View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8050_high_24 (Length: 237)

Name: NF8050_high_24
Description: NF8050
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8050_high_24
NF8050_high_24
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (18-225)||(4678483-4678690)
chr1 (51-223)||(34466751-34466923)
chr1 (51-197)||(15595098-15595244)
[»] chr7 (28 HSPs)
chr7 (18-222)||(8659402-8659606)
chr7 (18-222)||(1301499-1301703)
chr7 (40-222)||(8654489-8654671)
chr7 (21-222)||(10494302-10494503)
chr7 (21-222)||(13333384-13333585)
chr7 (21-222)||(8667458-8667659)
chr7 (39-184)||(8628609-8628754)
chr7 (39-204)||(8585652-8585817)
chr7 (48-219)||(27830830-27831001)
chr7 (65-204)||(8636315-8636454)
chr7 (51-224)||(8545670-8545843)
chr7 (48-197)||(8646941-8647090)
chr7 (47-197)||(29581795-29581945)
chr7 (63-186)||(8590713-8590836)
chr7 (53-212)||(17260290-17260449)
chr7 (53-219)||(3147306-3147472)
chr7 (52-207)||(6789566-6789721)
chr7 (48-204)||(17267996-17268152)
chr7 (63-223)||(8382846-8383006)
chr7 (65-198)||(8602037-8602170)
chr7 (63-199)||(8559395-8559531)
chr7 (46-209)||(8576378-8576541)
chr7 (51-198)||(8581763-8581910)
chr7 (63-198)||(39985709-39985844)
chr7 (121-190)||(7877761-7877830)
chr7 (51-219)||(8570353-8570521)
chr7 (50-198)||(29577629-29577777)
chr7 (137-217)||(8609961-8610041)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (21-222)||(16657445-16657646)
chr2 (21-198)||(16661920-16662097)
chr2 (48-198)||(14703471-14703621)
chr2 (48-197)||(43625476-43625625)
chr2 (47-210)||(12258535-12258698)
chr2 (48-193)||(12234757-12234902)
chr2 (59-210)||(12245372-12245523)
chr2 (134-210)||(7542277-7542353)
chr2 (63-93)||(17716657-17716687)
chr2 (63-93)||(17717918-17717948)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (21-222)||(9335819-9336020)
chr4 (52-210)||(35132499-35132657)
chr4 (53-204)||(30775309-30775460)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (65-198)||(12528567-12528700)
chr8 (141-219)||(43744858-43744936)
chr8 (63-113)||(43744997-43745047)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (134-219)||(28219960-28220045)
chr5 (48-113)||(28220099-28220164)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 18 - 225
Target Start/End: Original strand, 4678483 - 4678690
Alignment:
Q  18 gttttgacaagagaagtgaaagtgatcgtaaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtgg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4678483 gttttgacaagagaagtgaaagtgattgtaaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtgg 4678582  T
Q  118 tgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaag 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4678583 tgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacactcacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaag 4678682  T
Q  218 aataatgt 225  Q
    ||||||||    
T  4678683 aataatgt 4678690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 51 - 223
Target Start/End: Original strand, 34466751 - 34466923
Alignment:
Q  51 gaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacac 150  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||| |  |||||||||||| || |||||| |||| |||||    
T  34466751 gaaatattttcgtctttgaccttggtggtgggacttttgatgtgtctctccttacaattaaggataatgtctttgaagttaaggccacttctggtaacac 34466850  T
Q  151 ccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaataat 223  Q
     ||||| ||  |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| | |||||||||| | |||| |||||    
T  34466851 tcacctcggacgagaggactttgataatagaatggcgaaccactttgcaaaggagttcaagaggaagcataat 34466923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 51 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 15595244 - 15595098
Alignment:
Q  51 gaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacac 150  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||     |||||  |||| || ||||| |  ||||||||    
T  15595244 gaaatatttttgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctatcctaacaattaaggacaaggtcttccaagttaaggccacaggcggaaacac 15595145  T
Q  151 ccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttg 197  Q
     ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15595144 tcaccttggaggagaggactttgataacagaatggtcaactactttg 15595098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 141; Significance: 5e-74; HSPs: 28)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8659606 - 8659402
Alignment:
Q  18 gttttgacaagagaagtgaaagtgatcgtaaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtgg 117  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||| |||||| |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||     
