View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8057_high_3 (Length: 602)

Name: NF8057_high_3
Description: NF8057
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8057_high_3
NF8057_high_3
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (241-543)||(14748589-14748891)
chr7 (241-546)||(14763635-14763940)
chr7 (1-239)||(14749107-14749345)
chr7 (1-239)||(14764156-14764394)
chr7 (336-481)||(14811659-14811804)
chr7 (336-481)||(15258654-15258799)
chr7 (346-383)||(14708660-14708697)
chr7 (346-383)||(14757478-14757515)
chr7 (336-385)||(14804337-14804386)
chr7 (336-385)||(15251331-15251380)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (241-546)||(17620693-17620998)
chr5 (241-546)||(17564659-17564964)
chr5 (1-239)||(17564205-17564443)
chr5 (1-146)||(17621214-17621359)
chr5 (336-481)||(17522376-17522521)
chr5 (346-383)||(17571020-17571057)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (241-544)||(15194077-15194380)
chr1 (241-544)||(15214495-15214798)
chr1 (241-544)||(15204762-15205065)
chr1 (1-228)||(15194596-15194823)
chr1 (1-228)||(15205281-15205508)
chr1 (1-228)||(15215014-15215241)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (249-522)||(24394079-24394352)
chr8 (1-228)||(24394576-24394803)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 241 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 14748891 - 14748589
Alignment:
Q  241 ataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaacaaagacttgaggaggagcggaagccgcagattga 340  Q
    ||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||  |||||| | | |||||| | |||||| ||||||||    
T  14748891 ataaggtaaaaataggaactgtagttactcaaaaggaatcggaaccggagaaactaaaaattcggcaaagagtggtggaggaccagaagccccagattga 14748792  T
Q  341 ggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaat 440  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  14748791 agcagcaatagtgaggattatgaaatctaggaagcaacttgagcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcgcgattccttgcaaat 14748692  T
Q  441 ccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatgacagaaaactgtatcattatatttcttagaatt 540  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||| || |||||||||    
T  14748691 ccaacagacataaagaaacggattgagtctctcattgaaagggactttttggagagagatgatagtgacagaaaactgtatctgtatcttgcttagaatt 14748592  T
Q  541 ggt 543  Q
    |||    
T  14748591 ggt 14748589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 241 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 14763940 - 14763635
Alignment:
Q  241 ataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaacaaagacttgaggaggagcggaagccgcagattga 340  Q
    ||||| |||||||||||| |||  |||| ||||||||||| |||| |||||||||| | |||| ||||| |   |||||||| |||||||| ||||||||    
T  14763940 ataagataaaaataggaactgttgttgcacaaaaggaatcggaactggagaaactggacactcgacaaaaagaggaggaggatcggaagccccagattga 14763841  T
Q  341 ggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaat 440  Q
     |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||||||| |||||    
T  14763840 agcagcaatagtgaggattatgaaatccaggaagcaacttgagcacaacaatcttatggctgaggtcacgcagcagttgcagtcgcgattccttacaaat 14763741  T
Q  441 ccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatgacagaaaactgtatcattatatttcttagaatt 540  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||| | ||||||  |  |||||||||||||||||  ||| || | |||||||    
T  14763740 ccaacggatgtaaagaaacggattgagtctctccttgagcgggaatttttggaaagagatactgttgacagaaaactgtatcgatatcttgcctagaatt 14763641  T
Q  541 ggtaag 546  Q
    ||||||    
T  14763640 ggtaag 14763635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 14749107 - 14749345
Alignment:
Q  1 taggtggagacatttaacttatgcctctgacctttcccaaaaatagcttccaagtctgctgtgcccatattagtttgccaagacaatttcctgccagtat 100  Q
    ||||| || |||||||||| |||  ||||||| ||||||||| | ||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| | |    
T  14749107 taggtagaaacatttaactcatgtttctgaccattcccaaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatctcagtttgccaagacaatctcctgccatttt 14749206  T
Q  101 gactgctgaggtaatgagactgaaatttctcacaaagtgccgacatttcagctggcaggttacatgtcacactagattgagttggccaaaaccctgttgt 200  Q
    || ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14749207 gattgccgaggtaataagactgaaatttcacacaaagtgccgacatttcagccggtaggttacatgtcacactagattgagttggccaaaaccctgttgt 14749306  T
