View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8019_low_16 (Length: 291)

Name: NF8019_low_16
Description: NF8019
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8019_low_16
NF8019_low_16
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (17-208)||(29011120-29011311)
chr6 (226-275)||(28248919-28248968)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (29-280)||(14233677-14233928)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (36-275)||(37786949-37787188)
chr8 (184-275)||(6414319-6414410)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (31-272)||(30380216-30380457)
chr7 (34-264)||(296640-296870)
chr7 (214-280)||(35898356-35898422)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (33-272)||(26904899-26905133)
chr4 (29-264)||(9880849-9881086)
chr4 (81-280)||(9238424-9238624)
chr4 (35-275)||(5706737-5706977)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (55-275)||(301926-302146)
chr2 (35-269)||(38099491-38099725)
chr2 (31-280)||(3461349-3461598)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (214-280)||(50778447-50778513)
[»] scaffold1064 (1 HSPs)
scaffold1064 (54-205)||(2427-2578)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (39-146)||(34982920-34983027)
chr3 (35-275)||(18641296-18641536)
[»] scaffold0038 (1 HSPs)
scaffold0038 (226-275)||(49081-49130)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 144; Significance: 9e-76; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 29011311 - 29011120
Alignment:
Q  17 agcaacatgtacttactgcactctcatcttgtgaagctgagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  29011311 agcaacatgtacttactgcactctcatcttgtgaagctgagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagctttgtggttggattcagtgatgaatga 29011212  T
Q  117 actcaagtgtcaagttgtgaaatctctaacgcttagaatcgataacaattttgacatatgccttggcaagaatccaacctctcatggtataa 208  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||  || |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  29011211 actcaagtgtgaagttgtgacatctctaatactgagaatcaataacaattttgtcatatgctttggcaagaatacaacctctcatgatataa 29011120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 226 - 275
Target Start/End: Original strand, 28248919 - 28248968
Alignment:
Q  226 agattccacttcattagagagtaggtgactaatggaatggttgagctgca 275  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  28248919 agattccatttcattagagagcatgtgactaatggaatgattgagttgca 28248968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 29 - 280
Target Start/End: Original strand, 14233677 - 14233928
Alignment:
Q  29 ttactgcactctcatcttgtgaagctgagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatgaactcaagtgtca 128  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||||||  ||||||| |||||| ||||||| || || || ||| |    
T  14233677 ttactgcactctcattctgtgaagctgagcatattgcaagaacatttgctacttgtcaagctatgtggttagattcagtgatgaaggagcttaaatgtga 14233776  T
Q  129 agttgtgaaatctctaacgcttagaatcgataacaattttgacatatgccttggcaagaatccaacctctcatggtataaacaagcacattgagactaga 228  Q
    ||| |||||  ||||||| || ||||| || ||||| | |  |||| ||||||  |||||||| | ||| ||||||| || ||||||||||||||| |||    
T  14233777 agtagtgaagcctctaaccctcagaattgacaacaaatcttccataagccttgctaagaatcctatctcacatggtagaagcaagcacattgagaccaga 14233876  T
Q  229 ttccacttcattagagagtaggtgactaatggaatggttgagctgcagtatt 280  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  14233877 ttccatttcattagggagcaggtgactaatggaatgattgaggtgcaatatt 14233928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 36 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 37787188 - 37786949
Alignment:
Q  36 actctcatcttgtgaagctgagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatgaactcaagtgtcaagttgtg 135  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| || ||| || ||||| ||||||| ||||| |||||| ||||  ||    
T  37787188 actctcatcttatgaagcagagtacattgcaggaacatttgctacttgtcaagcattatggctgaattcagtgatgaaggaacttaagtgtgaagtgatg 37787089  T
Q  136 aaatctctaacgcttagaatcgataacaattttgacatatgccttggcaagaatccaacctctcatggtataaacaagcacattgagactagattccact 235  Q
    ||  ||||||| || | ||| || ||||| |  | |||| | ||||  |||||||||| ||| ||||| | ||  || ||||||||||| | |||||| |    
T  37787088 aagcctctaacactgaaaattgacaacaaatcagccataagtcttgcaaagaatccaatctcacatggcagaagtaaacacattgagaccatattccatt 37786989  T
