View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8008_high_2 (Length: 950)

Name: NF8008_high_2
Description: NF8008
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8008_high_2
NF8008_high_2
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-933)||(1935941-1936877)
chr2 (805-872)||(1937392-1937459)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 826; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 826; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 1936877 - 1935941
Alignment:
Q  1 atgagagtccatctatagttgttgtgatttggcaaaatgggtcagcccaaataagcttgataaaatgcaggccttgggcttaaaaatcagaccgagttac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1936877 atgagagtccatctatagttgttgtgatttggcaaaatgggtcagcccaaataagcttgataaaatgcaggccttgggcttaaaaatcagaccgagttac 1936778  T
Q  101 tcccaaattttatggcctcgctgctgcaccaagggaggcaatgcttaacatgaacctagaactgtgttcaatcagcaatatttttgagtttataattgtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1936777 tcccaaattttatggcctcgctgctgcaccaagggaggcaatgcttaacatgaacctagaactgtgttcaatcagcaatatttttgagtttataattgtt 1936678  T
Q  201 gattcttgtattcatatgatcggtggtttgtttcttaacgccatatttacataacaattctgagactactagttgcagagaatatttttaggcactaagc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1936677 gattcttgtattcatatgatcggtggtttgtttcttaacgacatatttacataacaattctgagactactagttgcagagaatatttttaggcactaagc 1936578  T
Q  301 atttatgtgatgtccttattacagtaaaaacgtgagtttaaccttactactaacagaaagcaccaagattgtgtttgtgtttattgcagaa----nnnnn 396  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  1936577 atttatgtgatgtccttattacagtaaaaacgtgagtttaaccttactactaacagaaagcaccaagattgtgtttgtgtttattgcagaagtgtgtgtg 1936478  T
Q  397 nnnnnnnnnnnctgtcatgcagcatgtaacaggaagtgaaaccagccacatattgacgtgaaaatctaaaagcctagtacaaaacatatacaaattgcaa 496  Q
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1936477 tgtgtgtgtgtctgtcatgcagcatgtaacaggaagtgaaaccagccacatattgacgtgaaaatctaaaagcctagtacaaaacatatacaaattgcaa 1936378  T
Q  497 tattttattagatacggcagacaattttcgctaaatcaatgtcgtgcaactaatctcatatattggttccttaaacgttatagaaacatcctgatgaatt 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1936377 tattttattagatacggcagacaattttcgctaaatcaatgtcgtgcaactaatctcatatattggttccttaaacgttatagcaacatcctgatgaatt 1936278  T
Q  597 ttatgacagaacaatgaactcctgaatcacacgcagtctaaatatgacagaaatgacagcatggctgtttctctctagttgttttaatttttaaaattta 696  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1936277 ttatgacagaacaatgaactcctgaatcacacgcagtctaactatgacagaaatgacagcatggctgtttctctctagttgttttaatttttaaaattta 1936178  T
Q  697 aaactatatatgccaaccgtgtccaacattcctgtaacaggtagggtttttctaacttttatatgactcatttcatattttcccctaannnnnnnnnnca 796  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||          ||    
T  1936177 aaactatatatgccaaccgtgtccaacattcctgtaacaggtagggtttttctaacttttatatgactcctttcatattttcccctaattttttttttca 1936078  T
Q  797 taagcatgagcttgctcaacctgcggacgcatgacactacatgcggagatgagagcgtggaatcaaccgtaaactccagacctctcaacaacaccaatta 896  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1936077 taagcatgagcttgctcaacctgcggacgcatgacactacatgcggagatgagagcgtggaatcaaccgtaaactccagacctctcaacaacaccaatta 1935978  T
Q  897 gcttaagaatgttagttaatgatctgttagcagataa 933  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1935977 gcttaagaatgttagttaatgatctgttagcagataa 1935941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 805 - 872
Target Start/End: Complemental strand, 1937459 - 1937392
Alignment:
Q  805 agcttgctcaacctgcggacgcatgacactacatgcggagatgagagcgtggaatcaaccgtaaactc 872  Q
    |||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||    
T  1937459 agctggctcaaccttctgacacatgacactacatgcggagatgagagcatggaatcaactgcaaactc 1937392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University