View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7972_low_9 (Length: 484)

Name: NF7972_low_9
Description: NF7972
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7972_low_9
NF7972_low_9
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (18-476)||(4697677-4698135)
chr7 (21-475)||(4846509-4846963)
chr7 (27-460)||(4784338-4784771)
chr7 (21-405)||(4863063-4863447)
chr7 (27-460)||(4816767-4817200)
chr7 (61-475)||(4712554-4712968)
chr7 (18-396)||(4642875-4643253)
chr7 (18-396)||(4671811-4672189)
chr7 (153-396)||(4661110-4661353)
chr7 (113-396)||(4666201-4666484)
chr7 (147-465)||(4636157-4636475)
chr7 (113-394)||(4630175-4630456)
chr7 (29-417)||(4652702-4653090)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-405)||(18926297-18926684)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (146-265)||(5479308-5479427)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 4698135 - 4697677
Alignment:
Q  18 cctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatga 117  Q
    |||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698135 cctcttgctgcccccaatagaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatga 4698036  T
Q  118 agtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698035 agtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcat 4697936  T
Q  218 gaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctcca 317  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697935 gaactcgtttacaccttgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctcca 4697836  T
Q  318 actccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaacctt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697835 actccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaacctt 4697736  T
Q  418 cttttcttgtcctccatgaactttcttccatttcaatatgagattcaagtcttcttctc 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697735 cttttcttgtcctccatgaactttcttccatttcaatatgagattcaagtcttcttctc 4697677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 21 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 4846963 - 4846509
Alignment:
Q  21 cttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagt 120  Q
    ||||| ||||| |||| |||||||||||| |  |||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||||||||    
T  4846963 cttgctgcacctaatagaatctcgagtctttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagagatgttcactgagagtaccacgttgcatgaagt 4846864  T
Q  121 cgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaa 220  Q
    | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4846863 cataaactagaatcatctctgcatcttcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcatctcgatttcattcatgaa 4846764  T
Q  221 ctcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaact 320  Q
     || |||| ||| | | |||||||||||||   ||||||||| || ||||||||   | ||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||    
T  4846763 ttcatttagaccttatcgagaacccggtttacgacgttttatcgcaacaggtgtgagtccattgatgtaacctttgtacacgttgccgaaccctccagct 4846664  T
Q  321 ccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttctt 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  4846663 ccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcttctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggacggtaaagttgaggaaccttctt 4846564  T
Q  421 ttcttgtcctccatgaactttcttccatttcaatatgagattcaagtcttcttct 475  Q
    |  ||||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||    
T  4846563 tgtttgtcttccatgaactttcttccatttgaagattagattcaaatcttcttct 4846509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 27 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 4784771 - 4784338
Alignment:
Q  27 gcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaa 126  Q
    ||||| |||| |||||| || |||| |||||| |||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||| ||||    
T  4784771 gcacctaatagaatctcaagcctctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaa 4784672  T
Q  127 cgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtt 226  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  4784671 cgagaatcatctctacaccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtt 4784572  T
Q  227 tacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatg 326  Q
     ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||| || || |||||| || |||| || ||||||||| |||| || || ||||||||||| || |||    
T  4784571 cacaccttgttgagaacctggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatg 4784472  T
Q  327 ataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttcttttcttg 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||  |||    
T  4784471 ataaaaatatcttcgaagttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaacttgaggaaccttgtttctttg 4784372  T
Q  427 tcctccatgaactttcttccatttcaatatgaga 460  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4784371 tcttccatgaactttcttccatttcagtatgaga 4784338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 21 - 405