Q  201 tagaacctgcacattaagtataggaccaacaccaaactc 239  Q
    |||||| |||| | |||| || |||||| |||| |||||    
T  14749307 tagaacttgcatagtaaggatgggaccatcacctaactc 14749345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 14764156 - 14764394
Alignment:
Q  1 taggtggagacatttaacttatgcctctgacctttcccaaaaatagcttccaagtctgctgtgcccatattagtttgccaagacaatttcctgccagtat 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||  |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||    
T  14764156 taggtggagacatttaactcatgtttctgaccactcccaaaagtagcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgtcaatttcctgccattat 14764255  T
Q  101 gactgctgaggtaatgagactgaaatttctcacaaagtgccgacatttcagctggcaggttacatgtcacactagattgagttggccaaaaccctgttgt 200  Q
    |  ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  14764256 gggtgctgaggtaatatgaccgaaatttctcacaaagtgctgacatttctgtcggaaggttacatgtcacactagattgagctggccaagaccctgttgt 14764355  T
Q  201 tagaacctgcacattaagtataggaccaacaccaaactc 239  Q
     |||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||    
T  14764356 cagaacctgcacagtaagtgtaggaccatcacctaactc 14764394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 336 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 14811804 - 14811659
Alignment:
Q  336 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttg 435  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||  | |||||| |||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||| ||||  |||||   ||||||     
T  14811804 attgaagcagcaatagtgaggattatgaaattcaagaagcagcttgatcataagaatattatagcagaggtgacaaaggagttaaagtcattgttccttc 14811705  T
Q  436 caaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaag 481  Q
      |||||||||||  |||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  14811704 ttaatccaacagagataaagaaaaggattgaatctcttattgaaag 14811659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 336 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 15258799 - 15258654
Alignment:
Q  336 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttg 435  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||  | |||||| |||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||| ||||  |||||   ||||||     
T  15258799 attgaagcagcaatagtgaggattatgaaattcaagaagcagcttgatcataagaatattatagcagaggtgacaaaggagttaaagtcattgttccttc 15258700  T
Q  436 caaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaag 481  Q
      |||||||||||  |||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  15258699 ttaatccaacagagataaagaaaaggattgaatctcttattgaaag 15258654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 346 - 383
Target Start/End: Original strand, 14708660 - 14708697
Alignment:
Q  346 caatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgat 383  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14708660 caatagtgaggattaagaaatctaggaagcaacttgat 14708697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 346 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 14757515 - 14757478
Alignment:
Q  346 caatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgat 383  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14757515 caatagtgaggattaagaaatctaggaagcaacttgat 14757478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 336 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 14804386 - 14804337
Alignment:
Q  336 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatca 385  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  14804386 attgaagcagcaatagcgaggatcatgaagtttaggaagcagcttgatca 14804337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 336 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 15251380 - 15251331
Alignment:
Q  336 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatca 385  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  15251380 attgaagcagcaatagcgaggatcatgaagtttaggaagcagcttgatca 15251331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 170; Significance: 6e-91; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 241 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 17620998 - 17620693
Alignment:
Q  241 ataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaacaaagacttgaggaggagcggaagccgcagattga 340  Q
    ||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||    
