View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7991_low_8 (Length: 534)

Name: NF7991_low_8
Description: NF7991
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7991_low_8
NF7991_low_8
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (15-521)||(24153599-24154105)
chr4 (140-402)||(50722947-50723209)
chr4 (136-384)||(4377498-4377758)
chr4 (145-275)||(2158917-2159047)
chr4 (136-318)||(5882718-5882900)
chr4 (163-305)||(33518382-33518523)
chr4 (152-402)||(36248071-36248332)
chr4 (136-244)||(2815920-2816028)
chr4 (265-402)||(2815772-2815920)
chr4 (320-384)||(2158847-2158911)
chr4 (307-384)||(33518292-33518368)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (136-402)||(26285462-26285728)
chr3 (146-382)||(23778476-23778721)
chr3 (145-318)||(36477681-36477854)
chr3 (153-381)||(24310096-24310335)
chr3 (145-318)||(7728698-7728871)
chr3 (136-317)||(36475763-36475945)
chr3 (145-318)||(8034882-8035055)
chr3 (145-384)||(26903367-26903617)
chr3 (145-384)||(36617423-36617673)
chr3 (145-402)||(38573175-38573443)
chr3 (314-384)||(25032075-25032145)
chr3 (314-402)||(7856697-7856785)
chr3 (319-379)||(35502350-35502410)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (160-402)||(9539278-9539520)
chr1 (145-402)||(6226881-6227149)
chr1 (145-402)||(10780820-10781076)
chr1 (145-384)||(25031162-25031411)
chr1 (145-402)||(34912509-34912778)
chr1 (152-305)||(9477932-9478085)
chr1 (145-384)||(1016651-1016901)
chr1 (173-269)||(42311301-42311397)
chr1 (324-382)||(8065199-8065257)
chr1 (319-379)||(31738109-31738169)
chr1 (314-384)||(27464077-27464147)
chr1 (314-356)||(9477870-9477912)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (145-318)||(30074278-30074451)
chr7 (161-402)||(2945049-2945301)
chr7 (152-393)||(33941283-33941535)
chr7 (146-318)||(38293455-38293627)
chr7 (147-318)||(10702848-10703019)
chr7 (145-305)||(24039503-24039663)
chr7 (146-393)||(1691857-1692117)
chr7 (145-318)||(43265580-43265753)
chr7 (146-318)||(32221655-32221826)
chr7 (146-383)||(46089832-46090079)
chr7 (314-384)||(38300194-38300264)
chr7 (161-221)||(3045064-3045124)
chr7 (314-384)||(8256765-8256835)
chr7 (314-387)||(24658636-24658709)
chr7 (314-374)||(1247850-1247910)
chr7 (319-381)||(25233168-25233230)
chr7 (313-375)||(25617885-25617947)
chr7 (314-384)||(43265760-43265830)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (145-318)||(18458889-18459062)
chr2 (152-318)||(6141587-6141753)
chr2 (154-377)||(3356741-3356975)
chr2 (162-384)||(32033191-32033422)
chr2 (145-318)||(4075860-4076033)
chr2 (154-299)||(11562318-11562463)
chr2 (147-288)||(18703302-18703443)
chr2 (252-384)||(4075659-4075801)
chr2 (319-396)||(18703482-18703559)
chr2 (314-384)||(11562222-11562292)
chr2 (333-382)||(7700561-7700610)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (167-402)||(6689395-6689641)
chr6 (145-402)||(21883456-21883724)
chr6 (154-402)||(2919689-2919948)
chr6 (145-384)||(24901898-24902148)
chr6 (145-384)||(18817129-18817379)
chr6 (174-315)||(19266871-19267012)
chr6 (161-402)||(14607418-14607670)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (136-402)||(2148580-2148857)
chr8 (146-300)||(6802400-6802554)
chr8 (157-393)||(24556555-24556802)
chr8 (152-300)||(32161038-32161186)
chr8 (136-318)||(29866459-29866641)
chr8 (145-384)||(45485841-45486091)
chr8 (146-285)||(44873613-44873752)
chr8 (315-393)||(6802580-6802658)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (145-381)||(36745159-36745406)
chr5 (136-402)||(43144762-43145039)
chr5 (145-354)||(36633629-36633849)
chr5 (147-318)||(17076261-17076431)
chr5 (58-318)||(25819371-25819636)
chr5 (175-245)||(30077995-30078064)
chr5 (152-213)||(25767341-25767402)
chr5 (319-381)||(5569180-5569242)
[»] scaffold0535 (1 HSPs)
scaffold0535 (319-380)||(9895-9956)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 24154105 - 24153599
Alignment:
Q  15 ttcactggttatgtgtgactaaagctacacgtctaattttctctttttatataaataaagcacaatatgttgaaaataagaacaaatcaacaaccttcta 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24154105 ttcaatggttatgtgtgactaaagctacacgtctaattttctttttttatataaataaaacacaatatgttgaaaataagaacaaatcaacaaccttcta 24154006  T
Q  115 aaactcttataatgtgtttaatgagtctctcaaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24154005 aaactcttataatgtgtttaatgagtctctcaaagtaatttgcagcttttgatatgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttat 24153906  T
Q  215 aaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctt 314  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24153905 aaatgtgccggaagtggcgttacaccatcaacttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggcttccaaatctt 24153806  T
Q  315 tgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtttcatttagtgtt 414  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24153805 tatggaaacaaataagtgcaacacatttactatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttggcggtagcaactacaaatgtttcatttagtgtt 24153706  T
Q  415 ctacttcccaaactttgaatctctaaataacaacttctcatgtttacaggttttccattttaatttgtgtttacaagtgcactgtaggcttcacgagatg 514  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24153705 ctatttcccaaactttgaatctctaaataacaacttctcatgtttactggttttccattttaatttgtgtttacaagtgcaccgtaggcttcacgagatg 24153606  T
Q  515 atgtatt 521  Q
    || ||||    
T  24153605 atttatt 24153599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 140 - 402
Target Start/End: Original strand, 50722947 - 50723209
Alignment:
Q  140 tctctcaaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacac 239  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||| | ||| |    
T  50722947 tctcacaaagtcatttgtagcttttgatgtaaacaaattattgaggatgatcgagttttatccaaatgatttaataaatgtgctggaagtggtgctacgc 50723046  T
Q  240 catcaacttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtggaaacaaataaatgcaacaca 339  Q
    |||||||||| | |||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||  |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  50723047 catcaacttaagtattatgttacaaatgttcaatttgacccaaaatttgctaagttgaaaggactttaagatctttgtgaaaacaaataaatgcaacaca 50723146  T
Q  340 tttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    |||| | | |||||| | | | ||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||| ||||    
T  50723147 tttgctgtggtttattaacttttgaagttgactttactcttgccggtagcaactgcaagtgtt 50723209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 136 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 4377758 - 4377498
Alignment:
Q  136 tgagtctctcaaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgtt 235  Q
    |||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| |    
T  4377758 tgagtcccgcaaagtcatttgcagcttttgatgtgaacaagttattgaagatgacagagttttatccaaataattttatagatgtgccgaaagtggcgat 4377659  T
Q  236 acaccatcaacttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaaca 324  Q
    || |  |||||||| |||||||| || | |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||           |||||||||||    
T  4377658 acgcactcaacttaagaattatgttacagatgttcgatctgacccaaaatttgccaagttgaaagggctttcagatctttgtgcatgacttgtggaaaca 4377559  T
Q  325 aataaatgcaacacatttgttat-agtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| | ||||||| | | |||||||||||||||||||||||    
T  4377558 aataagtgcaacacatttgctatgattttataaacttttgaagttgactttgctcttgccg 4377498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 145 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 2159047 - 2158917
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  2159047 caaagtcatttgcagcttttgatgtgaacaaattattgagaatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgcaggaagtggcgttacgccatca 2158948  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatct 275  Q
    ||||| |  ||||| || |||||||||||||    
T  2158947 acttaggttttatgttacaaatgttcaatct 2158917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 136 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 5882900 - 5882718
Alignment:
Q  136 tgagtctctcaaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgtt 235  Q
    ||||| || |||||| |||||||| |||| ||| || ||||| |||||  |||  || |||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| ||||    
T  5882900 tgagtttcgcaaagttatttgcagttttttatgcgaacaaataattgattatggctgggttttatccaaataatttgatagatgtgtcggaagtgtcgtt 5882801  T
