View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7994_low_1 (Length: 674)

Name: NF7994_low_1
Description: NF7994
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7994_low_1
NF7994_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (5-642)||(45381261-45381897)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 589; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 45381897 - 45381261
Alignment:
Q  5 agtttcgtgttatacttatggcaaagaaagcaatgtttgaatattgttgtagacattaatgttggtactaaaactatgaagctaacctgaagaaaattca 104  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45381897 agtttcatgttatacttatggcaaagaaagcaatgtttgaatattgttgtagacattaatgttggtactaaaactatgaagctaacctgaagaaaattca 45381798  T
Q  105 tgagtgtctccatggtagcagttctatctggaccaatttcataggacctaataacaaaaatttgcctaaacacaaaccttccttcaacaaatctcccatt 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45381797 tgagtgtctccatggtagcagttctatctggaccaatttcataggacctaataacaaaaatctgcctaaacacaaaccttccttcaacaaatctcccatt 45381698  T
Q  205 ggtaacaagagcaacatctgttgtattttc---atttagcaattttttaggagcctctaccacttgtaaaccattcaccttagttccattaactgtgtcc 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  45381697 ggtaacaagagcaacatctgttgtattttcttcatttagcaattttttaggagcctctaccacttgtaaaccattcaccttagttccattaattgtgtcc 45381598  T
Q  302 actttatgaaaagtactaccatgattagaatttgtaatcaccaatgaaaatcttcgtttgttgtggttgttcaatgtgtcattgttttgatgagaggaat 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45381597 actttatgaaaagtactaccatgattagaatttgtaatcaccaatgaaaatcttcgtttgttgtggttgttcaatgtgtcattgttttgatgagaggaat 45381498  T
Q  402 taaaattcacctccaaaaccttccttgagttgatcatattttccttctttgcattgctcacattccaattcccttgtaagccaatgttgctgattgttgc 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45381497 taaaattcacctccaaaaccttccttgagttgatcatattttccttctttgcattgctcacattccaattcccttgtaagccaatgttgctgattgttgc 45381398  T
Q  502 cattgaaattataaaacaatgcaaatcgcaaggaaactttataagccagcctagttagaattcaaaaactaggaaaagtggaaaaagtaatatgttacat 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  45381397 cattgaaattataaaacaatgcaaatcacaaggaaactttataagccagcctagttagaattcaaaaactaggaaaagtggaaaaagta--atgttacat 45381300  T
Q  602 ataaatctagctcatgtttcttgtggaagagggattgatta 642  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  45381299 ataaatctagctc--gtttcttgtggaagagggattgatta 45381261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University