View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8050_low_2 (Length: 582)

Name: NF8050_low_2
Description: NF8050
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8050_low_2
NF8050_low_2
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (12-569)||(6512437-6512995)
chr1 (34-569)||(6516858-6517394)
chr1 (50-569)||(6521641-6522161)
chr1 (26-569)||(6506538-6507094)
chr1 (401-487)||(6523725-6523811)
chr1 (402-487)||(47778041-47778126)
chr1 (70-136)||(47778390-47778456)
chr1 (70-136)||(47788512-47788578)
[»] scaffold0341 (2 HSPs)
scaffold0341 (26-569)||(563-1119)
scaffold0341 (26-569)||(8216-8773)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 543; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 543; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 569
Target Start/End: Original strand, 6512437 - 6512995
Alignment:
Q  12 tggtggcacttgtaatgatgagggtggatctggtgtttgttgatagaagagtgaatcggtttcatatctcaaataacaacttggtctaacaattctagca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6512437 tggtggcacttgtaatgatgagggtggatctggtgtttgttgatagaagagtgaatcggtttcatatctcaaataacaacttggtctaacaattctagca 6512536  T
Q  112 cccaacctgttgttacaacatcttgggattgctttgatagattttaccaaacaatcatcacacaatgatttagacaaatcaggtgtgcattgaacaagag 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6512537 cccaacctgttgttacaacatcttgggattgctttgatagattttaccaaacaatcatcgcacaatgatttagacaaatcaggtgtgcattgaacaagag 6512636  T
Q  212 catatatagtt-gattattattttgaccaacctcatcacttccaacagcatatttaaggtcactgtcacctgatgaagctctatttcttaaattatccaa 310  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6512637 catatatagtttgattattattttgaccaacctcatcacttccaacagcatatttaaggtcactatcacctgatgaagctctatttcttaaattatccaa 6512736  T
Q  311 taaatttttcagtactttatcaaattcatcttcatttgtagcattgttcaaactccatcctaaataaaaaggtctagtttcattcagaccgaatattgaa 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6512737 taaatttttcagtactttatcaaattcatcttcatttgtagcattgttcaaactccatcctaaataaaaaggtctagtttcattcagaccgaatattgaa 6512836  T
Q  411 cggtatgagtaacgcaacatgcatgtatcttcatcataccaaccaatagcctcttttcgattttgacaaagttgtgttagaaagacagatgaattcttta 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6512837 cggtatgagtaacgcaacatgcatgtatcttcatcataccaaccaatagcctcttttcgattttgacaaagttgtgttagaaagacagatgaattcttta 6512936  T
Q  511 tgcaattttgacaatcattgggtttgacatctcctctacaaagtccaatagcgtttact 569  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6512937 tgcaattttgacaatcattgggtttgacatctcctctacaaagtccaatagcgtttact 6512995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 34 - 569
Target Start/End: Original strand, 6516858 - 6517394
Alignment:
Q  34 ggtggatctggtgtttgttgatagaagagtgaatcggtttcatatctcaaataacaacttggtctaacaattctagcacccaacctgttgttacaacatc 133  Q
    |||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||     
T  6516858 ggtgaatcttgtgttggttgataaaagagtgaatcggtttcatatctcaaataacaactgggtctaacaactctagcactcatcctgttgttacaacata 6516957  T
Q  134 ttgggattgctttgatagattttaccaaacaatcatcacacaatgatttagacaaatcaggtgtgcattgaacaagagcatatatagtt-gattattatt 232  Q
    ||| |||| | ||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  6516958 ttgcgatttcattgatagattgaaccaaacaatcatcacaaaatgttttaaacaaatcaggtgtgcattgagctagaccatatatggtttgattattatt 6517057  T
Q  233 ttgaccaacctcatcacttccaacagcatatttaaggtcactgtcacctgatgaagctctatttcttaaattatccaataaatttttcagtactttatca 332  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  6517058 tggaccaacctcatcacttcctacagcatatttaaggtcactgtcccctgatgcagctctatttcttaaattatccaacaaatttttccgcactttatca 6517157  T
