View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8004_low_5 (Length: 436)

Name: NF8004_low_5
Description: NF8004
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8004_low_5
NF8004_low_5
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (31-411)||(2162128-2162508)
chr6 (31-411)||(2168291-2168671)
chr6 (31-411)||(2179924-2180304)
chr6 (31-406)||(2207160-2207535)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (31-411)||(14596-14978)
[»] scaffold0254 (1 HSPs)
scaffold0254 (31-411)||(2026-2408)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (4-412)||(27781116-27781522)
chr3 (47-411)||(27785015-27785379)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (178-253)||(19488151-19488225)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 31 - 411
Target Start/End: Original strand, 2162128 - 2162508
Alignment:
Q  31 tcaaaagaagacattatttgatccatccaagaaactgaatgaaatgaagcgacatatggcgcaacttgaatggtacaaaatgaaaacaaaaaatcttgac 130  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2162128 tcaaaagaagacatcatttgatccatccaagaaattgaatgaaatgaagcgacatatggcgcaacttgaatggtacaaaatgaaaacaaaaaatcttgac 2162227  T
Q  131 atagggtactatgacagcttcaaaaacatgaacaagtcatctgatattgatgttgttaactttcataaaaagctcacaatttattgggaaaagatggttg 230  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||      | ||||  ||||||||||   ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2162228 atagggtactatgacagctacaaaaacaagaacgcacagtttgatcatgatgttgttgtatttcataaaatactcacaaattattgggaaaagatggttg 2162327  T
Q  231 aagaagctgaactgaagcctcaaagagaaggcgctgcgtttcgttatcactggctcttcggtggaactacatatagaagaatggttgaaccactagttat 330  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2162328 aagaagctgaactgaaacctcaaagagaaggcgctgcatttcgtaatcgctggctcttcggtggaactacatatagaagaatggttgaaccactagctat 2162427  T
Q  331 tgctcaatactatagagatggtggtaaagattatgtcaataaacaaagatccaaacacttcaaaaccttggaggaatggtt 411  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2162428 tgctcagtactatagagatggtggtaaagattatgtcaataaacatagatccaaacacttcaaaactttggaggaatggtt 2162508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 31 - 411
Target Start/End: Original strand, 2168291 - 2168671
Alignment:
Q  31 tcaaaagaagacattatttgatccatccaagaaactgaatgaaatgaagcgacatatggcgcaacttgaatggtacaaaatgaaaacaaaaaatcttgac 130  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  2168291 tcaaaagaagacatcatttgatccatccaagaaactgaatgaaatgaggcgacatatggcgcaacttgaatggtacagaaagaaaacaaaaaatcttgac 2168390  T
Q  131 atagggtactatgacagcttcaaaaacatgaacaagtcatctgatattgatgttgttaactttcataaaaagc-tcacaatttattgggaaaagatggtt 229  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||| |||||  ||| |||| |   | |  |||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||    
T  2168391 atagggtactatgacagctacaaaaacaagaacgtatcagctgattatgaagttgattggtatt-taaaaagcatcatatttttttgggaaaagatggtt 2168489  T
Q  230 gaagaagctgaactgaagcctcaaagagaaggcgctgcgtttcgttatcactggctcttcggtggaactacatatagaagaatggttgaaccactagtta 329  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2168490 gaagaagctgatctgaagcctcaaagagaaggcgctgcatttcgtactcgctggatcttcggtggaactacatatagaagaatggttgaaccactagcta 2168589  T
Q  330 ttgctcaatactatagagatggtggtaaagattatgtcaataaacaaagatccaaacacttcaaaaccttggaggaatggtt 411  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  2168590 ttgctcaatactatagagacggtggtaaagattatatcaataaacaaagatccaaacacttcaaagctttggaggaatggtt 2168671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 31 - 411
Target Start/End: Original strand, 2179924 - 2180304
Alignment:
Q  31 tcaaaagaagacattatttgatccatccaagaaactgaatgaaatgaagcgacatatggcgcaacttgaatggtacaaaatgaaaacaaaaaatcttgac 130  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  2179924 tcaaaagaagacatcatttgatccatccaagaaactgaatgaaatgaggcgacatatggcgcaacttgaatggtacagaaagaaaacaaaaaatcttgac 2180023  T
Q  131 atagggtactatgacagcttcaaaaacatgaacaagtcatctgatattgatgttgttaactttcataaaaagc-tcacaatttattgggaaaagatggtt 229  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||| |||||  ||| |||| |   | |  |||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||    
T  2180024 atagggtactatgacagctacaaaaacaagaacgtatcagctgattatgaagttgattggtatt-taaaaagcatcatatttttttgggaaaagatggtt 2180122  T
