View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8045_low_3 (Length: 697)

Name: NF8045_low_3
Description: NF8045
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8045_low_3
NF8045_low_3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (5-682)||(3709702-3710380)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 631; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 631; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 3710380 - 3709702
Alignment:
Q  5 ggatgtcgaagaatatattggtgtacctttgtcagtgccgtggatgaatgatttagagtcctttcatcttggggtttaagaagaataacttataggcctt 104  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3710380 ggatgtcgatgaatgtattggtgtacctttgtcagggccgtggatgaatgatttagagtcctttcatcttggggtttaagaagaatagcttataggcctt 3710281  T
Q  105 tcatcttggggtcgaggaaaattaattttgagggctttgagcttgcggtggtggaataacggtttcgaggcctttgcgcttggggttgtggaagaataat 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3710280 tcatcttggggtcgaggaaaattaattttgagggctttgagcttgtggtggtggaataacggtttcgaggcctttgcgcttggggttgtggaagaataat 3710181  T
Q  205 ttggaggccttt-gagtttggagtcgttgaagaatgatttagaagtctttgagtttggtgctatggaagaatgatttgtaggattttgttaaatgaaatt 303  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3710180 ttggaggccttttgagtttggagtcgttgaagaatgatttagaagtctttgagtttggtgctatggaagaatgatttgtaggcttttgttaaatgaaatt 3710081  T
Q  304 atcgtagattggcctttttaaggctttaagttgactgcacacttttttagcttgtccaaaagttattttgatgaaggagttaacttatagacacagttga 403  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3710080 atcgtagattgtcctttttaaggctttaagttgactgcacacttttttagcttgtccaaaagttattttgatgaaggagttaacttatagacacagttga 3709981  T
Q  404 tttgcacattaacctgcaagttttgttaggactagtagtattgttgtgtaaataggaaagcaatgagctccttaattcgttttaaaatatgtgtcaacat 503  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3709980 tttgcacattgacctgcaagtttagttaggactagtagtattgttgtgtaaataggaaagcaatgagctccttaattcgttttaaaatatgtgtcaacat 3709881  T
Q  504 ctcaggggatatgtgacttgatatctgttttactcctctagtgttgttgacactgtattctataagaacaaggcatggaccaagatgtatattttcatgt 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3709880 ctcaggggatatgtgacttgatatctgttttactcctctagtgttgttgacactgtattctataagaacaaggcatcgaccaagatgtatattttcatgt 3709781  T
Q  604 cttccctcaaagggaaccctaggatgaaggtgaatgtagtgcaacttcccatcagcgactagcctagaagtggagcgtg 682  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3709780 cttccctcaaagggaaccctaggatgaaggtgaatgtagtgcaacttcccatcagcgactagcctagaagtggagcgtg 3709702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University