Q  236 acaccatcaacttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    || ||||||||||| |||||||  ||||||||||  |||||| | ||||||||| |||||||| | |||| || |||||||||    
T  5882800 acgccatcaacttaagaattatattaaaaatgtttgatctgaccgaaaatttgctaagttgaatgggctttcatatctttgtg 5882718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 163 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 33518523 - 33518382
Alignment:
Q  163 ttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatgaattatgctaa 262  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||   ||||||||||||||  |||| ||| |||||||| | |    
T  33518523 ttgatgtgaacaagttattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgctgaaagtggcgttacacactcaatttaagaattatg-tta 33518425  T
Q  263 aaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgctt 305  Q
     ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  33518424 caatgttcgatctgacccaaaatttgctaagttaaaagggctt 33518382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 152 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 36248332 - 36248071
Alignment:
Q  152 atttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatg 251  Q
    ||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||  | |||| ||||| |  | |||||| |    
T  36248332 atttgcagcttttgatgcgaacaagttattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgccgaaggtggtgttacgcacttaacttaag 36248233  T
Q  252 aattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgcaacacat 340  Q
    | ||||| || | |||||| |||||| | ||||||||  |||||||||| | ||  | | ||           |||||||||||||||| |||||||| |    
T  36248232 agttatgttacagatgttcgatctgacctaaaatttgttaagttgaaagagtttttagacctttgtgtaaaacttgtggaaacaaataagtgcaacactt 36248133  T
Q  341 ttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    |||||||  ||||||| | | |||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||| ||||    
T  36248132 ttgttatgatttataaacttttgaagttggctttgctcttgccggtagcaactgcaagtgtt 36248071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 136 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 2816028 - 2815920
Alignment:
Q  136 tgagtctctcaaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgtt 235  Q
    |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||||| |||    
T  2816028 tgagtcccgcaaagtcatttgcagcttttgatgtgaataaattattgaagatgacttagttttatccaaataattttatagaagtgctggaagtggtgtt 2815929  T
Q  236 acaccatca 244  Q
    || ||||||    
T  2815928 acgccatca 2815920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 265 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 2815920 - 2815772
Alignment:
Q  265 atgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg-----------gaaacaaataaatgcaacacatttgttatagttta 353  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||           ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  2815920 atgttcgatctgacccaaaatttgctaagttgaaagggctttcagatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctatggttta 2815821  T
Q  354 taagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    ||| | | | |||||| |||||||||||||| ||| |||| ||| ||||    
T  2815820 taaacttttcaagttggctttgctcttgccggtagcaactgcaagtgtt 2815772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 320 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 2158911 - 2158847
Alignment:
Q  320 aaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||| | ||||||||  |||||||||||||    
T  2158911 aaacaaataagtgcaacacatttgctatggtttgtaagcttttgaagttggttttgctcttgccg 2158847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 307 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 33518368 - 33518292
Alignment:
Q  307 caaatctttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||| | | | |||||| |||| |||||||||    
T  33518368 caaatctt-gtggaaacaaataagtgcaacacatttgtcgtggtttataaacttttaaagttggctttactcttgccg 33518292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 123; Significance: 6e-63; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 136 - 402
Target Start/End: Original strand, 26285462 - 26285728
Alignment:
Q  136 tgagtctctcaaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgtt 235  Q
    |||||||| || ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||    
T  26285462 tgagtctcacagagtcatttgcagtttttgatgtgaacaaattattgaggatggttgagttttatccaaatgattttataaatgtgtcggaagtggtgtt 26285561  T
Q  236 acaccatcaacttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtggaaacaaataaatgcaa 335  Q
    || || ||||||||  ||||||| || |||| ||| |||||| | ||||||| | |||||||||| |||| || ||| |||||||||||||||| |||||    
T  26285562 acgccgtcaacttaataattatgttacaaattttcgatctgaccaaaaatttactaagttgaaagggctttcagatcgttgtggaaacaaataagtgcaa 26285661  T
Q  336 cacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    || |||| |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||    
T  26285662 caaatttattatggtttataagcttttgaagttgactttgctctttccgttagcaactacaagtgtt 26285728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 146 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 23778721 - 23778476
Alignment:
Q  146 aaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaa 245  Q
    ||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||| || ||||    
T  23778721 aaagtcatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgccggaagtgacgttaccccgtcaa 23778622  T
Q  246 cttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct---------ttgtggaaacaaataaatgcaac 336  Q
    |||| |||||||| |  |||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||| ||||  | ||||         |||||||||||||||||||||||    
T  23778621 cttaagaattatgttgcaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtgaaacttgtggaaacaaataaatgcaac 23778522  T
Q  337 acatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgc 382  Q
    ||||||| ||| |||||||| | | |||||||| ||||||||||||    
T  23778521 acatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgc 23778476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 145 - 318
Target Start/End: Original strand, 36477681 - 36477854
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||  |||    
T  36477681 caaagtcatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgattgagttttatcaaaataattttatagatgtgccgaaagtggcgttacacactca 36477780  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    ||||| |||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||    
T  36477781 acttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgctaagttgaaagggctttcatatctttgtg 36477854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 153 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 24310335 - 24310096
Alignment:
Q  153 tttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatga 252  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||||   ||||||| ||    
T  24310335 tttgcagtttttgatgtgaagaaattattgagaatggttgagttttatccaaatgattttatagatgtgccggaagtggcattacacacgcaacttaaga 24310236  T
Q  253 attatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgcaacacatt 341  Q
    |||||| || |||||||| ||||||  |||||||||| | |||||||| |||| || ||||           |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  24310235 attatgttacaaatgttcgatctgactcaaaatttgctatgttgaaagggctttcagatctgtgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtgcgacacatt 24310136  T
Q  342 tgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttg 381  Q
    || ||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||    
T  24310135 tgctatggtttataaacttttgaagttgactttgctcttg 24310096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 145 - 318
Target Start/End: Original strand, 7728698 - 7728871
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||  |  |||    
T  7728698 caaagtcatttgcagcttttgatgtgaacaaattattgagaataactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtggcgttatgcactca 7728797  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    ||||| |||||||| || |||||||  |||||| ||||||||||| |||||||||| | || || |||||||||    
T  7728798 acttaagaattatgttacaaatgttatatctgacccaaaatttgctaagttgaaagggttttcagatctttgtg 7728871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 136 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 36475945 - 36475763
Alignment:
Q  136 tgagtctctcaaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgtt 235  Q
    |||||| | |||||| |||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |  |||||| || ||||||||    