Q  230 gaagaagctgaactgaagcctcaaagagaaggcgctgcgtttcgttatcactggctcttcggtggaactacatatagaagaatggttgaaccactagtta 329  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2180123 gaagaagctgatctgaagcctcaaagagaaggcgctgcatttcgtactcgctggatcttcggtggaactacatatagaagaatggttgaaccactagcta 2180222  T
Q  330 ttgctcaatactatagagatggtggtaaagattatgtcaataaacaaagatccaaacacttcaaaaccttggaggaatggtt 411  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  2180223 ttgctcaatactatagagacggtggtaaagattatatcaataaacaaagatccaaacacttcaaagctttggaggaatggtt 2180304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 31 - 406
Target Start/End: Original strand, 2207160 - 2207535
Alignment:
Q  31 tcaaaagaagacattatttgatccatccaagaaactgaatgaaatgaagcgacatatggcgcaacttgaatggtacaaaatgaaaacaaaaaatcttgac 130  Q
    ||||||||||| || |||| ||||||| || |||| ||||||||||||| ||  ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  2207160 tcaaaagaagatatcatttaatccatcaaataaacagaatgaaatgaagggatgtatagcacaagttgaatggtacaaaaagaaaacaacaaatcttgac 2207259  T
Q  131 atagggtactatgacagcttcaaaaacatgaacaagtcatctgatattgatgttgttaactttcataaaaagctcacaatttattgggaaaagatggttg 230  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||| || |   |||||||  |||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  2207260 atagggtactatgacagttacaaaaacatgtacgaaatatctgattatgatgttgttgagtttcataaaaagctcacaagttattgggagaagatggttg 2207359  T
Q  231 aagaagctgaactgaagcctcaaagagaaggcgctgcgtttcgttatcactggctcttcggtggaactacatatagaagaatggttgaaccactagttat 330  Q
    |||| | |||| |||||||| ||| |||||| ||    |||| |  |   ||||| |  ||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  2207360 aagacgttgaaatgaagcctaaaaaagaaggtgccttttttcctacttgttggctatatggtggaattatttatagaagaatggttgaaccattagctat 2207459  T
Q  331 tgctcaatactatagagatggtggtaaagattatgtcaataaacaaagatccaaacacttcaaaaccttggaggaa 406  Q
    |||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||    
T  2207460 tgctcaatactacaaagaaggtggtaaagattatgtgaataaaaaaaggtccaaacacttcaaaaaattggaggaa 2207535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 31 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 14978 - 14596
Alignment:
Q  31 tcaaaagaagacattatttgatccatccaagaaactgaatgaaatgaagcgacatatggcgcaacttgaatggtacaaaat-gaaaacaaaaaat-cttg 128  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  14978 tcaaaagaagacatcatttgatccatccaagaaattgaatgaaatgaagcgacatatggcgcaacttgaatggtacaaaatagaaaacaaaaaatacttg 14879  T
Q  129 acatagggtactatgacagcttcaaaaacatgaacaagtcatctgatattgatgttgttaactttcataaaaagctcacaatttattgggaaaagatggt 228  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||      | ||||  ||||||||||   ||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  14878 acatagggtactatgacagctacaaaaacaagaacgcacagtttgatcatgatgttgttgtatttcataaaatactcacaaattattgggaaa-gatggt 14780  T
Q  229 tgaagaagctgaactgaagcctcaaagagaaggcgctgcgtttcgttatcactggctcttcggtggaactacatatagaagaatggttgaaccactagtt 328  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14779 tgaagaagctgaactgaaacctcaaagagaaggcgctgcatttcgtaatcgctggctcttcggtggaactacatatagaagaatggttgaaccactagct 14680  T
Q  329 attgctcaatactatagagatggtggtaaagattatgtcaataaacaaagatccaaacacttcaaaacctt-ggaggaatggtt 411  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  14679 attgctcagtactatagagatggtggtaaagattatgtcaataaacatagatccaaacacttcaaaactttgggaggaatggtt 14596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 31 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 2408 - 2026
Alignment:
Q  31 tcaaaagaagacattatttgatccatccaagaaactgaatgaaatgaagcgacatatggcgcaacttgaatggtacaaaatgaaaacaaaaaatcttgac 130  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  2408 tcaaaagaagacatcatttgatccatccaagaaactgaatgaaatgaggcgacatatggcgcaacttgaatggtacagaaagaaaacaaaaaatcttgac 2309  T
Q  131 atagggtactatgacagcttcaaaaacatgaacaagtcatctgatattgatgttgttaactttcataaaaagc-tcacaatttatt-gggaaaagatggt 228  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||| |||||  ||| |||| |   |    |||||||| |||  |||| || |||||||||||||    
T  2308 atagggtactatgacagctacaaaaacaagaacgtatcagctgattatgaagttgattggtaatttaaaaagcatcattatttttttgggaaaagatggt 2209  T