T  17620998 ataagataaaaataggaactgtagttactcaaaaggaatctgaaccggagaaactaaaaactcgacaaagagttaaggaggagcggaagccgcagactga 17620899  T
Q  341 ggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaat 440  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||  || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  17620898 ggcagcagtagtgaggattatgaaatctagatagaaactagatcagaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcggtcgcgattccttgcaaat 17620799  T
Q  441 ccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatgacagaaaactgtatcattatatttcttagaatt 540  Q
    |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| | | | |||||||||||||||  ||| || |||||| ||    
T  17620798 ccaacagaggtaaaaaaacagattgagtctctcattgagagggactttttggagagagataacagtaacagaaaactgtatcggtatcttgcttagagtt 17620699  T
Q  541 ggtaag 546  Q
    ||||||    
T  17620698 ggtaag 17620693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 241 - 546
Target Start/End: Original strand, 17564659 - 17564964
Alignment:
Q  241 ataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaacaaagacttgaggaggagcggaagccgcagattga 340  Q
    ||||| |||||||||||| |||  |||| ||||||||||| |||| |||||||||| | |||| ||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||    
T  17564659 ataagataaaaataggaactgttgttgcacaaaaggaatcggaactggagaaactggacactcgacaaaaagtggaggaggatcggaagccccagattga 17564758  T
Q  341 ggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaat 440  Q
     |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||||||| |||||    
T  17564759 agcagcaatagtgaggattatgaaatccaggaagcaacttgagcacaacaatcttatggctgaggtcacgcagcagttgcagtcgcgattccttacaaat 17564858  T
Q  441 ccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatgacagaaaactgtatcattatatttcttagaatt 540  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||| | ||||||  |  |||||||||||||||||  ||| || | |||||||    
T  17564859 ccaacggatgtaaagaaacggattgagtctctccttgagcgggaatttttggaaagagatcctgttgacagaaaactgtatcgatatcttgcctagaatt 17564958  T
Q  541 ggtaag 546  Q
    ||||||    
T  17564959 ggtaag 17564964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 17564443 - 17564205
Alignment:
Q  1 taggtggagacatttaacttatgcctctgacctttcccaaaaatagcttccaagtctgctgtgcccatattagtttgccaagacaatttcctgccagtat 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||  |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||    
T  17564443 taggtggagacatttaactcatgtttctgaccactcccaaaagtagcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgtcaatttcctgccattat 17564344  T
Q  101 gactgctgaggtaatgagactgaaatttctcacaaagtgccgacatttcagctggcaggttacatgtcacactagattgagttggccaaaaccctgttgt 200  Q
    |  ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  17564343 gggtgctgaggtaatatgaccgaaatttctcacaaagtgctgacatttctgtcggaaggttacatgtcacactagattgagctggccaagaccctgttgt 17564244  T
Q  201 tagaacctgcacattaagtataggaccaacaccaaactc 239  Q
     |||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||    
T  17564243 cagaacctgcacagtaagtgtaggaccatcacctaactc 17564205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Original strand, 17621214 - 17621359
Alignment:
Q  1 taggtggagacatttaacttatgcctctgacctttcccaaaaatagcttccaagtctgctgtgcccatattagtttgccaagacaatttcctgccagtat 100  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||| | | | |||| |||||||    
T  17621214 taggtggagacatttaacacatgtctctgacctttcccaaaagtagcatttaagactgctgtgcccatattagtttgccaatatagtctccttccagtat 17621313  T
Q  101 gactgctgaggtaatgagactgaaatttctcacaaagtgccgacat 146  Q
    || ||||| ||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  17621314 gattgctgcggtaatacgaccgaaatttctcactaagtgccgacat 17621359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 336 - 481
Target Start/End: Original strand, 17522376 - 17522521
Alignment:
Q  336 attgaggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttg 435  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||  | |||||| |||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||| ||||  |||||   ||||||     
T  17522376 attgaagcagcaatagtgaggattatgaaattcaagaagcagcttgatcataagaatattatagcagaggtgacaaaggagttaaagtcattgttccttc 17522475  T
Q  436 caaatccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaag 481  Q
      |||||||||||  |||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  17522476 ttaatccaacagaaataaagaaaaggattgagtctcttattgaaag 17522521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 346 - 383
