View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8028_high_1 (Length: 600)

Name: NF8028_high_1
Description: NF8028
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8028_high_1
NF8028_high_1
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (1-595)||(145847-146441)
scaffold0002 (1-595)||(135796-136390)
[»] chr3 (34 HSPs)
chr3 (1-595)||(13332471-13333065)
chr3 (1-595)||(13170598-13171192)
chr3 (1-595)||(13289232-13289826)
chr3 (1-595)||(13343656-13344250)
chr3 (1-595)||(13160547-13161141)
chr3 (1-595)||(8860853-8861447)
chr3 (1-595)||(11130934-11131528)
chr3 (1-595)||(10888873-10889467)
chr3 (1-595)||(11768801-11769395)
chr3 (1-531)||(10580168-10580698)
chr3 (1-595)||(11159925-11160519)
chr3 (1-595)||(11148762-11149356)
chr3 (1-531)||(10434016-10434546)
chr3 (43-531)||(9838470-9838958)
chr3 (43-531)||(9849348-9849836)
chr3 (280-531)||(10126774-10127025)
chr3 (27-562)||(10375786-10376321)
chr3 (1-531)||(10195240-10195770)
chr3 (280-531)||(10663372-10663623)
chr3 (1-531)||(10088357-10088887)
chr3 (280-531)||(10031849-10032100)
chr3 (1-531)||(10363770-10364300)
chr3 (280-531)||(10260544-10260795)
chr3 (250-531)||(10527151-10527434)
chr3 (280-531)||(10184088-10184339)
chr3 (27-531)||(10076859-10077366)
chr3 (6-111)||(10183799-10183904)
chr3 (275-531)||(10500394-10500653)
chr3 (275-513)||(11781993-11782234)
chr3 (6-112)||(10031563-10031669)
chr3 (6-112)||(10126488-10126594)
chr3 (6-112)||(10260258-10260364)
chr3 (6-112)||(10663086-10663192)
chr3 (283-517)||(10517310-10517547)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-595)||(26906464-26907058)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (3-499)||(31679737-31680239)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (3-345)||(44957867-44958209)
chr8 (275-513)||(11484855-11485096)
chr8 (6-120)||(11484589-11484703)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (275-531)||(17852916-17853175)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (1-330)||(49981-50307)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (416-520)||(825890-825994)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (296-360)||(29836511-29836575)
chr7 (459-531)||(29836668-29836740)


Alignment Details
Target: scaffold0002 (Bit Score: 523; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 146441 - 145847
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  146441 tgctgtcaaacaatggatggatcaactgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtacggtggag 146342  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  146341 aagaaacaagctgaaaacatgactaatcaggtttggaacctcttttcatctccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgt 146242  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  146241 gtcaaaggctgcaactttttgcacaacagagagatatccttggcttgcaaactgtgagcgggagagtttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 146142  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  146141 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 146042  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  146041 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 145942  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgatattcttcga 595  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  145941 tatcggaggatttcgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatctgtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgattttcttcga 145847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 136390 - 135796
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  136390 tgctgtcaaacaatggatggatcaactgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctccgatgtaaggtggag 136291  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  136290 aagatacaatctgaaaacatgactaatcaggtttggaacctcttttcatgtccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgt 136191  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  136190 gtcaaaggctgcaactttttgcacaacagagagatatccttggcttgcaaactgtgagcgggagagtttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 136091  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  136090 tgaatctgttatggttggaaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 135991  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  135990 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 135891  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgatattcttcga 595  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  135890 tatcggaggatttcgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatctgtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgattttcttcga 135796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 523; Significance: 0; HSPs: 34)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Original strand, 13332471 - 13333065
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13332471 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 13332570  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13332571 aagaaacaagctgaaaacatgactaatcaggtttggaacctcttttcgtctccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgt 13332670  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | | || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13332671 gtcaaaggctgcaactttttgcacaacagagagatattcttggcttgcaaactgtgagcgcgagagtttctcttagaacgccttcaagttcaatggtaaa 13332770  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13332771 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtgttggtgtggttgca 13332870  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13332871 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 13332970  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgatattcttcga 595  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13332971 tatcggaggatttcgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatctgtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgattttcttcga 13333065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Original strand, 13170598 - 13171192
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13170598 tgctgtcaaacaatggatggatcaactgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctccgatgtaaggtggag 13170697  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13170698 aagatacaatctgaaaacatgactaatcaggtttggaacctcttttcatgtccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgt 13170797  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13170798 gtcaaaggctgcaactttttgcacaacagagagatatccttggcttgcaaactgtgagcgggagagtttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 13170897  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13170898 tgaatctgttatggttggaaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 13170997  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13170998 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 13171097  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgatattcttcga 595  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13171098 tatcggaggatttcgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatctgtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgattttcttcga 13171192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 503; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Original strand, 13289232 - 13289826