T  8659606 gttttgacaagagaggtgactgtgatggtaaacaaaatattttggtctttgatcttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttacaatgaagggtga 8659507  T
Q  118 tgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaag 217  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8659506 tgtctttgaagtaaaagccacttctggaaacactcaccttggaggagaggactttgatagcagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaag 8659407  T
Q  218 aataa 222  Q
    |||||    
T  8659406 aataa 8659402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 1301703 - 1301499
Alignment:
Q  18 gttttgacaagagaagtgaaagtgatcgtaaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtgg 117  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |     
T  1301703 gttttgacaagagaagtgactgtgatggtaaacggaatattttggtctttgaccttggcggtggtacttttgatgtgtctatccttaccatcaagggcga 1301604  T
Q  118 tgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaag 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  1301603 tgtctttgaagtaaaagccactggtggaaatactcaccttggaggagaggactttgataatagaatggtgagctactttgtagaggagttcagaaagaag 1301504  T
Q  218 aataa 222  Q
    |||||    
T  1301503 aataa 1301499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8654671 - 8654489
Alignment:
Q  40 tgatcgtaaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccact 139  Q
    |||| ||||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  8654671 tgatggtaaacggaatattttggtatttgatcttggtggtggtacttttgatgtgtctatactcacaattaagggtgatgtctttgacgtaaaagccact 8654572  T
Q  140 gctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaataa 222  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8654571 gctggaaacacgcacctagggggagaagactttgataacagaatggtgtactactttgtagaggagttcaaaaagaagaataa 8654489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 222
Target Start/End: Original strand, 10494302 - 10494503
Alignment:
Q  21 ttgacaagagaagtgaaagtgatcgtaaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgt 120  Q
    ||||||||||||||||  ||||  |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||    
T  10494302 ttgacaagagaagtgattgtgagggtaaccgaaatatttttgtctttgatctgggtggtggtacttttgatgtgtctatcctcacaattaagggtgatgt 10494401  T
Q  121 ctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaat 220  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  10494402 ctttgaagtaaaagccactgcaggtaacactcaccttgggggagaggacttcgataacagaatggtgaattattttgttgaggagttcaaaaagaagaat 10494501  T
Q  221 aa 222  Q
    ||    
T  10494502 aa 10494503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 222
Target Start/End: Original strand, 13333384 - 13333585
Alignment:
Q  21 ttgacaagagaagtgaaagtgatcgtaaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgt 120  Q
    ||||||||||| ||||  ||||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||    
T  13333384 ttgacaagagacgtgattgtgatggtaagcgaaatatttttgtctttgatctgggtggtggtacttttgatgtgtctatccttacaattatgggtgatgt 13333483  T
Q  121 ctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaat 220  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  13333484 ctttgaagtaaaagccaccgcaggaaacactcaccttgggggagaagacttcgataacagaatggtgaactattttgttgaggagttcaaaaagaagaat 13333583  T
Q  221 aa 222  Q
    ||    
T  13333584 aa 13333585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 21 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8667659 - 8667458
Alignment:
Q  21 ttgacaagagaagtgaaagtgatcgtaaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgt 120  Q
    |||||||||||| |||  ||||| |||  |||||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||    
T  8667659 ttgacaagagaaatgactgtgatggtagccgaaatatttttgtctttgatctgggtggcgggacttttgatgtgtctatcctcacaattaagggtgatgt 8667560  T
Q  121 ctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaat 220  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  8667559 ctttgaagtgaaagccactgcaggaaacactcaccttgggggcgaggacttcgataacagaatggtgaactattttgttgaggagttaaaaaagaagaat 8667460  T
Q  221 aa 222  Q
    ||    
T  8667459 aa 8667458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 39 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 8628754 - 8628609
Alignment:
Q  39 gtgatcgtaaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccac 138  Q
    ||||| || |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||| || |||| |||||||||||| ||||||||    
T  8628754 gtgatggtgaacgaaatatttttgtgtttgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctctcctcacaattaaaggtgatgtctttgaagttaaagccac 8628655  T
Q  139 tgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatg 184  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8628654 tgctggaaatactcaccttggtggagaggactttgataacagaatg 8628609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 39 - 204