T  36475945 tgagtcccgcaaagtcatttgcagttttttatgtgaagaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttacaggtgtgccggatgtggcgtt 36475846  T
Q  236 acaccatcaacttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatc-caaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgt 317  Q
    |||||||||||||| |||||||| || ||||||| ||| ||| |  |||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||    
T  36475845 acaccatcaacttaggaattatgttacaaatgtttaatttgaccaaaaaaattgctaagttgaaagggctttcaaatctttgt 36475763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 145 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 8035055 - 8034882
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||| |  ||||||||| ||||  |||    
T  8035055 caaagtcatttacagcttttgatgtgaacaaattattgaggatgactcagttttatccaaatgattttatagatgtgtcgaaagtggcgtcacacactca 8034956  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    ||||| ||||| |  || |||||||| || ||| | ||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||    
T  8034955 acttaagaattgtattacaaatgttctatgtgacctaaaatttgctaagttgaaagggctttcagatctttgtg 8034882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 145 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 26903617 - 26903367
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||| ||| | |   ||    
T  26903617 caaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaatgattttgtagatgtgtcggaagtggagttgcgcagaca 26903518  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgc 333  Q
    ||||   ||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||           |||||||||||||||| |||    
T  26903517 acttcataattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggctttcggatctttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgc 26903418  T
Q  334 aacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    || ||||||| | | |||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  26903417 aagacatttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccg 26903367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 145 - 384
Target Start/End: Original strand, 36617423 - 36617673
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||| ||| | |   ||    
T  36617423 caaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaatgattttgtagatgtgtcggaagtggagttgcgcagaca 36617522  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgc 333  Q
    ||||   ||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||           |||||||||||||||| |||    
T  36617523 acttcataattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggctttcggatctttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgc 36617622  T
Q  334 aacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    || ||||||| | | |||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  36617623 aagacatttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccg 36617673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 145 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 38573443 - 38573175
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| | ||||| | ||||||||||   ||||||||||||||  ||| ||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||| ||||||| |  |||    
T  38573443 caaagtcacttgcaacatttgatgtgaattaattattgaggatggctgaattttatcaaaacaattttatagatgttccggaagtagcgttacgcactca 38573344  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg-----------gaaacaaataaatgc 333  Q
     |||| |||||||| || | |||||| |||||| |||||| |||  |||||| ||| |||| ||||||||||||           ||||||||||| |||    
T  38573343 gcttaagaattatgttacagatgttcgatctgacccaaaagttgttaagttgtaagggctttcaaatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtgc 38573244  T
Q  334 aacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    |||||||||| ||| |||||||| | | |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  38573243 aacacatttgctattgtttataaacttttgaagttggctttgctcttgccgatagcaactgcaagtgtt 38573175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 314 - 384
Target Start/End: Original strand, 25032075 - 25032145
Alignment:
Q  314 ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | | | ||||||||  |||||||||||||    
T  25032075 ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttattatggtttattaacttttgaagttggttttgctcttgccg 25032145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 314 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 7856785 - 7856697
Alignment:
Q  314 ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||  ||| |||||||| | | |||||||| ||||||| |||||| ||| |||| ||| ||||    
T  7856785 ttgtggaaacaaataagtgcaacacgtttcctatggtttataaacttttgaagttggctttgcttttgccggtagcaactgcaagtgtt 7856697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 319 - 379
Target Start/End: Original strand, 35502350 - 35502410
Alignment:
Q  319 gaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctct 379  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  35502350 gaaacaaataagtgcaacccatttgttatgatttataagcttttgaagttgattttgctct 35502410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 123; Significance: 6e-63; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 160 - 402
Target Start/End: Original strand, 9539278 - 9539520
Alignment:
Q  160 cttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatgaattatgc 259  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||   ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||     
T  9539278 cttttgacgtgaaaaaattattgagaatgattgagttttatccaaataattttatagaagtgttggaagtggcgttatgccatcaacttaagaattatgt 9539377  T
Q  260 taaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagca 359  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |     
T  9539378 tacaaatgttcgatctgatccaaaatttgctaagttgaaggggcttccagatctttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgttttggtttataaact 9539477  T
Q  360 tgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    | ||||||||  ||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  9539478 tttgaagttggttttgctcttgccgatagcaactgcaagtgtt 9539520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 145 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 6227149 - 6226881
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||| || ||||| |||||||||  |||    
T  6227149 caaagtcatttgcaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgaattttatccaaattattttatagatgttccggaagtagcgttacacactca 6227050  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgc 333  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |||  |||||| ||| |||| || ||||           |||||||||||||||| |||    
T  6227049 acttaagaattatgttaaaaatgttcgatctgacccaaaagttgttaagttgtaagggctttcagatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtgc 6226950  T
Q  334 aacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    |||||||||| ||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  6226949 aacacatttgctatggtttataaacttttgaagttgactttgctcttgccgatagcaactgcaagtgtt 6226881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 145 - 402
Target Start/End: Original strand, 10780820 - 10781076
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||| |  |||    
T  10780820 caaagttatttgcaacttttgatgtgaacaa-ttaataagggtgactgagttttatccaaataattttatagatgtgtcgaaagtggcgttacgcactca 10780918  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgt 344  Q
    |||||  ||||||| || | |||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||  ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  10780919 acttaataattatgttacatatgttcgatctgacctaaaatttgctaagttgaaaggactttcagatctttgtggaaacaaataagtgcaacacatttac 10781018  T
Q  345 tatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    |||||||||||| | | ||||||||  ||||||||||||| ||| |||| ||| ||||    
T  10781019 tatagtttataaacttttgaagttggttttgctcttgccggtagcaactgcaagtgtt 10781076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 145 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 25031411 - 25031162
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||||||||||  |||    
T  25031411 caaagtcatttgcagtttttaatgtgaacaaattattgaggatgattgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtggcgttacacactca 25031312  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgc 333  Q
    ||||| || ||||| || |||||||| |||||| || ||| |||| ||||| | || |||| || ||||           ||||||||||||||||||||    