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13289232 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 13289331  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13289332 aagaaacaagctgaaaacatgactaatcaggtttggaacctcttttcatctccttttaaaactctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgt 13289431  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | | || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13289432 gtcaaaggctgcagctttttgcacaacagagagatatccttggcttgcaaactgtgagagggagagtttctcttagaacgccttcaagttcaatggtaaa 13289531  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13289532 taaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggtcgca 13289631  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13289632 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 13289731  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgatattcttcga 595  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  13289732 tatcggaggatttcgatattttgagagtaactaaaaccattcatgaatctgtcacttcaagaggtggtgaaagcaataatcttgattctcttcga 13289826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 503; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Original strand, 13343656 - 13344250
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  13343656 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaactacgactccctgcgatgtacggtggag 13343755  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13343756 aagaaacaagctgaaaacatgactaatcaggtttggaacctcttttcgtctccgtttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgt 13343855  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||| |||||||||  ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13343856 gtcaaaggctgcagatttttgcacaacagagagatatccttggcttgcaaactgtgagcgggagagtttctctaagaacaccttcaagttcaatggtaaa 13343955  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13343956 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 13344055  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13344056 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 13344155  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgatattcttcga 595  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13344156 tatcggaggatttcgatattctgagagtcactaaaaccattcatgaatctgtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgattttcttcga 13344250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Original strand, 13160547 - 13161141
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13160547 tgctgtcaaacaatggatggatcaactgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtacggtggag 13160646  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13160647 aagaaacaagctgaaaacatgactaatcaggtttggaacctcttttcatctccttttaaaaatctctatggagagatcaattcacaaatgaagattatgt 13160746  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13160747 gtcaaaggctgcaactttttgcacaacaaagagatatccttggcttgcaaactgtgagcgcgagagtttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 13160846  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13160847 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaggagagactcgttagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 13160946  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13160947 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 13161046  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgatattcttcga 595  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||  |||||||    
T  13161047 tatcggaggatttcgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatctgtcacctcaagagctggcgaaagcaataatcttgattctcttcga 13161141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Original strand, 8860853 - 8861447
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||| | ||| |  ||||||||||  ||| |||||||||||||||| | |||||||||| ||| || ||  | ||||| |||||||||    
T  8860853 tgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctctctttgatgctgaggatttgctcaaccaaatcagttatgattcattacgatgcaaggtggag 8860952  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
     | | |||||||| |||||  | ||||||||| |||||| || |||| |||| |||||| |   ||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  8860953 gatacacaagctgcaaacaaaactaatcaggtgtggaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattcccaaatgaagatcatgt 8861052  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||   ||  ||||| |||| |||||||| | | |||| ||||| |||||||||   | ||    | ||||||  ||||| |||||||||||| | || ||    
T  8861053 gtgatagcttgcaaattttcgcacaacataaagatatccttggtttgcaaactaaaattggtaaagtttctcgtagaaccccttcaagttcagtagttaa 8861152  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| | | || |  |||||| |||| || ||  ||||||  ||||  | ||| ||||| ||||||    
T  8861153 tgaatctgtcatggttggtagaaatgatgataaagagacagtaatgaacatgttgctatcagagagcagcactaggaataacaatatcggtgttgttgca 8861252  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||| |||| |||||| || |||||||||| || |||||||| ||||  |||| |||||    
T  8861253 attttaggtatgggaggtgtcggtaaaacgacacttgcacaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaagagcactttgatctcaaagcatgggcttgtg 8861352  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgatattcttcga 595  Q
    |||| |||||||||||||||   |  |||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  8861353 tatcagaggattttgatatttcaactgtaactaaaactcttcttgaatctgtcacttcaagagcttgggaaaacaataatcttgattttcttcga 8861447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 11131528 - 11130934
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||| ||||| | ||| |  |||||||||| |||| |||||| ||||||||| | || ||||| | ||| || || |||||||| |||||||||    
T  11131528 tgctgtcaaaaaatgggttgatgacttgaaagatgctatctttgatgcggaggatttgctgaatcaaattagttatgagtcactgcgatgcaaggtggag 11131429  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    || | |||||||| |||||  | ||||||||| |||||| || |||| |||| |||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||| ||||  ||||    
T  11131428 aatacacaagctgcaaacaaaactaatcaggtctggaacttcctttcttctccttttaaaaacatctatggagagatcaattcccaaattaagaccatgt 11131329  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||   |  |||||| ||||||||||| | | | |||| ||||| || ||||||   ||||   ||||||  |  ||||| ||||| |||||  |||| ||    
T  11131328 gtgacaacctgcaaatttttgcacaaaacaaagatatccttggtttacaaactaaaagtgctagaattttccatagaacaccttctagttctgtggttaa 11131229  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    ||||||  | ||||||||||| |||||||| ||||||| | | |  |  |||||| ||||  | ||  |||||| |||||  | ||| ||||| ||||||    
T  11131228 tgaatcattcatggttggtagaaaggatgacaaagagacaataacgaacatgttgctatcaaagagcagcactagcaataacaatatcggtgttgttgca 11131129  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||| ||  ||| |||||| || |||||||||| || |||||||| ||||  |||| |||||    
T  11131128 attttaggtatgggaggtgtcggaaaaacaacccttgcacaaattgcttacaatgatgaaaaagttcaagaacactttgatctcaaagcatgggcttgtg 11131029  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgatattcttcga 595  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  | | |||||| ||||||||||| | | | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  11131028 tatcggaggattttgatattttaagagtaactaaaactctccttgaatctgtcacttcaagggcttgggaaaacaataatcttgattttcttcga 11130934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Original strand, 10888873 - 10889467
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||| | ||| |  ||||||||||  ||| |||||| ||||||||| | |||||||| | ||| || ||  ||||||| |||||||||    