Target Start/End: Original strand, 8585652 - 8585817
Alignment:
Q  39 gtgatcgtaaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccac 138  Q
    ||||| || |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||| || |||| |||||||||||| ||||| ||    
T  8585652 gtgatggtgaacgaaatatttttgtgtttgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctctcctcacaattaaaggtgatgtctttgaagttaaagcaac 8585751  T
Q  139 tgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagagga 204  Q
     |||||||| || ||||| || |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  8585752 cgctggaaatactcaccttgggggaggggactttgataacagaatgttgaactactttgttgagga 8585817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 48 - 219
Target Start/End: Original strand, 27830830 - 27831001
Alignment:
Q  48 aacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaa 147  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||| ||| |||| |   |||||  |||| || || |||||||||||    
T  27830830 aacggaatatttttgtgtttgaccttggtggtgggacttttgatgtgtctcttgttacaattaaggataaggtcttccaagttaaggcaactgctggaaa 27830929  T
Q  148 cacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaa 219  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||    
T  27830930 cactcaccttggtggagaggactttgataataggatggtgaactattttgtggaggtgttcaagaagaagaa 27831001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 65 - 204
Target Start/End: Original strand, 8636315 - 8636454
Alignment:
Q  65 tttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtggag 164  Q
    ||||| |||||||||||||| || || |||||||| || ||||| || ||||  ||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| || ||||    
T  8636315 tttgatcttggtggtggtacattcgacgtgtctatactcaaaattaaaggtgaagtctttgaagttaaagccactgccggagacacacaccttggaggag 8636414  T
Q  165 aggactttgataacagaatggtgaactactttgtagagga 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||    
T  8636415 aggactttgataacagaatggtggaatattttgtagagga 8636454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 51 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 8545843 - 8545670
Alignment:
Q  51 gaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacac 150  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||   |   |||||||| || || |||||||||||| ||||    
T  8545843 gaaatatttttatctttgaccttggcggtggaacttttgatgtgtctattcttacaattaaaaataaggtctttgatgtcaaggccactgctggagacac 8545744  T
Q  151 ccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaataatg 224  Q
      ||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| | |||||| ||||    
T  8545743 ttacctaggcggtgaagactttgataacagaatggtgaattactttgtgaaggagttcaagaggaagaacaatg 8545670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 48 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 8647090 - 8646941
Alignment:
Q  48 aacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaa 147  Q
    |||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||| |   |||||| | || |||||||| ||||||||    
T  8647090 aacgaaatatattcatcttcgaccttggtggtggaacttttgatgtgtctctccttacaattaaggataaggtctttcatgttaaagccaccgctggaaa 8646991  T
Q  148 cacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttg 197  Q
    ||| ||||| || ||||||||||||||||  ||||||||| || ||||||    
T  8646990 cactcacctcggaggagaggactttgatagtagaatggtggaccactttg 8646941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 47 - 197
Target Start/End: Original strand, 29581795 - 29581945
Alignment:
Q  47 aaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaa 146  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | || | | |||||| || |   |||||||| || |||||||||||      
T  29581795 aaacgaaatatattcatctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctcttctcacactcaaggatgataagtttgaagtgaaggccactgctggcg 29581894  T
Q  147 acacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttg 197  Q
    | || |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  29581895 atactcacctaggaggagaggactttgataaccgaatggtgaattactttg 29581945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 63 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 8590836 - 8590713
Alignment:
Q  63 tctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtgg 162  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | || | | |||| |||| |  |||||| |||||||||||| | ||| | ||||||||||| ||    
T  8590836 tctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctcttctcacactcaaaggtgatagctttgatgtaaaagccacttccggagatacccacctaggagg 8590737  T
Q  163 agaggactttgataacagaatggt 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  8590736 agaggactttgataacagaatggt 8590713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 53 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 17260449 - 17260290