T  25031311 acttaagagttatgttacaaatgttcgatctga-cctaaaattgctaagttcagagggctttcagatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataaatgc 25031213  T
Q  334 aacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    |||||||||| ||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||||    
T  25031212 aacacatttgctatggtttataaacttttgaagttgactttgctcttgccg 25031162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 145 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 34912778 - 34912509
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||| |||| |  ||||||||||||||||||||    
T  34912778 caaagtcatttgcaccttttgatgtgaacaaattattgaggatggttgaaatttatccaaatgattttatagatgttctggaagtggcgttacaccatca 34912679  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtg-cttccaaatctttg-----------tggaaacaaataaatg 332  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||| |   ||||||||| ||||| ||| || ||| || |||||||           ||||||||||||| ||    
T  34912678 acttaggaattatgttataaatgttcaatctaacttaaaatttgctaagtttaaaatgactttcagatctttgtccaaaacttctggaaacaaataagtg 34912579  T
Q  333 caacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    |||||||||   |||||||||||||| | |||||||| |||||  ||||||||||| |||| ||| ||||    
T  34912578 caacacattcactatagtttataagcttttgaagttggctttgtccttgccgatagtaactgcaagtgtt 34912509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 152 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 9478085 - 9477932
Alignment:
Q  152 atttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatg 251  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| | ||||| |  |||||||| |    
T  9478085 atttgcagcttttgatgtgaacaaattattgagtatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgccggaagtagtgttacgctgtcaacttaag 9477986  T
Q  252 aattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgctt 305  Q
    ||||||| || |||||||| |||| | ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  9477985 aattatggtacaaatgttcgatctaacccaaaatttgctaagttgaaagggctt 9477932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 145 - 384
Target Start/End: Original strand, 1016651 - 1016901
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||| ||| | |   ||    
T  1016651 caaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaatgattttgtagatgtgtcggaagtggagttgcgcagaca 1016750  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgc 333  Q
    ||||   ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |  ||||           |||||||||||||||| |||    
T  1016751 acttcataattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaattttcaaagttgaaagggctttcggatctttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgc 1016850  T
Q  334 aacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    || ||||||| | | |||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  1016851 aagacatttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccg 1016901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 173 - 269
Target Start/End: Original strand, 42311301 - 42311397
Alignment:
Q  173 caaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatgaattatgctaaaaatgtt 269  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| || || | |||||| |||||| |  ||||||| ||||||||| || |||||||    
T  42311301 caaattattgaggatgtctgagttttatccaaatgattttatagatatgtcggaagtgacgttacgcactcaacttgtgaattatgttacaaatgtt 42311397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 324 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 8065257 - 8065199
Alignment:
Q  324 aaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgc 382  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| | | |||||||| ||||||||||||    
T  8065257 aaataaatgcaacacatttgttatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgc 8065199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 319 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 31738169 - 31738109
Alignment:
Q  319 gaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctct 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  | | ||||||||||||||||    
T  31738169 gaaacaaataaatgcaacacatttgttatgatttataagtttttaaagttgactttgctct 31738109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 314 - 384
Target Start/End: Original strand, 27464077 - 27464147
Alignment:
Q  314 ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||| | |||||||| ||||| ||| ||||    
T  27464077 ttgtggaaacaaataagtgcaatacatttgttatgatttataagcttttgaagttggctttgttctagccg 27464147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 314 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 9477912 - 9477870
Alignment:
Q  314 ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataa 356  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  9477912 ttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctatggtttataa 9477870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 145 - 318
Target Start/End: Original strand, 30074278 - 30074451
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||    
T  30074278 caaagtcatttgtagtttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagtattatccaaataattttatagatgtgttggaagtggcgttacaccatca 30074377  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    ||||| |||||||  || |||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  30074378 acttaagaattatattacaaatgttcgatctgaacgaaaatttgctaagttgaaagggctttcaaatctttgtg 30074451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 161 - 402
Target Start/End: Original strand, 2945049 - 2945301
Alignment:
Q  161 ttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatgaattatgct 260  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| ||||||  |||||||||| |||||||  |    
T  2945049 ttttgatgtgaacaaattattgaggatgatcgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttacgtcatcaacttaagaattatatt 2945148  T
Q  261 aaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatag 349  Q
    | |||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||| |||| || ||||           |||||||| ||||||||||||||||||||| |||      
T  2945149 acaaatgttcgatctgaccgaaaatttgctaagttgaaagggctttcagatctttgtacaaaacttgtggaagcaaataaatgcaacacatttgctatga 2945248  T
Q  350 tttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    ||||||| | | |||||||||||||||||||| || ||| |||| ||| ||||    
T  2945249 tttataaacttttgaagttgactttgctcttgtcggtagcaactgcaagtgtt 2945301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 152 - 393
Target Start/End: Original strand, 33941283 - 33941535
Alignment:
Q  152 atttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatg 251  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||   ||| |||| |||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||| | |||||||| |    
T  33941283 atttgcagcttttgatgtgaacaaattattgagaatgggcgagatttacccaaatgattttatagatgtgctggaagtggcgttacatcgtcaacttaag 33941382  T
Q  252 aattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgcaacacat 340  Q
    ||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||           |||||||||||||||| ||||||||||    
T  33941383 aattatgttataaatgttcgatctgacccaaaatttgctaagttgaaagggctttcagatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtgcaacacat 33941482  T
Q  341 ttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaact 393  Q
    ||| ||| | |||||| | | ||||||||  ||||||||||||| ||| ||||    
T  33941483 ttgctatggattataaacttttgaagttggatttgctcttgccggtagcaact 33941535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 146 - 318
Target Start/End: Original strand, 38293455 - 38293627
Alignment:
Q  146 aaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaa 245  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||| |  ||||    
T  38293455 aaagtcatttgcaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagctttatccaaataattttatagatgttccggaagtggcgttacgcactcaa 38293554  T
Q  246 cttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||| |||  |||||| ||| |||| || || ||||||    
T  38293555 cttaagaattatgttacaaatgttcaatctgacccaaaagttgttaagttgtaagggctttcagatttttgtg 38293627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 147 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 10703019 - 10702848
Alignment:
Q  147 aagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaac 246  Q
    |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| || ||||||  ||||| |||||||||  | |||    