Target Start/End: Original strand, 4863063 - 4863447
Alignment:
Q  21 cttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagt 120  Q
    ||||| || ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  4863063 cttgctgcccccaacagaatctcaagtctcttcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaagatattcacggagagtgccacgttgcatgaagt 4863162  T
Q  121 cgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaa 220  Q
    | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||    
T  4863163 cataaacgagaatcatctcctcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagtaattcgatctcattcatgaa 4863262  T
Q  221 ctcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaact 320  Q
    ||| |||| ||| ||||||||||| ||||| | ||||||||| || |||||| |  || |||| || ||||||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  4863263 ctcatttataccttgttgagaacctggtttaagacgttttatcgcaacaggtatgtctccatcaatataacctttgtacacgttgccgaaccctccaact 4863362  T
Q  321 ccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaag 405  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4863363 ccaatgatgaaaatatcgtcaaagttgtttgtagcagctcttatctctgttattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaag 4863447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 27 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 4817200 - 4816767
Alignment:
Q  27 gcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaa 126  Q
    ||||| |||| |||||| || |||| |||||| |||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||| ||||    
T  4817200 gcacctaatagaatctcaagcctctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagatattcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaa 4817101  T
Q  127 cgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtt 226  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  4817100 cgagaatcatctctacaccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgtt 4817001  T
Q  227 tacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatg 326  Q
     ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||| || || |||||| || |||| || ||||||||| |||| || || ||||||||||| || |||    
T  4817000 aacaccttgttgagaaccaggtttaagacgttttatcgcaactggtgtaactccatcaatataacctttgtacacattgccgaaccctccaaccccgatg 4816901  T
Q  327 ataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttcttttcttg 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||  |||    
T  4816900 ataaaaatatcttcgaagttgtttgtagctgcttttatttccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaacttgaggaaccttgtttctttg 4816801  T
Q  427 tcctccatgaactttcttccatttcaatatgaga 460  Q
    || |||||||| ||||||| |||||| |||||||    
T  4816800 tcttccatgaaatttcttcaatttcagtatgaga 4816767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 61 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 4712968 - 4712554
Alignment:
Q  61 taagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatcc 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  4712968 taagaggttcgttatccgaaccatagagatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgcaatatcc 4712869  T
Q  161 aatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgtttt 260  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| ||||||||  |||   |||||||    
T  4712868 aatgagggaaactaagtgaatatgacgaagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaacccaatttacgacgtttt 4712769  T
Q  261 attgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctc 360  Q
    || || |||||| |   | |||| |||||||||||| ||||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712768 atcgcaacaggtatgagtccatcaatgtaacctttgtacacgttgccgaatcctccaaccccgatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctc 4712669  T
Q  361 ttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttcttttcttgtcctccatgaactttcttccatttcaatatgaga 460  Q
    |||| ||| |||| |||||| | || |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||  || || ||||   |||||||| ||||||||  |||||    
T  4712668 ttatttccactatagtaaaacatcgacacaaatgggatggtaaaattgatgaaccttcattatttatcttccaatgactttctttcatttcaaattgaga 4712569  T
Q  461 ttcaagtcttcttct 475  Q
    ||||| |||||||||    
T  4712568 ttcaaatcttcttct 4712554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 4642875 - 4643253
Alignment:
Q  18 cctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatga 117  Q
    |||||||| ||||| |||| ||| || || |||| | ||||||  || || |||||||  |||||||| ||||| |||| |||||| ||  | | |||||    
T  4642875 cctcttgcggcacctaatagaatttcaagcctctgcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcacaaagagtaccgtgctgcatga 4642974  T
Q  118 agtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcat 217  Q
    | || ||||| | |||||||||||   | |||||||||||||| | ||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  4642975 actcataaaccaaaatcatctctgtgtcatcgttgcaatatcccacgagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcattcat 4643074  T