T  10888873 tgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgcggaggatttgctgaaccaaattagttatgaatcattgcgatgcaaggtggag 10888972  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    || | |||| |   |||||  | || |||||| |||| | || |||| |||| |||||| |   ||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  10888973 aatacacaatccacaaacaaaactagtcaggtgtggagcttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattcccaaatgaagatcatgt 10889072  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||   ||  ||||||||||||||||||| | | |||| ||||| |||||||||   | ||    | ||||||  ||||| |||||||||||| | || ||    
T  10889073 gtaatagcttgcaactttttgcacaacataaagatatccttggtttgcaaactaaaattggtaaagtttctcgtagaaccccttcaagttcagtagttaa 10889172  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| | | || |  |||||| |||| || ||  ||||||  ||||  | ||| ||||| ||||||    
T  10889173 tgaatctgtcatggttggtagaaatgatgataaagagacaataatgaacatgttgctatcagagagcagcactaggaataacaatatcggtgttgttgca 10889272  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||| |||| |||||| || |||||||||| || |||||||| ||||  |||| |||||    
T  10889273 attttaggtatgggaggtgtcggtaaaacgacacttgcacaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaagagcactttgatctcaaagcatgggcttgtg 10889372  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgatattcttcga 595  Q
    |||| ||||||||||||||| | |  |||||||||||  ||| |||||| || |||||||||| | | |||||||||||||| ||| ||||||||    
T  10889373 tatctgaggattttgatattttaactgtaactaaaactcttcttgaatctgtgacttcaagagcttgggaaaacaataatctagattttcttcga 10889467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Original strand, 11768801 - 11769395
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||| | ||| |  ||||||| || |||| |||||||||||||||  |  | ||||| | ||| |||||||| ||||| ||| |||||    
T  11768801 tgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagacgctatctttgatgctgaggatttactcgatcaaataagttatgactccctccgatgcaagatggag 11768900  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    ||||||||||||  |||||  | ||||||||| |||||| |  ||||||| | |||||||||  ||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  11768901 aagaaacaagctagaaacaaaactaatcaggtgtggaacttactttcatccccttttaaaaacatctatggagagatcaattcccatatgaagatcatgt 11769000  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||  ||| |||||||||||||||||| | | | ||||  | || |||||||||   ||||   || ||||||  ||||| |||||||||||| |||||||    
T  11769001 gtgaaagcctgcaactttttgcacaaaataaagatatattaggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttcaagttcagtggtaaa 11769100  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    ||||||||| || || ||||||||| |||| ||||||| | | || |  |||||| ||||  | || | ||| | | ||| || ||| ||||| ||||||    
T  11769101 tgaatctgtcatagtgggtaggaagaatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagagacacaatccataataatataggtgttgttgca 11769200  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    |||||||| ||||| ||| | || ||||| || ||||| |||||| | || |||||||||||||||||| |  |||||||| |||| |  |||| ||| |    
T  11769201 attttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgctcaacttgtctacaatgataaagaagttcaacaatattttgatttgaaggcatgggcttgcg 11769300  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgatattcttcga 595  Q
    | || ||||||||||||||| |||||||||| |   |  | | |||||||||||||||||||  | | || | ||||||||||||||| ||||||    
T  11769301 tgtctgaggattttgatattatgagagtaaccaggtctctccttgaatcggtcacttcaagaacttgggatagcaataatcttgatatccttcga 11769395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 531
Target Start/End: Original strand, 10580168 - 10580698
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    ||||||||||| |||| | ||| |  |||||||||| |||  |||||||||||| ||| | ||  |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||    
T  10580168 tgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctatcattgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggag 10580267  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    || | ||||||| ||||||  | ||||||||| |||||| || |||| |||| |||||| |   ||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  10580268 aatacacaagctcaaaacaaaactaatcaggtgtggaacttcctttcttctccttttaatagcttctatagagagatcaattcccagatgaagatcatgt 10580367  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||  ||  |||||| | |||||| | || | | || | ||||| |||||||||  |||||   || ||||||   |||| |||||||||||  || | ||    
T  10580368 gtgaaaacctgcaattgtttgcaaatcataaagatgtccttggtttgcaaactaagagtgctagagtttctcatggaactccttcaagttctgtgtttaa 10580467  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
     |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | | || |  |||||| ||||  | ||   ||| | | ||| || ||| ||||| ||||||    
T  10580468 cgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagaaacacaatccataataatataggtgttgttgca 10580567  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    |||||||| ||||| ||| | || ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||  |||| |  ||||||||||    
T  10580568 attttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgacatgaaggcgtgggtttgtg 10580667  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
    | || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  10580668 tgtctgaggattttgatattatgagagtaac 10580698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 11160519 - 11159925
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||| | ||| |  ||||||||||  ||| |||||| ||||||||| | || ||||| | ||| || || |||||||| |||||||||    
T  11160519 tgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgccgaggatttgctgaatcaaattagttatgaatcactgcgatgcaaggtggag 11160420  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    || | |||| |   |||||  | || |||||| |||| | || |||| |||| |||||| |   ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  11160419 aatacacaatccacaaacaaaactagtcaggtgtggagcttcctttcttctccttttaacaccttctatagagagatcaattcccaaatgaagatcatgt 11160320  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||   ||  |||||||||| |||||||| | | |||| ||||| ||||||| |   | ||    | ||||||  ||||| |||||||||||| | || ||    
T  11160319 gtgatagcttgcaacttttcgcacaacataaagatatccttggtttgcaaagtaaaattggtaaagtttctcgtagaaccccttcaagttcagtagttaa 11160220  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    || |||||| ||||||||||| || ||||||||||||| | | || |  |||||| |||| || ||| |||||  |||||  | ||| || || ||||||    
T  11160219 tgcatctgtcatggttggtagaaatgatgataaagagacaataatgaacatgttgctatcagagagtagcactggcaataacaatataggcgttgttgca 11160120  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||| |||| ||| || || |||||||||| ||||||||| | ||||  |||| |||||    
T  11160119 attttaggtatgggaggtgtcggtaaaacgacacttgcacaacttgtttacaataatgaaaaagttcaagatcattttgatttcaaagcatgggcttgtg 11160020  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgatattcttcga 595  Q
    |||| ||||||||||||||| |    |||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||| | | |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  11160019 tatctgaggattttgatattttatctgtaactaaaactcttcttgaatctgtcacttcaagagcttgggaaaccaataatcttgattttcttcga 11159925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 11149356 - 11148762
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||| | ||| |  |||||||||| |||| |||||| ||||||||| | || ||||| | ||| || || |||||||| |||||||||    
T  11149356 tgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgccgaggatttgctgaatcaaattagttatgaatcactgcgatgcaaggtggag 11149257  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    || | |||| |   |||||  | || |||||| |||| | || |||| |||| |||||| |   ||||  ||||||||||||| ||||||||||  ||||    