T  10703019 aagttatttgcaacttttgatgtgaacaaattattgaggattagtgagttttatccaaatgattttctagatgtgctggaagttgcgttacacactgaac 10702920  T
Q  247 ttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    ||| |||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||  |||| || |||||||||    
T  10702919 ttaagaattatgttacaaatgttctatctgacccaaaatttgctaagttgaaaaggctttcagatctttgtg 10702848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 145 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 24039663 - 24039503
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||  ||||||  |||    
T  24039663 caaagtcatttgcagattttgatgtgaacaaattattgaggatgcctgagttttatccaaatgattttatagatgtgccgaaagtggtattacacactca 24039564  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgctt 305  Q
    ||||| |||||||| || |||| ||| |||| | ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  24039563 acttaagaattatgttacaaatattctatctaacccaaaatttgctaagttgaaagggctt 24039503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 146 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 1692117 - 1691857
Alignment:
Q  146 aaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaa 245  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |  ||||    
T  1692117 aaagtcatttgtagcttttgatgtgaagaaattattgaggatgactgagttttttc-aaataattgtatggatgtgccagaagtggcgttacgcactcaa 1692019  T
Q  246 cttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaa---agttgaaagtgcttccaaatctttg-----------tggaaacaaataaat 331  Q
    |||| |||||||| || |||||||| |||||| ||| ||||||| |   |||||||||  ||| || |||||||           ||||||||||||| |    
T  1692018 cttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccataatttgctaattagttgaaaggactttcagatctttgtgcaaaacttatggaaacaaataagt 1691919  T
Q  332 gcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaact 393  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| | | ||||||||  ||||||| |||| |||| ||||    
T  1691918 gcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggttttgctcatgccaatagcaact 1691857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 145 - 318
Target Start/End: Original strand, 43265580 - 43265753
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||  |||| ||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||| ||| | |   ||    
T  43265580 caaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattaaggatggctgagctttatccaaatgattttgtagatgtgtcggaagtggagttgcgcagaca 43265679  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    ||||   ||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||    
T  43265680 acttcaaaattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggctttcggatctttgtg 43265753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 146 - 318
Target Start/End: Original strand, 32221655 - 32221826
Alignment:
Q  146 aaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaa 245  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||| |||| ||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||    
T  32221655 aaagtcatttgtagcttttgatgtgaacaaattattaaggaagattgggttttatcgaaatgattttatagttgtgtcggaagtggcgttacaccatcaa 32221754  T
Q  246 cttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    ||||  ||||||  | | | ||||| |||||| | |||| |||| |||||||||| |||| || ||| |||||    
T  32221755 cttaaaaattat-attacagtgttcgatctgaccgaaaaattgctaagttgaaagggctttcagatccttgtg 32221826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 146 - 383
Target Start/End: Original strand, 46089832 - 46090079
Alignment:
Q  146 aaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaa 245  Q
    ||||| ||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||| |||||||||||||||  | || | ||||||||||||  |||||||    
T  46089832 aaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattatcgaggatgactgaggtttacccaaataattttatagttatgtcggaagtggcgttatgccatcaa 46089931  T
Q  246 cttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct----------ttgtggaaacaaataaatgcaa 335  Q
    |||| ||||||||  | || |||||||  ||| |  |||||||| ||||||||||  ||| || || |          ||||| |||||||||| |||||    
T  46089932 cttaggaattatgtaataattgttcaacttgacctgaaatttgctaagttgaaaggactttcagattttgtgcaaaacttgtgaaaacaaataagtgcaa 46090031  T
Q  336 cacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgcc 383  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |  ||||| | |||||||||||||    
T  46090032 cacatttgctatggtttataagctttggaagtcggctttgctcttgcc 46090079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 314 - 384
Target Start/End: Original strand, 38300194 - 38300264
Alignment:
Q  314 ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||||    
T  38300194 ttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttgactttgctcttgccg 38300264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 161 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 3045124 - 3045064
Alignment:
Q  161 ttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtg 221  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  3045124 ttttgatgtgaacaaattattgaggatcgttgaattttatccaaataattttatagatgtg 3045064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 314 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 8256835 - 8256765
Alignment:
Q  314 ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    ||||||||| |||||| |||| |||||||| ||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||    
T  8256835 ttgtggaaataaataagtgcagcacatttgctattgtttataagcttttgaagttgattttgctcttgccg 8256765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 314 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 24658709 - 24658636
Alignment:
Q  314 ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgata 387  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||| | | ||||||||  ||||||||||||||||    
T  24658709 ttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctatgatttataaacttttgaagttggttttgctcttgccgata 24658636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 314 - 374
Target Start/End: Original strand, 1247850 - 1247910
Alignment:
Q  314 ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgacttt 374  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||| | |||||||||||||    
T  1247850 ttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctatgatttataagcttttgaagttgacttt 1247910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 319 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 25233230 - 25233168
Alignment:
Q  319 gaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttg 381  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| | |||| ||| |||||||||||    
T  25233230 gaaacaaataagtgcaacacatttgttatgatttataagcttttgaaattggctttgctcttg 25233168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 313 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 25617947 - 25617885
Alignment:
Q  313 tttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttg 375  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||||| | ||||||||| ||||    
T  25617947 tttgttgaaacaaataaatgtaacacatttgctatgatttataagcttttgaagttgattttg 25617885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 314 - 384
Target Start/End: Original strand, 43265760 - 43265830
Alignment:
Q  314 ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| ||| | | |||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  43265760 ttgtggaaacaaataagtgcaagacacttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccg 43265830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 145 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 18459062 - 18458889
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||    
T  18459062 caaagtcatttgcaacttttgatatgaacaaattattgaggattactgagttttatccaaatgattttatagatgtgccggaagtggcgttacacactca 18458963  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    |||||  ||||||| || |||||||| |||| | | ||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||    
T  18458962 acttaataattatgttacaaatgttctatctaacctaaaatttgctaagttgaaagggctttcagatctttgtg 18458889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 152 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 6141753 - 6141587
Alignment:
Q  152 atttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatg 251  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||  | ||||||||||||| |  |||||||| |    