Alignment:
Q  53 aatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacaccc 152  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| || ||| ||| |||| |   ||||| ||||| || ||||| | |||| |||| |    
T  17260449 aatatttttgtctttgaccttggtggggggacttttgatgtgtctctcgttacaattaaggataaggtcttcgaagttaaggccaccggtggagacactc 17260350  T
Q  153 acctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaa 212  Q
    | || || || |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||    
T  17260349 atcttgggggtgaggactttgataatagaatggtgtactattttgtagaggagatcaaaa 17260290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 53 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 3147472 - 3147306
Alignment:
Q  53 aatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacaccc 152  Q
    ||||| ||| |||||||| | |||||||| ||||||||||||||| | |||| ||| |||| |   |||||| |||| || ||||  || ||||||||||    
T  3147472 aatatttttatctttgacttgggtggtgggacttttgatgtgtctcttcttacaattaaggataaggtctttcaagttaaggccatcgcaggaaacaccc 3147373  T
Q  153 acctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaa 219  Q
    |||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |  |||||| || ||||||||    
T  3147372 accttgggggagaggactttgataataggatggtgaactactttgcacgggagtttaagaagaagaa 3147306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 52 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 6789721 - 6789566
Alignment:
Q  52 aaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacacc 151  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | | |||||| | |   |||||  |||| || ||||| | |||||||||     
T  6789721 aaatattttcgtcttcgaccttggtggtggcactttcgatgtgtctatcttaacaatcaaagataaggtcttccaagttaaggccaccggtggaaacact 6789622  T
Q  152 cacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagtt 207  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| || |||| |||||||||| |||||||||    
T  6789621 cacctcggaggagaggactttgataaccgattggtaaactactttgcagaggagtt 6789566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 48 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 17268152 - 17267996
Alignment:
Q  48 aacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaa 147  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||| |||| |   ||||| ||||| || ||||| | |||| |    
T  17268152 aacggaatatttttgtctttgaccttggtggtgggacttttgatgtgtctctcgttacaattaaggataaggtcttcgaagttaaggccaccggtggaga 17268053  T
Q  148 cacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagagga 204  Q
    ||| || || || || |||||||||||||| ||||||||  |||| ||||| |||||    
T  17268052 cactcatcttgggggtgaggactttgataatagaatggtatactattttgttgagga 17267996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 63 - 223
Target Start/End: Original strand, 8382846 - 8383006
Alignment:
Q  63 tctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtgg 162  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||| |||  |  ||||||||  || || |||||||| ||| |||| || ||||| ||    
T  8382846 tctttgatcttggtggtggaacttttgatgtgtctctcctcacaattaagaataatgtctttgttgtgaaggccactgccggagacactcatctaggagg 8382945  T
Q  163 agaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaataat 223  Q
     || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| | |||| |||||    
T  8382946 tgaagacttagataacagaatcgtgaagtactttgttgacgagttcaagaggaagcataat 8383006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 65 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 8602170 - 8602037
Alignment:
Q  65 tttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtggag 164  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | || | ||| |||  |  | |||||||||| || |||||| | ||| |||| ||||| || ||||    
T  8602170 tttgatcttggtggtggaacttttgatgtttctcttctcacaattaagaataatctctttgaagtcaaggccacttccggagacacacaccttggaggag 8602071  T
Q  165 aggactttgataacagaatggtgaactactttgt 198  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  8602070 aggactttgataaccgaatggtgaaccactttgt 8602037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 8559531 - 8559395
Alignment:
Q  63 tctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtgg 162  Q
    ||||||| || |||||||| ||||||||||| ||| | || | ||| |||  |  | |||||||||| || |||||| | ||| |||| ||||| || ||    
T  8559531 tctttgatctcggtggtggaacttttgatgtttctcttctcacaattaagaataatctctttgaagtcaaggccacttccggagacacacacctcggagg 8559432  T
Q  163 agaggactttgataacagaatggtgaactactttgta 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  8559431 agaggactttgataacagaatggtgaaacactttgta 8559395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 46 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 8576541 - 8576378