T  11149256 aatacacaatccacaaacaaaactagtcaggtgtggagcttcctttcttctccttttaacaccatctacagagagatcaattcccaaatgaagaccatgt 11149157  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||   |  |||||| ||||||||||| | | | |||| ||||| |||||||||   ||||   ||||||  |  ||||| ||||| |||||  |||| ||    
T  11149156 gtgacaacctgcaaatttttgcacaaaacaaagatatccttggtttgcaaactaaaagtgctagaattttccatagaacaccttctagttctgtggttaa 11149057  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    ||||||  | ||||||||||| |||||||| ||||||| | | |  |  |||||| ||||  | ||  |||||| |||||  | ||| ||||| ||||||    
T  11149056 tgaatcattcatggttggtagaaaggatgacaaagagataataacgaacatgttgctatcaaagagcagcactagcaataacaatatcggtgttgttgca 11148957  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||| ||  ||| |||||| || |||||||||| || |||||||| ||||  |||| |||||    
T  11148956 attttaggtatgggaggtgtcggaaaaacaacccttgcacaaattgcttacaatgatgaaaaagttcaagaacactttgatctcaaagcatgggcttgtg 11148857  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgatattcttcga 595  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  | | |||||| ||||||||||| | | | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  11148856 tatcggaggattttgatattttaagagtaactaaaactctccttgaatctgtcacttcaagggcttgggaaaacaataatcttgattttcttcga 11148762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 10434546 - 10434016
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||| | ||| |  ||||||||||  ||| |||||| ||||| ||| | ||| |||||| ||| || ||||| ||||  |||||||||    
T  10434546 tgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgccgaggacttgctcaacgaaatcagttatgattcccttcgatccaaggtggag 10434447  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    || | ||| ||| ||||||  | ||||||||| | |||| || ||||||||| |||||| | | ||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  10434446 aatacacatgctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcatctccttttaatagtttctacagagagatcaattctcaaatgaagatcatgt 10434347  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||  |||  ||||||||||||||||  | | | |||| |||||  |||||||    |||| | || ||||||  ||||  |||||||||||  |||| ||    
T  10434346 gtgaaagcttgcaactttttgcacagaataaagatatacttggtctgcaaaccaaaagtgggagagtttctcatagaaatccttcaagttctgtggtcaa 10434247  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||| | | || |  |||||| ||||  | ||   ||| ||  ||| ||  || ||||| ||||||    
T  10434246 tgaatctttcatggttggaaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagaaacacaactcataataagataggtgttgttgca 10434147  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||| || ||||| ||| | || ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||| |||||    
T  10434146 attttaggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaccattttgatttgaaggcctgggcttgtg 10434047  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
    | ||  |||||||||||||| ||| ||||||    
T  10434046 tgtctcaggattttgatattttgaaagtaac 10434016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 43 - 531
Target Start/End: Original strand, 9838470 - 9838958
Alignment:
Q  43 tgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctc 142  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||   | ||||| ||||||  | ||||||||| |||||| ||    
T  9838470 tgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgtggaacttc 9838569  T
Q  143 ttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgtgtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttg 242  Q
     |||| |||| |||||| | | | ||   |||||||||||| || |||||||| ||||||   ||  ||||||||| ||||||  | | | |||| ||||    
T  9838570 ctttcttctccttttaatagtttttacaaagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttg 9838669  T
Q  243 gcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagact 342  Q
    | |||||||||   ||||   || ||||||  ||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||  |||| |||||||||| ||| ||||||| | |    
T  9838670 gtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaat 9838769  T
Q  343 cattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaa 442  Q
     || |  |||||| ||||| | || | ||| ||| |||  | ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| | || ||||| || |||||||||    
T  9838770 aatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaa 9838869  T
Q  443 cttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
    ||| |||| |||||| ||||||||||| | ||||||||| |||  |  |||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  9838870 cttgtttacaatgatgaagaagttcaacaacattttgatatgagggcgtgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaac 9838958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 43 - 531
Target Start/End: Original strand, 9849348 - 9849836
Alignment:
Q  43 tgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctc 142  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||   | ||||| ||||||  | ||||||||| |||||| ||    
T  9849348 tgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaatcaggtgtggaacttc 9849447  T
Q  143 ttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgtgtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttg 242  Q
     |||| |||| |||||| | | | ||   |||||||||||| || |||||||| ||||||   ||  ||||||||| ||||||  | | | |||| ||||    
T  9849448 ctttcttctccttttaatagtttttacaaagagatcaattcccagatgaagatcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttg 9849547  T
Q  243 gcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagact 342  Q
    | |||||||||   ||||   || ||||||  ||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||  |||| |||||||||| ||| ||||||| | |    
T  9849548 gtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaat 9849647  T
Q  343 cattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaa 442  Q
     || |  |||||| ||||| | || | ||| ||| |||  | ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| | || ||||| || |||||||||    
T  9849648 aatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaa 9849747  T
Q  443 cttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
    ||| |||| |||||| ||||||||||| | ||||||||| |||  |  |||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  9849748 cttgtttacaatgatgaagaagttcaacaacattttgatatgagggcgtgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaac 9849836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 280 - 531
Target Start/End: Original strand, 10126774 - 10127025
Alignment:
Q  280 gccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaat 379  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | | || |  |||||| ||||| | || | |||  || ||    
T  10126774 gccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcagagagacacatcccat 10126873  T
Q  380 agtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttg 479  Q
    | || ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| | || ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  10126874 aataatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttgggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttg 10126973  T
Q  480 atctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
    || |||| |  ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  10126974 atttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaac 10127025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 27 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 10376321 - 10375786
Alignment:
Q  27 tgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaagaaacaagctgaaaacatgattaa 126  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||| ||| | ||  |||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||   | ||||| ||||||  | |||    