T  6141753 atttggagtttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtatcggaagtggcgttacgcactcaacttaag 6141654  T
Q  252 aattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    ||||||| || |||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||    
T  6141653 aattatgttacaaatgttctatctgacacaaaatttgctaagttgaaagggctttcagatctttgtg 6141587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 154 - 377
Target Start/End: Original strand, 3356741 - 3356975
Alignment:
Q  154 ttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatgaa 253  Q
    |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||| | | ||||||||||  |||||||||||||||    
T  3356741 ttgcagttttttatgtgaacaaattattgaggatgaatgagttttatacaaatgattttatagatgtgtcggtagtggcgttatgccatcaacttatgaa 3356840  T
Q  254 ttatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctt-----------tgtggaaacaaataaatgcaacacattt 342  Q
    ||||  || |||||||  |||||| | ||||||||  |||||||||| |||| || |||||           ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3356841 ttatattataaatgtttgatctgaccgaaaatttgttaagttgaaagggctttcatatctttgtgcaaaacctgtggaaacaaataaatgcaacacattt 3356940  T
Q  343 gttatagtttataagcatgtgaagttgactttgct 377  Q
    | |||  ||||||| | | ||||||||||||||||    
T  3356941 gctatgatttataaacttttgaagttgactttgct 3356975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 162 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 32033422 - 32033191
Alignment:
Q  162 tttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatgaattatgcta 261  Q
    ||||||||||  || ||||||| |||||  ||||||||||||||| ||| |||| ||||| | ||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| ||    
T  32033422 tttgatgtgaataagttattgatgatgacagagttttatccaaatgattgtatagatgtgtcggaagtggtgtttcgccatcaacttaagaattatgtta 32033323  T
Q  262 aaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct---------ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagttt 352  Q
     |||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||| ||||  || |||         |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||    
T  32033322 taaatgttcgatccgacccaaaatttgctaagttgaaagggcttagaagtctttgcaaaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatgattt 32033223  T
Q  353 ataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    |||| | | ||||||||  |||||||||||||    
T  32033222 ataaacttttgaagttggttttgctcttgccg 32033191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 4076033 - 4075860
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||| ||| | |   ||    
T  4076033 caaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaatgattttgtagatgtgtcggaagtggagttgcgcagaca 4075934  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    ||||   ||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||    
T  4075933 acttcataattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggctttcgaatctttgtg 4075860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 154 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 11562463 - 11562318
Alignment:
Q  154 ttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatgaa 253  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||| |||| |||| ||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  11562463 ttgctgcttttgatgtgaacaaattatggaggatgactgaattttatctaaatgatttaatagatgtgtcggaagtggcgttacgccatcaacttaagaa 11562364  T
Q  254 ttatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaa 299  Q
    ||||| || |||||||  || ||| ||||||||||| |||||||||    
T  11562363 ttatgttacaaatgtttgatttgacccaaaatttgctaagttgaaa 11562318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 147 - 288
Target Start/End: Original strand, 18703302 - 18703443
Alignment:
Q  147 aagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaac 246  Q
    |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||| || | |||  |||||||| ||| | ||||||||    
T  18703302 aagtcatttgcaacttttgatgtgaacaaattattgaggttggatgagttttatccaaatgattttttagaagtgttagaagtggggttgcgccatcaac 18703401  T
Q  247 ttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttg 288  Q
    ||   ||||||| || ||||||||||||| | ||||||||||    
T  18703402 ttcgaaattatgttataaatgttcaatctaacccaaaatttg 18703443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 252 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 4075801 - 4075659
Alignment:
Q  252 aattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttcc----------aaatctttgtggaaacaaataaatgcaacacatt 341  Q
    ||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||           |||  |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  4075801 aattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggcttccgatctttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgcaagacatt 4075702  T
Q  342 tgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    || | | |||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  4075701 tgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccg 4075659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 319 - 396
Target Start/End: Original strand, 18703482 - 18703559
Alignment:
Q  319 gaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactaca 396  Q
    ||||||||||| || |||| ||||| ||| |||||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  18703482 gaaacaaataagtgaaacatatttgatatggtttataagcttttgaagttggctttgctcttgcctatagcaactaca 18703559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 314 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 11562292 - 11562222
Alignment:
Q  314 ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | |   |||||||| |||| |||||||||    
T  11562292 ttgtggaaacaaataaatgcaacatatttgctatagtttattaactattgaagttggctttactcttgccg 11562222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 333 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 7700610 - 7700561
Alignment:
Q  333 caacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgc 382  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  7700610 caacacatttgttatggtttataagcttttgacgttgactttgctcttgc 7700561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 81; Significance: 7e-38; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 167 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 6689641 - 6689395
Alignment:
Q  167 tgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatgaattatgctaaaaat 266  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || || |  ||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||    
T  6689641 tgtgaacaaattattgaagatgattgagttttatccaaatgattttatagatatgtcgaaagtggcgttacaccatcaacttaaaaattatgttataaat 6689542  T
Q  267 gttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttata 355  Q
     |||||||||  || |||||||| |||||||||| |||| || ||||           ||||| |||||||||| | ||||||||||| |||  ||||||    
T  6689541 tttcaatctggccctaaatttgctaagttgaaagggctttcagatcttcgtgtaaaacttgtgaaaacaaataagtacaacacatttgctatgatttata 6689442  T
Q  356 agcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||    
T  6689441 agcttttgaagttgactttgctcttgccggtagcaactgcaagtgtt 6689395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 145 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 21883724 - 21883456
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||| |||  ||  ||||||||||||||  |||    
T  21883724 caaagtcacttgcagcttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgaattttatccaaatgtttttatagatgctccgaaagtggcgttacacactca 21883625  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgc 333  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||| |||  |||||| ||  ||||  | ||||           |||||||||||||||| | |    
T  21883624 acttaagaattatgttacaaatgttcaatctgacccaaaagttgttaagttgtaatggcttttagatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtac 21883525  T
Q  334 aacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    |||||||||| ||| |||||||| | | |||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||| ||||    
T  21883524 aacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgccggtagcaactgcaagtgtt 21883456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 154 - 402
Target Start/End: Original strand, 2919689 - 2919948
Alignment:
Q  154 ttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatgaa 253  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||| ||| |||||   ||| |||||||||||||||||||||  |     
