View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8020_high_1 (Length: 833)

Name: NF8020_high_1
Description: NF8020
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8020_high_1
NF8020_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-817)||(43366006-43366819)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 734; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 734; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 817
Target Start/End: Original strand, 43366006 - 43366819
Alignment:
Q  1 tcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatacttttttgcaaatgaccacggtcccactctatgaaataaagttatagcat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366006 tcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatacttttttgcaaatgaccagggtcccactctatgaaataaagttatagcat 43366105  T
Q  101 attacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgcaattatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgcttaaataa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366106 attacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgcaattatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgcttaaataa 43366205  T
Q  201 aacaatttggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctcactgaactccttccttta----tatttatttgatcaaaaggattg 296  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||    
T  43366206 aaaaaattggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctcactgaactccttcctttatatttatttatttgatcaaaaggattg 43366305  T
Q  297 caaaaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagcttacccctgttctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaagtatcgg 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366306 caaaaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagcttacccctgttctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaagtatcgg 43366405  T
Q  397 tccggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaataaatacactcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaaggactagctagg 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||    
T  43366406 tccggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaataaatacactcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaagga----ctagg 43366501  T
Q  497 agtctaggatgaagtttacttgcaaagttgacaccggcattactgcaggcagagaaaagctgcgagttcctcgaattccatagatcatgcttgtaagtac 596  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366502 agtctaggatgaagtttacttgcaaagttgacaccggcataactgcaggcagagaaaagctgcgagttcctcgaattccatagatcatgcttgtaagtac 43366601  T
Q  597 cttcacttgtcttcaaattcgaagaaacaaaaggaagatattagcaacataacaaaaaatgcatnnnnnnngaaggtgagaacattgtttgattaccgga 696  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||        ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366602 cttcacttgtcttcaaattcgaagaaacaaaaggaagatattagcaacataacaaaaaatgaataaaaa---aaggtgagaacattgtttgattaccgga 43366698  T
Q  697 atgtgaaatggggattgctgatgagaatctaaacgagatttaaccaaatcattatcctgaaatacaatcaaagttacacacagcagcagaatggaatgag 796  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43366699 atgtgaaatggggattgctgatgagaatctaaacgagatttaaccaaatcattatcctgaaatacaatcaaagttacacacagcagcaaaatggaatgag 43366798  T
Q  797 gaatgtaattgaagtagaagg 817  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  43366799 gaatgtaattgaagtagaagg 43366819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University