T  10376321 tgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggagaatgcaaaagctcaaaacaaaactaa 10376222  T
Q  127 tcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgtgtcgaaggctgcaactttttgcacaa 226  Q
    |||||| | |||| || |||| |||| |||||| |   ||||  ||||||||||||| ||||||||| | ||||||   || |||||| | ||||||||     
T  10376221 tcaggtgttgaacttcctttcttctccttttaacaccttctacagagagatcaattctcaaatgaaggtcatgtgtgatagcctgcaattctttgcacag 10376122  T
Q  227 cagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaagg 326  Q
     | | | |||| |||||  ||||||||   ||||   || ||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  10376121 tataaagatatacttggtctgcaaactaaaagtggtagagtttctcgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaagg 10376022  T
Q  327 atgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaa 426  Q
    |||||||||| |   | || |  |||||| |||| || |  | |||  |  ||| || ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| | || ||    
T  10376021 atgataaagacactataatgaacatgttgctatcagagacagacacatcgcataataatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaa 10375922  T
Q  427 aaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttgatattctgaga 526  Q
    ||| || ||||| |||||| |||| |||||| || |||||||| | ||||||||| |||| |  |||| |||||| || ||||||||||||||| |||||    
T  10375921 aactacccttgcacaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgaga 10375822  T
Q  527 gtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaaga 562  Q
    ||||| ||  |  | | |||||||||||||||||||    
T  10375821 gtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaaga 10375786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 531
Target Start/End: Original strand, 10195240 - 10195770
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    ||||||||||| |||| | ||| |  ||||||||||  ||| |||||||||||| ||||| | | |||||| ||| || ||||| ||||| |||||||||    
T  10195240 tgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgctgaggacttgttcagcgaaatcagttatgattcccttcgatgcaaggtggag 10195339  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    ||   ||||||| ||||||  | | |||||||   |||| || ||||||||| |||||| |   ||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  10195340 aatgcacaagctcaaaacaaaagttatcaggtgatgaacttcctttcatctccttttaatagcttctacagagagatcaattctcaaatgaagatcatgt 10195439  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||  |||  ||||| | ||||||||  | | | |||| |||||  ||||||||   |  |   |  |||| |  ||||| |||||||||||| |||||||    
T  10195440 gtgaaagcttgcaattgtttgcacagaataaagatatacttggtctgcaaactaaaaacgcaagggtttcacatagaactccttcaagttcagtggtaaa 10195539  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| | | || |  |||||| | ||  | || |  || ||| | | || ||| ||||| ||||||    
T  10195540 tgaatctgtcatggtgggtagaaaggatgataaagagacaataatgaacatgttgctttcaaagagagaaacaaccgacaataatataggtgttgttgca 10195639  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||| || ||||| ||| | || ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |  ||||||||||    
T  10195640 attttaggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaccattttgatttgaaggcatgggtttgtg 10195739  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
    | || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  10195740 tgtctgaggattttgatattatgagagtaac 10195770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 280 - 531
Target Start/End: Original strand, 10663372 - 10663623
Alignment:
Q  280 gccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaat 379  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||| ||||||| | | || |  |||||| ||||  | || | ||| ||| ||    
T  10663372 gccttcaagttcagtggtaaatgaatctctcatggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagagacacaacccat 10663471  T
Q  380 agtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttg 479  Q
    | || ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| | || ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  10663472 aataatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttg 10663571  T
Q  480 atctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
    || |||| |  ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  10663572 atttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaac 10663623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 531
Target Start/End: Original strand, 10088357 - 10088887
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    ||||||||||| |||| | ||| |  ||||||||||  ||| |||||||||||| ||| | | | |||||| ||| || ||||| ||||| |||||||||    
T  10088357 tgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgctgaggacttgctcagcgaaatcagttatgattcccttcgatgcaaggtggag 10088456  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    ||   ||||||| ||||||  | | |||||||   |||| || ||||||||| |||||| |   ||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  10088457 aatgcacaagctcaaaacaaaagttatcaggtgatgaacttcctttcatctccttttaatagcttctacagagagatcaattctcaaatgaagatcatgt 10088556  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||  |||  ||||| | ||||||||  | | | |||| |||||  ||||||||   |  |   |  |||| |  ||||| |||||||||||  |||||||    
T  10088557 gtgaaagcttgcaattgtttgcacagaataaagatatacttggtctgcaaactaaaatcgcaagggtttcacatagaactccttcaagttcggtggtaaa 10088656  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| | | || |  |||||| | ||  | || |  || ||| | | || ||| ||||| ||||||    
T  10088657 tgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgataaagagacaataatgaacatgttgctttcaaagagagaaacaaccgacaataatataggtgttgttgca 10088756  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    ||||| || ||||| ||| | || ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |  ||||||||||    
T  10088757 attttaggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaccattttgatttgaaggcatgggtttgtg 10088856  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
    | || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  10088857 tgtctgaggattttgatattatgagagtaac 10088887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 280 - 531
Target Start/End: Original strand, 10031849 - 10032100
Alignment:
Q  280 gccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaat 379  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||| | | || |  |||||| ||||  | || | | |  || ||    
T  10031849 gccttcaagttcagtggtaaatgaatctctcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagagacgcatcccat 10031948  T
Q  380 agtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttg 479  Q
    | || ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| | || ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  10031949 aataatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttg 10032048  T
Q  480 atctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
    || |||| | ||||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  10032049 atttgaaggcctgggcttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaac 10032100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 10364300 - 10363770
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||| | |||    ||||||||||  ||| |||||| ||||||||| || || |||||| ||| || ||||||||||| |   |||||    
