View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7991_low_4 (Length: 702)

Name: NF7991_low_4
Description: NF7991
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7991_low_4
NF7991_low_4
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (117-688)||(10239360-10239931)
chr5 (117-682)||(10230586-10231151)
chr5 (127-688)||(10254684-10255245)
chr5 (17-54)||(10231214-10231251)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 552; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 117 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 10239931 - 10239360
Alignment:
Q  117 tcatcaatatcagcactaatactcaacacactcgatgacattatcaacatcttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgt 216  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239931 tcatcaatctcagcactaatactcaacacactcgatgacatcatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgt 10239832  T
Q  217 cccaaaactttgcaccagtcctagacgaactccctccaacacaatgcaaagtcattaaaggcacacttccaccgtcacttaacggtgtttacataagaaa 316  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239831 cccaaaactttgcaccagtccttgacgaactccctccaacacaatgcaaagtcattaaaggcacacttccaccgtcacttaacggtgtttacataagaaa 10239732  T
Q  317 cggaccaaaccctcagttccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcacaaacggaaaagccacacta 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239731 cggaccaaaccctcagttccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcacaaacggaaaagccacacta 10239632  T
Q  417 tgtagccgttacgttcaaacctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattggtt 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239631 tgtagccgttacgttcaaacctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattggtt 10239532  T
Q  517 tagcggcacgtggatccgtggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaacacaagtttggctctgtttgg 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239531 tagcggcacgtggatccgtggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaacacaagtttggctctgtttgg 10239432  T
Q  617 caaccgtctttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatgtcca 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10239431 caaccgtctttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatcca 10239360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 117 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 10231151 - 10230586
Alignment:
Q  117 tcatcaatatcagcactaatactcaacacactcgatgacattatcaacatcttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10231151 tcatcaatatcagcactaatactcaacacactcgatgacattatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgt 10231052  T
Q  217 cccaaaactttgcaccagtcctagacgaactccctccaacacaatgcaaagtcattaaaggcacacttccaccgtcacttaacggtgtttacataagaaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||| ||||| ||||| || ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  10231051 cccaaaactttgcaccagtcctagacgaactccctccaacacaatgtgtaatcatcaaaggtacactcccgccgtcactttacggtgcttacataagaaa 10230952  T
Q  317 cggaccaaaccctcagttccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcacaaacggaaaagccacacta 416  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  10230951 cggaccaaacccacagttccttccacgtggaccctaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgccattacaatctcaaacgggaaagccacacta 10230852  T
Q  417 tgtagccgttacgttcaaacctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattggtt 516  Q
    ||||||||||| ||  ||||||| || |||||||| |||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10230851 tgtagccgttatgtaaaaacctacaagtacaaaattgaaaacaaagctggtcaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattgctt 10230752  T
Q  517 tagcggcacgtggatccgtggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaacacaagtttggctctgtttgg 616  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  10230751 tagcggcacgtggatccgtggttgtagcacgggtgttaaccggtcagtataacccatctaacggcattggattggtcaacacaagtttagctctgtttgg 10230652  T
Q  617 caaccgtctttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtga 682  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  10230651 taaccgtctttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaagtcaaactaacaccaaacggtga 10230586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 127 - 688
Target Start/End: Original strand, 10254684 - 10255245
Alignment:
Q  127 cagcactaatactcaacacactcgatgacattatcaacatcttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgtcccaaaactt 226  Q
    |||||||| || |||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10254684 cagcactactattcaacacattcgacgacatcatcaacaccttcatagacccaccaataaaaccatccgtagatccaagacatgttttgtcccaaaactt 10254783  T
Q  227 tgcaccagtcctagacgaactccctccaacacaatgcaaagtcattaaaggcacacttccaccgtcacttaacggtgtttacataagaaacggaccaaac 326  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10254784 tgcaccagtccttgacgaactccctccaacacaatgcaaagtcattaaaggcacacttccaccgtcacttaacggtgtttacataagaaacggaccaaac 10254883  T
Q  327 cctcagttccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcacaaacggaaaagccacactatgtagccgtt 426  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||  ||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  10254884 ccacagttccttccacgtggaccctaccacctcttcgacggtgatggcatgcttcacgccattacaatctcaaacggaaaagctacactctgtagccgtt 10254983  T
Q  427 acgttcaaacctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttattggtttagcggcacg 526  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  || |||||    
T  10254984 acgttcaaacttacaaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaacttatcccaaacgtgttttctggtttcaactcgcttatagcttctgctgcacg 10255083  T
Q  527 tggatccgtggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaacacaagtttggctctgtttggcaaccgtctt 626  Q
    ||| || ||  | | |||||||||  || |||| || || |||||   |||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||| |||   |||    
T  10255084 tggctctgtcaccgcagcacgtgtcatatctggacaatacaatccttctaacggcattggtttagccaacacaagtttggctctgtttggtaacaaactt 10255183  T
Q  627 tttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatgtcca 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| ||||    
T  10255184 tttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaatcttacgccaaacggtgatatcca 10255245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 17 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 10231251 - 10231214
Alignment:
Q  17 atcacaacctcatgagacactaagaaccggttcccctg 54  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10231251 atcacaacctcatgagacactaagaaccggttcccctg 10231214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University