Q  333 aattcatcttcatttgtagcattgttcaaactccatcctaaataaaaaggtctagtttcattcagaccgaatattgaacggtatgagtaacgcaacatgc 432  Q
    ||||||||||||||| | ||  | |||||||||||| ||  |||| |||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  6517158 aattcatcttcatttatcgccgtcttcaaactccatgcttcataataaggtctagtgtcatagagaccaaatattgaacggcttgagtaacgcaacatgc 6517257  T
Q  433 atgtatcttcatcataccaaccaatagcctcttttcgattttgacaaagttgtgttagaaagacagatgaattctttatgcaattttgacaatcattggg 532  Q
    || |||| ||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| |  |  |||||| |||||||||| ||    
T  6517258 atctatcatcatcgtaccaaccaattgcttgttttctattttgacaacgttgtgttagaaacacagttgaattttggagacaatttcgacaatcattcgg 6517357  T
Q  533 tttgacatctcctctacaaagtccaatagcgtttact 569  Q
    ||| | ||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  6517358 ttttaaatctcctctgcatagtccaattgcgtttact 6517394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 50 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 6522161 - 6521641
Alignment:
Q  50 gttgatagaagagtgaatcggtttcatatctcaaataacaacttggtctaacaattctagcacccaacctgttgttacaacatcttgggattgctttgat 149  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||  ||| |||||||    
T  6522161 gttgatagaagaatgaattggtttcatatctcaaattacaactgggtctaacaattctagcacctaacctattgttacaacaatttgaaatttctttgat 6522062  T
Q  150 agattttaccaaacaatcatcacacaatgatttagacaaatcaggtgtgcattgaacaagagcatatatag-ttgattattattttgaccaacctcatca 248  Q
    |||||  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||| || ||||||||||||||    
T  6522061 agattgaaccaaacaatcatcacataatgttttagacaaatcaggtgtgcattgaacaagaccatatatggtttggttattacttggaccaacctcatca 6521962  T
Q  249 cttccaacagcatatttaaggtcactgtcacctgatgaagctctatttcttaaattatccaataaatttttcagtactttatcaaattcatcttcatttg 348  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||   ||||  ||||| | ||| ||| | |||||||    
T  6521961 cttcctacagcatatttaaggtcactgtcccctgatgcagctctatttcttaaactatccaaaaaaaaattcaccactttgttaaactcaacctcatttg 6521862  T
Q  349 tagcattgttcaaactccatcctaaataaaaaggtctagtttcattcagaccgaatattgaacggtatgagtaacgcaacatgcatgtatcttcatcata 448  Q
    | || |||||   | ||||  | ||||||  ||||| | |||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||   || || |  ||    
T  6521861 ttgcgttgtttgtattccaaacaaaataagcaggtccaatttcgttgagaccaaatattgaacggtttgagtaacgcaacatgcattcttcatcgttgta 6521762  T
Q  449 ccaaccaatagcctcttttcgattttgacaaagttgtgttagaaagacagatgaattctttatgcaattttgacaatcattgggtttgacatctcctcta 548  Q
    ||| ||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||| |||||| || | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6521761 ccatccaattgcttcttttcggttttgacaatgttgtgttagaagaacagttgaatttttgaggcaattttgacaatcattgagtttgacatctcctcta 6521662  T
Q  549 caaagtccaatagcgtttact 569  Q
    || |||||||| |||||||||    
T  6521661 catagtccaatcgcgtttact 6521641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 26 - 569
Target Start/End: Original strand, 6506538 - 6507094
Alignment:
Q  26 atgatgagggtggatctggtgtttgttgatagaagagtgaatcggtttcatatctcaaataacaacttggtctaacaattctagcaccca-acctgtt-- 122  Q
    ||||||| |||| |||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||| | |||| ||      
T  6506538 atgatgaaggtgaatcttgagtttgttgatagaaaagtgaattggtttcatatctcaaataacaactgggtctaagaaatctaccacctatacctattct 6506637  T
Q  123 ---gttacaacatcttgggattgctttgatagattttaccaaacaatcatcacacaatgatttagacaaatcaggtgtgcattgaacaagagcatatata 219  Q
       || ||||||  |||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  6506638 attgtcacaacaatttgggatttctttgatagatttatccaaacattcatcacacaatgtttcagacaaatcaggtgtgcattgaacaagagcaaatatg 6506737  T