T  10364300 tgctgtcaaacaatggcttgatggcttgaaagatgctgtctttgatgccgaggatttgcttcacgaaatcagttatgattccctgcgatgcacaatggag 10364201  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    |  |||||||||| |||||  | ||||||||| |||||| || ||| ||||| ||| || |   ||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  10364200 agtaaacaagctggaaacagaagtaatcaggtgtggaacttccttttatctcctttcaatagcttctatagagagatcaattcccagatgaagatcatgt 10364101  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagat-atatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaa 299  Q
    ||  ||| ||||||| ||||| | || ||| |  |||| ||| | |||||||||   ||     |  |||| |  ||||| |||||||||||| ||||||    
T  10364100 gtgaaagcctgcaacattttgaa-aagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaa 10364002  T
Q  300 atgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgc 399  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | | || |  |||||| | ||  | || |  || ||| | | || ||| ||||| |||||    
T  10364001 atgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctttcaaagagagaaacaaccgacaataatataggtgttgttgc 10363902  T
Q  400 aattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgt 499  Q
    |||||| || ||||| ||| | || ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||| |  |||||||||    
T  10363901 aattttaggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgt 10363802  T
Q  500 gtatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
    || || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  10363801 gtctctgaggattttgatattatgagagtaac 10363770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 280 - 531
Target Start/End: Original strand, 10260544 - 10260795
Alignment:
Q  280 gccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaat 379  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | | || |  |||||| ||||  | || |  || |||||     
T  10260544 gccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagagaaacaaccaac 10260643  T
Q  380 agtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttg 479  Q
    | || ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| | || ||||| || ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  10260644 aataatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgctcaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttg 10260743  T
Q  480 atctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
    |  |||| |  |||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  10260744 acatgaaggcgtgggcttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaac 10260795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 250 - 531
Target Start/End: Original strand, 10527151 - 10527434
Alignment:
Q  250 aactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagt 349  Q
    |||||| |||||  || ||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||  ||||||| | |    
T  10527151 aactgtaagtgatagattttctcgtagaaccccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcattgtgggtaggaatgatgataaagat-gactcatcaat 10527249  T
Q  350 atgttgatatctgacagtggcac---taccaatagtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttc 446  Q
    |||||| |||| ||| |||||||   ||  |||| || | | ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||||     
T  10527250 atgttggtatcagactgtggcaccagtagaaataataatttaggtgttgttgcaatcttgggtatgggaggtgtcggtaaaacaacccttgcacaacttg 10527349  T
Q  447 tttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
    |||| |||||| || | ||| || ||||||||||||| || | |||||||| |||||| |||||||| ||| || ||||||||||    
T  10527350 tttacaatgatgaaaaggttgaacaccattttgatctcaaggcctgggtttatgtatcagaggatttcgatgttgtgagagtaac 10527434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 280 - 531
Target Start/End: Original strand, 10184088 - 10184339
Alignment:
Q  280 gccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaat 379  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | | || |  |||||| | ||  | || | ||| ||| ||    
T  10184088 gccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctgtcacagagagacacaacccat 10184187  T
Q  380 agtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttg 479  Q
    | |  ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| | || ||||| || ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  10184188 aatgctataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgctcaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttg 10184287  T
Q  480 atctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
    || |||  |  |||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  10184288 atatgagggcgtgggcttgtgtgtccgaggattttgatattatgagagtaac 10184339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 27 - 531
Target Start/End: Original strand, 10076859 - 10077366
Alignment:
Q  27 tgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaagaaacaagctgaaaacatgattaa 126  Q
    ||||||||||  ||| |||||| ||||| ||| | ||| |||||| |||||| || |||||||| |||||||||||   ||||||| ||||||  | |||    
T  10076859 tgaaagatgctgtctttgatgccgaggacttgctcaacgaaatcagttacgattcactgcgatgcaaggtggagaatgcacaagctcaaaacaaaactaa 10076958  T
Q  127 tcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgtgtcgaaggctgcaactttttgcacaa 226  Q
    |||||| | |||| || ||||||||| |||||| |   ||||   |||||||||||| |||| |||||| ||||||  |||| ||||| | ||||||||     
T  10076959 tcaggtgttgaacttcctttcatctccttttaatagcttctacaaagagatcaattctcaaacgaagatcatgtgtgaaaggttgcaattgtttgcacag 10077058  T
Q  227 cagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtg--aggg-aatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtagga 323  Q
     | | | || | |||||  ||||||||   | ||  || | ||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| |     
T  10077059 aataaagatgtacttggtctgcaaactaaaattgctagagtaatttctcgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgagatggttggtatgg 10077158  T
Q  324 aggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttgg 423  Q
    ||  ||| ||||||| | | || |  |||||| |||| |  |  |||   ||| ||| ||  || ||||| |||||||||||||| ||||| ||| | ||    
T  10077159 agcgtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcagggatgggcggaacccataataagataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttagg 10077258  T
Q  424 caaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttgatattctg 523  Q
     ||||| || |||||||||||| |||| |||||| |  |||||| | ||||||||||| || | |  |||| |||||| || ||||||||||||||| ||    
T  10077259 aaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgattataaagttcgataccattttgatttgcaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattatg 10077358  T
Q  524 agagtaac 531  Q
    ||||||||    
T  10077359 agagtaac 10077366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 6 - 111
Target Start/End: Original strand, 10183799 - 10183904
Alignment:
Q  6 tcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaagaa 105  Q
    |||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  ||| |  |||| ||||| ||| ||||||||||    
T  10183799 tcaaacaatggttggatcggttaaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgttcaatcaaatcagctacaatgccctacgatgcaagatggagaagaa 10183898  T
Q  106 acaagc 111  Q
    ||||||    
T  10183899 acaagc 10183904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 275 - 531
Target Start/End: Original strand, 10500394 - 10500653
Alignment:
Q  275 agaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcac-- 372  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||| | | ||||||| |||| || | ||| ||      
T  10500394 agaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaatgatgataaagatagactcgtcaatatgttggtatcagatattggaacag 10500493  T
Q  373 -taccaatagtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaaga 471  Q
