View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8020_low_3 (Length: 742)

Name: NF8020_low_3
Description: NF8020
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8020_low_3
NF8020_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-725)||(43365300-43366024)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 696; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 696; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 43366024 - 43365300
Alignment:
Q  1 ggtctgcacaaattggtgattgatatacagattttgtatgtgccgttcggctnnnnnnnctcaattaggattttctcaatcgaatttgatgaatgattgg 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366024 ggtctgcacaaattggtgatcgatatacagattttgtatgtgccgttcggctaaaaaaactcaattaggattttctcaatcgaatttgatgaatgattgg 43365925  T
Q  101 tgatacaaatatgaatgataaataatgttatgtggatgcaatatttctggtattgaaaaaatacagattgtttgtgggtgcagataattgatgctgttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365924 tgatacaaatatgaatgataaataatgttatgtggatgcaatatttctggtattgaaaaaatacagattgtttgtgggtgcagataattgatgctgttgt 43365825  T
Q  201 ggctgcctatcttttgaatgctactcttgttattccagcattggatcatacatctttctggaaagacaacaggtctgtgtttacaatttacttctatcat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365824 ggctgcctatcttttgaatgctactcttgttattccagcattggatcatacatctttctggaaagacaacaggtctgtgtttacaatttacttctatcat 43365725  T
Q  301 atcaggaagaatgtctcttaaatcacatataatattttctttggtagcagaacacattttcattgtaccccttaatttgtaagtaatatttgattattat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365724 atcaggaagaatgtctcttaaatcacatataatattttctttggtagcagaacacattttcattgtaccccttaatttgtaagtaatatttgattattat 43365625  T
Q  401 tttcttgcagcaatttttctcaattatttgatgccgattggtttataacatccctccggaatgacataagagttgtaaagcaactaccaaatatgggaga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365624 tttcttgcagcaatttttctcaattatttgatgccgattggtttataacatccctccggaatgacataagagttgtaaagcaactaccaaatatgggaga 43365525  T
Q  501 gaaatttgcgactccatatacagtgcgtgttccaaggaaatgcacccccaaatgctacgagggtcgtgttttaccagtgctgatcaagaaacgtgtaagt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365524 gaaatttgcgactccatatacagtgcgtgttccaaggaaatgcacccccaaatgctacgagggtcgtgttttaccagtgctgatcaagaaacgtgtaagt 43365425  T
Q  601 gtttcattaaaggtccctaattggaagctttcatcaaaattgtgtgcctcaattttattaataaaatttgtggttccaacattgtaagttaggtgtccaa 700  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365424 gtttaattaaaggtccctaattggaagctttcatcaaaattgtgtgcctcaattttattaataaaatttgtggttccaacattgtaagttaggtgtccaa 43365325  T
Q  701 catgctagttattgttgtgttgatg 725  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  43365324 catgctagttattgttgtgttgatg 43365300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University