Q  220 gtt-gattattattttgaccaacctcatcacttccaacagcatatttaaggtcactgtcacctgatgaagctctatttcttaaattatccaataaatttt 318  Q
    ||| ||||||||||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||| ||||  |||| ||||||||| ||| |||||||    
T  6506738 gtttgattattatttggaccaatcacatcacttcctacagcatatttaaggtcactttcccccgatgcagctaaattttttaaattatacaacaaatttt 6506837  T
Q  319 tcagtactttatcaaattcat------cttcatttgtagcattgttcaaactccatcctaaataaaaaggtctagtttcattcagaccgaatattgaacg 412  Q
    ||||  |||||||||||||||      |||| ||||| || || | |||| ||||| | |       |||||   ||||||| | ||| |||||| ||||    
T  6506838 tcagccctttatcaaattcatcttcgacttcctttgttgcgttctgcaaattccatgcaatcatggcaggtcccatttcattgataccaaatattaaacg 6506937  T
Q  413 gtatgagtaacgcaacatgcatgtatcttcatcataccaaccaatagcctcttttcgattttgacaaagttgtgttagaaagacagatgaattctttatg 512  Q
    || |||| |||||||||||||| | || || || ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |  | |    
T  6506938 gtgtgaggaacgcaacatgcatttttcatcgtcgtaccatccaattgcttcttttcgattttgacaaagttgtgttagaagggcagttgaattttggagg 6507037  T
Q  513 caattttgacaatcattgggtttgacatctcctctacaaagtccaatagcgtttact 569  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6507038 caattttgacaatcatcgggtttgacatctcctctacacagtccaatagcgtttact 6507094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 401 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 6523811 - 6523725
Alignment:
Q  401 gaatattgaacggtatgagtaacgcaacatgcatgtatcttcatcataccaaccaatagcctcttttcgattttgacaaagttgtgt 487  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| | || || |||||||||||||| || |||||| | ||| ||||||| |||||    
T  6523811 gaatatggaacggtctgaataacgcaacatgcatttttcatcttcataccaaccaattgcttctttttggtttggacaaagctgtgt 6523725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 402 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 47778126 - 47778041
Alignment:
Q  402 aatattgaacggtatgagtaacgcaacatgcatgtatcttcatcataccaaccaatagcctcttttcgattttgacaaagttgtgt 487  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || || || ||||||||||| || || |||   ||| |||||||||||||    
T  47778126 aatattgaacggtctgagtaacgcaacatgcatttttcatcctcgtaccaaccaattgcttcctttttgtttggacaaagttgtgt 47778041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 70 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 47778456 - 47778390
Alignment:
Q  70 gtttcatatctcaaataacaacttggtctaacaattctagcacccaacctgttgttacaacatcttg 136  Q
    |||||| | ||||||| ||| || |||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||    
T  47778456 gtttcaaacctcaaattacagctaggtctaacaattctagcaccaatcctatttttacaacatcttg 47778390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 70 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 47788578 - 47788512
Alignment:
Q  70 gtttcatatctcaaataacaacttggtctaacaattctagcacccaacctgttgttacaacatcttg 136  Q
    |||||| | ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||    
T  47788578 gtttcaaacctcaaattacagcttggtctaataattctagcaccaatcctattgctacaacatcttg 47788512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0341 (Bit Score: 182; Significance: 4e-98; HSPs: 2)
Name: scaffold0341
Description:

Target: scaffold0341; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 26 - 569
Target Start/End: Original strand, 563 - 1119
Alignment:
Q  26 atgatgagggtggatctggtgtttgttgatagaagagtgaatcggtttcatatctcaaataacaacttggtctaacaattctagcaccca-acctgtt-- 122  Q
    ||||||| |||| |||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||| | |||| ||      
T  563 atgatgaaggtgaatcttgagtttgttgatagaaaagtgaattggtttcatatctcaaataacaactgggtctaagaaatctaccacctatacctattct 662  T
