgtgaatttccgtatggatctagtatcattcttgcaataattgacttgttcacggtttggtattcataagagaattcttt 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5802132 agaaaacgttgtgaatttccgtatggatctagtatcattcttgcaataattgacttgttcacggtttggtattcataagagaattcttt 5802044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 14 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 5828200 - 5827769
Alignment:
Q  14 aatattgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgcaatgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5828200 aatattgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatcagaatttgcatatgcaatgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacat 5828101  T
Q  114 tcttcaaggctaaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgagacaattcaatt 213  Q
    || |||||||| ||| |||||| |||  | |||| ||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5828100 tcctcaaggctcaagttcttgtcataccaagatgttgacgtgtctggcaacttcatgcttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgaggcaattcaatt 5828001  T
Q  214 ttgttctcctcagacacccaccagaccaatctgatgactcccactgtagttcaaatttcggcatgaaaccttccaagcatttacatactggaaagtcatt 313  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||| ||| | |  || |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  5828000 ttgttctcctccgacacccaccagaccaattcgacgacttccattttgtttgaaattttggcatgaaaccttccaagcattcacatactggaaaatcatt 5827901  T
Q  314 aatattgcaatttgagttgataccacataaggaataatcatcacactggtctgccggacgagaagatatagccttccaaatttgtgtgctatctgaccat 413  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| |||||||||||| | | ||||  ||||||||||  |||| ||||| |   ||||||||||    
T  5827900 aatattgcaatttgagttaatactacaaaaggcataatcttcacactggtctacagcacgactagatatagccacccaattttgtttctgatctgaccat 5827801  T
Q  414 agaaaacgttgtgaatttccgtatggatctag 445  Q
    | |||||| | || | |||| |||||||||||    
T  5827800 ataaaacggtttggaattccatatggatctag 5827769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 18 - 502
Target Start/End: Original strand, 5490231 - 5490715
Alignment:
Q  18 ttgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgcaatgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattctt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5490231 ttgttaaaccaaagtatgcagccactcccaccatctttgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagtacagtttttcaaacacattgtcttacattcct 5490330  T
Q  118 caaggctaaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgagacaattcaattttgt 217  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||| ||||| |||| ||||||||| ||   |||    
T  5490331 caaggctcaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggcaacttcatgtttgtgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgtgt 5490430  T
Q  218 tctcctcagacacccaccagaccaatctgatgactcccactgtagttcaaatttcggcatgaaaccttccaagcatttacatactggaaagtcattaata 317  Q
    | | || ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||  || |  |    
T  5490431 ttttcttagacatccaccagaccaatttgatgaatcccactctagttgaaattttggcatgaaaccttctaagcattcacatattggaaagatatcacca 5490530  T
Q  318 ttgcaatttgagttgataccacataaggaataatcatcacactggtctgccggacgagaagatatagccttccaaatttgtgtgctatctgaccatagaa 417  Q
    ||||| || || ||| ||||||| |||  |||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| | |    
T  5490531 ttgcagttagaattgttaccacacaagtcataagcatcacactggtctgcaggaagagaatatatagcctcccaaatctgtgtcctatctgaccattgta 5490630  T
Q  418 aacgttgtgaatttccgtatggatctagtatcattcttgcaataattgacttgttcacggtttggtattcataagagaattcttt 502  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||| | || ||| | | |||||||  |||| |  ||||  |||| |||||||||||||||    
T  5490631 aacgttgtgaagttccatatggatctagcaccaatctagtattaattgaactgtttaaagtttcatattgataagagaattcttt 5490715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 18 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 5854226 - 5853742
Alignment:
Q  18 ttgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgcaatgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattctt 117  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |    