Q  236 tcattagagagtaggtgactaatggaatggttgagctgca 275  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  37786988 tcattagagagcaagtgactaatggaatgattgagctgca 37786949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 184 - 275
Target Start/End: Original strand, 6414319 - 6414410
Alignment:
Q  184 aagaatccaacctctcatggtataaacaagcacattgagactagattccacttcattagagagtaggtgactaatggaatggttgagctgca 275  Q
    |||||||| | |||||||||   || ||| ||||||| |||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||| || ||||| ||||    
T  6414319 aagaatcccatctctcatggcggaagcaaacacattgggactagattctatttcattagggagcaggtgactaatggagtgattgagttgca 6414410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 31 - 272
Target Start/End: Original strand, 30380216 - 30380457
Alignment:
Q  31 actgcactctcatcttgtgaagctgagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatgaactcaagtgtcaag 130  Q
    ||||||||| |||| ||||||| ||| || |||| |||||  |||||||| ||||||||  | || ||||||||| ||||||| || ||||||||| |||    
T  30380216 actgcactcgcatcatgtgaagttgaatacattgaaggaacttttgctacttgtcaagctctatgattggattcagtgatgaaagagctcaagtgtgaag 30380315  T
Q  131 ttgtgaaatctctaacgcttagaatcgataacaattttgacatatgccttggcaagaatccaacctctcatggtataaacaagcacattgagactagatt 230  Q
    |  ||||| ||||||| ||    || || ||||| |  | |||| | ||||   ||||||||| ||| ||||| | ||  || ||||||||||| |||||    
T  30380316 tgatgaaacctctaacactggagattgacaacaaatcagccataagtcttgcttagaatccaatctcacatggcaaaagtaaacacattgagaccagatt 30380415  T
Q  231 ccacttcattagagagtaggtgactaatggaatggttgagct 272  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  30380416 ccatttcattagagagcaggtgactaatggaatgattgagct 30380457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 34 - 264
Target Start/End: Original strand, 296640 - 296870
Alignment:
Q  34 gcactctcatcttgtgaagctgagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatgaactcaagtgtcaagttg 133  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||||  | ||| |||||||| |||| || || ||||||||| ||||      
T  296640 gcactctcatcctatgaagctgagtacattgcaggaacatttgctacttttcaagcactatggctggattcagtgataaaagagctcaagtgtgaagtga 296739  T
Q  134 tgaaatctctaacgcttagaatcgataacaattttgacatatgccttggcaagaatccaacctctcatggtataaacaagcacattgagactagattcca 233  Q
    ||||  |||| || || |  || || ||||| |  | |||| | ||||  ||||||||   ||||||||| | ||  || ||||||||||| ||||||||    
T  296740 tgaagcctctgacactgaagattgacaacaaatcagccataagtcttgctaagaatcccgtctctcatggcaaaagtaaacacattgagaccagattcca 296839  T
Q  234 cttcattagagagtaggtgactaatggaatg 264  Q
     |||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  296840 tttcattagggagcaggtgactaatggaatg 296870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 214 - 280
Target Start/End: Original strand, 35898356 - 35898422
Alignment:
Q  214 cacattgagactagattccacttcattagagagtaggtgactaatggaatggttgagctgcagtatt 280  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  35898356 cacattgagaccagattccatttcattagagagcaggtgactaatggaatgattgagctgcactatt 35898422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 47; Significance: 7e-18; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 33 - 272
Target Start/End: Original strand, 26904899 - 26905133
Alignment:
Q  33 tgcactctcatcttgtgaagctgagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatgaactcaagtgtcaagtt 132  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| ||  |||||||  ||       
T  26904899 tgcactttcatcctgtgaagttgagtaaattgcaagtatatttgatacatgtcaagccat-tggttggattcagtgatgaaagagatcaagtgcgaa--- 26904994  T
Q  133 gtgaaatctctaacgcttagaatcgataacaattttgacatatgccttggcaagaatccaacctctcatggtataaacaagcacattgagactagattcc 232  Q
     ||||| ||||||| || |  || || ||||| |  | |||| | ||||  ||||| || |  ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  26904995 -tgaaacctctaacactgaagattgacaacaaatcagccataagtcttgctaagaaccctatttctcatggtataagcaaacacattgagactagattcc 26905093  T
Q  233 acttcattagagagtaggtgactaatggaatggttgagct 272  Q
    |||||||| | ||| || ||| ||||| |||| |||||||    
T  26905094 acttcattggggagcagatgaataatgaaatgattgagct 26905133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 29 - 264
Target Start/End: Original strand, 9880849 - 9881086
Alignment:
Q  29 ttactgcactctcatcttgtgaagctgagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatgaactcaagtgtca 128  Q
    |||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||| |||| |||| |||||| | |||||||| |||||| ||||||| || || || ||| |    
T  9880849 ttactgtactctcatcctatgaagttgagtatattgtaggaacattttctacttgtcaaactttgtggttagattcagtgatgaaagagcttaaatgtga 9880948  T