Alignment:
Q  46 taaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctgga 145  Q
    |||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || | | | |||     |||||| ||||| || |||||||| |||    
T  8576541 taaaagaaatatttttatctttgaccttggcggtggaacttttgatgtgtctattctcacagttaagaacaatgtcttcgaagtcaaggccactgccgga 8576442  T
Q  146 aacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttca 209  Q
     |||| |||||||| ||  | ||||||||||||| ||||||| |  |||||||  |||||||||    
T  8576441 gacactcacctaggaggccaagactttgataacataatggtggatcactttgttaaggagttca 8576378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 51 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 8581910 - 8581763
Alignment:
Q  51 gaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacac 150  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || | | | |||  |   | || |||||| || |||||||||||| ||||    
T  8581910 gaaatatttttatctttgaccttggaggtggaacttttgatgtgtctattctcacagttaagaataacgactatgaagtcaaggccactgctggagacac 8581811  T
Q  151 ccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgt 198  Q
     ||||| || || || || ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  8581810 tcacctgggaggggaagattttgataacagaatggtgaatcactttgt 8581763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 63 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 39985844 - 39985709
Alignment:
Q  63 tctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtgg 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || |  ||  | |  ||| ||||||| || |||||||| || ||| ||||||| || || ||    
T  39985844 tctttgaccttggtggtggtacttttgatgtctctttgctaactattgaagagggtatctttgaggtgaaagccacagccggagacacccatcttggagg 39985745  T
Q  163 agaggactttgataacagaatggtgaactactttgt 198  Q
     ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  39985744 tgaggattttgacaacagaatggtgaaccactttgt 39985709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 190
Target Start/End: Original strand, 7877761 - 7877830
Alignment:
Q  121 ctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaac 190  Q
    |||||| |||| ||| ||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7877761 ctttgatgtaatagctactgccggagatactcacctaggtggagaggactttgataacagaatgttgaac 7877830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 51 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 8570521 - 8570353
Alignment:
Q  51 gaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacac 150  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || | | | |||| |     || |||||| || |||||||||||| ||||    
T  8570521 gaaatatttttatctttgaccttggcggtggaacttttgatgtgtctattctcacagttaaggataacaactatgaagtcaaggccactgctggagacac 8570422  T
Q  151 ccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaa 219  Q
     ||||| || || || || ||||||||||||||| |||   |||||||  || ||||||| ||||||||    
T  8570421 tcacctgggaggtgaagattttgataacagaatgttgactcactttgtgaagaagttcaagaagaagaa 8570353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 50 - 198
Target Start/End: Original strand, 29577629 - 29577777
Alignment:
Q  50 cgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaaca 149  Q
    |||||| ||||  ||||||| ||||||||||| || |||||||||||| | || | | | |||| || |   ||||||||||| |||||||||||  | |    
T  29577629 cgaaatgtattcatctttgatcttggtggtggcacctttgatgtgtctcttctcacacttaaggatgatagttttgaagtaaaggccactgctggtgata 29577728  T
Q  150 cccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgt 198  Q
    | |||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||| | |||||||    
T  29577729 ctcacctaggaggagaggacttcgataataaaatggtgagccactttgt 29577777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 8610041 - 8609961
Alignment:
Q  137 actgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaag 217  Q
    ||||||||| | || ||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||||  |||||||||||| ||||    
T  8610041 actgctggagatactcaccttggaggagaggactttgatcacagaatggttaatcactttgtgaaggagttcaaaaggaag 8609961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 222
Target Start/End: Original strand, 16657445 - 16657646
Alignment:
Q  21 ttgacaagagaagtgaaagtgatcgtaaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgt 120  Q
    ||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||    
T  16657445 ttgacaagagaagtgattgtgatggtaaacggaatatttttgtctttgaccttggcggtggtacttttgatgtgtctatccttacaattaagggtgatgt 16657544  T
Q  121 ctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaat 220  Q
     ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  16657545 ttttgaggtaaaagccactgccggaaacactcaccttgggggagaggactttgataacagaacggtgaactactttgtagaggagtttcaaaagaagaat 16657644  T
Q  221 aa 222  Q
    ||    