Q  229 tgaagaagctgaactgaagcctcaaagagaaggcgctgcgtttcgttatcactggctcttcggtggaactacatatagaagaatggttgaaccactagtt 328  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2208 tgaagaagctgatctgaagcctcaaagagaaggcgctgcatttcgtactcgctggctcttcggtggaactacatatagaagaatggttgaaccactagct 2109  T
Q  329 attgctcaatactatagagatggtggtaaagattatgtcaataaacaaagatccaaacacttcaaaaccttggaggaatggtt 411  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  2108 attgctcaatactatagagacggtggtaaagattatatcaataaacaaagatccaaacacttcaaagctttggaggaatggtt 2026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 4 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 27781522 - 27781116
Alignment:
Q  4 aaaaagactagaagaactatccatccatcaaaagaagacattatttgatccatccaagaaactgaatgaaatgaagcgacatatggcgcaacttgaatgg 103  Q
    ||||| ||| |||||| ||| |||||| || ||||||| ||  ||| |||||||||||||| |||||||  |||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  27781522 aaaaaaactcgaagaaatattcatccaccagaagaagatatcgttttatccatccaagaaattgaatgacgtgaaggtacatatggcccaacttgaatgg 27781423  T
Q  104 tacaaaatgaaaacaaaaaatcttgacatagggtactatgacagcttcaaaaacatgaacaagtcatctgatattgatgttgttaactttcataaaaagc 203  Q
    | |||||||  ||| || ||||   | ||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |    ||   ||| |||||| | || ||||| ||||    
T  27781422 ttcaaaatggcaactaagaatcaacaaatagggtactatgacagctacaaaaatatgaacacacctgtcgaccatgaagttgttcaattccataacaagc 27781323  T
Q  204 tcacaatttattgggaaaagatggttgaagaagctgaactgaagcctcaaagagaaggcgctgcgtttcgttatcactggctcttcggtggaactacata 303  Q
    ||||  |||| ||||| |||||||||||||||| | |  |||| ||||||| |||||| || || ||||||   |  ||| | |  || || ||||| ||    
T  27781322 tcaccgtttactgggagaagatggttgaagaagttcagatgaaacctcaaaaagaaggtgcagcttttcgtacccgttggttatatggcgggactac-ta 27781224  T
Q  304 tagaagaatggttgaaccactagttattgctcaatactatagagatggtggtaaagattatgtcaataaacaaagatccaaacacttcaaaaccttggag 403  Q
     || |||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| | || |||| ||| |||||| ||||  |||| || ||||||||||||   ||||||    
T  27781223 caggagaatggttgaacctctagctattgctgaatactatagaaaaggcggtatagactatgtc-ataacaaaaggtctaaacacttcaaacagttggag 27781125  T
Q  404 gaatggttg 412  Q
    |||||||||    
T  27781124 gaatggttg 27781116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 47 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 27785379 - 27785015
Alignment:
Q  47 tttgatccatccaagaaactgaatgaaatgaagcgacatatggcgcaacttgaatggtacaaaatgaaaacaaaaaatcttgacatagggtactatgaca 146  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||| | ||||    ||||||| ||||||||||||||||||| |||| | || |||    | |||||||| |||||||    
T  27785379 tttgatccatcaaagaagttgaatgacaggaaggtggatatggcccaacttgaatggtacaaaaagaaatctaagaatgaacaaatagggtattatgaca 27785280  T
Q  147 gcttcaaaaacatgaacaagtcatctgatattgatgttgttaactttcataaaaagctcacaatttattgggaaaagatggttgaagaagctgaactgaa 246  Q
    |||||||||||||||||    |   |||   |||||||  | | || ||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||    
T  27785279 gcttcaaaaacatgaactttcccgatgactatgatgttaatcaattccataaaaggctcaccttttattgggagaagatggttgaagaagctgagatgaa 27785180  T
Q  247 gcctcaaagagaaggcgctgcgtttcgttatcactggctcttcggtggaactacatatagaagaatggttgaaccactagttattgctcaatactataga 346  Q
    |||||||| |||||| || || ||||||   |  ||| | | ||  || ||||| || || ||||||||||||||||||   |||||  ||||||| ||     
T  27785179 gcctcaaaaagaaggtgcagcttttcgtacccgttggttatacgcagggactacttacaggagaatggttgaaccactatccattgccaaatactacagt 27785080  T
Q  347 gatggtggtaaagattatgtcaataaacaaagatccaaacacttcaaaaccttggaggaatggtt 411  Q
    || ||||||||||| ||| | |||||  |||| ||| |||| ||||||   |||||||| |||||    
T  27785079 gaaggtggtaaagactatattaataacaaaaggtccgaacatttcaaacagttggaggagtggtt 27785015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 178 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 19488225 - 19488151
Alignment:
Q  178 tgatgttgttaactttcataaaaagctcacaatttattgggaaaagatggttgaagaagctgaactgaagcctcaa 253  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||||||    
T  19488225 tgatgttgttgagtttcataaaaagctcacaatttattgggaaaa-atagttgaagaagttgaaatgaagcctcaa 19488151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University