T  2919689 ttgcagcttttaatgtgaacaaattattgaggatgtatgagttttatcaaaatcatttaatagatgtgttggaattggcgttacaccatcaacttaatag 2919788  T
Q  254 ttatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttg-----------tggaaacaaataaatgcaacacattt 342  Q
    |||||  | |||||||| || ||| ||||||||||| |||||||||  |||| |  |||||||           ||||||||||||||||||||||||||    
T  2919789 ttatgtaacaaatgttcgatttgacccaaaatttgctaagttgaaacggctttcggatctttgtgcaaaacttatggaaacaaataaatgcaacacattt 2919888  T
Q  343 gttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    ||||| |||||| | | | ||||||||  ||||||||||||| ||| |||| ||| ||||    
T  2919889 gttatggtttattaacttttgaagttggttttgctcttgccggtagcaactgcaagtgtt 2919948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 145 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 24902148 - 24901898
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||| ||| | |   ||    
T  24902148 caaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaatgattttgtagatgtgtcggaagtggagttgcgcagaca 24902049  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgc 333  Q
    ||||  |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||           |||||||||||||||| |||    
T  24902048 acttcagaattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggctttcggatctttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgc 24901949  T
Q  334 aacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    || ||||||| | | |||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  24901948 aagacatttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccg 24901898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 145 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 18817379 - 18817129
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||| ||| | |   ||    
T  18817379 caaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaatgattttgtagatgtgtcggaagtggagttgcgcagaca 18817280  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgc 333  Q
    ||||   ||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||           |||||||||||||||| |||    
T  18817279 acttcataattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggctttcggatctttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgc 18817180  T
Q  334 aacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    || ||||||| | | |||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  18817179 aagacatttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccg 18817129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 174 - 315
Target Start/End: Original strand, 19266871 - 19267012
Alignment:
Q  174 aaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatgaattatgctaaaaatgttcaat 273  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||  ||||||| || |||||||| ||    
T  19266871 aaattattgagaatgattgaattttatccaaatgatttaatagatgtgtcggaagtggcgttacgccatcaacttaaaaattatgttacaaatgttcgat 19266970  T
Q  274 ctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatcttt 315  Q
     ||| ||||||||||| || || |||| |||| || ||||||    
T  19266971 ttgacccaaaatttgctaaattaaaagggctttcagatcttt 19267012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 161 - 402
Target Start/End: Original strand, 14607418 - 14607670
Alignment:
Q  161 ttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatgaattatgct 260  Q
    |||||||||||  |||||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||| || |  ||   |||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |    
T  14607418 ttttgatgtgaagaaattattgaggttgactgacttttatccaaatgattttttagaaatgttggaagtgacgttagaccatcaacttaagaattatgtt 14607517  T
Q  261 aaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg-----------gaaacaaataaatgcaacacatttgttatag 349  Q
    | |||||||| || ||| ||||||||||| ||||| ||   |||| || ||||||||            ||||||||||| ||||||||||  ||||| |    
T  14607518 acaaatgttcgatatgacccaaaatttgctaagttaaattggctttcagatctttgttctaaacatgtagaaacaaataagtgcaacacataagttatgg 14607617  T
Q  350 tttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    ||||||| | | |||||||||||||||||||| || ||| |||| ||| ||||    
T  14607618 tttataaacttttgaagttgactttgctcttgacggtagcaactgcaagtgtt 14607670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 136 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 2148857 - 2148580
Alignment:
Q  136 tgagtctctcaaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgtt 235  Q
    |||||||  |||||| ||||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  2148857 tgagtcttgcaaagtcatttgtaacttttgatgtgaataaattattgaggatgatcgaactttatccaaatgattttttaaatgtgccataagtggcgtt 2148758  T
Q  236 acaccatcaacttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaaca 324  Q
     | ||||||||||  |||||||| || ||||||| ||||||| ||||||||||||||||  |||| |||| || ||||           ||||| |||||    
T  2148757 gcgccatcaacttcagaattatgttataaatgttaaatctgacccaaaatttgcaaagtgtaaagggctttcagatctttgtgcaaaacttgtgaaaaca 2148658  T
Q  325 aataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    ||||| ||||||||||||  |||  ||||||||| | ||||| || ||||||||||| || ||| |||| ||||||||    
T  2148657 aataagtgcaacacattttctatgatttataagcttttgaagctggctttgctcttgtcggtagcaactgcaaatgtt 2148580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 146 - 300
Target Start/End: Original strand, 6802400 - 6802554
Alignment:
Q  146 aaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaa 245  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| |||| |||||| ||||| |||||||  ||||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  6802400 aaagtcatttgcaacttttgatgtgaacaaattattaaggatggttgacttttattcaaatgattttatggatgtgtcagaagtggtgttacgccatcaa 6802499  T
Q  246 cttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaag 300  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  6802500 cttaggaattatgttataaatgttcaatctgacccaaaatttgccaagtcgaaag 6802554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 157 - 393
Target Start/End: Original strand, 24556555 - 24556802
Alignment:
Q  157 cagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatgaatta 256  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| || | |||   ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  24556555 cagcttttaatgtgaacaaattattgaggatgactgaattttatccaaatgattttgtagaagtggtggaagtggcgttacgccatcaagttaggaatta 24556654  T
Q  257 tgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgtt 345  Q
    || || |||||||||||||||  ||| |||||| |||||||||| |||| || | ||           ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  24556655 tgttataaatgttcaatctgactcaagatttgctaagttgaaagggctttcataactttgtgcaaaacttgtgaaaacaaataagtgcaacacatttgtt 24556754  T
Q  346 atagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaact 393  Q
    || |||||||||  | |||||||| |||||||||| ||| ||| ||||    
T  24556755 atggtttataagattttgaagttggctttgctcttaccggtagcaact 24556802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 152 - 300
Target Start/End: Original strand, 32161038 - 32161186
Alignment:
Q  152 atttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatg 251  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||| | ||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||  || |||||| ||||| ||||||||||| |    
T  32161038 atttgcaacttttgatgtgaataaattattgaaggtgattgacttttacccaaatgattttatagatgtatcaaaagtggtgttacgccatcaacttaag 32161137  T
Q  252 aattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaag 300  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||    
T  32161138 aattatgttacaaatgttcaatctgacccaaaatttgctaaattgaaag 32161186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 136 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 29866641 - 29866459
Alignment:
Q  136 tgagtctctcaaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgtt 235  Q
    ||||| || |||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||| || |||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| | ||    
T  29866641 tgagtttcgcaaagttatttgcagtttttgatgtgaacaacttatcgaagatgattggggtttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacatt 29866542  T
Q  236 acaccatcaacttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    |||||||||||||| |||||||  || ||||||||  ||||| | ||||||||| |||||||||| | || || |||||||||    
T  29866541 acaccatcaacttaagaattatattacaaatgttcgttctgaccgaaaatttgctaagttgaaagggttttcagatctttgtg 29866459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 145 - 384