Q  129 agttgtgaaatctctaacgcttagaatcgataac-aattttgacatatgccttggcaagaatccaacctctcatggtataaacaagcacattgagact-a 226  Q
    | |||||||  ||||||| || | ||| || ||| || | |  |||| | ||||  |||||||| | ||| ||||||| || ||||||||| |||||| |    
T  9880949 aattgtgaagcctctaaccctcataattgacaacaaaatctaccataagtcttgctaagaatcccatctcacatggtagaagcaagcacatagagactaa 9881048  T
Q  227 gattccacttcattagagagtaggtgactaatggaatg 264  Q
     |||||| || ||||| ||| || ||||||||||||||    
T  9881049 aattccattttattagggagcagatgactaatggaatg 9881086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 81 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 9238624 - 9238424
Alignment:
Q  81 atgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatgaactcaagtgtcaagttgtgaaatctct-aacgcttagaatcgataacaattttgacatatgcct 179  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||  | |||||| ||||  ||||  |||| ||| || ||||| || ||||| |  | |||| | ||    
T  9238624 atgtcaagctttgtggttggattcatcaatgaaagagattaagtgtgaagtgatgaagcctcttaacactgagaattgacaacaagtcagccataagtct 9238525  T
Q  180 tggcaagaatccaacctctcatggtataaacaagcacattgagactagattccacttcattagagagtaggtgactaatggaatggttgagctgcagtat 279  Q
    || ||||||||| | ||||||||||| || ||| || |||||||||||||| |  |||||| |  || ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  9238524 tgtcaagaatcccatctctcatggtagaagcaaacatattgagactagatttcgtttcatttggaagcaggtgactaatggtatgattgagttgcagtat 9238425  T
Q  280 t 280  Q
    |    
T  9238424 t 9238424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 275
Target Start/End: Original strand, 5706737 - 5706977
Alignment:
Q  35 cactctcatcttgtgaagctgagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatgaactcaagtgtcaagttgt 134  Q
    |||| ||||| ||||||| |||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||| || ||| |||||||| ||||||| || ||||||||| ||||  |    
T  5706737 cactatcatcctgtgaagttgagtacattacaggaacatttgctacttgtcaagcattatggctggattcagtgatgaaagagctcaagtgtgaagtgat 5706836  T
Q  135 gaaatctctaacgcttagaatcgataacaattttgacatatgccttggcaagaatccaacctctcatggtataaacaagcacattgagactagattccac 234  Q
     ||  |||| || || |  || || ||||| |    |||| | ||||  |||| |||   ||||||||| | ||  || ||| | ||||| ||||||||     
T  5706837 aaagcctctgacactgaagattgacaacaaatcatccataagtcttgctaagagtcctgtctctcatggcagaagtaaacacttagagaccagattccat 5706936  T
Q  235 ttcattagagagtaggtgactaatggaatggttgagctgca 275  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  5706937 ttcattagggagcaagtgactaatggaatgattgagctgca 5706977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 55 - 275
Target Start/End: Original strand, 301926 - 302146
Alignment:
Q  55 gagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatgaactcaagtgtcaagttgtgaaatctctaacgcttagaa 154  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| || ||| || ||||| ||||||| ||||| |||||| ||||  ||||  ||||||| || | ||    
T  301926 gagtacattgcaggaacatttgctacttgtcaagcattatggctgaattcagtgatgaaggaacttaagtgtgaagtgatgaagcctctaacactgaaaa 302025  T
Q  155 tcgataacaattttgacatatgccttggcaagaatccaacctctcatggtataaacaagcacattgagactagattccacttcattagagagtaggtgac 254  Q
    | || ||||| |  | || | | ||||  ||||||| || ||| ||||| |  |  || ||||||||||| |||||| | |||||| ||||| |||||||    
T  302026 ttgacaacaaatcagccacaagtcttgcaaagaatctaatctcacatggcaggagtaaacacattgagaccagattcaatttcatttgagagcaggtgac 302125  T
Q  255 taatggaatggttgagctgca 275  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  302126 taatggaatgattgagctgca 302146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 35 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 38099725 - 38099491
Alignment:
Q  35 cactctcatcttgtgaagctgagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatgaactcaagtgtcaagttgt 134  Q
    |||||||||  ||||||| |||||| ||||||||   |||||| | |||||||||  ||| | |||||||| ||||||| || ||||||||| ||||  |    
T  38099725 cactctcattatgtgaagttgagtacattgcaggtgcatttgcaatatgtcaagctctgttgctggattcaatgatgaaagagctcaagtgtgaagtgat 38099626  T
Q  135 gaaatctctaacgcttagaatcgataacaattttgacatatgccttggcaagaatccaacctctcatggtataaacaagcacattgagactagattccac 234  Q
    |||| ||||||| || |  || || ||||| |    |||| | ||||  | |||||| |  |||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||     
T  38099625 gaaacctctaacactgaagattgacaacaaatcaaccataagtcttgctaggaatcctatttctcatggtagaatcaaacacattgagactagattccat 38099526  T