T  5854226 ttgtcaaaccaaagtaagcagccacttccaacatatctgatatctaaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacactgtcatacattcct 5854127  T
Q  118 caaggctaaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgagacaattcaattttgt 217  Q
    ||||||| |||||||||| | |  |||||| ||| || ||||||||||||||||||| |||    ||||| ||||| |||| || |||||| ||  ||||    
T  5854126 caaggctcaagctcttgtcaaaccacgatgctgacgtgtctggtaacttcatgtttgcgtatggtaaaaacccatctccatagacacaatttaaacttgt 5854027  T
Q  218 tctcctcagacacccaccagaccaatctgatgactcccactgtagttcaaatttcggcatgaaaccttccaagcatttacatactggaaagtcattaata 317  Q
    | |||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||| ||    
T  5854026 tttccttacacacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgaaattttggcatgaaaccttccaagcattcacatgttggaaagttattacta 5853927  T
Q  318 ttgcaatttgagttgataccacataaggaataatcatcacactggtctgccggacgagaagatatagccttccaaatttgtgtgctatctgaccatagaa 417  Q
    ||||| || ||||||||||| || |||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  5853926 ttgcagttagagttgataccgcacaaggcataattatcacattggtctgcaggacgagaagatatagcctcccaaatttgtgtcgtatctgaccatagaa 5853827  T
Q  418 aacgttgtgaatttccgtatggatctagtatcattcttgcaataattgacttgttcacggtttggtattcataagagaattcttt 502  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||   |||||| | |||||||||   |||||  ||||  |||| |||||||||||||||    
T  5853826 gacgttgtgaatttccggatggatctagctccattctagtaataattgaacggttcatagtttcatattgataagagaattcttt 5853742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 5848925 - 5848576
Alignment:
Q  18 ttgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgcaatgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattctt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| |    
T  5848925 ttgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatctaaatttgcatatgcagtgcaagtacagtttttcaagcacagtgtcttacattcct 5848826  T
Q  118 caaggctaaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgagacaattcaattttgt 217  Q
    ||||||| |||||||||| |||  | |||| ||| || ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| || ||||||||||||||||    
T  5848825 caaggctcaagctcttgtcataccaagatgttgacgtgtctggcaacttcatgcttgtgtacttcagaaagccatccccagtgtgacaattcaattttgt 5848726  T
Q  218 tctcctcagacacccaccagaccaatctgatgactcccactgtagttcaaatttcggcatgaaaccttccaagcatttacatactggaaagtcattaata 317  Q
    |||||| || ||||||||||||||||   |||||| ||| | | ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  5848725 tctcctgaggcacccaccagaccaattcaatgacttccattttggttgaaattttggcatgaaaccttccaagcattcacatattggaaagttattaata 5848626  T
Q  318 ttgcaatttgagttgataccacataaggaataatcatcacactggtctgc 367  Q
    ||||| || ||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  5848625 ttgcagttagagttgataccgcacaaggcataatcatcacactggtctgc 5848576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 502
Target Start/End: Original strand, 5455054 - 5455538
Alignment:
Q  18 ttgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgcaatgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattctt 117  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5455054 ttgtgaaaccaaagtatgcagccactcccatcatctctgatatctaaagttgcatatgcattgcaagtacagtttttcaaacacattgtcttacattcct 5455153  T
Q  118 caaggctaaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgagacaattcaattttgt 217  Q
    ||||||| ||| | |||| | |  |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||   ||||| ||||| |||| ||||||||| || | |||    
T  5455154 caaggcttaaggttttgtcaaaccacgatgctgacgtatctggcaacttcatgtttgtgtacggtaaaaatccatctccatggagacaatttaaatgtgt 5455253  T
Q  218 tctcctcagacacccaccagaccaatctgatgactcccactgtagttcaaatttcggcatgaaaccttccaagcatttacatactggaaagtcattaata 317  Q
    | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  5455254 tttccttacacacccaccagaccaatctgatgactcccactttggttgaaattttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaata 5455353  T
Q  318 ttgcaatttgagttgataccacataaggaataatcatcacactggtctgccggacgagaagatatagccttccaaatttgtgtgctatctgaccatagaa 417  Q