T  16657645 aa 16657646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 21 - 198
Target Start/End: Original strand, 16661920 - 16662097
Alignment:
Q  21 ttgacaagagaagtgaaagtgatcgtaaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgt 120  Q
    ||||||| |||||| |  ||||| || || ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||| || |||| |||    
T  16661920 ttgacaaaagaagtaattgtgatggtgaaagaaatatttttgtctttgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctctcctcacaattaaaggtgatgt 16662019  T
Q  121 ctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgt 198  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16662020 ctttgaagttaaagccacttctggaaacactcacctcgggggagaggactttgataacagaatgttgaactactttgt 16662097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 48 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 14703621 - 14703471
Alignment:
Q  48 aacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaa 147  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||| |||||    |||||  || | || || |||||||||||    
T  14703621 aacgtaatatatttgtctttgatcttggtggtggtacttttgacgtgtctctcctaacaattaagggcaccgtcttccaaattaaggctactgctggaaa 14703522  T
Q  148 cacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgt 198  Q
    ||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14703521 cactcacctcgggggagaggacttcgataacagaatggtgaactactttgt 14703471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 48 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 43625625 - 43625476
Alignment:
Q  48 aacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaa 147  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||     |||||    || |||||||||||||||||    
T  43625625 aacgaaatattttcatctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatacttacaattaaggacaaggtcttccgtgttaaagccactgctggaaa 43625526  T
Q  148 cacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttg 197  Q
    ||| ||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  43625525 cactcaccttggaggagaggactttgatgatagaatggtgaactactttg 43625476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 47 - 210
Target Start/End: Original strand, 12258535 - 12258698
Alignment:
Q  47 aaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaa 146  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | || |  || |||| |  ||||||| |||| || || || |||||||    
T  12258535 aaacggaatatttttgtctttgatcttggtggtggcacttttgatgtgtctctactaaccattaaggataatgtctttcaagttaaggctacagctggaa 12258634  T
Q  147 acacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaa 210  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  12258635 acacgcaccttggaggagaggactttgataatagaatggtgagttactttgtagaagagttcaa 12258698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 48 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 12234902 - 12234757
Alignment:
Q  48 aacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaa 147  Q
    |||||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||| |||| | |||||| |||  ||||||  |||| |||||||| || |||||    
T  12234902 aacgaaatatttttgtttttgatctcggcggtggcacttttgatgtgtctctcctaacaatcaaaggtaatgtcttccaagttaaagccacagccggaaa 12234803  T
Q  148 cacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactac 193  Q
    ||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12234802 cactcacctcgggggagaggactttgataacagaatggtaaactac 12234757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 59 - 210
Target Start/End: Original strand, 12245372 - 12245523
Alignment:
Q  59 tttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctag 158  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |  || |||| |    ||||  |||| || ||||||||||||||||| ||||| |    
T  12245372 tttgtgtttgatcttggtggtggcacttttgacgtttctatcctaactattaaggataacatcttccaagttaaggccactgctggaaacactcaccttg 12245471  T
Q  159 gtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaa 210  Q
    | |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  12245472 gaggagaggattttgataatagaatggtaaactactttgcacaggagttcaa 12245523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 134 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 7542353 - 7542277
Alignment:
Q  134 gccactgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaa 210  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  7542353 gccactgctggcaacactcaccttggtggagaagactttgataatagaatggcgaactactttgtacaagagttcaa 7542277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 93
Target Start/End: Original strand, 17716657 - 17716687
Alignment:
Q  63 tctttgaccttggtggtggtacttttgatgt 93  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17716657 tctttgaccttggtggtggtacttttgatgt 17716687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 93