Target Start/End: Original strand, 17571020 - 17571057
Alignment:
Q  346 caatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgat 383  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17571020 caatagtgaggattaagaaatctaggaagcaacttgat 17571057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 241 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 15194380 - 15194077
Alignment:
Q  241 ataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaacaaagacttgaggaggagcggaagccgcagattga 340  Q
    ||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||| |    
T  15194380 ataaggtaaaaataggaagtgtagttgctgaaacggaacctgaaccggagaaactgaaaactcaaaaaaaagttgaggaggagcggaggccgcagattca 15194281  T
Q  341 ggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaat 440  Q
    |||  |||||| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  15194280 ggcttcaatagtgaggattatgaaatctaggaagaaactggaacacaataatcttgtagctgaagtaacaaagcagttgcagtctcgattccttgcaaat 15194181  T
Q  441 ccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatgacagaaaactgtatcattatatttcttagaatt 540  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||| | | |||||||||| |||||| |||| || |||||||||    
T  15194180 ccaacggaggtaaagaaacagattgagtctctaattgagagggtgtttttggagagagataacagtgacagaaaattgtatcgttatcttgcttagaatt 15194081  T
Q  541 ggta 544  Q
    ||||    
T  15194080 ggta 15194077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 241 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 15214798 - 15214495
Alignment:
Q  241 ataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaacaaagacttgaggaggagcggaagccgcagattga 340  Q
    ||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||| |    
T  15214798 ataaggtaaaaataggaagtgtagttgctgaaacggaacctgaaccggagaaactgaaaactcaataaatagttgaggaggagcggaggccgcagattca 15214699  T
Q  341 ggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaat 440  Q
    |||  |||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  15214698 ggcttcaatagtgaggattatgaaatcaaggaagaaactggaacacaataatcttgtagctgaagtaacaaagcagttgcagtctcgattccttgcaaat 15214599  T
Q  441 ccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatgacagaaaactgtatcattatatttcttagaatt 540  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||| | | |||||||||| |||||| |||| || |||||||||    
T  15214598 ccaacggaggtaaagaaacggattgagtctctaattgagagggtgtttttggagagagataacagtgacagaaaattgtatcgttatcttgcttagaatt 15214499  T
Q  541 ggta 544  Q
    ||||    
T  15214498 ggta 15214495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 241 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 15205065 - 15204762
Alignment:
Q  241 ataagttaaaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaacaaagacttgaggaggagcggaagccgcagattga 340  Q
    ||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |    
T  15205065 ataaggtaaaaataggaagtgtagttgctgaaacggaacctgaaccggagaaactgaaaactcaagaaagagttgaggaggagcggaggccgcagattca 15204966  T
Q  341 ggcagcaatagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaat 440  Q
    |||  |||||| ||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  15204965 ggcttcaatagtgaggattatgaaatcaaggaagaaactggaacacaataatcttgtagctgaagtaacaaagcagttgcagtctcgattccttgcaaat 15204866  T
Q  441 ccaacagacgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatgacagaaaactgtatcattatatttcttagaatt 540  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||| |||||||| | | |||||| ||| |||||| |||| || |||||||||    
T  15204865 ccaacggaggtaaagaaacagattgagtctctaattgagagggtgtttttggagagagataacagtgacaggaaattgtatcgttatcttgcttagaatt 15204766  T
Q  541 ggta 544  Q
    ||||    
T  15204765 ggta 15204762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 15194596 - 15194823
Alignment:
Q  1 taggtggagacatttaacttatgcctctgacctttcccaaaaatagcttccaagtctgctgtgcccatattagtttgccaagacaatttcctgccagtat 100  Q
    ||||| || |||||||||| |||  ||||||| ||| | ||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||    
T  15194596 taggtagaaacatttaactcatgtttctgaccattctcgaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgacaatttcctgtcggtat 15194695  T
Q  101 gactgctgaggtaatgagactgaaatttctcacaaagtgccgacatttcagctggcaggttacatgtcacactagattgagttggccaaaaccctgttgt 200  Q