    ||||| || || ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||   | || ||| | |||| | ||||| ||||||| |||| | |    
T  5455354 ttgcagttagaattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctgcaggacgattcgctaaagcttcccaattctgtgtcctatctgtccattgta 5455453  T
Q  418 aacgttgtgaatttccgtatggatctagtatcattcttgcaataattgacttgttcacggtttggtattcataagagaattcttt 502  Q
    ||||||||||   ||| | ||| ||||||| || ||| | |||||||||  |||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||    
T  5455454 aacgttgtgataatccatttgggtctagtaccactctagtaataattgaactgttcaaggtttcatattcgtaagagatttcttt 5455538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 502
Target Start/End: Original strand, 5503044 - 5503528
Alignment:
Q  18 ttgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgcaatgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattctt 117  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5503044 ttgtcaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattcct 5503143  T
Q  118 caaggctaaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgagacaattcaattttgt 217  Q
    ||||||| |||||| ||| |||  | |||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||   ||||| ||||| |||| ||||||||| ||   |||    
T  5503144 caaggctcaagctcctgtcataccaagatgttgacgtgtctggcaacttcatgtttgtgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgtgt 5503243  T
Q  218 tctcctcagacacccaccagaccaatctgatgactcccactgtagttcaaatttcggcatgaaaccttccaagcatttacatactggaaagtcattaata 317  Q
    | |||| |  |||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| | |||| |||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||  || |  |    
T  5503244 tttccttatgcacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgagattttggcacgaaaccttctaagcattcacatattggaaagatatcacca 5503343  T
Q  318 ttgcaatttgagttgataccacataaggaataatcatcacactggtctgccggacgagaagatatagccttccaaatttgtgtgctatctgaccatagaa 417  Q
    ||||| || || ||| ||||||| |||  |||| |||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| |||    
T  5503344 ttgcagttagaattgttaccacacaagtcataagcatcacactggtctgcaggaagagcatatatagcctcccaaatctgtgtcctatctgaccattgaa 5503443  T
Q  418 aacgttgtgaatttccgtatggatctagtatcattcttgcaataattgacttgttcacggtttggtattcataagagaattcttt 502  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||| | || ||| | | |||||||  |||| |  ||||  |||| |||||||||||||||    
T  5503444 aacgttgtgaagttccatatggatctagcaccaatctagtattaattgaactgtttaaagtttcatattgataagagaattcttt 5503528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 14 - 445
Target Start/End: Original strand, 20343670 - 20344101
Alignment:
Q  14 aatattgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgcaatgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacat 113  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||| | |||||||||    
T  20343670 aatattgtcaaaccaaagtaagcaaccactcccaccatctctgatatctaaatttgcatatgcagtgcaattacaatttttcaaacacgtcgtcttacat 20343769  T
Q  114 tcttcaaggctaaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgagacaattcaatt 213  Q
    || | |||||| |||||||||| |||  | ||||  || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  20343770 tcctgaaggctcaagctcttgtcataccatgatgccgacgtgtctggcaacttcatgtttgtgtacttcaaaaatccatctccattgagacaattcaatt 20343869  T
Q  214 ttgttctcctcagacacccaccagaccaatctgatgactcccactgtagttcaaatttcggcatgaaaccttccaagcatttacatactggaaagtcatt 313  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| | |  || |||||| ||| |||||||||||||||||| ||| | |||| | |||||    
T  20343870 ttgttctcctcagacacccgccagaccaatccgatgacttccattttgattgaaattttggcgtgaaaccttccaagcattcacaaattggagattcatt 20343969  T
Q  314 aatattgcaatttgagttgataccacataaggaataatcatcacactggtctgccggacgagaagatatagccttccaaatttgtgtgctatctgaccat 413  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||  ||| ||| || ||||||||||||   ||||||| || | |||||| |||| ||||||| | ||| ||||||    
T  20343970 aatattgcagttagagttgatcccacaacaggcatactcttcacactggtctataggacgagtagctgtagcctcccaattttgtgtccaatccgaccat 20344069  T
Q  414 agaaaacgttgtgaatttccgtatggatctag 445  Q
    | ||||||||||| | |||| |||| ||||||    
