View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8020_low_16 (Length: 459)

Name: NF8020_low_16
Description: NF8020
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8020_low_16
NF8020_low_16
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (13-452)||(12791288-12791759)
chr5 (13-452)||(12728377-12728848)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 13 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 12791759 - 12791288
Alignment:
Q  13 cttggttcttgtatgatttgatggcacgacagaagaattattgagttaagtgctaagatttgaactctgatgttgccgttaattttgcttagaaattttg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12791759 cttggttcttgtatgatttgatggcacgacagaagaattattgagttaagtgctaagatttgaactctgatgttgccgttaattttgcttagaaattttg 12791660  T
Q  113 tttgttttcttgtatagaaagttgaagtcctaaactaattttt-------------gaacacgtctgtttgtaccctaattaactagtgaccttcagatt 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12791659 tttgttttcttgtatagaaagttgaagtcctaaactaatttttgaaaggatcagtggaacacgtctgtttgtaccctaattaactagtgacctttagatt 12791560  T
Q  200 acgcaacgtacctaacttcagaaaattaatattgacatgccatgtaattccagtacttgctaagaagctaaattgttgacaaatttaacattgtttat-- 297  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  12791559 acgcaacgtacctaacttaagaaaattaatattgacatgccatataattccagtacttgctaagaagctaaattgttgacaaatttaacattgtttatat 12791460  T
Q  298 ------------------aagttcaaagacatcgcataaaaaattaggacacctcaactatgttgacatctctcggatgatatccatctttcacaacatt 379  Q
                      ||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12791459 gtttttatataaaatcacaaggtaaaagacat-gcataaaaaattagggcacctcaactatgttgatatctctcggatgatatccatcttttacaacatt 12791361  T
Q  380 ttaaaaataagatgaaatnnnnnnntatacaaaagcattttggggattaaaccaaaatacaagtgagaataat 452  Q
     |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12791360 ctaaaaataagatgaaataaaaaaatatacaaaagcattttggggattaaaccaaaatacaagtaagaataat 12791288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 13 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 12728848 - 12728377
Alignment:
Q  13 cttggttcttgtatgatttgatggcacgacagaagaattattgagttaagtgctaagatttgaactctgatgttgccgttaattttgcttagaaattttg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12728848 cttggttcttgtatgatttgatggcacgacagaagaattattgagttaagtgctaagatttgaactctgatgttgccgttaattttgcttagaaaatttg 12728749  T
Q  113 tttgttttcttgtatagaaagttgaagtcctaaactaattttt-------------gaacacgtctgtttgtaccctaattaactagtgaccttcagatt 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  12728748 tttgttttcttgtatagaaagttgaagtcctaaactaatttttgaaaggaccagtggaacacgtctgtttgtaccctaattaattagtaaccttcagatt 12728649  T
Q  200 acgcaacgtacctaacttcagaaaattaatattgacatgccatgtaattccagtacttgctaagaagctaaattgttgacaaatttaacattgtttat-- 297  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  12728648 acgcaacgtacctaacttaagaaaattaatattgacatgtcatgtaattccagtacttgctaagaagctaaattgttgacaaatttaacattgtttatat 12728549  T
Q  298 ------------------aagttcaaagacatcgcataaaaaattaggacacctcaactatgttgacatctctcggatgatatccatctttcacaacatt 379  Q
                      ||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12728548 gtttttatataaaatcacaaggtaaaagacat-gcataaaaaattagggcacctcaaatatgttgacatctctcggatgatatccatcttttacaacatt 12728450  T
Q  380 ttaaaaataagatgaaatnnnnnnntatacaaaagcattttggggattaaaccaaaatacaagtgagaataat 452  Q
     |||||||||||||||||       |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  12728449 ctaaaaataagatgaaataaaaaaatatacaaaagtattttggggattaaactaaaatacaagtaagaataat 12728377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University