      |  |||| || | | ||||| |||||||||||||||||||| || || || ||||| || ||||| |||||| |||| || ||  |  || || ||||    
T  10500494 gcagaaataataatttaggtgttgttgcaattttgggtatgggaggcgtcggtaaaacaacacttgctcaacttgtttacaacgacgataaaattgaaga 10500593  T
Q  472 ccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
     |||||||||||||| |  ||| |||||||| |||||||||| ||| || ||||| ||||    
T  10500594 acattttgatctgaaggcatggatttgtgtaccggaggatttcgatgttgtgagaataac 10500653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 275 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 11782234 - 11781993
Alignment:
Q  275 agaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcacta 374  Q
    ||||| |||||||||||| || ||||| ||||||   |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| | |||| ||||||| ||| |  |||| |    
T  11782234 agaaccccttcaagttcagtgctaaatcaatctgacgtggtgggtaggaatgatgataaagatagactcatcaatatgctgatatcagaccgcagcacca 11782135  T
Q  375 cca---atagtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaaga 471  Q
     ||   ||| || | | ||||| || ||||||||||||||||| || || || ||||| || ||||| || ||| |||| ||||||    ||||| || |    
T  11782134 gcagaaataataatttaggtgttgtcgcaattttgggtatgggaggcgtcggtaaaacgacccttgcacagcttgtttacaatgatgtgaaagttgaaca 11782035  T
Q  472 ccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattt 513  Q
     ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11782034 acattttgatttcaaagtctgggtttgtgtatcggaggattt 11781993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 112
Target Start/End: Original strand, 10031563 - 10031669
Alignment:
Q  6 tcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaagaa 105  Q
    |||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||  ||| |  || | ||||| ||| ||||||||||    
T  10031563 tcaaacaatggttggatcggttaaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgctcaatcaaatcagctacaatgccatacgatgcaagctggagaagaa 10031662  T
Q  106 acaagct 112  Q
    |||||||    
T  10031663 acaagct 10031669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 112
Target Start/End: Original strand, 10126488 - 10126594
Alignment:
Q  6 tcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaagaa 105  Q
    ||||||||||| |||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||  ||| |  |||| ||||| ||| ||||||||||    
T  10126488 tcaaacaatggctggatcggttaaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgctcaatcaaatcagctacaatgccctacgatgcaagctggagaagaa 10126587  T
Q  106 acaagct 112  Q
    |||||||    
T  10126588 acaagct 10126594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 112
Target Start/End: Original strand, 10260258 - 10260364
Alignment:
Q  6 tcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaagaa 105  Q
    |||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||  ||| |  |||| ||||| ||| ||||||||||    
T  10260258 tcaaacaatggttggatcggttaaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgctcaataaaatcagctacaatgccctacgatgcaagctggagaagaa 10260357  T
Q  106 acaagct 112  Q
    |||||||    
T  10260358 acaagct 10260364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 6 - 112
Target Start/End: Original strand, 10663086 - 10663192
Alignment:
Q  6 tcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaagaa 105  Q
    |||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||  | || |||||||  ||| |  |||| ||||| ||| ||||||||||    
T  10663086 tcaaacaatggttggatcggttaaaagatgcaatctatgatgcagaggatttactcaatcaaatcagctacaatgccctacgatgcaagctggagaagaa 10663185  T
Q  106 acaagct 112  Q
    |||||||    
T  10663186 acaagct 10663192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 517
Target Start/End: Original strand, 10517310 - 10517547
Alignment:
Q  283 ttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactacca---at 379  Q
    |||||||||  || ||||||||||||   |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||| |||| ||   |||||| | ||   ||    
T  10517310 ttcaagttcggtgctaaatgaatctgacgtggtgggtaggaatgatgataaagatagactcatcaatatgttggtatcagatgttggcacaagcagaaat 10517409  T
Q  380 agtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttg 479  Q
    | || | | ||||| | ||||||| |||||||||| || || || ||||| || ||||| ||  || |||| ||||||  | ||||| || | |||||||    
T  10517410 aataatttaggtgttgctgcaattgtgggtatgggaggcgtcggtaaaacgacccttgcacagtttgtttacaatgatgcaaaagttgaacaacattttg 10517509  T
Q  480 atctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttgat 517  Q
    || | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10517510 atttcaaagcctgggtttgtgtatctgaggattttgat 10517547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Original strand, 26906464 - 26907058
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    |||||||||||||||| | ||| |  |||||||||| |||| ||||| |||||| ||| | ||| |||| | ||| || ||||||||||| || || |||    
T  26906464 tgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgttgaggacttgctcaacgaaattagttatgattccctgcgatgcaaagtcgag 26906563  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    || | ||||||| ||||||  | ||||||||| | |||| || ||||||||| |||||| |   ||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  26906564 aatacacaagctcaaaacaaaactaatcaggtgttgaacttcctttcatctccttttaatagcttctacagagagatcaattctcaaatgaagataatgt 26906663  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||  ||| |||||| | ||||||||||| | | |||| ||||| |||||||||   ||||   || ||||||  ||||| |||||||||||| |||||||    
T  26906664 gtgaaagcctgcaattgtttgcacaacataaagatatccttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttcaagttcagtggtaaa 26906763  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgca 400  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | | || | ||||||| |||| || || | ||| ||| ||| || ||| ||||| ||||||    
T  26906764 tgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaatatgttgctatcagagagagacacaacccataataatataggtgttgttgca 26906863  T
Q  401 attttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtg 500  Q
    |||||||| ||||| ||| | || ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||| |||| |  ||||||||||    
T  26906864 attttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttctttacaatgataaagaagttcaacggcattttgatttgaaggcatgggtttgtg 26906963  T
Q  501 tatcggaggattttgatattctgagagtaactaaaaccattcatgaatcggtcacttcaagaggtggtgaaaacaataatcttgatattcttcga 595  Q
    | || ||||||||||||||| |||||||||| ||| |  | | ||||||||||||||| |||  | | || | ||||||||||||| | ||||||    
T  26906964 tgtctgaggattttgatattatgagagtaaccaaatctctccttgaatcggtcacttccagaacttgggataccaataatcttgatgtccttcga 26907058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 3 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 31680239 - 31679737
Alignment:
Q  3 ctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaa 102  Q
    |||||||||||||| | ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||| ||| || | |||  || | |||||||||||    
T  31680239 ctgtcaaacaatggcttgatgagttgaaagatgcaatatatgatgctgaggatttgctcaaccagatcagttatgattgccttagaagcaaggtggagaa 31680140  T
Q  103 gaa------acaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagatt 196  Q
     |       ||||||||||||||| | |  ||||||||||||  || ||||||||| |||| ||||  | ||| ||||||||||||| |||||||||| |    
T  31680139 tagtaatacacaagctgaaaacatcactggtcaggtttggaatttcctttcatctccttttcaaaacttgtatggagagatcaattcccaaatgaagagt 31680040  T
Q  197 atgtgtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatgg 296  Q
    |||  |  |||||| ||||||||||||||||| | | |||| ||||| ||||||||||| ||||   |  ||| ||| ||||| |||||||||||| | |    