Target Start/End: Original strand, 45485841 - 45486091
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||| ||| | |   ||    
T  45485841 caaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaatgattttgtagatgtgtcggaagtggagttgcgcagaca 45485940  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatct-----------ttgtggaaacaaataaatgc 333  Q
    ||||   ||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||           |||||||||||||||| |||    
T  45485941 acttcataattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggctttcggatctttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgc 45486040  T
Q  334 aacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccg 384  Q
    || ||||||| | | |||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  45486041 aagacatttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccg 45486091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 146 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 44873752 - 44873613
Alignment:
Q  146 aaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaa 245  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||  |||||| ||||| |  ||||    
T  44873752 aaagtcatttgcagcttttgatgtgaacaaattattgaagatggttgagttttatccaaatgattttatagatgtaccgaaagtggtgttacccactcaa 44873653  T
Q  246 cttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaat 285  Q
    |||| |||||||| || | || ||| ||||||||||||||    
T  44873652 cttaagaattatgttacatatattcgatctgatccaaaat 44873613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 315 - 393
Target Start/End: Original strand, 6802580 - 6802658
Alignment:
Q  315 tgtggaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaact 393  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||  ||  ||||||||| | ||||||||  |||||||| |||| ||| ||||    
T  6802580 tgtggaaacaattaaatgcaacacatttgaaatgctttataagcttttgaagttggttttgctctcgccggtagcaact 6802658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 145 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 36745406 - 36745159
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| |||||    |||||||||||| |  |||    
T  36745406 caaagttatttgcagcttttgatgtaaacaagttattgaggatgactgggttttatccaaatgattttatagatgtgttgaaagtggcgttacgcactca 36745307  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttg-----------tggaaacaaataaatgc 333  Q
    ||||| |||||||| || |||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||| |||| || |||||||           || ||||| |||| |||    
T  36745306 acttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaagtttgctaagttgaaagggctttcagatctttgtgcaaaaattatgaaaacatataagtgc 36745207  T
Q  334 aacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttg 381  Q
    |||||||||| ||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||    
T  36745206 aacacatttgatatggtttataaacttttgaagttgactttgctcttg 36745159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 136 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 43145039 - 43144762
Alignment:
Q  136 tgagtctctcaaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgtt 235  Q
    ||||| || |||||| |||||||| |||| |||||| |||||||| || |||||| | | ||||||||||| |||| ||| |||||   |||||| | ||    
T  43145039 tgagtttcgcaaagttatttgcagtttttcatgtgaacaaattatcgaagatgatcggggtttatccaaatgatttcatagatgtgttggaagtgacatt 43144940  T
Q  236 acaccatcaacttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctt-----------tgtggaaaca 324  Q
    ||| |||||||||| |||||||  || |||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||| | || ||||||||           ||||||||||    
T  43144939 acaacatcaacttaagaattatattacaaatgttcgatctgaccgaaaatttgctaagttgaaagagttttcaaatctttgtgcaaaacttgtggaaaca 43144840  T
Q  325 aataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttgccgatagaaactacaaatgtt 402  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||    
T  43144839 aataaatgtaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttgactttgctcttgccggtagcaactgcaagtgtt 43144762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 145 - 354
Target Start/End: Original strand, 36633629 - 36633849
Alignment:
Q  145 caaagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatca 244  Q
    |||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||| |    
T  36633629 caaagtcatttgcggtttttgatgtgaacaaattattgaggatgactaagttttatccaaatgatttaatagatgtgccggaagtggcgttacgccatta 36633728  T
Q  245 acttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatc-----------tttgtggaaacaaataaatgc 333  Q
    ||||| ||||| || || |||| ||| || ||||||||||||||| |||| |||  | ||| || |||           |||||||||||||||||||||    
T  36633729 acttaagaattgtgttacaaatattcgatttgatccaaaatttgctaagtcgaatctactttcacatctttgtgcaaaatttgtggaaacaaataaatgc 36633828  T
Q  334 aacacatttgttatagtttat 354  Q
    |||||||||| ||| ||||||    
T  36633829 aacacatttgctatggtttat 36633849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 147 - 318
Target Start/End: Original strand, 17076261 - 17076431
Alignment:
Q  147 aagtaatttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaac 246  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || || || | || || | ||| |||   ||||    
T  17076261 aagtcatttgctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaataattttgtagat-tgtctgatgtagagttgcacagacaac 17076359  T
Q  247 ttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    ||  |||||||| ||  |||||| |||||||||||||||| || |||||||||| |||| |  |||||||||    
T  17076360 ttcagaattatgttaggaatgttaaatctgatccaaaattcgctaagttgaaagggctttcggatctttgtg 17076431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 58 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 25819636 - 25819371
Alignment:
Q  58 tttttatataaataaagcacaatatgttgaaaataagaa--caaatcaacaaccttctaaaactcttataatgtgtttaatg----agtctctcaaagta 151  Q
    |||| |||| |||||| || |||||||| ||||||||||  ||| ||||||| ||| || |||||||| ||||||||| |||    | || | |||| |     
T  25819636 ttttaatatgaataaaacataatatgttaaaaataagaaaacaagtcaacaaacttttagaactcttacaatgtgttttatgtttgactcccgcaaaatt 25819537  T
Q  152 atttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaacttatg 251  Q
    |||| ||| |||| ||||||  |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  |||| || || ||   ||| || ||||||  ||||||||||      
T  25819536 atttccagttttttatgtgaataaattattgaggatgactgaattt-atccaaatggttttgtagatatgttggaactgacgttacgtcatcaacttaga 25819438  T
Q  252 aattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagtgcttccaaatctttgtg 318  Q
    ||| ||| |  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  25819437 aataatgttgtaaatgttaaatctgatccaaaatttgctaagttaaaagggaatccaaatctttgtg 25819371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 175 - 245
Target Start/End: Original strand, 30077995 - 30078064
Alignment:
Q  175 aattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccagaagtggcgttacaccatcaa 245  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||    
T  30077995 aattattgagaatgactgagttttatccaaataattttatagatgtg-ctgaagcggcgttacaccatcaa 30078064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 25767402 - 25767341
Alignment:
Q  152 atttgcagcttttgatgtgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataatttta 213  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  25767402 atttgcagtttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagtttaatccaaatgatttta 25767341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 319 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 5569242 - 5569180
Alignment:
Q  319 gaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttg 381  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||  ||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  5569242 gaaataaataagtgcaacacatttgttatgatttattagcttttgaagttgactttgctcttg 5569180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0535 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0535
Description:

Target: scaffold0535; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 319 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 9956 - 9895
Alignment:
Q  319 gaaacaaataaatgcaacacatttgttatagtttataagcatgtgaagttgactttgctctt 380  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||    
T  9956 gaaacaaataagtgcaacacatttgttatattttataagattttgaagttgactttgctctt 9895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University