T  20344070 ataaaacgttgtggagttccatatgtatctag 20344101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 18 - 502
Target Start/End: Original strand, 5525881 - 5526368
Alignment:
Q  18 ttgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgcaatgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattctt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  5525881 ttgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgacatctgaatttgcatatgcagtgcaagaacaatttttcaaacacattgtcttacattcct 5525980  T
Q  118 caaggctaaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcacca---ttgagacaattcaattt 214  Q
    | ||||| |||||||||| |||  | |||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||   ||||| ||||| |||   | ||||||||| ||       
T  5525981 cgaggctcaagctcttgtcataccaagatgttgacgtgtctggcaacttcatgtttgtgtacggtaaaaatccatccccatcgtcgagacaatttaaagg 5526080  T
Q  215 tgttctcctcagacacccaccagaccaatctgatgactcccactgtagttcaaatttcggcatgaaaccttccaagcatttacatactggaaagtcatta 314  Q
    |||| |||| | |||||||| || ||||| |||  ||| ||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |    
T  5526081 tgttttccttacacacccactagcccaatttgacaactgccactctggttgaaattttggcatgaaaccttccaagcatttacatattggaaagatatca 5526180  T
Q  315 atattgcaatttgagttgataccacataaggaataatcatcacactggtctgccggacgagaagatatagccttccaaatttgtgtgctatctgaccata 414  Q
    | ||||||||| || |||||||||||   |  ||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||     
T  5526181 acattgcaattagaattgataccacaagtgtcataaggatcacactggtctacaggacgagaagatatagcctcccaagtttgtgtcctatctgaccatt 5526280  T
Q  415 gaaaacgttgtgaatttccgtatggatctagtatcattcttgcaataattgacttgttcacggtttggtattcataagagaattcttt 502  Q
    ||| |||||||||| |||||| || |||||| | || ||| | | |||||||  ||||||  ||||  |||| |||||||| ||||||    
T  5526281 gaagacgttgtgaaattccgtttgaatctagcaccagtctagtattaattgaactgttcaaagtttcatattgataagagacttcttt 5526368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 23 - 373
Target Start/End: Original strand, 5446500 - 5446847
Alignment:
Q  23 aaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgcaatgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattcttcaagg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||   ||||| |||||||||  || |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5446500 aaaccagagtaagcagccact---accatatctgatatctaaagttgcatatgcagaacaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattcctcaagg 5446596  T
Q  123 ctaaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgagacaattcaattttgttctcc 222  Q
    || ||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||| |||| ||||||||| || | |||| |||    
T  5446597 ctcaagatcttgttataccatgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacggtaaaaatccatctccatggagacaatttaaatgtgttttcc 5446696  T
Q  223 tcagacacccaccagaccaatctgatgactcccactgtagttcaaatttcggcatgaaaccttccaagcatttacatactggaaagtcattaatattgca 322  Q
    | |  |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  5446697 ttacgcacccaccagaccaatctgatgcctcccacttcagttgaaattttggcctgaaaccttccaaacatacacatattggaaagtcattcatattgca 5446796  T
Q  323 atttgagttgataccacataaggaataatcatcacactggtctgccggacg 373  Q
     || || ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| |||||    
T  5446797 gttagaattgataccacaaaaggtataagcatcacactggtctgcaggacg 5446847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 23 - 208
Target Start/End: Original strand, 5484842 - 5485027
Alignment:
Q  23 aaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgcaatgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattcttcaagg 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  5484842 aaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatctaaatttgcatatgcagtgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattccttaagg 5484941  T
Q  123 ctaaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgagacaatt 208  Q
    || |||||||||| | |  |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||   ||||| ||||| |||| | |||||||    