Q  218 gaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctcca 317  Q
    |||||||||  |||| |||||||| |||| ||| |  || || |  || ||| ||||   | |||| |   |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  4643075 gaactcgttggcaccttgttgagagcccgatttgaggcgcttaaccgcaacaagtgtggatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctcca 4643174  T
Q  318 actccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 396  Q
    ||||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| || ||||||||  ||||||||| |||||    
T  4643175 actccgatgataaaagcatcatcgaagttgtttgtagctgctttgatctctgcgattgtaaaggagcggcacagatggg 4643253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 4671811 - 4672189
Alignment:
Q  18 cctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatga 117  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| || |||| | ||||||  || || |||||||  |||||||| ||||| || | |||||| ||  | | ||| |    
T  4671811 cctctcgcagcacccaatagaatctcaagcctctgcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagatactcgcaaagagtaccgtgctgcataa 4671910  T
Q  118 agtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcat 217  Q
    | |||||||| | |||||||| ||   | |||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  4671911 actcgtaaaccaaaatcatctatgtgtcatcgtcgcaatatccaacgagggataccaagtgaatgtggcgaagttgagagagtaactcgatttcgttcat 4672010  T
Q  218 gaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctcca 317  Q
    |||||||||  |||| || ||||| |||| ||| |  |||||||| || ||| ||||   | ||||||   |||||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  4672011 gaactcgttggcaccttgctgagagcccgatttgagccgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacaggtttccaaaccctcca 4672110  T
Q  318 actccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 396  Q
    ||||| |||||| ||  ||| |||||||||||||| || ||| | ||||| || ||||||||  | |||||||| ||||    
T  4672111 actccgatgatagaagcatcatcgaagttgtttgtggctgctttgatctctgcgattgtaaaggaacggcacaagtggg 4672189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 153 - 396
Target Start/End: Original strand, 4661110 - 4661353
Alignment:
Q  153 caatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttca 252  Q
    |||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| |    
T  4661110 caatatcccatgagggacaccaaatgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttgacaccttgttgagagcccgatttga 4661209  T
Q  253 aacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgt 352  Q
      ||||| || || ||| ||||   | |||| |   |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||| || ||||| |||||    
T  4661210 ggcgtttaatcgcaacaagtgttgatccatcaacacaacctttgtacacgttgccaaaccctccaactccaatgatgaaatcatcatcaaagttttttgt 4661309  T
Q  353 agcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 396  Q
     || ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||    
T  4661310 ggctgctctgatctctgcaattgtaaagtagcggcacaaatggg 4661353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 113 - 396
Target Start/End: Original strand, 4666201 - 4666484
Alignment:
Q  113 catgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttca 212  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||   | || ||||||||||| |  || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||     
T  4666201 catgaactcataaaccagaatcatctctgtgtcgtcattgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgagagagcaattcgatttcg 4666300  T
Q  213 ttcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||| || | ||| |  |||||||| || ||| ||||   | ||||||   |||||||| ||||||| |||||||    
T  4666301 ttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttgaggcgttttatggcaacaagtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttgccaaacc 4666400  T
Q  313 ctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatggg 396  Q
    |||||||||| ||||| |||  ||| || ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||  | |||||||||||||    
T  4666401 ctccaactccgatgatgaaatcatcgtcaaagttgtttgtggctgctctgatctctgcaattgtaaaggaccggcacaaatggg 4666484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 147 - 465
Target Start/End: Original strand, 4636157 - 4636475
Alignment:
Q  147 tcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccg 246  Q
    |||||||||||||| |  || || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||    
T  4636157 tcgttgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatctcgttcatgaactcatttgcaccttgttgagagcccg 4636256  T
Q  247 gtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagtt 346  Q
       | |  |||||||| || || |||||   | |||| ||| |||||||| |||| || |||||||| ||||| || || ||      ||| ||||||||    
T  4636257 acctgaggcgttttatcgcaacgggtgtggatccatcaatgaaacctttgtacacattcccaaaccccccaacaccgataatgttttcatcatcgaagtt 4636356  T
Q  347 gtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaaccttcttttcttgtcctccatgaactttcttcc 446  Q