    |  ||||||||||||   || |||||||||| |||||| |   ||||||||  || | ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15194696 ggttgctgaggtaatataacagaaatttctcgcaaagtactaccatttcagtcggaatgttacatgttacactagattgagttggccaagaccctgttgt 15194795  T
Q  201 tagaacctgcacattaagtataggacca 228  Q
     || ||||||||| ||||| ||| ||||    
T  15194796 caggacctgcacagtaagtgtagcacca 15194823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 15205281 - 15205508
Alignment:
Q  1 taggtggagacatttaacttatgcctctgacctttcccaaaaatagcttccaagtctgctgtgcccatattagtttgccaagacaatttcctgccagtat 100  Q
    ||||| || |||||||||| |||  ||||||| ||| | ||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||    
T  15205281 taggtagaaacatttaactcatgtttctgaccattctcgaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgacaatttcctgtcggtat 15205380  T
Q  101 gactgctgaggtaatgagactgaaatttctcacaaagtgccgacatttcagctggcaggttacatgtcacactagattgagttggccaaaaccctgttgt 200  Q
    |  ||||||||||||   || |||||||||| |||||| |   ||||||||  || | ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15205381 ggttgctgaggtaatataacagaaatttctcgcaaagtactaccatttcagtcggaatgttacatgttacactagattgagttggccaagaccctgttgt 15205480  T
Q  201 tagaacctgcacattaagtataggacca 228  Q
     || ||||||||| ||||| ||| ||||    
T  15205481 caggacctgcacagtaagtgtagcacca 15205508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 15215014 - 15215241
Alignment:
Q  1 taggtggagacatttaacttatgcctctgacctttcccaaaaatagcttccaagtctgctgtgcccatattagtttgccaagacaatttcctgccagtat 100  Q
    ||||| || |||||||||| |||  ||||||| ||| | ||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||    
T  15215014 taggtagaaacatttaactcatgtttctgaccattctcgaaagttgcttttaagtctgctgtgcccatattagtttgccacgacaatttcctgtcggtat 15215113  T
Q  101 gactgctgaggtaatgagactgaaatttctcacaaagtgccgacatttcagctggcaggttacatgtcacactagattgagttggccaaaaccctgttgt 200  Q
    |  ||||||||||||   || |||||||||| |||||| |   ||||||||  || | ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15215114 ggttgctgaggtaatataacagaaatttctcgcaaagtactaccatttcagtcggaatgttacatgttacactagattgagttggccaagaccctgttgt 15215213  T
Q  201 tagaacctgcacattaagtataggacca 228  Q
     || ||||||||| ||||| ||| ||||    
T  15215214 caggacctgcacagtaagtgtagcacca 15215241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 130; Significance: 5e-67; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 249 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 24394352 - 24394079
Alignment:
Q  249 aaaataggaattgtatttgctcaaaaggaatctgaaccggagaaactgaaaactcaacaaagacttgaggaggagcggaagccgcagattgaggcagcaa 348  Q
    |||||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||  ||  || | ||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||    
T  24394352 aaaataggaactgtagttgcacaaaaggaatccgaacctgagaaacaggaaactcggcagcgagtggaggaggacaggaagcctcagattgaggcggcaa 24394253  T
Q  349 tagcgaggattatgaaatctaggaagcaacttgatcacaacaatcttatagctgaggtcacaaagcagttgcagtcacaattccttgcaaatccaacaga 448  Q
    ||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  24394252 tagtgaggatcatgaaatctaggaggctacttgatcataacaatcttatagctgaagtcacaaagcagttgcagttacgtttccttgcaaatccaacaga 24394153  T
Q  449 cgtaaagaaacggattgagtctctcattgaaagggagtttttgaagagagatgataatgacagaaaactgtatc 522  Q
     || |||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  24394152 ggtcaagaaacgcattgagtctctcattgagcgggactttttggagagggatgataacgacagaaaaatgtatc 24394079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 24394576 - 24394803
Alignment:
Q  1 taggtggagacatttaacttatgcctctgacctttcccaaaaatagcttccaagtctgctgtgcccatattagtttgccaagacaatttcctgccagtat 100  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||  | ||||  ||||||||   |||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  24394576 taggtagagacatttaactcatgcttctgacccttcccaaaggttgcttttaagtctgcaaagcccatgttggtttgccatgacaatctcctgccagtat 24394675  T
Q  101 gactgctgaggtaatgagactgaaatttctcacaaagtgccgacatttcagctggcaggttacatgtcacactagattgagttggccaaaaccctgttgt 200  Q
    |  |||  |||||||  ||| |||| ||||| |||||||| || |||||  | |||||||| || || | |||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  24394676 gtgtgccaaggtaatacgaccgaaacttctcgcaaagtgcagatatttccaccggcaggttgcacgtaatactagactgagttggccaagaccctgttgt 24394775  T
Q  201 tagaacctgcacattaagtataggacca 228  Q
     |||||||| ||| ||||  ||||||||    
T  24394776 aagaacctggacagtaagcgtaggacca 24394803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University