Q  235 ttcattagagagtaggtgactaatggaatggttga 269  Q
    |||||||| |||   ||||||||||| ||| ||||    
T  38099525 ttcattagggagcgagtgactaatggtatgattga 38099491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 31 - 280
Target Start/End: Original strand, 3461349 - 3461598
Alignment:
Q  31 actgcactctcatcttgtgaagctgagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatgaactcaagtgtcaag 130  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||| ||  | || |  |||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||||| ||| | |||||| |||    
T  3461349 actgcactctcatcatgtgaagaagagtacataactggtacttttgctacttgtcaagcactatggttggattcagtgatgaaggaatttaagtgtgaag 3461448  T
Q  131 ttgtgaaatctctaacgcttagaatcgataacaattttgacatatgccttggcaagaatccaacctctcatggtataaacaagcacattgagactagatt 230  Q
    |  ||||  ||||||| || | ||| ||||| || |  | |||| | ||||  |||||||||| ||  ||||| |  |  || ||||||||||| | |||    
T  3461449 tgatgaagcctctaacactgaaaattgataataaatcagccataagtcttgtaaagaatccaatcttacatggcaggagtaaacacattgagaccatatt 3461548  T
Q  231 ccacttcattagagagtaggtgactaatggaatggttgagctgcagtatt 280  Q
    ||| || ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  3461549 ccattttattagagagcatgtgactaatggaatgattgagctgcactatt 3461598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 214 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 50778513 - 50778447
Alignment:
Q  214 cacattgagactagattccacttcattagagagtaggtgactaatggaatggttgagctgcagtatt 280  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||    
T  50778513 cacattgagaccagattccatttcattagagagcaggtgactaattgaatgattgagctgcactatt 50778447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1064 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold1064
Description:

Target: scaffold1064; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 54 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 2578 - 2427
Alignment:
Q  54 tgagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatgaactcaagtgtcaagttgtgaaatctctaacgcttaga 153  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||| || || |||||| ||||  ||||  |||||||  | |||    
T  2578 tgagtacattgcaggtacatttgctacatgtcaagctttgtggttggattcagcaatgaaagagcttaagtgtgaagtgatgaagcctctaacattgaga 2479  T
Q  154 atcgataacaattttgacatatgccttggcaagaatccaacctctcatggta 205  Q
    || || ||||| |  | |||| |||||| ||||||||| | |||||||||||    
T  2478 attgacaacaagtcagccataagccttgtcaagaatcccatctctcatggta 2427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 146
Target Start/End: Original strand, 34982920 - 34983027
Alignment:
Q  39 ctcatcttgtgaagctgagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatgaactcaagtgtcaagttgtgaaa 138  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||  || |||||||| | |  |||||| || ||||||||| |||| |||||     
T  34982920 ctcatcctgtgaagttgagtatattgcatgaacatttgctacttgtcaagttttatggttggaattagcgatgaaagagctcaagtgtgaagtggtgaag 34983019  T
Q  139 tctctaac 146  Q
     |||||||    
T  34983020 cctctaac 34983027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 35 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 18641536 - 18641296
Alignment:
Q  35 cactctcatcttgtgaagctgagtatattgcaggaatatttgctacatgtcaagccttgtggttggattcattgatgaatgaactcaagtgtcaagttgt 134  Q
    |||| ||||| ||||||| |||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||| || ||| |||||||| ||||||| || ||||||||| ||||  |    
T  18641536 cactatcatcctgtgaagttgagtacattacaggaacatttgctacttgtcaagcattatggctggattcagtgatgaaagagctcaagtgtgaagtgat 18641437  T
Q  135 gaaatctctaacgcttagaatcgataacaattttgacatatgccttggcaagaatccaacctctcatggtataaacaagcacattgagactagattccac 234  Q
     ||  |||| || || |  || || ||||| |    |||| | ||||  |||| |||   ||||||||| | ||  || ||| | ||||| ||||||||     
T  18641436 aaagcctctgacactgaagattgacaacaaatcatccataagtcttgctaagagtcctgtctctcatggcagaagtaaacacttagagaccagattccat 18641337  T
Q  235 ttcattagagagtaggtgactaatggaatggttgagctgca 275  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  18641336 ttcattagggagcaagtgactaatggaatgattgagctgca 18641296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 226 - 275
Target Start/End: Original strand, 49081 - 49130
Alignment:
Q  226 agattccacttcattagagagtaggtgactaatggaatggttgagctgca 275  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  49081 agattccatttcattagagagcatgtgactaatggaatgattgagttgca 49130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University