     ||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||  ||||| ||||||||  |    
T  4636357 ttttgtggctgctctgatctctgcgattgtaaagtagcggcacaaataggatggtaaagttgacgaaccttcattctttgttttccataaactttctatc 4636456  T
Q  447 atttcaatatgagattcaa 465  Q
    |||| |||| |||||||||    
T  4636457 attttaataggagattcaa 4636475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 113 - 394
Target Start/End: Original strand, 4630175 - 4630456
Alignment:
Q  113 catgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttca 212  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||     || ||||||||||| |  || || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||     
T  4630175 catgaactcataaaccagaatcatctctgtgttgtcattgcaatatcctacaagggacaccaagtgaatgtggcgaagctgggagagcaactcgatttcg 4630274  T
Q  213 ttcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||| || | ||| |  |||||||| || ||||||||   | ||||||   |||||||| ||||||| |||||||    
T  4630275 ttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttgaggcgttttatcgcaacaggtgtggatccatcgacacaacctttgtacacgttcccaaacc 4630374  T
Q  313 ctccaactccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatg 394  Q
    |||||| ||| ||||| |||  ||  || ||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  4630375 ctccaaatccgatgatgaaatcattgtcaaagttgtttgtggctgctttgatctccgcgattgtaaagtagcgacacaaatg 4630456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 29 - 417
Target Start/End: Original strand, 4652702 - 4653090
Alignment:
Q  29 acccaataaaatctcgagtctcttcttccaag-taagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaac 127  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||| | |||| || | |||||  |||||||| ||||| ||||  ||||| ||  ||| |||||| || |||||    
T  4652702 acccaatagaatctcaagcctcttcttccacggtaag-ggctggttattagaaccataaagatactcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaac 4652800  T
Q  128 gagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgttt 227  Q
     | |||||| ||||   | || ||||||||||| | ||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||     
T  4652801 caaaatcatttctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaagctgggagagtaactcgatctcattcatgaactcgttg 4652900  T
Q  228 acaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctccaactccaatga 327  Q
     |||| |||||||| || | ||| |  |||||||| || |||||  |   | |||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||| || ||||    
T  4652901 gcaccttgttgagagccagatttgaggcgttttatcgcaacaggcatggatccatcgatgcaacctttgtacacgttgccaaatcctccaacaccgatga 4653000  T
Q  328 taaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaagttgacgaacctt 417  Q
    | |||| ||| |||||||| ||||| || ||| | ||||| || ||||| ||  |||| |||||||| | ||| |||| |||||| ||||    
T  4653001 tgaaaacatcatcgaagttatttgtggctgctttgatctctgcgattgtgaaggagcgacacaaatgtggtggcaaagatgacgaccctt 4653090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 18926684 - 18926297
Alignment:
Q  18 cctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagatattcacgaagagtgccacgttccatga 117  Q
    |||||||| |||||||||| |||||| || || | |||||||   || |||| |||||  |||||||| ||||| |||| |||||| ||||||| |||||    
T  18926684 cctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatagatactcacaaagagtaccacgttgcatga 18926585  T
Q  118 agtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcat 217  Q
    | || ||||  ||||||||||||       ||||||| || || | ||| || ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18926584 actcataaatcagaatcatctctttgttgccgttgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcgaagttgagagagcaactcgatctcattcat 18926485  T
Q  218 gaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtaccttcatcgatgtaacctttgaacacgttaccaaaccctcca 317  Q
    |||||||||  | || |||||||| || ||||| | |||||||||||| || |||||   || ||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  18926484 gaactcgttggccccttgttgagagcctggtttgagacgttttattgcaacgggtgtggatttatcgatgaaacctttatacacgttgccaaaccctcca 18926385  T
Q  318 actccaatgataaaaatatcttcgaagttgtttgtagcggctcttatctccgctattgtaaaatagcggcacaaatgggatggtaaag 405  Q
    ||||| ||||| |||  ||| || ||||| ||||| || ||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||  |||||||    
T  18926384 actccgatgattaaatcatcatcaaagttatttgtggctgcttttatctctgcaattgtaaagtagcggcacaaatggggcggtaaag 18926297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 146 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 5479427 - 5479308
Alignment:
Q  146 ttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaaccc 245  Q
    ||||||||| || ||||| | |||||| |  ||||| |||||||| |  |||||||  ||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| ||||||    
T  5479427 ttcgttgcagtaaccaatcaaagaaacaagatgaatatgacgaagcttcgagagcatgtcgatttcattgatgaactcattttcaccttgttgtgaaccc 5479328  T
Q  246 ggtttcaaacgttttattgc 265  Q
    ||||| |  |||||||||||    
T  5479327 ggtttaagccgttttattgc 5479308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University