View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8016_low_3 (Length: 527)

Name: NF8016_low_3
Description: NF8016
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8016_low_3
NF8016_low_3
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (16-527)||(2140550-2141050)
chr6 (201-429)||(2146892-2147117)
chr6 (251-420)||(2125689-2125855)
[»] scaffold0254 (1 HSPs)
scaffold0254 (201-429)||(23353-23581)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 427; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 2141050 - 2140550
Alignment:
Q  16 catattacatagacaacacaaactcgtgtgtcgaactagtaacaatttatcaacatcatagtataagtgtaacttacataatgtaatgctgatcaataat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2141050 catattacatagacaacacaaactcgtgtgtcgaactagtaacaatttatcaacatcatagtataagtgtaacttacataatgtaatgctgatcaataat 2140951  T
Q  116 ttatttagtaaaccagtaactataaaccttataaaaattgaagtataaatattattccacaattaaacttataggaactactagatatataactctgtgt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||               ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2140950 ttatttagtaaaccagtaactataaaccttataaaaattcaa---------------cacaattaaacttataggaactacttgatatataactctgtgt 2140866  T
Q  216 --atctatggacacttgactttgtcatggtgagttagcatatcagtatagcatttgccacatttatccctgttaccataagtttgatcaagagggacaca 313  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2140865 gtatctatggacacttgactttgtcatggtgagttagcatatcagtatagcatttgccacatttatccctgttaccataagtttgatcaagagggacaca 2140766  T
Q  314 tttgcagcgatcacaacatgtcatgcatgctgttatacataccatcttcctcaaatgtagtttgcacctataaatacatagtggaatgcagtctgcccac 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2140765 tttgcagcgatcacaacatgtcatgcatgctgttatacataccatcttcctcaaatgtagtttgcacctataaatacatagtggaatgcaatctgcccac 2140666  T
Q  414 aaaataattatac-aagtatcagttaataatcatgtctaaatttgtttttccaataatcattaatttcatcacatctgacgtacgaaacaca-gacacgg 511  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2140665 aaaataattatacaaagtatcagttaataatcatgtctaaatttgtttttccaataatcattaatttcatcacatctgacgtacgaaacacatgacacgg 2140566  T
Q  512 acaccaaatacaacac 527  Q
    ||||||||||||||||    
T  2140565 acaccaaatacaacac 2140550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 201 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 2147117 - 2146892
Alignment:
Q  201 tatataactctgtgtatctatggacacttgactttgtcatggtgagttagcatatcagtatagcatttgccacatttatccctgttaccataagtttgat 300  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||| ||| || |||  ||  |||| |||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||        
T  2147117 tatataagtgtgtgtatctatgggcacatgatttcgtcgaggaaagttcgcatatcagtgtagcacttgccacatttttctctgttaccataagttc--- 2147021  T
Q  301 caagagggacacatttgcagcgatcacaacatgtcatgcatgctgttatacataccatcttcctcaaatgtagtttgcacctataaatacatagtggaat 400  Q
    || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||| || ||| | | |||||| ||||||| ||||||||||  |  ||||||||||||    
T  2147020 caggagggacacattgacagcgatcacaacatgtcatgcattgtgtcatgcattctaccttccttaaatgtaatttgcacctaacataacatagtggaat 2146921  T
Q  401 gcagtctgcccacaaaataattatacaag 429  Q
    ||| |||||||||||||||| || |||||    
T  2146920 gcaatctgcccacaaaataaatacacaag 2146892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 251 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 2125855 - 2125689
Alignment:
Q  251 catatcagtatagcatttgccacatttatccctgttaccataagtttgatcaagagggacacatttgcagcgatcacaacatgtcatgcatgctgttata 350  Q
    ||||||||| || || ||||||||||| || || ||||||||||||    |  |||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||||     
T  2125855 catatcagtgtaacacttgccacatttttctctattaccataagttc---ctggaggaacacatttgcaccggtcacaacaagtcatgcatgctcttatg 2125759  T
Q  351 cataccatcttcctcaaatgtagtttgcacctataaatacatagtggaatgcagtctgcccacaaaataa 420  Q
    |||    | | |||  |||||  || ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2125758 catgtgttttgcctagaatgtttttggcacctataaccacatagtggaatgcaatctgcccacaaaataa 2125689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 149; Significance: 2e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 201 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 23581 - 23353
Alignment:
Q  201 tatataactctgtgtatctatggacacttgactttgtcatggtgagttagcatatcagtatagcatttgccacatttatccctgttaccataagtttgat 300  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||| ||| || |||  ||  |||| |||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  23581 tatataagtgtgtgtatctatgggcacatgatttcgtcgaggaaagttcgcatatcagtgtagcacttgccacatttttctctgttaccataagtttgat 23482  T
Q  301 caagagggacacatttgcagcgatcacaacatgtcatgcatgctgttatacataccatcttcctcaaatgtagtttgcacctataaatacatagtggaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  23481 caagagggacacatttgcagcgatcacaacatgtcatgcatgctgttatacataccatcttcctcaaatgtagtttgcacctataaccacatagtggaat 23382  T
Q  401 gcagtctgcccacaaaataattatacaag 429  Q
    ||| |||||||||||||||| || |||||    
T  23381 gcaatctgcccacaaaataaatacacaag 23353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University