Target Start/End: Original strand, 17717918 - 17717948
Alignment:
Q  63 tctttgaccttggtggtggtacttttgatgt 93  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17717918 tctttgaccttggtggtggtacttttgatgt 17717948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 94; Significance: 5e-46; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 21 - 222
Target Start/End: Original strand, 9335819 - 9336020
Alignment:
Q  21 ttgacaagagaagtgaaagtgatcgtaaacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgt 120  Q
    |||| ||||||| |||  ||||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| | |    
T  9335819 ttgataagagaaatgactgtgatggtaaccgaaatatttttgtctttgatctgggtggcggtacttttgatgtgtctatcctcacaattaagggtgatct 9335918  T
Q  121 ctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaat 220  Q
     ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||    
T  9335919 atttgaagtaaaagccaccgcaggaaacacgcaccttggaggcgaggactttgataacagaatggttaactattttgtggaagagttaaaaaagaagaat 9336018  T
Q  221 aa 222  Q
    ||    
T  9336019 aa 9336020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 52 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 35132657 - 35132499
Alignment:
Q  52 aaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacacc 151  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || || ||||  || |||| |  ||||||  |||| || |||||||| ||||||||     
T  35132657 aaatatttttgtcttcgatcttggtggtggcacttttgatgtttcaatacttactattaaggataatgtcttccaagttaaggccactgccggaaacact 35132558  T
Q  152 cacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaa 210  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  35132557 catctcggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtacaagagttcaa 35132499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 53 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 30775460 - 30775309
Alignment:
Q  53 aatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacaccc 152  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | || |  || |  | || ||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  30775460 aatatttttgtctttgatcttggtggtgggacttttgatgtgtctcttctcaccattagagatgatgtgtttgaagttaaagcaactgctggaaacactc 30775361  T
Q  153 acctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagagga 204  Q
    || | || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  30775360 acatcgggggagaggactttgataacagaatgttgaattactttgtagagga 30775309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 65 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 12528700 - 12528567
Alignment:
Q  65 tttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagggtggtgtctttgaagtaaaagccactgctggaaacacccacctaggtggag 164  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||| | | |||  |  |||||| ||||| || |||||||| ||| |||| ||||| || ||||    
T  12528700 tttgaccttggcggtggaacttttgatgtgtctcttcttacagtaaagaataatgtcttcgaagtcaaggccactgccggagacactcaccttggaggag 12528601  T
Q  165 aggactttgataacagaatggtgaactactttgt 198  Q
    |||||||||||||  ||||||||||  |||||||    
T  12528600 aggactttgataatcgaatggtgaatcactttgt 12528567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 141 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 43744936 - 43744858
Alignment:
Q  141 ctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaa 219  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||    
T  43744936 ctggaaacactcacctcggaggagaggattttgataataggatggtgaactacttcgcagaggagtttaagaagaagaa 43744858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 43745047 - 43744997
Alignment:
Q  63 tctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagg 113  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  43745047 tctttgacctgggtggtgggacttttgatgtgtctctccttacaattaagg 43744997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 134 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 28220045 - 28219960
Alignment:
Q  134 gccactgctggaaacacccacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaactactttgtagaggagttcaaaaagaagaa 219  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||  || |||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||    
T  28220045 gccaccgctggaaacactcacctcgggggagaggactttgatagtaggatggtgaactacttcgcagaggagtttaagaagaagaa 28219960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 28220164 - 28220099
Alignment:
Q  48 aacgaaatatatttgtctttgaccttggtggtggtacttttgatgtgtctatccttaaaatcaagg 113  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  28220164 aacgaaatattttcatctttgacctgggtggtgggacttttgatgtgtctctccttagaataaagg 28220099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University