T  5484942 ctcaagctcttgtcaaaccacgatgctgacgtatctggcaacttcatgtttgtgtacggtaaaaatccatctccatcgggacaatt 5485027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 275 - 502
Target Start/End: Original strand, 5485067 - 5485294
Alignment:
Q  275 catgaaaccttccaagcatttacatactggaaagtcattaatattgcaatttgagttgataccacataaggaataatcatcacactggtctgccggacga 374  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||   |    |||||| || || ||||||||||| |||  |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  5485067 catgaaaccttccaagcattcacatattggaaagctttcgccattgcagttagaattgataccacacaagtcataagcatcacactggtctgcaggacga 5485166  T
Q  375 gaagatatagccttccaaatttgtgtgctatctgaccatagaaaacgttgtgaatttccgtatggatctagtatcattcttgcaataattgacttgttca 474  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||| | || ||| | | |||||||  ||||||    
T  5485167 gaagatatagcctcccaaatttgtgtcctatctgaccattgaaaacgttgtgacattccatatggatctagcaccaatctagtattaattgaactgttca 5485266  T
Q  475 cggtttggtattcataagagaattcttt 502  Q
      ||||  |||| |||||||||||||||    
T  5485267 aagtttcatattgataagagaattcttt 5485294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 156 - 208
Target Start/End: Original strand, 5974187 - 5974239
Alignment:
Q  156 tctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgagacaatt 208  Q
    ||||| || ||||||||||||||||  |||| |||||| ||||||||||||||    
T  5974187 tctggcaatttcatgtttgtgtactaaaaaatgccatctccattgagacaatt 5974239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 157; Significance: 3e-83; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 23 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 25809312 - 25808965
Alignment:
Q  23 aaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgcaatgcaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattcttcaagg 122  Q
    |||||| ||||||||||||||   ||||| |||||||||  || |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25809312 aaaccagagtaagcagccact---accatatctgatatctaaagttgcatatgcagaacaagaacagtttttcaaacacattgtcttacattcctcaagg 25809216  T
Q  123 ctaaagctcttgttataatacgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgagacaattcaattttgttctcc 222  Q
    || ||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||| |||| ||||||||| || | |||| |||    
T  25809215 ctcaagatcttgttataccatgatgatgatgtatctggtaacttcatgtttgtgtacggtaaaaatccatctccatggagacaatttaaatgtgttttcc 25809116  T
Q  223 tcagacacccaccagaccaatctgatgactcccactgtagttcaaatttcggcatgaaaccttccaagcatttacatactggaaagtcattaatattgca 322  Q
    | |  |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||| ||| ||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  25809115 ttacgcacccaccagaccaatctgatgcctcccacttcagttgaaattttggcctgaaaccttccaaacatacacatattggaaagtcattcatattgca 25809016  T
Q  323 atttgagttgataccacataaggaataatcatcacactggtctgccggacg 373  Q
     || || ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| |||||    
T  25809015 gttagaattgataccacaaaaggtataagcatcacactggtctgcaggacg 25808965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 92
Target Start/End: Original strand, 34194284 - 34194355
Alignment:
Q  21 ttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgcaatgcaagaacagttt 92  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||  | ||||||||||||    
T  34194284 ttaaaccaaagcaagcagccacttccaccatctctgacatctaaatttgcatatgctgtacaagaacagttt 34194355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 34217292 - 34217221
Alignment:
Q  21 ttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgcaatgcaagaacagttt 92  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||  | ||||||||||||    
T  34217292 ttaaaccaaagcaagcagccacttccaccatctctgacatctaaatttgcatatgctgtacaagaacagttt 34217221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 34205877 - 34205812
Alignment:
Q  11 aagaatattgttaaaccaaagtaagcagccactcccaccatctctgatatccgaatttgcatatgc 76  Q
    |||||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||  || ||||||||||    
T  34205877 aagaatgttattaaaccaaagtatgcaaccacttccaccatctctgacatctaaacttgcatatgc 34205812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University