T  31680039 atgattgaaaggctccaactttttgcacaacaaaaagatatccttgggttgcaaactgtaagtggtagggtttttcttagaacaccttcaagttcactag 31679940  T
Q  297 taaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggt 396  Q
    || || ||||| | |||||||||||||||  ||||||||||| ||| | || ||||||| |||| ||   | |||||  ||||  || ||||  ||| ||    
T  31679939 tagatcaatctttcatggttggtaggaagagtgataaagagaaactaactaatatgttgctatcagatgttagcactgtcaatgataatattaatgttgt 31679840  T
Q  397 tgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtt 496  Q
    | ||||||| || ||||| ||||| || |||||  | || || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||| | ||||  ||||||    
T  31679839 ttcaattttcggcatgggaggtgtcggtaaaacagccctagctcaacttctttacaatgataaagatgttcaagaacgttttgatgtaaaagcttgggtt 31679740  T
Q  497 tgt 499  Q
    |||    
T  31679739 tgt 31679737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 71; Significance: 7e-32; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 3 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 44958209 - 44957867
Alignment:
Q  3 ctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaa 102  Q
    |||||||||||||| | ||| |  ||||| || |||| | |||||| ||||||||| | |||||||| |  || || |||||||| || || ||||||||    
T  44958209 ctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaaaatacaatatttgatgccgaggatttgctcaaccaaattagctatgattccctgcgttgcaaagtggagaa 44958110  T
Q  103 gaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgtgt 202  Q
     | ||||| ||  ||||  | ||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44958109 tacacaagttgccaacaaaactaatcaggtctggaacttcctttcatctccttttaaaaacttctatggagagatcaattctcaaatgaagattatgtgt 44958010  T
Q  203 cgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaatg 302  Q
      |   ||||||||||||||||| || | | ||||  |||| ||| |||||   ||||   || ||||||  ||||| ||||||||||||  ||| ||||    
T  44958009 gaatccctgcaactttttgcacagcataaagatataattggtttggaaactaaaagtgctagagtttctcatagaacaccttcaagttcaggggttaatg 44957910  T
Q  303 aatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcat 345  Q
    ||||| ||||||| || |||||  |||||||||| ||||||||    
T  44957909 aatctattatggtgggcaggaaacatgataaagatagactcat 44957867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 275 - 513
Target Start/End: Original strand, 11484855 - 11485096
Alignment:
Q  275 agaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcacta 374  Q
    ||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||| ||  | ||||| |||| ||| |||| || |    
T  11484855 agaacaccatcaagttcagtggtgaatgaatctgttatggtgggaaggaatgaagataaagatagactccttgatgtgttggtatcagactgtggtacca 11484954  T
Q  375 cca---atagtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaaga 471  Q
     ||   ||| || | | ||||| ||||||||||||| |||||| || || || ||||| || ||||| |||||| |||| || ||| || ||||| || |    
T  11484955 gcagatataataatttaggtgttgttgcaattttggttatgggaggcgtcggtaaaacgacccttgcacaacttgtttacaacgatgaaaaagttgaaca 11485054  T
Q  472 ccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattt 513  Q
     ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||    
T  11485055 gcattttgatctcaaagcatgggtttgtgtatcggaggattt 11485096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 6 - 120
Target Start/End: Original strand, 11484589 - 11484703
Alignment:
Q  6 tcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaagaa 105  Q
    ||||||||||| | |||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||  || ||  || ||||||| ||||| ||||||||    
T  11484589 tcaaacaatggcttgatcggttgaaagatgcaatctttgatgctgaggatttgcttaatgaaatcagctatgatgccttgcgatgcaaggtagagaagaa 11484688  T
Q  106 acaagctgaaaacat 120  Q
    ||||| || ||||||    
T  11484689 acaagatggaaacat 11484703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 275 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 17853175 - 17852916
Alignment:
Q  275 agaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcacta 374  Q
    ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| | |||||  | |||||| || |||| ||||  ||||| |    
T  17853175 agaaccccttcaagttccgtggtaaatgaatctgtcatggtaggaaggaatgatgataaaaatagacttgtcagtatgctggtatcagacataggcacca 17853076  T
Q  375 cca---atagtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaaga 471  Q
     ||   |||  | | | ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| || ||| |||| |||||| || | ||| || |    
T  17853075 gcataaataacaatttaggtgttgttgcaatattggggatgggaggtgtcggtaaaacgacccttgcacagcttgtttacaatgatgaaaaggttgaaca 17852976  T
Q  472 ccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
     ||||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||    
T  17852975 tcattttgatctcaaagcctgggtttgtgtatcagaagattttgatgttgtgagagtaac 17852916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 50307 - 49981
Alignment:
Q  1 tgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgaggatttgtttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggag 100  Q
    ||||||||||| |||| | ||| |  ||||||||||  ||| |||||||||||| ||| | | | |||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  50307 tgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgctgaggacttgctcagcgaaatcagttatgattccctgcgatgcaaggtggag 50208  T
Q  101 aagaaacaagctgaaaacatgattaatcaggtttggaacctcttttcatctctttttaaaaatctctatcgagagatcaattcgcaaatgaagattatgt 200  Q
    ||   | ||||| ||| ||  ||| |||||||   |||| |||||||||||  |||||||||   |||| ||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  50207 aatgcaaaagctcaaagcaaaatttatcaggtgatgaacttcttttcatcttcttttaaaaa---ctatggagagatcaattcccagatgaagatcatgt 50111  T
Q  201 gtcgaaggctgcaactttttgcacaacagagatatatgcttggcttgcaaactgtgagtgagggaatttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaa 300  Q
    ||  ||| ||||||||||||| | ||   | | |||| ||| | |||||||||   ||     |  |||| |  ||||| |||||||||||| |||||||    
T  50110 gtgaaagcctgcaactttttgaaaaaagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcagtggtaaa 50011  T
Q  301 tgaatctgttatggttggtaggaaggatga 330  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  50010 tgaatctgtcatggtgggtaggaaggatga 49981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 416 - 520
Target Start/End: Original strand, 825890 - 825994
Alignment:
Q  416 ggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttg 515  Q
    |||||||| ||| | || ||||| | |||| |||| ||||||||  ||||| | || ||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||||    
T  825890 ggtgttggtaaatcgacacttgctcgacttgtttacaatgataagaaagttgatgagcattttgatttgaaagtctgggtttgtgtcaccgaggattttg 825989  T
Q  516 atatt 520  Q
    |||||    
T  825990 atatt 825994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 296 - 360
Target Start/End: Original strand, 29836511 - 29836575
Alignment:
Q  296 gtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatc 360  Q
    |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||  |||  ||| ||||||||||||    
T  29836511 gtaaatgaatatgtcacggttggtaggaaggatgataaagaggaactagttaatatgttgatatc 29836575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 459 - 531
Target Start/End: Original strand, 29836668 - 29836740
Alignment:
Q  459 aagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggattttgatattctgagagtaac 531  Q
    |||||||| || | ||||||||| |  |||||||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||    
T  29836668 aagaagttaaaaatcattttgatgtacaagtctgggtttgtgtgtctgaagattttgatatgttgagagtaac 29836740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University