Q  123 ---gttacaacatcttgggattgctttgatagattttaccaaacaatcatcacacaatgatttagacaaatcaggtgtgcattgaacaagagcatatata 219  Q
       || ||||||  |||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  663 attgtcacaacaatttgggatttctttgatagatttatccaaacattcatcacacaatgtttcagacaaatcaggtgtgcattgaacaagagcaaatatg 762  T
Q  220 gtt-gattattattttgaccaacctcatcacttccaacagcatatttaaggtcactgtcacctgatgaagctctatttcttaaattatccaataaatttt 318  Q
    ||| ||||||||||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||| ||||  |||| ||||||||| ||| |||||||    
T  763 gtttgattattatttggaccaatcacatcacttcctacagcatatttaaggtcactttcccccgatgcagctaaattttttaaattatacaacaaatttt 862  T
Q  319 tcagtactttatcaaattcat------cttcatttgtagcattgttcaaactccatcctaaataaaaaggtctagtttcattcagaccgaatattgaacg 412  Q
    ||||  |||||||||||||||      |||| ||||| || || | |||| ||||| | |       |||||   ||||||| | ||| |||||| ||||    
T  863 tcagccctttatcaaattcatcttcgacttcctttgttgcgttctgcaaattccatgcaatcatggcaggtcccatttcattgataccaaatattaaacg 962  T
Q  413 gtatgagtaacgcaacatgcatgtatcttcatcataccaaccaatagcctcttttcgattttgacaaagttgtgttagaaagacagatgaattctttatg 512  Q
    || |||| |||||||||||||| | || || || ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |  | |    
T  963 gtgtgaggaacgcaacatgcatttttcatcgtcgtaccatccaattgcttcttttcgattttgacaaagttgtgttagaagggcagttgaattttggagg 1062  T
Q  513 caattttgacaatcattgggtttgacatctcctctacaaagtccaatagcgtttact 569  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1063 caattttgacaatcatcgggtttgacatctcctctacacagtccaatagcgtttact 1119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0341; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 26 - 569
Target Start/End: Original strand, 8216 - 8773
Alignment:
Q  26 atgatgagggtggatctggtgtttgttgatagaagagtgaatcggtttcatatctcaaataacaacttggtctaacaattctagcaccca-acctgtt-- 122  Q
    ||||||| |||| |||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||| | |||| ||      
T  8216 atgatgaaggtgaatcttgagtttgttgatagaaaagtgaattggtttcatatctcaaataacaactgggtctaagaaatctaccacctatacctattct 8315  T
Q  123 ---gttacaacatcttgggattgctttgatagattttaccaaacaatcatcacacaatgatttagacaaatcaggtgtgcattgaacaagagcatatata 219  Q
       || ||||||  |||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  8316 attgtcacaacaatttgggatttctttgatagatttatccaaacattcatcacacaatgtttcagacaaatcaggtgtgcattgaacaagagcaaatatg 8415  T
Q  220 gtt-gattattattttgaccaacctcatcacttccaacagcatatttaaggtcactgtcacctgatgaagctctatttcttaaattatccaataaatttt 318  Q
    ||| ||||||||||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||| ||||  |||| ||||||||| ||| |||||||    
T  8416 gtttgattattatttggaccaatcacatcacttcctacagcatatttaaggtcactttcccccgatgcagctaaattttttaaattatacaacaaatttt 8515  T
Q  319 tcagtactttatcaaattcat------cttcatttgtagcattgttcaaactccatcctaaataaaaaggtctagtttcattcagaccgaatattgaacg 412  Q
    ||||  |||||||||||||||      |||| ||||| || || | |||| ||||| | |       |||||   ||||||| | ||| |||||| ||||    
T  8516 tcagccctttatcaaattcatcttcgacttcctttgttgcgttctgcaaattccatgcaatcatggcaggtcccatttcattgataccaaatattaaacg 8615  T
Q  413 gtatgagtaacgcaacatgcatgtatcttcatcataccaaccaatagcctcttttcg-attttgacaaagttgtgttagaaagacagatgaattctttat 511  Q
    || |||| |||||||||||||| | || || || ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |  |     
T  8616 gtgtgaggaacgcaacatgcatttttcatcgtcgtaccatccaattgcttcttttcgtattttgacaaagttgtgttagaagggcagttgaattttggag 8715  T
Q  512 gcaattttgacaatcattgggtttgacatctcctctacaaagtccaatagcgtttact 569  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8716 gcaattttgacaatcatcgggtttgacatctcctctacacagtccaatagcgtttact 8773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University